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Morpho 4 (Daphnée & compagnie) > !! Microbiologie Final (cours #12 - taxonomie) COMPLET > Flashcards

!! Microbiologie Final (cours #12 - taxonomie) COMPLET Flashcards

1
Q

Quelles sont les fonctions principales de la taxonomie?

A
  • Nomenclature des espèces bactériennes
  • Identification des espèces bactériennes
  • Classification des espèces bactériennes
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Q

Quels sont les rangs taxonomiques en ordre?

A
  1. Domaine ou règne
  2. Embranchement
  3. Classe
  4. Ordre
  5. Famille
  6. Genre
  7. Espèce
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Q

Quelle est l’unité de base de la taxonomie?

A

Espèce

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4
Q

À quoi correspond l’espèce?

A

Regroupement individus qui partagent ++ de similarité phénotypiques et génotypiques

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5
Q

Que comprend la description de l’espèce?

A

Caractéristiques phénotypiques et génotypiques

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6
Q

Nommez des caractéristiques phénotypiques.

A
  • Morphologie
  • Biochimie
  • Physiologie
  • Écologie
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7
Q

La forme, l’arrangement, la dimension, la mobilité, Gram et l’aspect des colonies sont des exemples de?

A

Morphologie

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8
Q

L’utilisation de substrats (citrate), la fermentation des sucres, les enzymes (oxydase, catalase) et les produits du métabolisme sont des exemples de?

A

Biochimie

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9
Q

L’oxygène, le pH et la température de croissance sont des exemples de?

A

Physiologie

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10
Q

L’animal, le tissu et l’environnement sont des exemples de?

A

Écologie

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11
Q

Nommez des caractéristiques génotypiques

A
  • Composition ADN en bases puriques et pyrimidiques (% G + C)
  • Hybridation ADN de 2 microorganismes différents (% homologie)
  • Séquence ADN
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12
Q

Dans la nomenclature, le nom latin contient 2 mots, que représentent-ils?

A

Premier : Genre
Deuxième espèce : espèce

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13
Q

Est-ce bien écrit selon le système de nomenclature : escherichia Coli ou e. Coli.

A

Non, majuscule au premier mot et minuscule au deuxième

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14
Q

Qui établit les règles de nomenclature?

A

International Code of Nomenclature of Bacteria

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15
Q

Un nom devient officiel dans la nomenclature lorsqu’il est publié dans?

A

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

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16
Q

De quoi origine souvent les genres et les espèces des bactéries?

A

Genre : nom du scientifique ou morphologie
Espèce : Hôte, maladie ou lieu de colonisation

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17
Q

Quelle type de taxonomie est développée en France par le botaniste Adanson en 1763?

A

Taxonomie numérique

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18
Q

Qu’est-ce qui consiste à assigner une valeur numérique à chacun des caractères phénotypiques pour calculer mathématiquement le coefficient de similarité entre différentes souches bactériennes?

A

Taxonomie numérique

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19
Q

Comment sont présentés les résultats de la taxonomie numérique?

A

Dendrogramme

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20
Q

Qu’est-ce qui a fourni de nouvelles façons de caractériser les bactéries?

A

Développement de la biologie moléculaire

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21
Q

Comment la biologie moléculaire apporte un impact marqué sur la taxonomie bactérienne?

A

Apport de renseignements génotypiques en plus des informations phénotypiques déjà connues

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22
Q

Vrai ou faux : le rapport entre les 4 bases de l’ADN (G+C, A+T) est le même pour toutes les espèces bactériennes?

A

Faux, varie d’une espèce bactérienne à l’autre

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23
Q

Quel contenu varie le plus chez les procaryotes et peu chez les cellules végétales/animales?

A

G+C (16 à 75% procaryotes, 40% animales + végétales)

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24
Q

G+C varie-t-il autant entre les souches d’une même espèce?

