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biochimie examen 2 > Module 12 > Flashcards

Module 12 Flashcards

1
Q

Qu’a découvert Friedrich Meischner en 1869?

A

À découvert dans le noyau de cellules une substance riche en azote et en photphate: baptise “nucléine”

substance non protéique et non lipidique = ADN

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Q

Quels sont les 2 types de polymères linéaires constitués de nucléotide?

A

acide désoxyribonucléique (ADN)

acide ribonucléique (ARN)

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Q

Les acides nucléiques forment une famille de?

A

biomolécules

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4
Q

Fonctions biologiques des acides nucléiques

A 
médiateur chimique
source d'énergie
cofacteur (réaction enzymatique)
rôle catalytique
gardienne caractères héréditaires (ADN)
expression des caractères héréditaires (ARN)
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Q

Que fait l’ADN?

A

gardienne des caractères héréditaires

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6
Q

Que fait l’ARN?

A

expression des caractères héréditaires

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7
Q

Quelle sont les 2 classes de monomères d’acides nucléiques?

A

nucléosides

nucléotides

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8
Q

De quoi sont formés les nucléosides?

A

base azotée + ose

reliés par un lien B-N-glycosidique

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9
Q

De quoi sont formés les nucléotides?

A

ester phosphoriques de nucléosides

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10
Q

De quoi sont formés les monomères d’Acide nucléiques?

A

liaison de 2/3 constituants

  • base azotée
  • monosaccharide
  • 3 groupements phosphoryle
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11
Q

De quoi est faite la base azotée dans les monomères?

A

dérivée d’une purine ou d’une pyrimidine

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12
Q

Dans quoi est la pyrimidine?

A

cytosine ADN ARN
uracile (ARN)
thymine (ADN)

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13
Q

Dans quoi est la purine?

A

adénine ADN ARN

guanine ADN ARN

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14
Q

Via quoi les nucléotides peuvent former des polymères de différentes longueur?

A

Via formation de liens phosphodiester

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15
Q

Combien y a-t-il de nucléotide dans un oligonucléotide?

A

entre 10-50 nucléotides

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16
Q

À quel position rencontre-t-on un lien dans les dinucléotides?

A

entre la position 5’ de l’ose d’un nucléotide et la 5’ de l’autre

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17
Q

Quelles fonctions les dimères de nucléotides remplissent ainsi que les nucléosides et nucléotides à l’état libre?

A

coenzyme
médiateur chimique
source d’énergie

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18
Q

Qu’est ce qu’un polynucléotide?

A

polymère dont les résidus sont reliés par des liaisons phosphodiester 3’-5’

Lien phosphodiester successifs résulte en un polymère linéaire

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19
Q

Qu’est ce que l’AMP cyclique?

A

médiateur chimique
groupement phosphate relie 2 C d’un même ose
messager intracellulaire (second messager)

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20
Q

Qu’est ce que l’adénosine?

A

un nucléoside
médiateur chimique
hormone dans la régulation du sommeil
Si niveau d’adénosine augmente, sensation de fatigue apparait

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21
Q

Quelle est la source d’énergie chimique de la cellule? pourquoi?

A

Nucléoside triphosphate (NTPs)
en particulier l’ATP
car leur lien anhydrides phosphoriques sont hautement énergétiques (2 dans les NTPs)

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22
Q

Sous quelle forme les NTP stockent l’énergie?

A

sous forme covalente
dans les liens anhydrides phosphoriques
libéré lorsque hydrolyse des liens

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23
Q

Qui est le support de l’information génétique?

A

ADN chez toutes les cellules

ARN chez certains virus

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24
Q

Ou se situe l’ADN chez les eucaryotes?

A

principalement dans le noyau

mais aussi mitochondries et chloroplastes

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25
Q

Qu’est ce que le génome?

A

ensemble du matériel génétique d’un organisme vivant ou d’un virus,
composés ADN double brin (ARN pour certains virus)

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26
Q

Comment et ou se présente le génome?

A

peut être dans une seule molécule d’ADN (majorité des bactéries)
Chez eucaryotes génome= jeu complet d’ADN qui sont présentés dans le NOYAU.

** le génome d’un eucaryote ne comprend pas l’ADN mitochondriale et chloroplastique

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27
Q

Comment est la structure double hélice?

