Lezione 14-15: Strategie Catalitiche Ed Esempi Di Catalisi Enzimatoche Flashcards
Dimmi le quattro strategie catalitiche usate dagli enzimi per aumentare la velocità di una reazione
Che tipo di enzima è la chimotripsina?
È un’idrolasi (più precisamente una serina proteasi)
In che punto la chimotripsina può rompere il legame peptidico
Può rompere il legame peptidico che si trova dopo
-un amminoacido aromatico (es. Tyr, Phe, Trp)
-Un grosso residuo aminoacidico idrofobico (es. Met)
Dimmi 4 cose sulla struttura della chimotripsina
-ha struttura terziaria
-ha struttura globulare (3 catene polipeptidiche legate da ponti di solfuro)
-compatta
-ha tante strutture beta antiparallele e poche alfa eliche
Qual è una caratteristica delle serina proteine?
La serina 195 è attivata dall’His 57 che è a sua volta attivata dall’Asp 102
Qual è la triade catalitica della chimotripsina e come sono tenuti insieme questi aa?
-Ser 195, His 57 e Asp 102
-sono legati da legami a H
Cos’è il chimotripsinogeno?
È il precursore inattivo della chimotripsina.
In particolare
Cosa possiamo concludere dal fatto che la struttura della chimotripsina sia stabilizzata da ponti di solfuro?
La chimotripsina viene prodotta in ambiente intracellulare (red) e poi viene secreta in ambiente extracellulare (ambiente ossidante) dove si formano i ponti di solfuro
In quante fasi avviene l’idrolisi del legame peptidico o estere a opera della chimotripsina?
2 fasi
-fase veloce o esplosiva—->avviene in pochi millisecondi
-fase lenta e costante—->può durare anche un minuto
Cosa ci va sulle ascisse e cosa sulle ordinate del grafico relativo alla catalisi della chimotripsina?
Ascisse—->tempo
Ordinate—->concentrazione del P1 di reazione
Spiega la catalisi della chimotripsina
Controlla sempre lo schema sul file di Goodnotes
FASE VELOCE
1)formazione ione alcossido (grazie al trasferimento di un protone dalla serina 195 all’istidina 57, MECCANISMO ACIDO BASE)
2) formazione intermedio tetramerico (ES)—-> lo ione alcossido lega il substrato
3) rottura del legame peptidico—-> collassa intermedio tetramerico; esce il P1 di reazione (contenente l’estermità carbossi terminale); si forma l’intermedio covalente acile-enzima (EP2)
FASE LENTA
4) entra l’acqua nel sito catalitico
5)l’acqua idrolizza il legame estere del complesso acile enzima e si riforma la triade catalitica (grazie al meccanismo acido-base: His funge da accettore e donatore di H+)
E l’enzima ritorna libero
Dimmi un inibitore della chimotripsina
TPCK è un inibitore irreversibile della chimotripsina
Dimmi 4 tipi di proteasi e fammi esempi per ciascuna categoria
-serina proteasi—->trombina, chimotripsina, tripsina, elastasi (prodotte tutte dal pancreas tranne la trombina
-cisteina proteasi—->catepsina D (nei lisosomi)
-aspartil proteasi—->pepsina (secreta dal succo gastrico) e proteasi HIV
-zinco proteasi—->carbossipeptidasi A (secreta da pancreas)
Cosa fa la carbossipeptidasi A?
Taglia tutti i residui amminoacidici partendo dal carbossiterminale
Cos’è lo zimogeno?
Precursore inattivo di una proteina
Dimmi 5 cose su tripsina, chimotripsina ed elastasi
-presentano il 40% di identità
-hanno differente specificità per il substrato
-presentano la triade catalitica Ser, His, Asp
-sono secreti dal pancreas come zimogeni e poi vengono attivati per mezzo del taglio proteolitico
-hanno una struttura a raggi X simile
-hanno lo stesso meccanismo catalitico:
Quali sono i substrati di tripsina, chimotripsina, trombina ed elastasi?
*chimotripsina: taglia il legame peptidico dopo aa grande e aromatico o idrofobico (es. Tyr, Trp, Phe, Met)
*tripsina: taglia il legame peptidico in corrispondenza di aa carichi positivamente (Lys e Arg
*trombina: taglia il legame peptidico in corrispondenza di Arg
*elastasi: tagli il legame peptidico in presenza di aa piccoli e non carichi
Com’è la tasca del sito catalitico di
-chimotripsina
-tripsina
-elastasi
Come è costituito il sito di pepsina e della proteasi dell’HIV? Che funzione hanno i residui aa?
Qual è il punto del legame peptidico in cui agisce la proteasi dell’HIV?
Scinde il legame peptidico tra un residuo idrofobico e una parolina
A cosa serve l’HIV proteasi?
Alla replicazione dell’HIV
Dimmi un inibitore dell’HIV proteasi e di che tipo è
-saquinavir—->inibitore reversibile competitivo (assomiglia al substarto dell’enzima)
La strategia di catalisi tra pepsina e proteasi dell’HIV è la stessa o no?
È uguale (sono due aspartil proteasi)
Qual è la struttura della pepsina e della proteasi dell’HIV?
Come avviene la replicazione dell’HIV?
