Microbiologie cours 2 Flashcards
quels sont les 3 types ç ayant permis de classifier le monde vivant en 3 domaines distincts?
- Cellule Procaryote
- Cellule Eucaryote
- Archéobactéries
Qu’est-ce qu’une ç procaryote?
une ç simple sans membrane nucléaire (sans noyau) avec 1 seul chromosome libre dans le cytoplasme
- bactérie
Qu’est-ce qu’une ç eucaryote?
une ç complexe avec un noyau et plusieurs chromosomes
- ç animales, humaines, végétales, microorganismes complexes
Qu’est-ce qu’une archéobactérie?
bactéries possédant des caractéristiques particulières leur permettant de survivre dans des conditions extrêmes
Quels sont les 3 domaines?
- Le domaine des BACTERIA
- le domaine des AECHAEA
- le domaine des EUCARYA
que comprend le domaine des BACTERIA?
tous les procaryotes pathogènes + procaryotes non pathogènes présents dans le sol, l’eau + procaryotes capable de photosynthèse
comment se nomme les procaryotes capable de photosynthèse?
cyanobactéries
que comprend le domaine des ARCHAEA?
les procaryotes dont la paroi ç ne contient pas de peptidoglycane
- vivent dans des conditions environnementales extrêmes
- siège de processus métaboliques
- bactéries halophiles extrêmes
- bactéries thermophiles extrêmes
que sont les bactéries halophiles extrêmes?
des bactéries vivant uniquement dans des milieux très salés
que sont les bactéries thermophiles extrêmes?
des bactéries vivant dans des sources chaudes sulfureuse et acides
que comprend le domaine des EUCARYA?
tous les organismes, unis et pluricellulaires constitués de ç eucaryotes de nature + complexe que procaryote et archéobactérie
Lequel des domaines est sous-divisée règne?
le domaine des EUCARYA
qu’inclue comme microorganisme le domaine des EUCARYA?
protiste, mycète, plante et animaux
Comment est divisé le domaine des BACTERYA et des ARCHEA?
pas de spécification de règne mais
embranchements -> classe -> ordres…
Comment désigne t-on les microorganismes une fois la classification effectuée (nomenclature)
2 mots =
- genre (majuscule)
- espèce (minuscule)-> adjectif
en latin
sauf les bactéries les + isolés -> diminutif en laboratoire
qu’est-ce qu’une souche?
les bactéries d’une seule et même espèce peuvent quand même présenter des différences entre elles
les souches permettent de désigner chaque isolat
= ensemble de ç filles descendant toutes d’une même ç mère
Comment identifie-t-on la souche?
par une lettre, un numéro ou un nom
Escheruchia coli O157:H7
Quelle est la différence entre les critères génotypiques et les critères phénotypiques?
GÉNOTYPIQUE= caractéristiques génétiques des microbes
PHÉNOTYPIQUE= attributs découlant des gènes (nature morphologique/biochimique/physiologique…)
Les tests de laboratoire permettant de classifier et d’identifier les microbes sont-ils plus de nature phénotypique ou génotypique?
traditionnellement: ils sont + de nature phénotypique
Quel est le but en clinique pratique avec un pt présentant des symptômes et signes d’infection?
identifier les microorganismes responsables (détecter le microbe précis ayant causé l’infection chez le patient)
Qu’est-ce qu’un microorganisme?
bactéries + virus + mycète + protozoaires
quelles sont les caractéristiques communes des microorganismes? (7)
- Petite taille
- Omniprésence et abondance dans la nature
- Uniç (mycètes= unicellulaire et pluricellulaires)
- Niveau d’organisation simple
- inclut procaryotes + eucaryotes
- Potentiel métabolique
- Capable de se reproduire de façon autonome
quelle sont les 2 caractéristiques communes des microorganismes que les virus ne partagent pas?
les virus n’ont pas de potentiel métabolique et ne peuvent se reproduire de façon autonome
ils dépendent de la ç hôte
à quel domaine appartiennent les virus?
ils n’appartiennent à aucun des 3 domaines et aucun règne
Qu’est-ce qu’un virus?
agents infectieux acellulaires considérés non-vivants
Nommer 2 structures infectieuses simples (virus) ?
- VIROÏDE
ARN infectieux des plantes - PRIONS
protéines anormales affectant le SN des animaux et des hommes
V/F
les eucaryotes sont beaucoup plus petits que les procaryotes
FAUX
les procaryotes sont + petits, car ils n’ont pas d’organites
Pour les microorganismes autonomes dans leur reproduction, sur ou à partir de quoi peuvent-ils se reproduire?
sur des matières minérales
à partir de substrats organiques présents dans la nature
Comment font les microorganismes pour se procurer de l’énergie nécessaire à leurs activités vitales? (4)
- respiration ç OU - fermentation OU - photosynthèse OU - dégradation des produits organiques en présence ou absence d'O2
Est-ce que tous les microorganismes sont dangereux?