A

ADN constitué de 2 chaines polynucléotiques enroulées en hélice: (petit et grand sillon à sa surface)

A-T liés via 2 liens H
C-G liés via 3 liens H

bases sont à l’intérieur de l’hélice
squelette ose-phosphate à l’extérieur

les 2 brins sont antiparallèles et complémentaires

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28
Q

Selon quoi la composition des bases de l’ADN varie?

A

selon l’espèce

souvent exprimé en % fr G+C (39,8 pour l’humain)

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29
Q

Comment la taille des molécules d’ADN double brin est exprimée?

A

en paires de bases (pb)

**non proportionnel à la complexité d’un organisme

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30
Q

Qu’est ce que la dénaturation?

A

processus ou les 2 brins d’ADN se séparent complètement à la suite de bris d’hydrogène et interactions hydrophobes

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31
Q

Ou la dénaturation à lieu ?

A

pas dans le noyau

mais peut être provoqué in vitro

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32
Q

Qu’est ce qui peut provoquer la dénaturation?

A

chaleur
pH élevé
agent chaotropique

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33
Q

Comment la température influence l’absorbance?

A

lorsque la température est amenée au point d’ébulltion, l’absorbance augmente beaucoup

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34
Q

Qu’est ce que l’effet hyperchrome ou hyperchromicité?

A

(T augmente alors absorbance augmente)

les bases dans l’ADN double brin absorbent 40% moins d’UV que les ADN simples brins

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35
Q

Pourquoi l’ADN simple brin absorbe plus d’UV?

A

l’empilement des bases à l’intérieur de la double hélice diminue la capacité à absorber les rayons UV

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36
Q

Qu’obtient-on en reportant les valeur d’absorbance de l’ADN en fonction de la température?

A

une courbe sigmoïde appelée courbe de fusion

Forme sigmoïde= dénaturation est un processus coopératif (cascade de rupture)

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37
Q

Pourquoi les liens H dans la bicouche sont plus stables que liens H en milieux aqueux?

A

Car ils sont dans la zone hydrophobe

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38
Q

Qu’est-ce qui demande plus d’énergie lors des bris de liens H? ce qui en demande moins?

A

bris des premières liaisons H entre 2 brins demande +++ car la double hélice est stable

une fois les premiers liens brisés, l’intérieur devient + accessible, donc facilite la rupture des liens adjacents

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39
Q

Pourquoi la dénaturation est coopérative?

A

car quand le processus est amorcé, la vitesse de bris s’accélère

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40
Q

À quoi correspond la température de fusion?

A

température correspondant à la moitié de l’augmentation d’absorbance observée

–ou 50% est dénaturé

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41
Q

À quoi est liée la température de fusion?

A

composition en bases
directement proportionnel au contenu C+G car plus de liens H

plus facile à séparer lorsque plus de AT

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42
Q

Comment les brins d’ADN se séparent?

A

jamais complètement
mais certaines régions sont dénaturées dans des processus biologique
ex: lorsque ADN convertir en ARN (séparation locale des bris)

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43
Q

Comment peut-on renaturer l’ADN dénaturé par chaleur?

A

refroidir très lentement
les paires de base se reforment correctement

**si refroidit trop vite: les liens H se reforment de façon non spécifiques, structure désordonnée

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44
Q

Quel est le dogme central de la biologie?

A

décrit le flux d’information génétique dans la cellule
ADN est TRANSCRIT en ARN
ARN TRADUIT en protéine

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45
Q

Qu’est ce que la réplication?

A

processus par lequel l’ADN est dupliqué avant la division cellulaire

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46
Q

Qu’est ce que la transcription?

A

processus qui permet de copier différents segments de l’ADN en ARNs

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47
Q

Qu’est ce que la traduction?

A

processus par lequel les molécules d’ARNm sont converties en protéines

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48
Q

Qu’est ce que la rétrotranscription ?

A

capacité de transformer ARN en ADN

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49
Q

Les séquences d’ARN sont-elles produites à partir d’une matrice protéique?

A

NON caractéristique du dogme central

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50
Q

Qu’est ce que le code génétique?

A

permet de traduire la séquence primaire d’une molécule d’ARN en protéine.
correspondance entre triplet de nucléotide (codon) d’ADN et acide aminé (ajouté à la chaine polypeptidique)

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51
Q

Est-ce que le code génétique est universel?

A

oui pour tous les êtres vivants et virus (sauf quelques exceptions)

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52
Q

Qu’est ce que des codons synonymes?

