Diversité, Écologie et évolution des microorganismes Flashcards
Visualisation des premiers microbes?
Van Leeuwenhoeck en 1670
Réfutation du concept de génération spontannée
Lazarro Spalanzanni en 1750
Un contenant fermé (aucun contact avec l’air) n’aura pas de contamination par des bactéries
Microbe
Être vivant microscopique
3 domaines du vivant
Procaryote : Bactéries (& Archées)
Archées
Eucaryote : Protistes, microalgues, champignons
Pourquoi s’interesser aux microbes?
Lutter contre les pathogènes Meilleur compréhension des cycles biogéochimiques Biotechnologies Médecine de demain Générer de la connaissance sur le vivant
Ancêtre commun?
LUCAS : Last Universal Common Ancestor
Unicité du vivant
Toutes les formes de vie sur Terre ont une composition chimique très comparable
Source d’É utilisant les gradients de protons
Stockage d’É sous forme d’ATP
Supports communs de l’information génétique
Origine de la vie
Abiogenèse -> soupe prébiotique
Panspermie -> météorites
Eau = élément vital pour qu’il y a de la vie
Avantages de la paroi
Protection
Régulation de la division
Régulation du transfert de gènes
Théorie endosymbiotique
Lyn Margullis propose que les cellules eucaryotes sont le résultat d’une suite d’associations symbiotiques avec différents procaryotes
Taille des génomes
Très variables au sein même des différentes espèces
Organismes les plus simples peuvent avoir des génome gigantesques et vice versa
Diversité microbienne
1-2% qui sont cultivables
Bactéries sont les organismes les plus abondants sur la planète
Algues
Plus aquatiques
Phototrophes
75% de l’oxygène sont fait par les cyanobactéries
Base de la chaîne alimentaire aquatique
Mycètes
Plus terrestres
Levures unicellulaire jusqu’aux moisissures et champignon
Protozoaires
Eau et sol
Protistes unicellulaires de type animal
Bactérivores et algivores
Certains pathogènes connus ( plasmodium falciparum responsable du paludisme)
Importance des microbes et l’écosystème
Source de toutes formes de vie
Diversité génétique et biochimique
Représentent 50% de la biomasse des océans
Contrôlent le cycle de tous les éléments qui déterminent l’habitabilité de la Terre
Cyanobactéries ont un rôle clé dans la production d’O2
Rhizobium et cyanobactéries fixent l’azote sur les plantes
Décontamine les sols (Pseudomonas)
Production d’antibiotiques (Streptomyces)
Implication sur la santé de l’hôte (microbiome)
Amplification ciblée des gènes
Amplifier des zones avec des caractères variables pour avoir une plus grande diversité
Intérêt de la métagénomique
Pas besoin de passer par la méthode de cultivation ce qui permet de représenter 100% de la population
Dans la métagénomique, on a tout, mais il faut tout reconstruire les gènes après ce qui est difficile
Comment étudier les microbes
16S amplicon sequecing nous dis quelle espèce de bactérie c’est.
Mais ce n’est qu’un seul gène et dans E. coli, les gènes sont extrêmement variables
Rôle du microbiome intestinal
Digestion des fibres complexes
Développement du système immunitaire
Lutte contre les pathogènes
Synthèse des molécules essentielles
Dysbiose
Déséquilibre du microbiote intestinal
Peut causer des maladies (obésité)
Importance des fibres dans alimentation
Microbiote intestinal et hôte coexistent et il existe une couche de mucus pour protéger l’intestin, mais dans une alimentation faible en fibre, les bactéries attaquent le mucus -> maladies
Médecine et microbiome
On peut utiliser le microbiome d’une personne pour le “transférer” à quelqu’un qui en a pas ou peu (capsule avec du caca)
