Moleculaire diagnostiek

Question 1

Waar moet je rekening meehouden met verschillende technieken? (5)

Answer 1

Specificiteit, snelheid, gevoeligheid, betrouwbaarheid en kosten

Question 2

Voordat je met RNA werkt moet het…

Answer 2

RNA moet eerst reverse transcript worden naar dsDNA voordat het geanalyseerd wordt

Question 3

Hoe kun je DNA en RNA verkrijgen

Answer 3

Deze kunnen geisoleerd worden uit histologische coupes omdat de formaline het preserveert

Question 4

Waarvoor gebruik je interne controles?

Answer 4

Om valse positieve te voorkomen

Question 5

Waarmee kun je analyse doen?

Answer 5

Spectrofotometer voor zuiverheid, gel electroforese voor grootte, en PCR voor sequencing

Question 6

Conventiele PCR gebruikt een … met een … systeem, deze is … maar ook … sensitief

Answer 6

Conventiele PCR gebruikt een qualitatieve end-phase detection met een open systeem, deze is goedkoper maar ook minder sensitief

Question 7

Real-time PCR gebruikt een …. met een … systeem, deze is … maar …

Answer 7

Real-time PCR gebruikt een quantitatieve detection exponential phase met een gesloten systeem maar is wel sensitiever

Question 8

Waarvoor worden probes gebruikt?

Answer 8

Om aan te tonen of je product geamplificeerd is of niet

Question 9

Wat is het verschil tussen een probe en SybrGreen?

Answer 9

Een probe is target specifiek terwijl SybrGreen aan elke dsDNA bindt

Question 10

Waarom wordt de smeltcurve analyse gebruikt

Answer 10

Omdat elke product een bepaalde smelttemperatuur heeft, wat afhangt van de GC content en de lengte

Question 11

Waarom worden dNTP’s gebruikt?

Answer 11

Om tijdens amplificatie de reactie te stoppen

Question 12

Wat is een isotherme amplificatie

Answer 12

Amplificatie wat gebeurt bij een constante temperatuur e.g. LAMP, TMA, SDA en NASBA

Question 13

Waarvoor wordt isotherme amplificatie gebruikt?

Answer 13

Voor snelle diagnostiek omdat het tijd en kostbesparend is sinds er geen denaturatie stap is

Question 14

Wat is het verschil tussen PCR en dPCR?

Answer 14

dPCR heeft een hogere gevoeligheid en precisie dan de PCR en is een digitale verwerking

Question 15

Hoe werkt dPCR?

Answer 15

De sample wordt verdund en verdeeld over verschillende nano-reactiekamers, de positieve kamers worden digitaal processed als een output

Question 16

Wat is FISH en hoe werkt het?

Answer 16

Fluorescence in situ hybridisation, met een fluoroscentiemicroscoop kun je met een probe de target detecteren

Question 17

Wat zijn enkele nadelen van FISH? (3)

Answer 17

De probe kan aspecifiek binden waardoor je een waas van fluorescentie krijgt, de cellen kunnen zich loslaten en het RNA kan verloren gaan tijdens de voorbehandeling

Question 18

Hoe werkt directie detectie?

Answer 18

De probe wordt dan direct gekoppeld met de label

Question 19

Hoe werkt indirect detectie?

Answer 19

De probe wordt met een antilichaam gekoppeld en deze wordt dan gekoppeld met een fluorochroom

Question 20

Hoe werkt micro-array?

Answer 20

Dan is er een vaste oppervlak waar een heleboel spots zitten die een bepaalde sequentie hebben en gehybridiseerd worden met de DNA/RNA target

Question 21

Hoe werkt next-generation sequencing?

Answer 21

Door parallel sequencing, dit verloopt sneller

Question 22

Hoe werkt illumina (bridge amplification)?

Answer 22

Door fluorescentie signalen, het verschil in fluorescentie zorgt voor meer betrouwbaarheid

Question 23

Hoe werkt pyrosequencing?

Answer 23

Pyrofosfaat komt vrij wat opgespoord wordt d.m.v. van een lichtflits

Question 24

Hoe werkt ion torrent?

Answer 24

Hier meet je de pH, protonen komen vrij en krijg je een verandering krijgt in pH waardoor je weet welke nucleotide is ingebouwd

Question 25

Hoe werkt 3rd generation sequencing?

Answer 25

Zonder PCR amplificatie en geen synthese, maar door single molecule sequencing wat aangesloten is aan een computer