Module 9: Méthode d'analyse des échantillons de bioaérosols

Question 1

2 limites générales liées à l’analyse du contenu microbien?

Answer 1

1) Aucune méthode d’analyse universelle (on doit savoir ce que l’on recherche)

2) Difficile d’estimer le contenu microbien total dans les bioaérosols, car m.o. dans l’air sont stressés et échantillonnage augmente ce stress

Question 2

Stress principal = ?

Answer 2

déshydratation

*certains additifs dans milieux de collection permettent d’augmenter la survie des bactéries

Question 3

Facteurs influençant le mantien du potentiel infectieux (6)

Answer 3

-Humidité relative
-Température
-Radiations
-Nature de la source
-Temps d’exposition
-Composition chimique de l’air (ex: Conc. O2)

Question 4

Conditions nécessaires à la culture des m.o. (3)?

Answer 4

-Conditions de croissance connues
-Aérosolisation et échantillonnage n’ont pas nui à l’intégrité microbienne
-Voies métaboliques nécessaires à la croissance sont actives

Question 5

V ou F: la majorité de la biodiversité microbienne est cultivable?

Answer 5

F: C’est une très faible proportion qui est cultivable.

Question 6

V ou F: la plupart des m.o. aérosolisés ont subi des dommages à leur membrane et sont plus sensibles aux biocides et aux agents sélectifs des milieux de culture?

Answer 6

V: il ne faut donc pas utiliser d’agents sélectifs.

Question 7

V ou F: si les conditions de croissance ne sont pas optimales, une grande proportion des m.o. viables ne pourront pas croitre?

Answer 7

V: ils seront donc sous-estimés.

Question 8

Limite échantillonnage direct sur milieu de culture solide?

Answer 8

-Aucune dilution possible; temps d’échantillonnage doit être ajusté en conséquence

Question 9

Avantages échantillonnage dans solution de collection?

Answer 9

-Dilutions possibles
-Analyses en parallèles

Question 10

Avantages dilutions échantillon avec détergent (ex. air, surface ou en vrac)

Answer 10

-Briser les agrégats
-Dilutions séquentielles rend l’analyse des colonies plus facile (milieu de culture solide moins chargé)

Question 11

Deux grands types de milieux de culture selon la complexité de leur composition?

Answer 11

-Minimal (synthétique)
-Complexe (non-défini)

Question 12

En général pour l’air, quels sont les composés utilisés pour inhiber la croissance des moisissures et des bactéries (1 chaque)

Answer 12

-Amphotéricine B inhibe moisissures et permet quantification bactéries

-Chloramphénicol inhibe bactéries et permet quantification moisissures

Question 13

Milieux de culture plus utilisés pour moisissures?

Answer 13

-Sabouraud-dextrose

-Rose-bengale (réduit taille des colonies ce qui facilite le comptage)

-Extrait de malt (colonies diffuses, ce qui rend le comptage difficile, mais les structures sont plus faciles à observer au microscope)

-DG18 (moisissures xérophiles, maisons par exemple)

Question 14

Milieux de culture plus utilisés pour bactéries?

Answer 14

-Gélose tryptique de soya
-R2A
-Gélose de sang

*sous-estimées bcp

Question 15

V ou F: plus le temps d’échantillonnage augmente, plus les bactéries peuvent croitre sur milieu de culture sélectif

Answer 15

F

Question 16

3 grandes classes de température d’incubation?

Answer 16

-organismes thermophiles, 50C (compost, foin, actinomycètes thermophiles)

-organismes poussant à 37C (humains, animaux)

-organismes poussant entre 18 et 25C (eau, sol, échantillon général de l’air)

Question 17

Temps d’incubation pour bactéries, mycobactéries et actinomycètes et moisissures?

Answer 17

-Bactéries = 48h
-Mycobactéries = 21 jours
-Actinomycètes et moisissures = 7 jours

Question 18

UFC et UFP = ?

Answer 18

unités formatrices de colonies et unités formatrices de plage

Question 19

Qu’est-ce que la méthode des trous positifs?

Answer 19

Méthode de correction de comptes pour les impacteurs multi-jets (ex: Anderson 6 étages) afin de tenir compte de la très forte probabilité d’agrégation et qu’une zone d’impaction avec croissance provient de plusieurs UFC probablement.

Question 20

Limite de la méthode des trous positifs?

Answer 20

Nécessite au moins une zone d’impaction / trou sans croissance (sinon potentiellement infinité de m.o.)

Question 21

Méthodes d’identification d’isolats de bactéries (4)

Answer 21

-Identification sommaire (ex: Gram)

-Galeries d’identification (ex: API et VITEK)

-Spectrométrie de masse

-PCR + séquençage des amplicons des gènes ARNr 16s

Question 22

Méthodes d’identification d’isolats de moisissures (3)

Answer 22

-Morphologie coloniale et microscopique (demande formation poussée et HQP)

-Clés d’identification très simples ou complexes

-PCR + séquençage des amplicons des ITS (+ facile)

Question 23

Méthodes d’identification d’isolats de virus (4)

Answer 23

-Microscopie électronique (+ fréquent)

-PCR ou qPCR (doit savoir quel virus on cherche)

-Séquençage (métagénomique)

-Sérotypage (ELISA)

Question 24

Caractéristiques analyse microscopie à fond clair?

Answer 24

-spores de moisissures et grains de pollen

-guides visuels et expertise nécessaires

Question 25

Caractéristiques analyse microscopie à contraste de phase?

Answer 25

-Bactéries à l’état frais (observation de leur motilité)

-Structures et ornements à la surface des spores de moisissures

-Échantillonnage bact. env. limité, car ech. env. souvent contaminés par débris diverses et bact. souvent très petites ce qui rend observation difficile. + souvent utilisé avec isolats purifiés et non env.

Question 26

Caractéristiques analyse microscopie en fluorescence?

Answer 26

-Excitation de fluorochromes (orange d’acridine, DAPI et FITC = plus communs)

-Émission d’une lumière visible au microscope par les molécules excitées

-Contraste très fort

-Marquage simple ou direct

-Immuno-marquage

-FISH

-Protéines de fusion fluorescentes (ex: GFP)

Question 27

Caractéristiques analyses par biologie moléculaire?

Answer 27

-Utilisé pour détection et quantification de gènes ou m.o. (ex: agents pathogènes, gènes de résistance aux antibiotiques, gènes de virulence)

-Permet la caractérisation de la biodiversité en m.o.

-Nécessite extraction et purification du matériel génétique, ADNc si besoin, PCR ou qPCR et séquençage

Question 28

3 types d’analyse par biologie moléculaire?

Answer 28

-PCR
-qPCR
-Séquençage

Question 29

Caractéristiques analyses chimiques?

Answer 29

-Détection et quantification de métabolites, composantes structurales ou de toxines

-Peu sensibles, nécessitent donc échantillons très chargés

Question 30

3 méthodes communes d’analyse chimique?

Answer 30

-Chromatographie en phase gazeuse

-Chromatographie en phase liquide à haute performance

-Spectrométrie de masse

Question 31

Composés analysés chimiquement pour les moisissures (3) et les bactéries (2)

Answer 31

-Moisissures:
ergostérol, glucanes, mycotoxines

-Bactéries:
Acides gras hydroxylés et acides muramiques (indicateurs de peptidoglycane)

Question 32

Caractéristiques analyses biologiques?

Answer 32

-Analyse toxicité: modèle animal ou LAL

-Analyse immunologique: ELISA

Question 33

FISH = ?

Question 34

ELISA = ?

Question 35

LAL = ?