Moleculaire Biologie

Question 1

Melting temperature (Tm)

Answer 1

Temperatuur waarbij 50% van het DNA enkelstrengs is

Question 2

Optimale melting temperatuur voor PCR

Answer 2

52 - 60 graden
75 - 80 graden (hoog GC-gehalte)

Question 3

Gewenste toelaatbaar verschil Tm van primerpaar PCR en qPCR

Answer 3

< 5 graden en bij qPCR <1 graden

Question 4

Methoden om fluorescentie te meten qPCR

Answer 4

SYBR Green of TAQman Probes

Question 5

SYBRgreen

Answer 5

-bindt a-specifiek aan dsDNA
- smelt-curve mogelijk na amplificatie

Question 6

Taqman probes

Answer 6

-binden specifiek tussen primerset
- 1 fluorescerend fluorchroom = 1 geamplificeerd product
- geen mogelijkheid tot smelt-curve

Question 7

Excitatie en emissie SYBRgreen

Answer 7

Excitatie = 488nm
Emissie = 522nm

Question 8

qPCR baseline

Answer 8

Signaalniveau tijdens eerste cycli (ruis)

Question 9

Waarom baseline bij qPCR bepalen

Answer 9

• om threshold te bepalen

Question 10

Threshold qPCR

Answer 10

Waarde wanneer signaalniveau statistisch toeneemt ten opzichte van baseline

Question 11

Threshold cycle (Ct-waarde) qPCR

Answer 11

Cyclusnummer waarbij fluorescentie meetbaar wordt

Question 12

Assen standaard curve qPCR

Answer 12

Y-as = Ct-waarde
X-as = DNA-concentratie

Question 13

Slope/helling standaardcurve qPCR

Answer 13

Richtingscoëfficient (RC) maat voor de effiëntie van de reactie (goede reactie 90-110%

Question 14

Efficiëntie berekenen standaardcurve qPCR

Answer 14

Efficiëntie = (10(-1/slope)-1) x 100%

Question 15

Determinatie coëfficiënt R2

Answer 15

Geeft aan hoe goed het model bij de data past (voorspelt)

Question 16

Doel smelcurve/meltingcurve

Answer 16

• checken primer-dimer artifacten
• checken specificiteit reactie

Question 17

Primer dimer

Answer 17

Artefact waarbij de twee primers aan elkaar hechten vanwege complementaire basen in de primers

Question 18

Wat wordt tegen elkaar uitgezet in smelcurve

Answer 18

-ΔF/Δt tegen temperatuur

Question 19

Twee soorten NGS

Answer 19

Ion torrent en Illumnia

Question 20

Oxford nanopore (FGS)

Answer 20

Sequencen van enkelvoudige moleculen (DNA, RNA en eiwitten)

Question 21

DNA-barcoding

Answer 21

Identificeren van dieren en planten mbv universele primers

Question 22

Waarom hogere mutatiesnelheid mtDNA dan nucleair DNA

Answer 22

Ontbreken van SOS- repair mechanism

Question 23

Hoeveel hogere mutatiesnelheid mtDNA dan nucleair DNA

Answer 23

5-10x

Question 24

Interspecies

Answer 24

Tussen soorten

Question 25

Intraspecies

Answer 25

Tussen leden van dezelfde soort

Question 26

Criteria om middels DNA-marker soort te kunnen identificeren

Answer 26

- veel interspecies variaties - weinig intraspecies variaties

Question 27

rRNA markers op mtDNA

Answer 27

16 S en 12 S

Question 28

mRNA op mtDNA

Answer 28

Cyt b en COI

Question 29

mtDNA is niet geschikt voor

Answer 29

Groene planten

Question 30

Welke DNA-marker gebruiken voor groene planten

Answer 30

Chloroplast markers rbcl en matK

Question 31

Voordeel gebruik 2 markers

Answer 31

Grotere kans om soort te identificeren

Question 32

Waarom niet mtDNA markers voor groene planten

Answer 32

- onvoldoende variatie tussen soorten - te veel variatie binnen soort

Question 33

Polymorfisme

Answer 33

Meerder verschijningsvormen van een alles op een locus, die in meer dan 1% van de populatie voorkomt

Question 34

Gebieden waar polymorfismes ontstaan

Answer 34

VNTR EN STR’S

Question 35

Polymorfisme zijn in FO handig voor

Answer 35

- koppelen biologische samples aan individu, populatie of geografische herkomst

Question 36

SNP kunnen ontstaan door

Answer 36

- inbouwen incorrecte basen gedurende DNA-replicatie - omgevingsfactoren (Uv-licht, blootstelling caricinogene stoffen)

Question 37

Welke positie van codon mutatie heeft wel en welke heeft geen effect

Answer 37

Wel effect - 2de base (resulteert in aminozuur verandering) Geen effect - 3de base

Question 38

Genetische variatie die tot Polymorfisme leidt vindt op 2 manieren plaats

Answer 38

- Verandering enkele basen (SNP) - Verandering aantal herhalende sequenties (VNTR of STR-regio)

Question 39

Soort identificatie is aan de hand van welke Polymorfisme

Answer 39

Sequentiepolymorfismen

Question 40

Soort

Answer 40

Groep organismen die zich onderling voortplant of dat zou kunnen doen en daarbij normaal vruchtbare nakomelingen voortbrengt

Question 41

Je kunt soorten op twee manieren indelen

Answer 41

-biologisch (gebaseerd op morfologische kenmerken) -fylogenetisch (gebaseerd op evolutionaire geschiedenis, in combinatie met genetische markers, DNA, RNA en eiwitten)

Question 42

Grondlegger biologische taxonomie

Answer 42

Linnaeus

Question 43

Fylogenetische boom is op welke marker gebaseerd

Answer 43

Ribosomaal RNA

Question 44

Hoeveel basenparen CO1

Answer 44

648 bp fragmenten

Question 45

hoeveel verschil in bp van CO1 gen mag er zijn voor variatie binnen een soort

Answer 45

2 van de 648

Question 46

Hoeveel verschil in basenparen van CO1 tussen nauw verwante soorten

Answer 46

Ongeveer 60 (mens/aap)

Question 47

Stappen standaard proceduren soort identificatie

Answer 47

1. Isolatie van template DNA 2. PCR met universele primers (mtDNA of chloroplast) 3. Sanger sequencing 4. Vergelijken met referentie of database