Module 9: Méthode d'analyse des échantillons de bioaérosols Flashcards
2 limites générales liées à l’analyse du contenu microbien?
1) Aucune méthode d’analyse universelle (on doit savoir ce que l’on recherche)
2) Difficile d’estimer le contenu microbien total dans les bioaérosols, car m.o. dans l’air sont stressés et échantillonnage augmente ce stress
Stress principal = ?
déshydratation
*certains additifs dans milieux de collection permettent d’augmenter la survie des bactéries
Facteurs influençant le mantien du potentiel infectieux (6)
-Humidité relative
-Température
-Radiations
-Nature de la source
-Temps d’exposition
-Composition chimique de l’air (ex: Conc. O2)
Conditions nécessaires à la culture des m.o. (3)?
-Conditions de croissance connues
-Aérosolisation et échantillonnage n’ont pas nui à l’intégrité microbienne
-Voies métaboliques nécessaires à la croissance sont actives
V ou F: la majorité de la biodiversité microbienne est cultivable?
F: C’est une très faible proportion qui est cultivable.
V ou F: la plupart des m.o. aérosolisés ont subi des dommages à leur membrane et sont plus sensibles aux biocides et aux agents sélectifs des milieux de culture?
V: il ne faut donc pas utiliser d’agents sélectifs.
V ou F: si les conditions de croissance ne sont pas optimales, une grande proportion des m.o. viables ne pourront pas croitre?
V: ils seront donc sous-estimés.
Limite échantillonnage direct sur milieu de culture solide?
-Aucune dilution possible; temps d’échantillonnage doit être ajusté en conséquence
Avantages échantillonnage dans solution de collection?
-Dilutions possibles
-Analyses en parallèles
Avantages dilutions échantillon avec détergent (ex. air, surface ou en vrac)
-Briser les agrégats
-Dilutions séquentielles rend l’analyse des colonies plus facile (milieu de culture solide moins chargé)
Deux grands types de milieux de culture selon la complexité de leur composition?
-Minimal (synthétique)
-Complexe (non-défini)
En général pour l’air, quels sont les composés utilisés pour inhiber la croissance des moisissures et des bactéries (1 chaque)
-Amphotéricine B inhibe moisissures et permet quantification bactéries
-Chloramphénicol inhibe bactéries et permet quantification moisissures
Milieux de culture plus utilisés pour moisissures?
-Sabouraud-dextrose
-Rose-bengale (réduit taille des colonies ce qui facilite le comptage)
-Extrait de malt (colonies diffuses, ce qui rend le comptage difficile, mais les structures sont plus faciles à observer au microscope)
-DG18 (moisissures xérophiles, maisons par exemple)
Milieux de culture plus utilisés pour bactéries?
-Gélose tryptique de soya
-R2A
-Gélose de sang
*sous-estimées bcp
V ou F: plus le temps d’échantillonnage augmente, plus les bactéries peuvent croitre sur milieu de culture sélectif
F
3 grandes classes de température d’incubation?
-organismes thermophiles, 50C (compost, foin, actinomycètes thermophiles)
-organismes poussant à 37C (humains, animaux)
-organismes poussant entre 18 et 25C (eau, sol, échantillon général de l’air)
Temps d’incubation pour bactéries, mycobactéries et actinomycètes et moisissures?
-Bactéries = 48h
-Mycobactéries = 21 jours
-Actinomycètes et moisissures = 7 jours
UFC et UFP = ?
unités formatrices de colonies et unités formatrices de plage
Qu’est-ce que la méthode des trous positifs?
Méthode de correction de comptes pour les impacteurs multi-jets (ex: Anderson 6 étages) afin de tenir compte de la très forte probabilité d’agrégation et qu’une zone d’impaction avec croissance provient de plusieurs UFC probablement.
Limite de la méthode des trous positifs?
Nécessite au moins une zone d’impaction / trou sans croissance (sinon potentiellement infinité de m.o.)
Méthodes d’identification d’isolats de bactéries (4)
-Identification sommaire (ex: Gram)
-Galeries d’identification (ex: API et VITEK)
-Spectrométrie de masse
-PCR + séquençage des amplicons des gènes ARNr 16s
Méthodes d’identification d’isolats de moisissures (3)
-Morphologie coloniale et microscopique (demande formation poussée et HQP)
-Clés d’identification très simples ou complexes
-PCR + séquençage des amplicons des ITS (+ facile)
Méthodes d’identification d’isolats de virus (4)
-Microscopie électronique (+ fréquent)
-PCR ou qPCR (doit savoir quel virus on cherche)
-Séquençage (métagénomique)
-Sérotypage (ELISA)
Caractéristiques analyse microscopie à fond clair?
-spores de moisissures et grains de pollen
-guides visuels et expertise nécessaires
Caractéristiques analyse microscopie à contraste de phase?
-Bactéries à l’état frais (observation de leur motilité)
-Structures et ornements à la surface des spores de moisissures
-Échantillonnage bact. env. limité, car ech. env. souvent contaminés par débris diverses et bact. souvent très petites ce qui rend observation difficile. + souvent utilisé avec isolats purifiés et non env.
Caractéristiques analyse microscopie en fluorescence?
-Excitation de fluorochromes (orange d’acridine, DAPI et FITC = plus communs)
-Émission d’une lumière visible au microscope par les molécules excitées
-Contraste très fort
-Marquage simple ou direct
-Immuno-marquage
-FISH
-Protéines de fusion fluorescentes (ex: GFP)
Caractéristiques analyses par biologie moléculaire?
-Utilisé pour détection et quantification de gènes ou m.o. (ex: agents pathogènes, gènes de résistance aux antibiotiques, gènes de virulence)
-Permet la caractérisation de la biodiversité en m.o.
-Nécessite extraction et purification du matériel génétique, ADNc si besoin, PCR ou qPCR et séquençage
3 types d’analyse par biologie moléculaire?
-PCR
-qPCR
-Séquençage
Caractéristiques analyses chimiques?
-Détection et quantification de métabolites, composantes structurales ou de toxines
-Peu sensibles, nécessitent donc échantillons très chargés
3 méthodes communes d’analyse chimique?
-Chromatographie en phase gazeuse
-Chromatographie en phase liquide à haute performance
-Spectrométrie de masse
Composés analysés chimiquement pour les moisissures (3) et les bactéries (2)
-Moisissures:
ergostérol, glucanes, mycotoxines
-Bactéries:
Acides gras hydroxylés et acides muramiques (indicateurs de peptidoglycane)
Caractéristiques analyses biologiques?
-Analyse toxicité: modèle animal ou LAL
-Analyse immunologique: ELISA
FISH = ?
ELISA = ?
LAL = ?