NON
plusieurs microorganismes sont nécessaires aux écosystèmes par leur participation aux cycles biogéochimiques
- recyclage des matières organiques et des éléments minéraux et gazeux
V/F
les microorganismes forment le groupe le + abondant de tous les êtres vivants
VRAI
la masse de tous les microorganismes > masse de tous les autres êtres vivants
De combien de ç et de microorganismes est constitué l’homme?
10 ^13 ç
10^14 microorganismes
Qu’est-ce qu’une bactérie?
organismes procaryotes
- pas de noyau
- 1 chromosome libre dans le cytoplasme
- pas d’organiste
- ADN et ARN
- reproduction autonome par division binaire
- vivent à intérieur ou extérieur des ç hôtes infectées
- développement autonome et cultivation sur milieux de culture artificiels
qu’est-ce qu’un virus?
- Trop petit pour être observés au microscope optique -> microscope électronique
- Non-vivant
- Aucune réplication autonome
- PARASITES-> développement dépend de l’existence d’une ç hôte
- ADN OU ARN
- capside entoure le matériel génétique
Comment fonctionne l’invasion d’un virus au sein d’une ç hôte?
ADN ou ARN est injecté à la ç infectée -> gènes viraux contrôlent la production de nouvelles protéines virales-> assemblement des nouvelles particules virales = virions -> libération des virions-> mort de la ç hôte
qu’est-ce qu’une mycète?
champignons
- +> taille que bactéries
- structure ç + complexe
- eucaryotes
- saprophytes environnementaux (tirent substances nécessaires de matières organiques en décomposition)
- pas nécessairement pathogène
- infections chez immunosuppressifs
Quelles sont les 2 catégories des mycètes?
- Levure
2. Moississure
Décrire les levures
Mycètes unicellulaires
- reproduction par bourgeonnement
- industrie alimentaire (bière, vin pain)
- revalorisation des déchets agricoles et industriels
- peuvent causer des infections chez l’homme ( vaginite à Candida albicans)
Décrire les moisissures
Mycètes pluricellulaires
- forme filamenteuse ou dimorphe
- détériorent les alimentas sans être toxiques (sauf certaines sécrétant des toxines dangereuses ou sont invasives en cas de blessure)
- largement utiles dans industrie alimentaire et pharmaceutique (fromage et pénicilline)
Qu’est-ce qu’un parasite?
variété d’organismes macroscopiques ou microscopiques pouvant induire des maladies
- petits arthropodes porteurs de microbes impliqués dans les infections contractés au contact des animaux, des helminthes et des protozoaires
Quelle est la différence entre une infestation et une infection?
les infestations font référence aux parasites macroscopiques (vers, poux)
alors que
les infections font référence aux microorganismes invisibles à l’oeil
Que sont les protozoaires?
Eucaryotes uniç causant des infections
- forme variée
- entités autonomes ou parasitaires
quel est le 2e nom que l’on donne aux protozoaires?
protiste
où vivent les protistes?
dans l’eau, les sols humides ou à l’intérieur d’un organisme
Donner des exemples de maladies pouvant être causer par des protistes (3)
- Malaria
- Toxoplasmose
(kystes tissulaires formés de parasite se formant a/n du cerveau/yeux/muscle squelettique et <3 - dysenterie
(diarrhées)
Quelles sont les 3 composantes structurales bactériennes?
- Capsule ou Glycolax
- Paroi
- MM cytoplasmique
Qu’est-ce que la capsule?
est une enveloppe visqueuse d’épaisseur variable produite à la surface de CERTAINES bactéries
- constituant le + externe
- pas indispensable à leur survie
Quelles sont les rôles des capsules?
- empêche la phagocytose par les ç du système immunitaire
- favorise adhérence des bactéries aux ç épithéliales de l’hôte
“donne un pouvoir pathogène”
De quoi est composé une capsule?
de polysaccharides permettant la classification par stérotypes
donc une bactérie de même espèce peut avoir plusieurs formes externes différentes
Quel est l’autre nom que l’on donne à la capsule?
Antigène K
Qu’est-ce que le glycocalyx?
Un feutrage extracellulaire de fibres polysaccharidiques présentes à la surface de certaines bactéries dans leur milieu naturel
c’est l’équivalent de la capsule
quels sont les rôles du glycocalyx?
