Module 7 : Méthodes d'analyse des échantillons de bioaérosols Flashcards
Nomme 4 limitations générales liées à l’analyse du contenu microbien d’échantillons.
- La nature des agents est grandement diversifiée.
- Difficile d’estimer la quantité totale de m-o dans des échantillons d’air.
- L’échantillonnage stress les m-o, ce qui diminue leur potentiel à croître en culture (déshydratation).
- Particules aérosolisées sont très densément formées et difficiles à dissocier.
Quels sont les effets néfastes de l’aérosolisation et de l’échantillonnage sur les m-o?
Déshydratation, stress qui diminue la viabilité, endommage les ¢ microbiennes (dommages membranaires) si le temps d’échantillonnage n’est pas adapté.
Que signifient les trous dans la méthode des trous positifs (impacteur d’Andersen 6 étages)?
trous = zones d’impaction.
Quel est la limite de la méthode des trous positifs (impacteur d’Andersen 6 étages)?
Trou négatif sur chaque étage.
Donne les caractéristiques de la méthode des trous positifs (impacteur d’Andersen 6 étages).
- Méthode de correction des comptes pour les impacteurs à multi-jets (lors des impactions sur gélose).
- Zone d’impaction présentant de la croissance est susceptible d’être issue de plusieurs UFC.
- Cette méthode tient compte de la probabilité de superposition de plusieurs m-o sur une même zone d’impaction.
Nomme 3 analyses par biologie moléculaire.
- Extraction de l’ADN
- PCR terminal
- PCR quantitatif
Comment peut-on identifier les bactéries?
- Identification sommaire (ex : coloration de Gram).
- Galeries d’identification (ex: galeries API, systèmes VITEK).
- PCR + séquençage de l’ARNr 16S.
Comment peut-on identifier les moisissures?
- Morphologie coloniale et microscopique.
- Clés d’identification très simples ou complexes.
- PCR + séquençage de l’ITS.
Que nécessitent l’analyse par biologie moléculaire?
- L’extraction et la purification du matériel génétique
- Amplification
- Séquençage
Que permettent les analyses par biologie moléculaire?
- Détection/quantification de gènes et de m-o.
- Caractérisation de la biodiversité en m-o des échantillons de bioaérosols.
Que permet le PCR terminal (analyse par biologie moléculaire)? Comment est-ce possible?
- Permet, in vitro, de copier ou d’amplifier une séquence d’ADN précise suffisamment pour pouvoir la détecter.
- Possible par une réaction en chaîne par polymérase.
Que permet le PCR quantitatif? Comment fait-on cela?
- Permet de suivre la quantité d’ADN produite à chaque cycle et non pas seulement à la fin de la réaction PCR.
- On doit fixer des substances fluorescentes, spécifiquement sur la séquence d’ADN recherchée ou non spécifiquement sur l’ADN double brin.
Qu’est-ce qui indique la présence de moisissures en analyse chimique?
L’ergostérol, les ß-D glucanes, les COVMs et les mycotoxines.
Qu’est-ce qui indique la présence de bactéries en analyse chimique?
Les acides gras hydroxylés et les acides muramiques.
Que permet l’analyse chimique?
La détection et la quantification de métabolites, de composantes structurales ou de toxines.
Quel est la limite de l’analyse chimique?
Méthodes habituellement peu sensibles et nécessitant des échantillons très chargés en m-o.
Nomme 3 méthodes d’analyse chimique.
Chromatographie en phase gazeuse, chromatographie en phase liquide à haute performance et la spectrométrie de masse.
Que permet la chromatographie en phase gazeuse? Pour quoi est-elle principalement utilisée?
De détecter les molécules contenues dans un échantillon très complexe. Principalement utilisée pour la détection de composés gazeux ou susceptibles d’être volatilisés.
Que permet la chromatographie en phase liquide à haute performance?
Permet la détection de molécules composant un échantillon complexe en fonction de l’hydrophobicité des molécules.
Que permet l’analyse chimique par spectrométrie de masse? Comment cela fonctionne?
Permet de détecter des molécules d’un échantillon complexe par mesure de la masse et de caractériser la structure chimique de celles-ci. Cette méthode sépare en phase gazeuses des molécules chargées (ions) en fonction du rapport masse/charge.
Quel est la méthode d’analyse immunologique la plus utilisée? Que permet-elle? Comment fonctionne-t-elle?
- L’ELISA
- Permet de détecter la présence d’un Ag dans un échantillon environnemental par l’utilisation d’un ou de deux Ac. L’un est spécifique à l’Ag tandis que l’autre s’associe spécifiquement aux complexes immuns (Ag-Ac) et est couplé à une enzyme.
Décrit l’analyse des endotoxines par l’essai LAL.
- Quantification des endotoxines des bactéries à Gram négatif à partir d’un lysat d’amœbocytes de limule. - Coagulation en présence d’endotoxines.
Décrit les 3 méthodes d’analyse des échantillons par culture.
- Échantillonnage directement sur des milieux de culture solide (ajustement du temps d’échantillonnage, pas de dilution possible).
- Échantillonnage dans une solution de collection (étalement, dilution possible).
- Dilutions d’échantillons d’air avec un détergent (briser les agrégats, dilution par un facteur 10).
Décrit l’analyse des échantillons par microscopie à fond clair. (ce qu’on peut observer)
- Détection et identification de spores de moisissures et de grains de pollen.
- Utilisation de guides visuels, nécessite une expertise.
Décrit l’analyse des échantillons par microscopie photonique à contraste de phase.
- Utilisé pour observer des bactéries à l’état frais (ex : observation de la motilité)
- Observation des structures et des ornements à la surfaces des spores de moisissures.
- Requiert un condensateur muni d’anneaux de phase et des objectifs compatibles.
Décrit l’analyse des échantillons par microscopie photonique en fluorescence.
- Basé sur l’émission de fluorescence par l’échantillon observé.
- Possède un contraste important puisque seules les molécules d’intérêt marquée émettent de la lumière.
Quels sont les limites de la microscopie à fluorescence?
- L’auto fluorescence peut représenter une nuisance lors de l’analyse des bioaérosols en rendant l’échantillon non analysable.
- Limitée par la diffraction de la lumière.
Qu’est-ce que le FISH?
Marquage de séquences d’ADN ou d’ARN spécifiques de m-o par des brins d’ADN, des sondes, marqués par un fluorochrome.
Que permet l’analyse par cytométrie en flux?
Permet l’analyse quantitative et qualitative de m-o, entraînés à grande vitesse par un flux liquide, dans le faisceau d’un laser.
Comment fonctionne la cytométrie de flux?
Analyse “cellule par cellule” de la lumière et de la fluorescence diffusée par la cellule (donne des informations sur la grosseur et la structure).