A

lorsque plusieurs codons peuvent coder pour le même acide aminé

–code génétique dégénéré

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53
Q

Qu’est ce que la méthionine?

A

codon d’initiation de la traduction

méthionine à l’extrémité N-terminale

54
Q

De quoi est constitué l’ARN?

A

de ribunucléotides

55
Q

Caractéristiques de l’ARN?

A

monocaténaire (1 brin)
peut contenur une région hélicoïdale (3D)
ARN = + court que ADN

composant structural et fonctionnels des RIBOSOMES

56
Q

Comment les double hélices se forment dans l’ARN?

A

liaisons H intracaténaire

57
Q

Quels sont les 3 types d’ARN?

A

ARN ribosomaux
ARN de transfert
ARN messager

58
Q

Que sont les ribosomes?

A

site de la synthèse des protéines
complexes nucléoprotéiques
dans le cytosol

59
Q

Quelle espèce d’ARN a une activité catalytique?

A

ribozyme

60
Q

Quels ARN participent à la traduction?

A

ribosomaux et transfert

61
Q

Ou sont localisés les ARNm?

A

sur les ribosomes

62
Q

Qu’est ce que des ARNt isoaccepteurs?

A

ARNt différents qui peuvent porter le même acide aminé

63
Q

Ou sont traduits les ARNm?

A

au niveau des ribosomes

64
Q

Qu’est ce que les petits ARN?

A

ceux qui restent
groupe hétérogène avec plusieurs type d’ARNç
non codant

modification et maturation de d’autres ARNs + expression génétique. certains exercent un rôle de défense

65
Q

En ordre les ARN les plus importants?

A

ribosomaux
transfert
messager

66
Q

Quelle est la différence majeure entre nucléosides et nucléotides?

A

nucléotides AVEC acides phophorique

67
Q

Comment est l’ose dans les nucléosides et nucléotides?

A

soit ribose ou désoxyribose
sous forme de FURANOSE
en configuration b

68
Q

Quel est le lien entre ribose et désoxyribose?

A

désoxyribose est un dérivé du ribose qui est dépourvu de groupement hydroxyle en C2

69
Q

Quelle est la forme des bases azotées?

A

hétérocycliques : cycles composés de carbone et azote

avec doubles liaisons conjugées

70
Q

Quels sont les 2 types de bases?

A

pyrimidines et purines

71
Q

Quelles sont les 3 principales pyrimidine?

A

cytosine
thymine
uracile

72
Q

Comment est formé une purine?

A

fusion d’un cycle pyrimidine et imidazole

73
Q

Quelles sont les 2 principales purines?

A

adénine

guanine

74
Q

Les bases azotées sont-elles des bases fortes ou faibles? pourquoi? structure? solubilité?

A

ce sont des bases faibles car elles peuvent accepter des protons en milieu acide
pH physiologique= non chargé
structures planes
insolubles dans l’eau

75
Q

Les bases azotées ont-elles la capacité d’absorber les rayons UV de 260 nm?

A

oui car ce sont des molécules aromatiques

76
Q

Comment sont formés les nucléosides?

A

formés par la liaison b-n-glycosidique d’une base azotée et ose

77
Q

Qu’est ce qu’une liaison glycosidique implique?

A

C anomérique de l’ose

78
Q

Quelle est la configuration omniprésente dans les nucléosides?

A

b

79
Q

Qui est plus soluble dans l’eau entre base azotée seule et nucléoside?

A

nucléoside + soluble car OH de l’ose augmente ls solubilité de la molécule

80
Q

Comment nomme-t-on un nucléoside? pour les pyrimidine et purine

A

selon la base azotée qu’il contient

Purine: ajouter le suffixe -osine
ex: adénosine, guanosine

pyrimidine: ajouter suffixe -idine
ex: cytidine, uridine

81
Q

Ou se forment les liens ester phosphoriques?

A

entre acide phosphorique et un des OH de l’ose

  • ribose: positions 2-3-5 peuvent être phosphorylé
  • désoxyribose: positions 3-5 peuvent être phosphorylé

** 5+++

82
Q

Est-ce qu’un groupement phosphate peut former 2 liens esters phosphoriques avec 2 hydroxyles d’un même nucléoside?

A

Oui comme AMPc

même groupement phosphate est lié aux groupement hydroxyle en 3 et 5

83
Q

Combien de groupement phosphate peuvent avoir les nucléotides?

