Module 5 - Microbiote Flashcards
Microbiote=?
communauté microbienne associée a un organisme
Microbiome=?
génome collectif du microbiote
Holobionte=?
hote+microbiote
Deux phyla microbiens qui domine le microbiote intestinal humain: ?
Firmicutes et Bacteroidetes
Comment le microbiote intestinal influence l’obésité?
Le ratio F/B est corrélé a l’IMC
Quelles seraient les étapes pour étudier le microbiote?
- ID variables
- hypothèses
- Diapositif expérimental
- Échantillonnage
- Séquencage
- Analyses bioinfo.
Qu’est-ce qu’une variable réponse?
ce qu’on veut étudier
Qu’est-ce qu’une variable explicative?
influence la variable réponse,
prévues+effets confondants
Qu’est-ce que les effets confondants?
a controler
Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelle est la variable réponse?
IMC
Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelles sont les variables explicatives prévues?
dose administrée de Bacteroidetes
Structure du microbiote (d’ou on dérive le ratio F/B)
Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelles sont les variables explicatives confondantes?
age, sexe, alimentation, mode de vie, usage de tabac, alcool etc.
Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelles sont les hypothese?
nulle: La modulation du ratio F/B n’a aucun effet sur l’IMC
alternatives: La modulation (…) réduira/augmentera l’IMC
Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelles sont les groupes expérimentaux?
test : obèse + suppléments témoins: obèses -suppl. mince + suppl. mince - suppl.
Quel est l’effet d’avoir choisi une taille d’échantillon (n) trop petit?
résultats non-significatifs
Comment peut t’on contrôler les effets confondants?
standardiser les conditions expérimentales
ou
augmenter le n par groupe et mesurer les facteurs confondants pour en tenir compte
problèmes liés a standardiser les conditions expérimentales
difficile avec des humains
augmente la précision, limite la portée de l’étude
problèmes liés a augmenter le n par groupe et mesurer les facteurs confondants pour en tenir compte
nécéssite un n élevé (agmente le cout), analyses stats plus compliquées
a quoi sert de séquencer un marqueur microbien universel (ex: ARNr 16S)
savoir qui sont les Moorgs impliqués
a quoi sert de séquencer tout le métagénome?
savoir que font les Moorgs impliqués
quelles sont les trois tables utilisées en bio-informatiques pour l’analyse suite au séquencage d’un marquer microbien universel?
- abondance/échantillon
- taxonomie
- métadonnées
