Les microbiomes et les interactions hôtes-microbiomes

Question 1

Microflore ou Flore Microbienne : Définition

Answer 1

Termes utilisés en botanique pour désigner les algues microscopiques ou micro-algues

Question 2

Microbiote : Définition

Answer 2

Communautés microbiennes (procaryotes, eucaryotes et virus) vivant dans un environnement donné

Question 3

Microbiome : Définition

Answer 3

Aire biotique du microbiote = l’espace où les communautés microbiennes vivent

En anglais désigne le métagénome de la communauté microbienne et progressivement prend la place du microbiote

Question 4

Core Microbiome : Définition

Answer 4

Les taxons communs de différentes communautés microbiennes, il existe plusieurs méthodes qui permettent de déterminer le core microbiome d’un environnement donné

Question 5

Éco et Pan-microbiome

Answer 5

Diapo 9

Question 6

Séquençage d’amplicons : Usage

Answer 6

Diversité microbienne et structure des communautés

Question 7

Avantage du microbiome

Answer 7

A contribué à l’avancement des connaissances des fonctions et des services du microbiome dans la santé de l’Homme

Question 8

Diversité et variabilité du microbiome des animaux

Answer 8

Le microbiome des animaux est très diversifié : 
Microbes eucaryotes (champignons), Bactéries, archéobactéries, Virus

Question 9

Mycobiome (microbiome fongique) chez l’Homme

Answer 9

• Bouche : Aspergillus, Candida, Fusarium, Cryptococcus
• Poumon : Aspergillus, Candida
• Intestin : Aspergillus, Candida, Fusarium, Cryptococcus, Pneumocystis
• Peau : Aspergillus, Candida, Cryptococcus, Malassezia, Microsporum, Trichophyton

Question 10

Microbiome intestinal de l’Homme

Answer 10

• Plus de 1000 espèces de bactéries, avec 50-100 espèces qui sont partagées entre les individus
• Tube digestif des animaux contient la plus grand proportion du microbiome animal
• 90% du microbiome se trouve dans les gros intestins

Question 11

Composition du microbiome intestinal

Answer 11

4 phyla dominants :

• Bacteroidetes
• Fermicutes
• Actinobacteria
• Proteobacteria

30 à 40 espèces de bactéries représentent 99% de la diversité

Question 12

Le profile taxonomique : rôle

Answer 12

Détermine les entérotypes

Diversité alpha = profil taxonomique
Diversité beta = profil taxonomique et fréquence

Question 13

Deux entérotypes?

Answer 13

Entérotype Bacteroides

Entérotype Prevotella

Question 14

Diversité et variabilité du microbiome des plantes

Answer 14

• Microbiome des plantes est plus complexe et plus diversifié
• Champignons représentent la plus grande biomasse du microbiome des plantes
• Oomycètes et les protozoaires représentent aussi une grande proportion du microbiome des plantes

Question 15

Microbiome des plantes est formé principalement par des bactéries et champignons dans?

Answer 15

• Phyllosphère (zone entourant les feuilles, tiges)
• Rhizosphère (zone entourant les racines)
• Rhizoplan (l’interface racine-sol)
• Endosphère (compartiments internes).

Question 16

Habitants microbiome de la rhizosphère

Answer 16

• Nodules
• Éctomycorhizes
• Endomycorhizes
• Bactéries Gram-
• Bactéries Gram+
• Actinobactéries

Question 17

Phytobiome : Définition

Answer 17

Le phytobiome désigne l’interaction de l’environnement et les microbes qui influencent ou qui sont influencés par la plante

Question 18

Communication dans le phytobiome

Answer 18

Microbes communiquent aussi avec la plante par des substances volatiles

Question 19

Phytobiome et les stress abiotiques

Answer 19

Température
Sécheresse
Salinité
Sels minéraux
Polluants
pH

Question 20

Phytobiome et les stress biotiques

Answer 20

Microbes phytopathogènes
Insectes ravageurs
Compétition

Question 21

Rôle du phytobiome dans la santé des plantes?

Answer 21

Bcp de bactéries = aide les plantes à rester en santé

Question 22

Facteurs agissant sur le microbiome : Maladie de Crohn

Answer 22

Interaction complexe entre plusieurs facteurs qui explique la maladie

• stress
• fumer
• microbiome
• médicaments
• sommeil
• régime alimentaire…

Question 23

Endosymbiose : Définition

Answer 23

• Cellules eucaryotes seraient le résultat d’une suite d’associations symbiotiques avec différents procaryotes.
• Origines des mitochondries et chloroplastes
• L. Margulis (années 1960)

Question 24

Holobionte : Définition

Answer 24

• Entité composite formée par un hôte et l’ensemble des ses symbiotes, qui est soumis à la sélection naturelle
• Assemblage complexe d’organismes vivants interagissant durablement et influencé par le sélection naturelle
• Durable dans le temps et sous la pression de la sélection naturante
• L’équation 1+1 > 2 indique que les capacités de l’holobionte sont supérieurs à la somme des capacités des partenaires pris individuellement
• L. Margulis et DP Mindell

Question 25

Hologénome : Définition

Answer 25

• Ensemble des génomes de l’hôte et du microbiome

- Génome de holobionte = génome de l’hôte et du symbiote

Question 26

Hybridation chez Nasonia

Answer 26

C’est le microbiome qui a changé le phénotype de l’hôte, car c’est des espèces qui n’existent pas dans la nature (hybrides)

Question 27

La symbiose des champignons mycorhiziens arbusculaires et le microbiome

Answer 27

Les bactéries poussent à la surface des hyphes des champignons mycorhiziens dans un milieu d’agarose-eau (sans nutriments)

Question 28

Les bactéries bénéfiques sont associées avec les champignons mycorhiziens, mais où?

Answer 28

À l’intérieur des plante

Question 29

Exemple d’expérience

Answer 29

diapo p. 57