Interaction entre microbes Flashcards
Essence de la bioloigie
Évolution qui s’applique dans tous les champs de la biologie
Élément clé dans la théorie évolution
Charles Darwin ( et les becs d’oiseaux )
Sélection naturelle
L’homme n’est pas au centre
Théorie synthétique de l’évolution
1) Mutation —> pour avoir de la diversité
2) Migration —> ce qui permet d’exporter certain génétiques/phénotypes
3) Dérive génétique —> goulot d’étranglement (antibiotique) où un petit nombre d’individu qui passe à la génération suivante par le hasard et les caractéristiques de la population change. Ce qui va décimer la diversité de la population
4) Sélection
Diversité alpha
Plus la diversité alpha est élevée dans l’échantillon, plus il y a d’espèces
Milieux les plus diversifiés/complexes
Sol, milieu marin et plantes
Facteurs abiotiques
Lumière Courant Disponibilité en nutriments pH O2...
Facteurs biotiques
Bactéries
Interactions positives
Mutualisme
Coopération
Commensalisme
Interactions négatives
Prédation
Compétition
Parasitisme
Amensalisme
Catastrophe malthusienne
Où la population va être trop grande pour les ressources
Limitation des ressources —> espèces vont se diversifiées
Darwin s’est inspiré de l’économie
Compétition (+/-)
Directe : production d’antimicrobiens
Indirecte : séquestration de ressources limitantes (Phosphore, Fer)
Prédation (+/-)
Phage et bactéries
BDELLOVIBRIO : SUPER ANTIBIOTIQUE (Se servir contre des bactéries hyper résistante à plusieurs classes d’antibiotique)
Amensalisme (-/0)
Bactéries absorbe composé A pour le transformer en B qui a des bénéfices négatives pour l’autre bactérie
Coopération (+/+)
Coopération pour le cycle de carbone (Oxydation anaérobique au niveau du plancher océanique : presque aucune émission dans l’atmosphère)
Mutualisme (+/+)
Oxydation anaérobie du méthane couplée à la réduction des sulfates
Les électrons sont échangées à travers des tubes (des transporteurs d’électrons) ainsi que des métabolites
Il y a toujours trois bactéries associés aux cyanobactéries —> coévolution
Commensalisme (+/0)
Bactéries absorbe composé A pour le transformer en B qui a des bénéfices positives pour l’autre bactérie
Endosymbiose primaire et secondaire
Biofilms
On trouve des biofilms partout
Très résistant à des antibiotiques…
Élément transposable
Capacité à se copier et coloniser un autre endroit
Niveau de sélection
Interaction à l’intérieur d’une même espèce
Mutation dans les membres de la même espèce
Bactéries du genre Wolbachia
Féminisation des males
Induisent la parthénogenèse
Tuent les males
(Être femelle est plus avantageux)
Mécanisme d’interaction
Nanotubes
Transfert de gènes : conjugaison
Bactéries communiquent entre elles en échangeant de l’ADN volontairement (conjugaison) ou non volontairement
Plasmides sont porteurs de gènes clés pour résister à des facteurs
Très fréquents entre les bactéries d’une même espèce
Transduction & Transformation (phages)
Phage trouve son génome modifié quand il utilise le génome bactérien pour se multiplier
Quorum sensing
Communication intra et interespèce
Bactérie qui relâche et qui capture des molécules en continue. Si on augmente le nombre de bactéries, le nombre de molécules relâchées et capturées augmentent
Phage est autonome?
Non
Étape d’infection des phages
1) Absorption
2) Injection
2. 5) Voie lysogénique ou voie lytique
3) Infection (Assemblage des nouveaux bactériophages)
4) Lyse
Virus dans l’environnement
Contrôle des populations de bactéries
Disponibilité de la matière organique
Augmentation de la diversité microbienne en favorisant les transfert horizontaux de gènes
CRISPR
Mécanisme de lutte contre les phages
Système découvert par la recherche fondamentale
CRISPR = ciseaux moléculaire —> Désactiver un gène
CRISPR mécanisme
Fragment d’ADN/plasmide du phage est enregistré dans l’ADN de la bactérie pour fabriquer des ARN
Comme ça, si cet ADN/plasmide revient, on peut le couper (mettre KO un gène)
Phages capables de contrer CRISPR
Oui
Phage est capable d’acquérir une résistance contre CRISPR dans certaines conditions
Théorie de la reine rouge
Système de compétition : capacité de muter d’une manière rapide
Domestiquer un phage
1) Cellules épithéliales sécrètent du mucus
2) Phages s’adhèrent au mucus
3) Phages adhérents forme une couche anti-microbienne
4) Phage et bactéries sont disposés avec le mucus
Phage sont évolutifs?
Oui
Phages sont évolutifs pas les antibiotiques —> Thérapie par les phages contre les bactéries multi-résistantes
Phages sont capable de transporter n’importe quoi n’importe où
Problème avec les phages
Il est difficile de cultiver toutes les bactéries –> on ne peut pas cultiver tous les phages
