Moleculaire Biologie Flashcards

1
Q

Melting temperature (Tm)

A

Temperatuur waarbij 50% van het DNA enkelstrengs is

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Optimale melting temperatuur voor PCR

A

52 - 60 graden
75 - 80 graden (hoog GC-gehalte)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Gewenste toelaatbaar verschil Tm van primerpaar PCR en qPCR

A

< 5 graden en bij qPCR <1 graden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Methoden om fluorescentie te meten qPCR

A

SYBR Green of TAQman Probes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

SYBRgreen

A

-bindt a-specifiek aan dsDNA
- smelt-curve mogelijk na amplificatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Taqman probes

A

-binden specifiek tussen primerset
- 1 fluorescerend fluorchroom = 1 geamplificeerd product
- geen mogelijkheid tot smelt-curve

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Excitatie en emissie SYBRgreen

A

Excitatie = 488nm
Emissie = 522nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

qPCR baseline

A

Signaalniveau tijdens eerste cycli (ruis)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Waarom baseline bij qPCR bepalen

A
  • om threshold te bepalen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Threshold qPCR

A

Waarde wanneer signaalniveau statistisch toeneemt ten opzichte van baseline

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Threshold cycle (Ct-waarde) qPCR

A

Cyclusnummer waarbij fluorescentie meetbaar wordt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Assen standaard curve qPCR

A

Y-as = Ct-waarde
X-as = DNA-concentratie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Slope/helling standaardcurve qPCR

A

Richtingscoëfficient (RC) maat voor de effiëntie van de reactie (goede reactie 90-110%

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Efficiëntie berekenen standaardcurve qPCR

A

Efficiëntie = (10(-1/slope)-1) x 100%

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Determinatie coëfficiënt R2

A

Geeft aan hoe goed het model bij de data past (voorspelt)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Doel smelcurve/meltingcurve

A
  • checken primer-dimer artifacten
  • checken specificiteit reactie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Primer dimer

A

Artefact waarbij de twee primers aan elkaar hechten vanwege complementaire basen in de primers

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Wat wordt tegen elkaar uitgezet in smelcurve

A

-ΔF/Δt tegen temperatuur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Twee soorten NGS

A

Ion torrent en Illumnia

20
Q

Oxford nanopore (FGS)

A

Sequencen van enkelvoudige moleculen (DNA, RNA en eiwitten)

21
Q

DNA-barcoding

A

Identificeren van dieren en planten mbv universele primers

22
Q

Waarom hogere mutatiesnelheid mtDNA dan nucleair DNA

A

Ontbreken van SOS- repair mechanism

23
Q

Hoeveel hogere mutatiesnelheid mtDNA dan nucleair DNA

A

5-10x

24
Q

Interspecies

A

Tussen soorten

25
Q

Intraspecies

A

Tussen leden van dezelfde soort

26
Q

Criteria om middels DNA-marker soort te kunnen identificeren

A
  • veel interspecies variaties
  • weinig intraspecies variaties
27
Q

rRNA markers op mtDNA

A

16 S en 12 S

28
Q

mRNA op mtDNA

A

Cyt b en COI

29
Q

mtDNA is niet geschikt voor

A

Groene planten

30
Q

Welke DNA-marker gebruiken voor groene planten

A

Chloroplast markers rbcl en matK

31
Q

Voordeel gebruik 2 markers

A

Grotere kans om soort te identificeren

32
Q

Waarom niet mtDNA markers voor groene planten

A
  • onvoldoende variatie tussen soorten
  • te veel variatie binnen soort
33
Q

Polymorfisme

A

Meerder verschijningsvormen van een alles op een locus, die in meer dan 1% van de populatie voorkomt

34
Q

Gebieden waar polymorfismes ontstaan

A

VNTR EN STR’S

35
Q

Polymorfisme zijn in FO handig voor

A
  • koppelen biologische samples aan individu, populatie of geografische herkomst
36
Q

SNP kunnen ontstaan door

A
  • inbouwen incorrecte basen gedurende DNA-replicatie
  • omgevingsfactoren (Uv-licht, blootstelling caricinogene stoffen)
37
Q

Welke positie van codon mutatie heeft wel en welke heeft geen effect

A

Wel effect - 2de base (resulteert in aminozuur verandering)
Geen effect - 3de base

38
Q

Genetische variatie die tot Polymorfisme leidt vindt op 2 manieren plaats

A
  • Verandering enkele basen (SNP)
  • Verandering aantal herhalende sequenties (VNTR of STR-regio)
39
Q

Soort identificatie is aan de hand van welke Polymorfisme

A

Sequentiepolymorfismen

40
Q

Soort

A

Groep organismen die zich onderling voortplant of dat zou kunnen doen en daarbij normaal vruchtbare nakomelingen voortbrengt

41
Q

Je kunt soorten op twee manieren indelen

A

-biologisch (gebaseerd op morfologische kenmerken)
-fylogenetisch (gebaseerd op evolutionaire geschiedenis, in combinatie met genetische markers, DNA, RNA en eiwitten)

42
Q

Grondlegger biologische taxonomie

A

Linnaeus

43
Q

Fylogenetische boom is op welke marker gebaseerd

A

Ribosomaal RNA

44
Q

Hoeveel basenparen CO1

A

648 bp fragmenten

45
Q

hoeveel verschil in bp van CO1 gen mag er zijn voor variatie binnen een soort

A

2 van de 648

46
Q

Hoeveel verschil in basenparen van CO1 tussen nauw verwante soorten

A

Ongeveer 60 (mens/aap)

47
Q

Stappen standaard proceduren soort identificatie

A
  1. Isolatie van template DNA
  2. PCR met universele primers (mtDNA of chloroplast)
  3. Sanger sequencing
  4. Vergelijken met referentie of database