!! Microbiologie Final (cours #10 - microbiote) COMPLET

Question 1

Le microbiote est-il le même partout?

Answer 1

Non, chaque site en a un (intestin, peau, etc.)

Question 2

Le microbiote prend-il toute la place disponible?

Answer 2

Oui

Question 3

Les microorganismes d’un microbiote sont-ils tous les mêmes? Ont-ils tous la même fonction?

Answer 3

Non, différents types et sous-types (espèces bactériennes/autres souches) qui ont des fonctions différentes

Question 4

Vrai ou faux : les micro-organismes sont retrouvés en quantité différente?

Answer 4

Vrai

Question 5

Est-il facile de bien caractériser un microbiote?

Answer 5

Non

Question 6

Est-ce que le microbiote diffère entre 2 environnements même s’ils sont plus précis?

Answer 6

Oui

Question 7

Qu’est-ce qui définit la capacité maximale du microbiote?

Answer 7

Ressources du milieu

Question 8

Est-ce possible que des microorganismes différents remplissent la même fonction?

Answer 8

Oui

Question 9

Est-il facile de modifier un microbiote?

Answer 9

Non, il est stable et robuste même s’il est malade!

Question 10

Comment changer drastiquement le microbiote?

Answer 10

Méthodes drastiques, donc influencer lors d’instabilité avec microorganismes à fort impact (insertion ou action transitoire)

Question 11

Le microbiote peut-il évoluer dans le temps?

Answer 11

Oui, certains facteurs peuvent le faire varier légèrement

Question 12

Qu’est-ce que le microbiote?

Answer 12

Communauté microbienne

Question 13

Qu’est-ce que le microbiome?

Answer 13

Gènes de la communauté microbienne

Question 14

Quels facteurs peuvent affecter le microbiote?

Answer 14

• Diète/nutriments disponibles
• Antimicrobiens (Peptides, biles, bactériocines)
• Caractéristiques niche écologique (pH, niveau O2 disponible, eau libre)
• Phages
• Immunomodulation de l’hôte

Question 15

Quelles sont les 3 fonctions du microbiote intestinal?

Answer 15

• Protection
• Structure
• Métabolique

Question 16

Comment le microbiote effectue sa fonction de protection?

Answer 16

• Contre colonisation par autres bactéries (compétition nutriments, production molécules antibactériennes)
• Aide maturation système immunitaire
• Induction réponse immunitaire

Question 17

Comment le microbiote effectue sa fonction de structure?

Answer 17

• Maturation épithélium intestinal
• Vascularisation villosités
• Renforce jonctions cellulaires

Question 18

Comment le microbiote effectue sa fonction métabolique?

Answer 18

• Produit vitamines
• Synthèse acides aminés
• Absorbe ions
• Fermente substrats non digérés par homme
• Produit acide gras courte chaîne

Question 19

Qu’est-ce qui est en équilibre dans l’homéostasie intestinale?

Answer 19

• Différents groupes bactériens
• Tissu épithélial
• Système immunitaire

Question 20

Qu’est-ce qui permet de stimuler les systèmes immunitaires inné et acquis pour maintenir l’homéostasie?

Answer 20

Diversité et composition microbiote

Question 21

Donnez un exemple qui prouve l’importance du microbiote dans la santé de l’hôte.

Answer 21

Souris axéniques nées stériles = pas de microbiote = immunité + faible

Question 22

Quels sont les 3 concepts importants du microbiote?

Answer 22

• Richesse
• Distribution
• Diversité

Question 23

Définissez richesse, distribution et diversité.

Answer 23

Richesse : nb total espèces présentes
Distribution : proportion chaque espèce
Diversité : richesse + distribution

Question 24

Quels sont les deux types de diversité?

Answer 24

Alpha et bêta

Question 25

Quelle est la différence entre la distribution alpha et bêta?

Answer 25

Alpha : Diversité d'un même échantillon (richesse + distribution microbiote) Bêta : Diversité entre deux échantillons (composition + structure de chaque microbiote)

Question 26

Que permet le graphique d'abondance relative?

Answer 26

Présenter en pourcentages les principales populations microbiennes d'un échantillon (+ visuel que statistique)

Question 27

Quelle analyse statistique permet de trouver des marqueurs significatifs (comme espèces bactériennes différentes) qui permettent d'expliquer la différence entre deux groupes d'échantillons (ex : animal sain vs malade)?

Answer 27

LEfSe (Linear discriminant analysis Effect size)

Question 28

Qu'est-ce qui représente graphiquement une matrice de ressemblance (similarité ou dissimilarité) entre des éléments (comme individus, objets, etc.)?

Answer 28

PCoA (Prinicipal Coordinates Analysis)

Question 29

Sur quoi portait l'étude d'Alexandre Thibodeau?

Answer 29

Recherche d'association entre le morsure des queues et la composition du microbiote chez les porcs

Question 30

Résume brièvement son expérience.

Answer 30

- Porcs random dans enclos - On les observe (vidéo, visite) - On sélectionne ceux qu'on veut - 3 groupes : mordeurs, mordus, contrôle - Ramasse leurs fèces et on analyse le microbiote

Question 31

Y avait-il des différences dans le microbiote des porcs?

Answer 31

Oui entre mordus vs contrôle et mordeurs vs contrôle : plus stressés Groupe contrôle avait plus de lactobacilles

Question 32

Sur le graphique NMDS (points), que représente la distance entre 2 points?

Answer 32

Degré de dissimilarité entre les microbiotes de 2 échantillons

Question 33

Sur le graphique NMDS (points), comment comparer les microbiotes de 2 groupes?

Answer 33

2 nuages de points distincts : microbiotes différents Chevauchement de points : microbiotes peuvent se ressembler