Module 5 - Microbiote

Question 1

Microbiote=?

Answer 1

communauté microbienne associée a un organisme

Question 2

Microbiome=?

Answer 2

génome collectif du microbiote

Question 3

Holobionte=?

Answer 3

hote+microbiote

Question 4

Deux phyla microbiens qui domine le microbiote intestinal humain: ?

Answer 4

Firmicutes et Bacteroidetes

Question 5

Comment le microbiote intestinal influence l’obésité?

Answer 5

Le ratio F/B est corrélé a l’IMC

Question 6

Quelles seraient les étapes pour étudier le microbiote?

Answer 6

1. ID variables
2. hypothèses
3. Diapositif expérimental
4. Échantillonnage
5. Séquencage
6. Analyses bioinfo.

Question 7

Qu’est-ce qu’une variable réponse?

Answer 7

ce qu’on veut étudier

Question 8

Qu’est-ce qu’une variable explicative?

Answer 8

influence la variable réponse,

prévues+effets confondants

Question 9

Qu’est-ce que les effets confondants?

Answer 9

a controler

Question 10

Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelle est la variable réponse?

Answer 10

IMC

Question 11

Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelles sont les variables explicatives prévues?

Answer 11

dose administrée de Bacteroidetes

Structure du microbiote (d’ou on dérive le ratio F/B)

Question 12

Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelles sont les variables explicatives confondantes?

Answer 12

age, sexe, alimentation, mode de vie, usage de tabac, alcool etc.

Question 13

Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelles sont les hypothese?

Answer 13

nulle: La modulation du ratio F/B n’a aucun effet sur l’IMC
alternatives: La modulation (…) réduira/augmentera l’IMC

Question 14

Dans l’exemple de l’étude du microbiote intestinale (ratio F/B), quelles sont les groupes expérimentaux?

Answer 14

test : obèse + suppléments
témoins: 
obèses -suppl.
mince + suppl.
mince - suppl.

Question 15

Quel est l’effet d’avoir choisi une taille d’échantillon (n) trop petit?

Answer 15

résultats non-significatifs

Question 16

Comment peut t’on contrôler les effets confondants?

Answer 16

standardiser les conditions expérimentales
ou
augmenter le n par groupe et mesurer les facteurs confondants pour en tenir compte

Question 17

problèmes liés a standardiser les conditions expérimentales

Answer 17

difficile avec des humains

augmente la précision, limite la portée de l’étude

Question 18

problèmes liés a augmenter le n par groupe et mesurer les facteurs confondants pour en tenir compte

Answer 18

nécéssite un n élevé (agmente le cout), analyses stats plus compliquées

Question 19

a quoi sert de séquencer un marqueur microbien universel (ex: ARNr 16S)

Answer 19

savoir qui sont les Moorgs impliqués

Question 20

a quoi sert de séquencer tout le métagénome?

Answer 20

savoir que font les Moorgs impliqués

Question 21

quelles sont les trois tables utilisées en bio-informatiques pour l’analyse suite au séquencage d’un marquer microbien universel?

Answer 21

1. abondance/échantillon
2. taxonomie
3. métadonnées