Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Forensische biologie II > Moleculaire Biologie > Flashcards

Moleculaire Biologie Flashcards

1
Q

Melting temperature (Tm)

A

Temperatuur waarbij 50% van het DNA enkelstrengs is

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Optimale melting temperatuur voor PCR

A

52 - 60 graden
75 - 80 graden (hoog GC-gehalte)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Gewenste toelaatbaar verschil Tm van primerpaar PCR en qPCR

A

< 5 graden en bij qPCR <1 graden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Methoden om fluorescentie te meten qPCR

A

SYBR Green of TAQman Probes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

SYBRgreen

A

-bindt a-specifiek aan dsDNA
- smelt-curve mogelijk na amplificatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Taqman probes

A

-binden specifiek tussen primerset
- 1 fluorescerend fluorchroom = 1 geamplificeerd product
- geen mogelijkheid tot smelt-curve

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Excitatie en emissie SYBRgreen

A

Excitatie = 488nm
Emissie = 522nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

qPCR baseline

A

Signaalniveau tijdens eerste cycli (ruis)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Waarom baseline bij qPCR bepalen

A
  • om threshold te bepalen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Threshold qPCR

A

Waarde wanneer signaalniveau statistisch toeneemt ten opzichte van baseline

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Threshold cycle (Ct-waarde) qPCR

A

Cyclusnummer waarbij fluorescentie meetbaar wordt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Assen standaard curve qPCR

A

Y-as = Ct-waarde
X-as = DNA-concentratie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Slope/helling standaardcurve qPCR

A

Richtingscoëfficient (RC) maat voor de effiëntie van de reactie (goede reactie 90-110%

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Efficiëntie berekenen standaardcurve qPCR

A

Efficiëntie = (10(-1/slope)-1) x 100%

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Determinatie coëfficiënt R2

A

Geeft aan hoe goed het model bij de data past (voorspelt)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Doel smelcurve/meltingcurve

A
  • checken primer-dimer artifacten
  • checken specificiteit reactie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Primer dimer

A

Artefact waarbij de twee primers aan elkaar hechten vanwege complementaire basen in de primers

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Wat wordt tegen elkaar uitgezet in smelcurve

A

-ΔF/Δt tegen temperatuur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Twee soorten NGS

A

Ion torrent en Illumnia

20
Q

Oxford nanopore (FGS)

A

Sequencen van enkelvoudige moleculen (DNA, RNA en eiwitten)

21
Q

DNA-barcoding

A

Identificeren van dieren en planten mbv universele primers

22
Q

Waarom hogere mutatiesnelheid mtDNA dan nucleair DNA

A

Ontbreken van SOS- repair mechanism

23
Q

Hoeveel hogere mutatiesnelheid mtDNA dan nucleair DNA

A

5-10x

24
Q

Interspecies

A

Tussen soorten

25
Q

Intraspecies

A

Tussen leden van dezelfde soort

26
Q

Criteria om middels DNA-marker soort te kunnen identificeren

A
  • veel interspecies variaties
  • weinig intraspecies variaties
27
Q

rRNA markers op mtDNA

A

16 S en 12 S

28
Q

mRNA op mtDNA

A

Cyt b en COI

29
Q

mtDNA is niet geschikt voor

A

Groene planten

30
Q

Welke DNA-marker gebruiken voor groene planten

A

Chloroplast markers rbcl en matK

31
Q

Voordeel gebruik 2 markers

A

Grotere kans om soort te identificeren

32
Q

Waarom niet mtDNA markers voor groene planten

A
  • onvoldoende variatie tussen soorten
  • te veel variatie binnen soort
33
Q

Polymorfisme

A

Meerder verschijningsvormen van een alles op een locus, die in meer dan 1% van de populatie voorkomt

34
Q

Gebieden waar polymorfismes ontstaan

A

VNTR EN STR’S

35
Q

Polymorfisme zijn in FO handig voor

A
  • koppelen biologische samples aan individu, populatie of geografische herkomst
36
Q

SNP kunnen ontstaan door

A
  • inbouwen incorrecte basen gedurende DNA-replicatie
  • omgevingsfactoren (Uv-licht, blootstelling caricinogene stoffen)
37
Q

Welke positie van codon mutatie heeft wel en welke heeft geen effect

A

Wel effect - 2de base (resulteert in aminozuur verandering)
Geen effect - 3de base

38
Q

Genetische variatie die tot Polymorfisme leidt vindt op 2 manieren plaats

A
  • Verandering enkele basen (SNP)
  • Verandering aantal herhalende sequenties (VNTR of STR-regio)
39
Q

Soort identificatie is aan de hand van welke Polymorfisme

A

Sequentiepolymorfismen

40
Q

Soort

A

Groep organismen die zich onderling voortplant of dat zou kunnen doen en daarbij normaal vruchtbare nakomelingen voortbrengt

41
Q

Je kunt soorten op twee manieren indelen

A

-biologisch (gebaseerd op morfologische kenmerken)
-fylogenetisch (gebaseerd op evolutionaire geschiedenis, in combinatie met genetische markers, DNA, RNA en eiwitten)

42
Q

Grondlegger biologische taxonomie

A

Linnaeus

43
Q

Fylogenetische boom is op welke marker gebaseerd

A

Ribosomaal RNA

44
Q

Hoeveel basenparen CO1

A

648 bp fragmenten

45
Q

hoeveel verschil in bp van CO1 gen mag er zijn voor variatie binnen een soort

A

2 van de 648

46
Q

Hoeveel verschil in basenparen van CO1 tussen nauw verwante soorten

A

Ongeveer 60 (mens/aap)

47
Q

Stappen standaard proceduren soort identificatie

A
  1. Isolatie van template DNA
  2. PCR met universele primers (mtDNA of chloroplast)
  3. Sanger sequencing
  4. Vergelijken met referentie of database

Forensische biologie II (5 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions