Les microbiomes et les interactions hôtes-microbiomes Flashcards
Microflore ou Flore Microbienne : Définition
Termes utilisés en botanique pour désigner les algues microscopiques ou micro-algues
Microbiote : Définition
Communautés microbiennes (procaryotes, eucaryotes et virus) vivant dans un environnement donné
Microbiome : Définition
Aire biotique du microbiote = l’espace où les communautés microbiennes vivent
En anglais désigne le métagénome de la communauté microbienne et progressivement prend la place du microbiote
Core Microbiome : Définition
Les taxons communs de différentes communautés microbiennes, il existe plusieurs méthodes qui permettent de déterminer le core microbiome d’un environnement donné
Éco et Pan-microbiome
Diapo 9
Séquençage d’amplicons : Usage
Diversité microbienne et structure des communautés
Avantage du microbiome
A contribué à l’avancement des connaissances des fonctions et des services du microbiome dans la santé de l’Homme
Diversité et variabilité du microbiome des animaux
Le microbiome des animaux est très diversifié : Microbes eucaryotes (champignons), Bactéries, archéobactéries, Virus
Mycobiome (microbiome fongique) chez l’Homme
- Bouche : Aspergillus, Candida, Fusarium, Cryptococcus
- Poumon : Aspergillus, Candida
- Intestin : Aspergillus, Candida, Fusarium, Cryptococcus, Pneumocystis
- Peau : Aspergillus, Candida, Cryptococcus, Malassezia, Microsporum, Trichophyton
Microbiome intestinal de l’Homme
- Plus de 1000 espèces de bactéries, avec 50-100 espèces qui sont partagées entre les individus
- Tube digestif des animaux contient la plus grand proportion du microbiome animal
- 90% du microbiome se trouve dans les gros intestins
Composition du microbiome intestinal
4 phyla dominants :
- Bacteroidetes
- Fermicutes
- Actinobacteria
- Proteobacteria
30 à 40 espèces de bactéries représentent 99% de la diversité
Le profile taxonomique : rôle
Détermine les entérotypes
Diversité alpha = profil taxonomique
Diversité beta = profil taxonomique et fréquence
Deux entérotypes?
Entérotype Bacteroides
Entérotype Prevotella
Diversité et variabilité du microbiome des plantes
- Microbiome des plantes est plus complexe et plus diversifié
- Champignons représentent la plus grande biomasse du microbiome des plantes
- Oomycètes et les protozoaires représentent aussi une grande proportion du microbiome des plantes
Microbiome des plantes est formé principalement par des bactéries et champignons dans?
- Phyllosphère (zone entourant les feuilles, tiges)
- Rhizosphère (zone entourant les racines)
- Rhizoplan (l’interface racine-sol)
- Endosphère (compartiments internes).
Habitants microbiome de la rhizosphère
- Nodules
- Éctomycorhizes
- Endomycorhizes
- Bactéries Gram-
- Bactéries Gram+
- Actinobactéries
Phytobiome : Définition
Le phytobiome désigne l’interaction de l’environnement et les microbes qui influencent ou qui sont influencés par la plante
Communication dans le phytobiome
Microbes communiquent aussi avec la plante par des substances volatiles
Phytobiome et les stress abiotiques
Température Sécheresse Salinité Sels minéraux Polluants pH
Phytobiome et les stress biotiques
Microbes phytopathogènes
Insectes ravageurs
Compétition
Rôle du phytobiome dans la santé des plantes?
Bcp de bactéries = aide les plantes à rester en santé
Facteurs agissant sur le microbiome : Maladie de Crohn
Interaction complexe entre plusieurs facteurs qui explique la maladie
- stress
- fumer
- microbiome
- médicaments
- sommeil
- régime alimentaire…
Endosymbiose : Définition
- Cellules eucaryotes seraient le résultat d’une suite d’associations symbiotiques avec différents procaryotes.
- Origines des mitochondries et chloroplastes
- L. Margulis (années 1960)
Holobionte : Définition
- Entité composite formée par un hôte et l’ensemble des ses symbiotes, qui est soumis à la sélection naturelle
- Assemblage complexe d’organismes vivants interagissant durablement et influencé par le sélection naturelle
- Durable dans le temps et sous la pression de la sélection naturante
- L’équation 1+1 > 2 indique que les capacités de l’holobionte sont supérieurs à la somme des capacités des partenaires pris individuellement
- L. Margulis et DP Mindell
Hologénome : Définition
- Ensemble des génomes de l’hôte et du microbiome
- Génome de holobionte = génome de l’hôte et du symbiote
Hybridation chez Nasonia
C’est le microbiome qui a changé le phénotype de l’hôte, car c’est des espèces qui n’existent pas dans la nature (hybrides)
La symbiose des champignons mycorhiziens arbusculaires et le microbiome
Les bactéries poussent à la surface des hyphes des champignons mycorhiziens dans un milieu d’agarose-eau (sans nutriments)
Les bactéries bénéfiques sont associées avec les champignons mycorhiziens, mais où?
À l’intérieur des plante
Exemple d’expérience
diapo p. 57