- Établit les interconnections entre bactéries
2. favorise l’adhésion de la bactérie à des matériaux comme les prothèses et les tuyaux
Quelle est la différence entre une capsule et du glycocalyx?
GLYCOCALYX: quand les bactéries sont reliées entre elles dans cette matrice extraç
CAPSULE: lorsque polysaccharide demeurent confinées à des bactéries individuelles
V/F
la composition du glycocalyx est pratiquement la même que celle de la capsule
VRAI
Qu’est-ce que la paroi?
C’est une enveloppe semi-rigide donnant la forme à la bactérie
Il existe 2 types de parois selon le résultat du test Gram (gras + ou gram -)
GRAM + = épais peptidoglycan
GRAM - = couche peptidoglycan très mince + enveloppe externe contenant des lipopolysaccharides (LPS) = endotoxines + porines
que sont les porines?
des petits canaux permettant aux substances nutritives de pénétrer la ç
qu’est-ce que le peptidoglycan?
un polymère qu’on ne retrouve pas dans les ç humaines
Pourquoi est-ce que le peptidoglycan est utilisé comme cible aux antibiotiques?
car elle est composé de ç n’appartenant pas à celles d’un humain
et
les antibiotiques (pénicilline) viennent interférer avec la synthèse du peptidoglycan en se liant aux PBP (penicillin binding proteins)
V/F
les antibiotiques sont plus efficaces contre les bactéries GRAM -
FAUX
l’endotoxine (couche de LPS) rend difficile l’accès de l’antibiotique au peptidoglycan
Qu’est-ce que la membrane cytoplasmique?
Structure mince souple et résistante qui s’étend sous la paroi ç et qui enveloppe et retient le cytoplasme de la ç
De quoi est composée la membrane cytoplasmique?
Elle est faite de protéines mobiles au milieu d’une bicouche de phospholipid es
Quels sont les rôles de la membrane cytoplasmique?
- Forme une barrière osmotique régulant les concentrations d’ions et de substances nutritives intracellulaires vs extra cellulaires
- Assure la pénétration sélective de certaines substances même contre un gradient de densité
Comment la mm cytoplasmique permet la pénétration sélective?
via des systèmes de transport = perméases
Quels sont les substances que la membrane cytoplasmique exercent une sélection pour le transport intra et extra cellulaire?
sucres
AA
ions minéraux
Quels sont les constituants internes des bactéries?
cytoplasme
ribosome
matériel génétique
de quoi est constitué le matériel génétique des bactéries (2) ?
- ADN sous forme libre
2. petits fragments ADN extra-chromosomiques = PLASMIDES
de quoi est constitué le cytoplasme?
95% eau
5% de substances dissoutes
organites
à quoi sert les ribosomes?
à transformer les ARNm en protéines
V/F
les ribosomes des bactéries peuvent être des cibles pour les antibiotiques?
VRAI
les ribosomes bactériens possèdent les sous-unités 50S et 30S, que les ribosomes humains n’ont pas (homme = 5S et 3S)
Quelle est la particularité des plasmides?
elles sont douées de réplication autonome transférables d’un microbe à l’autre
- peuvent porter des gènes de résistance aux antibiotiques + des gènes conférant des propriétés pathogéniques aux bactéries les possédant
Quels sont les appendices externes des bactéries?
Flagelles et pili
à quoi sert les flagelles?
assurent la mobilité de la bactéries
Quel est l’autre nom donné aux flagelles?
Antigène H
Quelles sont les 4 espèces de flagelles?
- Monotriche : 1 flagelle à 1 extrêmité
- Lophotriche : + flagelles à 1 extrémité
- Amphitriche: 1 /+ flagelle aux 2 extrémités
- Péritriche: ++ flagelles répartis sur toute la surface de la ç
Que sont les pilus? (Pili)
ce sont des poils + courts que les flagelles
à quoi sert les pilus?
- servent à fixer les bactéries
2. les pili sexuels servent au transfert unilatéral de matériel génétique d’une bactérie à une autre [CONJUGAISON]
à quoi contribue le phénomène de conjugaison des pili?
Dissémination de gènes de résistance par le transfert de plasmides
quels sont les 2 types de pili?
- pili régulier = fimbrae
2. pili sexuel
que sont des spores intraç?
une forme que peuvent prendre les bactéries dans les situations de survie pour stocker leurs éléments vitaux en se débarrassant du reste
V/F
les spores peuvent résister de longues années sans eau, ni nourriture, aux températures extrêmes et deviennent insensibles à l’action de composés chimiques tels les antibiotiques
VRAI
Quand les conditions environnementales deviennent défavorables le processus de ______ s’enclenche
sporulation (survivre)
lorsque les conditions environnementales redeviennent favorables la bactérie reprend sa forme végétative active par un processus de ____________
germination
V/F
c’est sous la forme sporulée que les bactéries sont pathogènes?
