NGS

Question 1

Preparação da biblioteca

Answer 1

Fragmentar DNA e adicionar as pontas primers com sequencias iguais
Feito PCR

Question 2

Sequenciamento

Answer 2

Coloca fragementos em laminas que possuem sequencia complementar ao primer - ancoragem
Faz novo PCR com nucleotideos fluorescentes
A cada reação interrompida, tira uma foto e depois tira a fluorescencia para reação continuar
No fim coloca imagem num software que mostra o genoma e as variantes

Question 3

Processamento computacional

Answer 3

Colocar fotos em software
O read - localização das sequencias é feito por alinhamento
Alinhamento é comparar reads com genoma referencia
Gera tabela com variantes

Question 4

NGS do genoma completo

Answer 4

Identifica SNV - mutação de base única - missense e nonsense
Não identifica CNV - deleção ou duplicação
Muito caro

Question 5

NGS Exoma

Answer 5

Só partes codificantes - éxon
Fins clinicos
Não ve CNV - deleção/duplicação

Question 6

NGS Painel de Genes

Answer 6

Mutação de base única ou indel
Ve éxons de genes selecionados
Para quando há conhecimento dos genes que geram doença

Question 7

NGS Sequenciamento do transcriptoma

Answer 7

RNA seq
Quantifica expressão de todos od genes de um tecido
Compara expressão com. um referencia para ver se genes se expressam de forma diferente
Possivel avaliar se há expressão diferente de 2 alelos do gene
Pela presença desbalanceada de reads