Module 7 : Méthodes d'analyse des échantillons de bioaérosols

Question 1

Nomme 4 limitations générales liées à l’analyse du contenu microbien d’échantillons.

Answer 1

1. La nature des agents est grandement diversifiée.
2. Difficile d’estimer la quantité totale de m-o dans des échantillons d’air.
3. L’échantillonnage stress les m-o, ce qui diminue leur potentiel à croître en culture (déshydratation).
4. Particules aérosolisées sont très densément formées et difficiles à dissocier.

Question 2

Quels sont les effets néfastes de l’aérosolisation et de l’échantillonnage sur les m-o?

Answer 2

Déshydratation, stress qui diminue la viabilité, endommage les ¢ microbiennes (dommages membranaires) si le temps d’échantillonnage n’est pas adapté.

Question 3

Que signifient les trous dans la méthode des trous positifs (impacteur d’Andersen 6 étages)?

Answer 3

trous = zones d’impaction.

Question 4

Quel est la limite de la méthode des trous positifs (impacteur d’Andersen 6 étages)?

Answer 4

Trou négatif sur chaque étage.

Question 5

Donne les caractéristiques de la méthode des trous positifs (impacteur d’Andersen 6 étages).

Answer 5

• Méthode de correction des comptes pour les impacteurs à multi-jets (lors des impactions sur gélose).
• Zone d’impaction présentant de la croissance est susceptible d’être issue de plusieurs UFC.
• Cette méthode tient compte de la probabilité de superposition de plusieurs m-o sur une même zone d’impaction.

Question 6

Nomme 3 analyses par biologie moléculaire.

Answer 6

• Extraction de l’ADN
• PCR terminal
• PCR quantitatif

Question 7

Comment peut-on identifier les bactéries?

Answer 7

• Identification sommaire (ex : coloration de Gram).
• Galeries d’identification (ex: galeries API, systèmes VITEK).
• PCR + séquençage de l’ARNr 16S.

Question 8

Comment peut-on identifier les moisissures?

Answer 8

• Morphologie coloniale et microscopique.
• Clés d’identification très simples ou complexes.
• PCR + séquençage de l’ITS.

Question 9

Que nécessitent l’analyse par biologie moléculaire?

Answer 9

• L’extraction et la purification du matériel génétique
• Amplification
• Séquençage

Question 10

Que permettent les analyses par biologie moléculaire?

Answer 10

• Détection/quantification de gènes et de m-o.

- Caractérisation de la biodiversité en m-o des échantillons de bioaérosols.

Question 11

Que permet le PCR terminal (analyse par biologie moléculaire)? Comment est-ce possible?

Answer 11

• Permet, in vitro, de copier ou d’amplifier une séquence d’ADN précise suffisamment pour pouvoir la détecter.
• Possible par une réaction en chaîne par polymérase.

Question 12

Que permet le PCR quantitatif? Comment fait-on cela?

Answer 12

• Permet de suivre la quantité d’ADN produite à chaque cycle et non pas seulement à la fin de la réaction PCR.
• On doit fixer des substances fluorescentes, spécifiquement sur la séquence d’ADN recherchée ou non spécifiquement sur l’ADN double brin.

Question 13

Qu’est-ce qui indique la présence de moisissures en analyse chimique?

Answer 13

L’ergostérol, les ß-D glucanes, les COVMs et les mycotoxines.

Question 14

Qu’est-ce qui indique la présence de bactéries en analyse chimique?

Answer 14

Les acides gras hydroxylés et les acides muramiques.

Question 15

Que permet l’analyse chimique?

Answer 15

La détection et la quantification de métabolites, de composantes structurales ou de toxines.

Question 16

Quel est la limite de l’analyse chimique?

Answer 16

Méthodes habituellement peu sensibles et nécessitant des échantillons très chargés en m-o.

Question 17

Nomme 3 méthodes d’analyse chimique.

Answer 17

Chromatographie en phase gazeuse, chromatographie en phase liquide à haute performance et la spectrométrie de masse.

Question 18

Que permet la chromatographie en phase gazeuse? Pour quoi est-elle principalement utilisée?

Answer 18

De détecter les molécules contenues dans un échantillon très complexe. Principalement utilisée pour la détection de composés gazeux ou susceptibles d’être volatilisés.

Question 19

Que permet la chromatographie en phase liquide à haute performance?

Answer 19

Permet la détection de molécules composant un échantillon complexe en fonction de l’hydrophobicité des molécules.

Question 20

Que permet l’analyse chimique par spectrométrie de masse? Comment cela fonctionne?

Answer 20

Permet de détecter des molécules d’un échantillon complexe par mesure de la masse et de caractériser la structure chimique de celles-ci. Cette méthode sépare en phase gazeuses des molécules chargées (ions) en fonction du rapport masse/charge.

Question 21

Quel est la méthode d’analyse immunologique la plus utilisée? Que permet-elle? Comment fonctionne-t-elle?

Answer 21

• L’ELISA
• Permet de détecter la présence d’un Ag dans un échantillon environnemental par l’utilisation d’un ou de deux Ac. L’un est spécifique à l’Ag tandis que l’autre s’associe spécifiquement aux complexes immuns (Ag-Ac) et est couplé à une enzyme.

Question 22

Décrit l’analyse des endotoxines par l’essai LAL.

Answer 22

• Quantification des endotoxines des bactéries à Gram négatif à partir d’un lysat d’amœbocytes de limule. - Coagulation en présence d’endotoxines.

Question 23

Décrit les 3 méthodes d’analyse des échantillons par culture.

Answer 23

• Échantillonnage directement sur des milieux de culture solide (ajustement du temps d’échantillonnage, pas de dilution possible).
• Échantillonnage dans une solution de collection (étalement, dilution possible).
• Dilutions d’échantillons d’air avec un détergent (briser les agrégats, dilution par un facteur 10).

Question 24

Décrit l’analyse des échantillons par microscopie à fond clair. (ce qu’on peut observer)

Answer 24

• Détection et identification de spores de moisissures et de grains de pollen.
• Utilisation de guides visuels, nécessite une expertise.

Question 25

Décrit l’analyse des échantillons par microscopie photonique à contraste de phase.

Answer 25

• Utilisé pour observer des bactéries à l’état frais (ex : observation de la motilité)
• Observation des structures et des ornements à la surfaces des spores de moisissures.
• Requiert un condensateur muni d’anneaux de phase et des objectifs compatibles.

Question 26

Décrit l’analyse des échantillons par microscopie photonique en fluorescence.

Answer 26

• Basé sur l’émission de fluorescence par l’échantillon observé.
• Possède un contraste important puisque seules les molécules d’intérêt marquée émettent de la lumière.

Question 27

Quels sont les limites de la microscopie à fluorescence?

Answer 27

• L’auto fluorescence peut représenter une nuisance lors de l’analyse des bioaérosols en rendant l’échantillon non analysable.
• Limitée par la diffraction de la lumière.

Question 28

Qu’est-ce que le FISH?

Answer 28

Marquage de séquences d’ADN ou d’ARN spécifiques de m-o par des brins d’ADN, des sondes, marqués par un fluorochrome.

Question 29

Que permet l’analyse par cytométrie en flux?

Answer 29

Permet l’analyse quantitative et qualitative de m-o, entraînés à grande vitesse par un flux liquide, dans le faisceau d’un laser.

Question 30

Comment fonctionne la cytométrie de flux?

Answer 30

Analyse “cellule par cellule” de la lumière et de la fluorescence diffusée par la cellule (donne des informations sur la grosseur et la structure).