FAUX
c’est sous la forme sporulée que la bactérie est contractée dans l’environnement et sous sa forme végétative active qu’elle est pathogène
V/F
les bactéries à GRAM + sont celles à avoir des pili
FAUX
les bactéries à GRAM - sont celles à avoir des pili
quelles sont les genres de bacilles à GRAM + qui ont la capacité de former des spores intraç?
des genres:
Bacillus
Clostridium
quelle est la différence entre les spores bactériennes et les spores des mycètes?
spores bactériennes: survie des ç
spores des mycètes: rôle de reproduction par dissémination
Nommer des formes des bactéries possibles?
bâtonnets (bacille) sphère (cocci) bâtonnets et sphère (cocobacille) virgule (vibrio) spirale (spirochètes) variable (pléïomorphes)
Nommer des types d’arrangements spatiaux des bactéries
isolés paires (diplocoques) chaînettes (streptocoques) paquets en cubes (Sarcina) amas désorganisés (staphylocoque)
Quels sont les éléments qui déterminent la morphologie coloniale?
- Forme
- circulaire, irrégulière, filamenteuse, rhizoïde - Élévation
- élevée, convexe, plate, pointue, cratériforme - Bordure
- entière, ondule, filiforme, frisée, lobée - Surface
- lisse, luisante, crémeuse, rugueuse, mate - Opacité
- transparent, opaque, translucide - Pigmentation
Comment se font généralement des colorations des cultures de bactéries pour mettre à profit les caractéristiques structurales et biochimiques?
- Fixation préalable du spécimen sur la lame
- colorants basiques ou acides appliqués
- coloration
- simple, différentielle, coloration de structures spécifiques
En quoi consiste la coloration simple?
Solution aqueuse ou alcoolisée d’un seul colorant basique
+ mordant (intensifie la coloration)
Nommer des exemples de colorant simple?
- bleu de méthylène
- la fuchsine basique
- violet de cristal
- safranine
En quoi consiste la coloration différentielle?
COLORATION GRAM
- Coloration d’un frottis avec du cristal-violet-> absorbée par toutes les bactéries
- Mordant -> iode
= couleur violette par toutes les bactéries - Lavage avec solution éthanol/acétone
= certaines bactéries deviennent transparentes - Contre colorant
- safarine (couleur rosée)
= GRAM + : violette
GRAM - : rose
Pourquoi la coloration Gram est aussi utilisée?
Pour la sélection des antibiotiques à administrer
Quelles sont les bactéries qui réagissent mal à la coloration GRAM?
- mycobactéries responsables de la lèpre et de la tuberculose
Quelle coloration est utilisée pour les bactéries qui réagissent mal à la coloration GRAM?
Ziehl-Neelson
- Coloration Primaire Rouge
- fuchsine basique - Contre-colorant
- bleu méthylène
les mycobactériens restent rouges, car la fuchsine s’intègre aux lipides de leur paroi
Quelle coloration est utilisée pour mettre en évidence la capsule des bactéries?
Encre de Chine
- la bactérie noire est entourée de la capsule translucide
Quelle coloration est utilisée pour mettre en évidence les endospores?
Vert de Malachite = colorer
Safranine= contre colore
bactéries sporules roses avec une spore verte
Quelle coloration est utilisée pour mettre en évidence les flagelles?
fuchsine
Quelles sont les diverses formes de microscopie optique?
- Microscopie à fond clair
- Microscopie à fond noir
- spécimen non coloré apparait clair - Microscopie à contraste de phase
- différents contraste selon épaisseurs
- voir en détail structure interne - Microscopie à inversion
- les objectifs sont sous les spécimens - Microscopie à fluorescence
- marqueurs fluorochromes
Qu’est-ce que de l’immunofluorescence?
c’est de l’observation microscopique de structure spécifique reconnue et colorée par un mélange de marqueurs fluorochromes et d’anticorps
Qu’est-ce que de la microscopie confocale?
Fluorochromes + lasers procurant des images d’une clarté 40% supérieure
- permet de filmer les ç vivantes sur plusieurs jours
- identifier comportement anormal d’une ç cancéreuse
qu’est-ce que de la microscopie électronique?