A

Non contenu G+C très similaire entre souches d’une même espèce

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25
Si le %G+C est différent, comment sont les bactéries?
Différentes
26
Si le %G+C est similaire, comment sont les bactéries?
Pourrait être bactéries différentes si séquence ADN différente
27
Que peut faire un ADN simple brin dénaturé par la chaleur lorsque placé dans des conditions idéales?
Reformer une molécule double brin
28
Avec quoi peut-on réassocier l'ADN d'une bactérie avec l'ADN d'une autre?
Radiosotope
29
Qu'obtient-on et que peut-on déterminer après la réassociation de l'ADN d'une bactérie avec l'ADN d'une autre?
Molécule hybride Degré d'homologie entre 2 bactéries
30
Quel % d'homologie doit-il y avoir obligatoirement entre 2 souches bactériennes pour qu'elles appartiennent à la même espèce?
70%
31
Peut-on établir l'orde des bases puriques et pyrimidiques avec le % G+C et le % d'homologie?
Non
32
Quels renseignements donne la séquence d'ADN?
- Similarité entre 2 organismes - Identification gènes, opérons, régions régulatrices, mutations, etc.
33
Par l'accessibilité de la technologie, quels types de séquences de l'ADN sont utilisées en taxonomie?
- Séquences obtenues de l'ADNr 16S - Séquences du génome complet
34
Quelles sont les caractéristiques de l'ARNr 16S?
- Petite molécule - ~1500 nucléotides - Molécule abondante - ~10 000 ribosomes/cellule - Fonction conservée
35
Qu'est-ce qui est une évolution de la technologie des dernières années dans la séquençage de génomes complets?
NGS (next-generation sequencing)
36
Qu'est-ce qui a permis l'explosion de la diversité bactérienne par l'obtention de bactéries non cultivables?
Séquençage de génomes et de métagénomes
37
Nommez des exemples de technologies de séquençage de génomes.
- PacBio - Ion Torrent - Illumina - Oxford nanopore
38
Quelle classification taxonomique est utilisée par les laboratoires? Est-elle officielle?
Classification proposée par le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Non, aucune classification taxonomique officielle des bactéries
39
Sur quoi sont grandement basées les classifications?
Caractéristiques phénotypiques (gram, coque/bâtonnent, sporulation, O2)
40
Nommez des bactéries Gram-positives?
- Coques Gram-positifs - Staphylococcus - Streptococcus - Enterococcus - Bâtonnets Gram positifs sporulants (bacilius, clostridium) et non sporulants (listeria, lactobacilius) - Mycobactéries
41
Nommez des bactéries Gram-négatives aérobie strictes (bâtonnets et coques)
- Pseudomonas - Bordetella - Neisseria - Brucella
42
Nommez des bactéries Gram-négatives anaérobies facultatives (bâtonnets)
- Entérobactéries - Pasteurella - Helicobacter - Vibrio - Campylobacter
43
Nommez une bactérie Gram-négatives anaérobie stricte (bâtonnets et coques)
Bacteroides
44
Nommez des spirochètes
- Treponema - Borrelia - Leptospira - Brachyspira
45
Quelle est résistante aux antibiotiques ciblant les peptidoglycanes car elle est sans paroi cellulaire?
Mycoplasme
46
Pour quelle classe le parasitisme intra-cellulaire est obligatoire?
- Rickettsies (transmises par arthropodes comme tiques et puces) - Chlamydies (cycle de dév. = corps élémentaire - infectieux ; corps réticulé - réplicatif)
47
Quelle classe n'a pas de système générateur d'énergie (ATP)?
Chlamydies
48
Quel est le gram des rickettsies et des chlamydies?
Négatif
49
Est-ce que la classification et la nomenclature évoluent?
Oui
50
Donnez un exemple de classification ou de nomenclature qui a évoluée.
- Clotriodes (Clostridium) difficile - Actinobacillus (Haemophilus) pleuropneumoniae *il y en a d'autres si jamais ça vous intéresse à la slide 30 :'(
51
Quelles sont les préoccupations du microbiologiste lors de l'identification?
- Isolement et identification rapide de l'agent étiologique de l'infection - Déterminer sensibilité agent étiologique aux antibiotiques - Identification par méthodes sans culture
52
Nommez des méthodes qui ne nécessitent pas la culture.
- ELISA (détection antigène) - PCR
53
Quand peut se faire l'identification rapide?
Après isolement du micro-organisme en culture pure + utilisation critères
54
Vrai ou faux : les critères d'identification sont les mêmes utilisés pour la nomenclature et la classification (origine, morphologie, gram, aspect colonies, besoins nutritifs, caractéristiques biochimiques)?
Vrai
55
Quel est le but de l'identification avec des milieux de culture usuels?
Identification avec un minimum de tests
56
Quelles autres méthodes peuvent être utilisées pour l'identification?
- Galeries API - MALDI-TOF - Système automatisé séquençage ARNr 16S
57
Dans quel cas utilise-t-on une méthode de typage?
Même espèce bactérienne est isolée de plusieurs animaux d'un même troupeau ou de plusieurs troupeaux
58
Que peut permettre une méthode de typage?
- Comparer souches bactériennes - Effectuer études épidémiologiques - Retracer origine/source infection - Prédire efficacité vaccin
59
Quelle méthode de typage dépend des besoins physiologiques?
Biotypage
60
Quelle bactérie a 2 biotypes selon l'exigence en NAD?
A. pleuropneumoniae
61
Quelle méthode de typage est avec des anticorps?
Sérotypages
62
Nommez des exemples de sérotypage.
- A. pleuropneumoniae (16 sérotypes) - Streptoccoccus suis (29 sérotypes) - E. coli (~150 antigènes O, ~100 antigènes K, ~50 antigènes H)
63
Quelle méthode de typage est avec des bactériophages?
Lysotypie
64
Nommez un exemple de lysotypie.
Salmonella DT104
65
Quelle méthode de typage moléculaire est utilisé pour des gènes codant pour fimbriae et entérotoxines d'E. coli et gène mcr-1 chez E.coli (résistant à la colistine)?
Détection par PCR de gènes codant pour des facteurs de virulences ou de résistance aux antibiotiques
66
Quelle méthode de typage moléculaire est utilisé par PFGE (pulsed field gel electrophoresis)?
Digestion du génome avec enzymes de restriction
67
Quelle méthode de typage moléculaire est utilisé par l'amplification et le séquençage de gènes de ménages?
MLST (Multilocus sequence typing)
68
Quelle méthode de typage moléculaire est utilisé par VNTRs (variable number of tandem repeats) et MLVA (multilocus VNTR analysis)?
Analyse de séquences répétées
69
Pour les staphylocoques dorés, comment ont été déterminées les relations phylogénétiques et l'antibiorésistance?
Relations phylogénétiques : séquençage génome Antibiorésistance : tests phénotypiques traditionnels

Morpho 4 (Daphnée & compagnie) (25 decks)

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