A

jusqu’a 3

1er lier à l’ose par lien ester phosphorique

84
Q

Comment sont ajoutés les groupements phosphate après le premier?

A

via des liens anhydride phosphorique très riche en énergie

85
Q

Comment nomme-t-on un nucléotide?

A

selon le nucléoside qu’il dérive
avant= la position phosphorylée
suivit du nombre de groupement phosphate

ex: ribonucléoside phosphorylé en 5’ qui contient une base adénine
= 5’-mono(di tri) phosphate

86
Q

Que veut dire l’abréviation N? d?

A

N: toutes les nucléotides peu importe ce qu’elles contiennent
d: à l’avant du nom, présence de désoxyribonucléotides

87
Q

Quelles sont les caractéristiques des nucléotides?

A

solubles dans l’eau car contiennent groupement ionique et polaire
capacité d’absorber le UV

88
Q

Caractéristiques d’une co–enzyme?

A

spécifique aux réaction
lors d’une réaction: groupement du coenzyme transféré au substrat
peut accepter OU donner des protons lors de réactions d’oxydoréduction

89
Q

Qu’est ce qui est utilisé par les kinases comme source de groupement phosphoryle?

A

les nucléosides triphosphate

ATP = + fréquent

90
Q

Qu’est ce que les nucléosides triphosphates peuvent donner ?

A

groupement phosphoryle
ET
groupement pyrophosphoryle (2 phosphate liés par un lien anhydride phosphorique)

91
Q

Comment obtient-on la S-adénosylméthionine?

A

réaction d’un ATP avec méthionine
impliquée dans les réaction de méthylation

(CH3 transféré)

92
Q

Qu’est ce que l’uridine phosphate (UDP-glucose)? que donne-t-elle?

A

formé par la réaction entre UTP et glucose-1-P

donne un groupement glycosyle

93
Q

Qu’est ce que le NAD+ et le NADP+ ont en commun? (caractéristiques)

A

dinucléotide
liaison entre AMP et nucléotide avec une base rare,
–> La nicotinamide

94
Q

En quoi le NAD+ et le NADP+ diffèrent?

A

Le OH à la position 2 de l’AMP est à la même place
MAIS
OH dans NAD+ pas phosphorylé
OH dans NADP+ est phosphorylé

95
Q

Que veut dire le + dans le NAD+ et NADP+?

A

indique la charge LOCALE de la base nicotinamide

**car la charge nette de ces molécules est négative

96
Q

Que sont le NADH et le NADPH?

A

forme réduites
après oxydoréduction
formes oxydées on la capacité d’accepter 2 électrons et 1 proton supplémentaire

97
Q

Qu’est ve que la nicotinamide?

A

centre réactif des NAD+ et NADP+

une base rare

98
Q

Que sont le FMN et FAD? Quel est le centre réactif?

A 
FMN = mononucléotide
FAD = dinucléotide

coenzymes dans la réaction d’oxydoréduction
le centre réactif est les 3 anneaux de flavine

99
Q

De quoi est formé le FAD?

A

D’un AMP lié à un FMN

100
Q

Que peut accepter la forme oxydée des FMN et FAD?

A

1 ou 2 électrons due positions N-1 et N-5 de la flavine

101
Q

Quelles sont les 4 coenzymes pour l’oxydoréduction?

A

FAD
NADP+
NAD+
FMN

102
Q

Qu’est ce que la coenzyme A?

A

nucléotide +
panthoténate +
molécule de 2-mercaptoéthylamine

peut réagir avec un groupement acyle (va servir de cosubstrat)

103
Q

Quel est le centre réactif dans la coenzyme A?

A

groupement thiol

104
Q

Qu’est ce qu’un acyle?

A

groupement fonctionnel qu’on obtient en enlevant l’hydroxyle d’un acide carboxylique
peut être de taille variable

105
Q

Qu’est ce qu’une coenzyme A liée a un groupement acétyle?

A

d’acétyl-CoA

106
Q

Quel est le + petit groupement acyle?

A

provient de l’acide acétique

107
Q

Que représente la structure primaire de l’ADN?

A

ordre ou séquence des résidus de nucléotides de la chaîne polynucléotique
structure à UN SEUL brin

108
Q

Sous quelle forme se trouve l’ADN?

A

forme dimère
2 chaines s’associent pour former une double hélice
chaîne très longue
très compacté

109
Q

À quelle structure correspond la structure à double hélice?