Faire traverser l’échantillon à obérer par un faisceau d’électrons libres, émis par un canon d’élections
(aimants électromagnétiques = lentilles)
= permet de grossir beaucoup le spécimen observé
VIRUS
à quoi sert un microscope à force atomique?
permet de réaliser la cartographie locale des grandeurs physiques caractéristiques de l’objet sondée et de travailler dans des environnements particuliers (milieux sous vide, liquides ou ambiants)
= visualiser la morphologie 3D de la surface d’un matériau et de cartographier certaines de ses propriétés
= permet d’analyser les molécules de surface des cellules
à quoi sert le microscope à effet tunnel?
permet de déterminer la morphologie et la densité d’états électroniques de surfaces conductrices ou semi-conductrices avec une résolution spatiale pouvant être égale ou inférieure à la taille des atomes
V/F)
le microscope à effet tunnel est le père de tous les microscopes en champ proche comme l’AFM (à force atomique)
VRAI
À quoi sert les test biochimiques?
à identifier les bactéries une fois leur croissance obtenue en culture pure
Qu’évaluent les tests biochimiques?
- capacité à croître en absence d’O2, en présence d’antibiotique ou en présence de forte concentration de sel
- capacité de métaboliser par voie de fermentation une vaste gamme de glucides
Comment se nomme le système consistant en languettes multi-puits dans lesquels des substrats déshydratés incorporés se font ajouter des gouttes d’échantillons bactériens suivie d’une incubation de 4 à 24h. = production de couleurs finales caractéristiques d’une espèce particulière?
le système galerie API
Qu’est-ce que l’appareil Micro-scan?
c’est un système API comprenant 96 puits dont l’analyse des réactifs colorimétriques est automatisée dans un ordinateur
Pour chaque rangée de tests, un pointage est attribué selon que la réponse est + / -
Le cumul donneur résultat final à 8 chiffre qui correspond à une seule espèce bactérienne
- permet aussi de vérifier le degré de sensibilité d’une souche envers différents antibiotiques incorporés
Comment fonctionnent les tests sérologiques?
- Échantillons d’une bactérie inconnue dans des gouttes de solution saline placées sur différentes lames
- Ajout d’un anti-sérum différent à chaque lame
- si correspondance aux AC d’un antisérum particulier = formation de grumeaux (agglutination)
*** les tests d’agglutination par AC spécifiques permettent de savoir à quel sérotype on a affaire
Lequel des tests est le plus précis:
les tests biochimiques
les tests sérologiques?
les tests sérologiques, car permettent d’identifier la souche permis toutes celles d’une même espèce
Qu’est-ce que la méthode ELISA?
Un autre test sérologique qui permet l’identification bactérienne en usant des anticorps spécifique
- permet de rechercher un antigène microbien dans un échantillon clinique donné
OU - permet de rechercher des AC qui ont été formées contre cet Ag
Comment fonctionne la méthode ELISA?
- fixer dans le fond d’une plaque un AC/Ag qui réagira spécifiquement avec Ag ou AC recherché dans le spécimen clinique
- répand le spécimen sur la plaque
- si Ag ou AC est présent= fixation à la plaque
- Ajout d’un élément révélateur pour visualiser la combinaison (un autre Ac ou une substance fluorescente ou une enzyme -> r(x) colorimétrique)
- Lecture finale à l’aide d’un lecteur de fluorescence ou spectromètre
qu’est-ce que la méthode sandwich d’ELISA?
quand l'élément révélateur est un second AC DONC= AC AG AC
Comment crée-t-on des sondes génétiques?
Par séquence systématique des microbes
- permet d’identifier pour chaque espèce des sections d’ADN qui lui sont propres afin de développer des sondes capables de reconnaître précisément ces sections et d’ainsi détecter la présence d’un microbe spécifique
que sont les sondes génétiques?
des cours segments d’ADN complémentaires à la séquence présence chez le microbe
“oligonucléotide”
quelles sont les 5 maladies que les sondes génétiques présentement sur le marché sont capable d’identifier?
- Streptocoque du groupe B chez la femme enceinte et enfant à la naissance
- Staphylocoques résistants ou non à la méticilline
- Clostridium difficile-> diarrhées difficiles à traiter
- Entérocoques résistants à la vancomycine
de quels autres appareils les cliniques voulant utiliser les sondes génétiques ont-ils besoin d’avoir en leur possession pour faire la lecture des tests?
Appareil pour faire une amplification du matériel génétiques dans les échantillons
- cycleurs thermique dans lesquels agit une enzyme polymérise = PCR
V/F
des chercheurs québécois ont été en mesure de développer un appareil permettant d’identifier la présence de plusieurs microbes potentiels dans un spécimen en moins de 1h
VRAI
appareil Revogene de diagnostic rapide sur l’ADN par la compagnie GenePoc