A

à la structure secondaire

110
Q

Quelle est la convention pour la séquence d’ADN?

A

extrémité 5’-P vers extrémité 3’-0H

111
Q

Que s’est-il passé dans les années 1950?

A

FRANCIS CRICK ET JAMES WATSON
élucident la structure hélicoïdale de l’ADN

ROSALIND FRANLKIN
contribution avec son cliché de diffraction des rayons X

112
Q

Décrire la structure de l’ADN

A

bases azotées d’une chaine polynucléotidique associée dans la double hélice, aux bases azotées d’une autre chaine

possède un petit sillon et un grand sillon à sa surface.

113
Q

À quoi correspond le sillon majeur?

A

permet aux enzymes impliquées dans la réplication ou la transcription d’avoir accès à l’intérieur de la double hélice

114
Q

À quoi est associée chaque purine?

A

à une pyrimidine?

115
Q

Qu’est ce qui compose une purine? pyrimidine?

A

purine: adénine guanine
pyrimidine: cytosine thymine

116
Q

Qu’est ce que la règle de Chargaff?

A

règles obtenues suite à l’observation de constantes dans la composition de l’ADN
%A=%T
%C=%G
%purine=%pyrimidine

117
Q

Qu’est ce qui se trouve à l’intérieur/ extérieur de l’hélice dans le modèle de watson et crick?

A

à l’extérieur: squelette sucre-phosphate qui rend l’ADN soluble dans l’eau, en contact avec le milieu aqueux

à l’intérieur: paires de base, forment des structures planes
empilées dans la double hélice
forme une région HYDROPHOBE

118
Q

Comment sont organisés les paires de base dans l’hélice?

A

structure plane
plans parallèles par rapport aux autres
perpenpendiculaires par rapport au grand axe

119
Q

Comment sont les brins dans le modèle de watson et crick?

A

les brins de la double hélice sont antiparallèles et complémentaires

antiparallèles: car orientation opposée (5’ et lie a 3’)
complémentaire: chaque purine se lie a une pyrimidine correspondante

120
Q

Quelles sont les 3 conformations possibles de l’ADN?

A

ADN-B
ADN-A
ADN-Z

121
Q

Quelles sont les caractéristiques de la conformation ADN-B?

A

+ fréquente
retrouvée lorsque taux humidité élevé
structure correspond à celle de Watson-Crick

HÉLICE DROITE

122
Q

Quelles sont les caractéristiques de la conformation ADN-A?

A

+ rare
la plus compacte
retrouvée lorsque taux d’humidité faible et dans les hybrides ARN/ADN lors transcription

HÉLICE DROITE

123
Q

Quelles sont les caractéristiques de la conformation ADN-Z?

A

+ allongée
retrouvée à un taux très faible d’humidité
alternance de purines et pyrimidines
favorisent interaction des bases avec protéines régulatrices

HÉLICE GAUCHE

124
Q

Par quoi sont crées les interactions hydrophobes?

A

par les bases azotées dans la partie intérieur de l’hélice

125
Q

Les forces de Van der Waals sont-elles maximales?

A

oui car vu que les bases azotées d’empilent les unes sur les autres, elles sont très proches = BASE STACKING

intérieur inaccessible aux molécules d’eau

126
Q

Quels liens sont les plus stables entre liens H internes et externes?

A

les liens H à l’intérieur de l’hélice sont plus stables que ceux en milieu aqueux car ils sont à l’intérieur de la zone hydrophobe

donc pas de compétition avec molécules d,eau

(liens H sont aussi entre squelette et milieu aqueux pour assurer la solubilité de l’ADN)

127
Q

Par quoi les charges négatives sont neutralisées?

A

par des interactions ioniques avec des ions magnésium

128
Q

Quels sont les 4 forces qui assurent la stabilité de la double hélice?

A

interactions hydrophobes
forces fan der waals
liaisons hydrogène
interactions ioniques

129
Q

Quel est le ration purine/pyrimidine?

A

1:1

130
Q

Dans quoi sont présents les nucléotides et nucléosides

A

ADN ARN

131
Q

Par quoi sont liées les bases azotées?

A

lien B-N-glycosidique

132
Q

Différence de nomenclature entre les -otides et -osides

A

osides : …ine

otide: … ine mono-di-tri

biochimie examen 2 (7 decks)

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