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biochimie intra > Les acides nucléiques > Flashcards

Les acides nucléiques Flashcards

1
Q

Quel est la structure du nucléotide

A

pentose (sucre 5 atomes de carbones), phosphate et base azotée (azote et carbone)

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2
Q

Quel est la liaison entre le sucre et le phosphate dans le nucléotide

A

liaison phosphoester

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3
Q

Quel est la liaison entre le sucre et la base azoté dans le nucléotide

A

liaison glycosidique

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4
Q

Quel sont les 2 catégories des bases azotés?

A

purines et pyrimidines

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5
Q

Quels sont les purines?

A

adénine et guanine

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6
Q

Quels sont les pyrimidines?

A

cytosine, thymine et uracile

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7
Q

Quels est la structure des purines?

A

2 cycles : 1 à 5 atomes et 1 à 6 atomes

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8
Q

Quels est la structure des pyrimidines?

A

1 cycle: à 6 atomes

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9
Q

Quel purine ou pyrimidine ne fait pas partie de l’ADN?

A

pyrimidine: uracile

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10
Q

Quels sont les purines et pyrimidines faisant partie de l’ARN

A

arginine, guanine, cytosine et uracile

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11
Q

Quel est la différence entre le sucre sur l’ADN et celui sur l’ARN?

A

ADN: désoxyribose (H sur le carbone 2)
ARN: ribose (OH sur le carbone 2)

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12
Q

vrai ou faux il y a présence d’un groupement hydroxyle sur le pentose de l’ADN

A

faux

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13
Q

Quelle est la formule du phosphate sur l’ADN/ARN? Au pH de la cellule combien de charges sur le phosphate?

A

H3PO4, 2 charges (HPO4^2-)

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14
Q

Qu’est-ce qui peut former des ester avec une fonction oH? Nommez un exemple

A

phosphate, ex: glucide

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15
Q

Qu’est-ce qu’un nucléoside?

A

base azoté lié à un pentose(sucre)

sans phosphate

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16
Q

Dans un nucléoside, comment sont liés précisément une pyrimidine et une base azoté, puis une purine et une base azoté?

A

liaison covalence beta-N-glycosidique :

pyrimidine: C1 sucre et N-1 de la pyrimidine
purine: C1 sucre et N-9 de la purine

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17
Q

Où sont situés les OH sur le ribose vs le désoxyribose?

A

ribose: 2,3,5

désoxyribose: 3,5

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18
Q

Quels sont les groupement estérifiables par le phosphate sur le ribose et le désoxyribose?

A

ribose: 2,3,5

désoxyribose: 3,5

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19
Q

Comment se termine la nomenclature des purines?

A

osine

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20
Q

Comment se termine la nomenclature des pyrimidines?

A

idine

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21
Q

Comment est chargé le carbone au bout par rapport à celui au centre dans un trimère?

A

bout: 2 charges négatives
milieu: 1 charge négative

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22
Q

La majorité des ribonucléotides sont phosphorés en quel position du sucre?

A

5’ (alors sous-entendus)

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23
Q

Pour la nomenclature nommez si: ribose, adénine et 1 phosphate

A

riboadénylate-monophosphate

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24
Q

Pour la nomenclature nommez si: désoxyribose, glutamine et 2 phosphate. Dire aussi adénine, cytosine, thymine et uracile

A

désoxygluanylate-diphosphate

adénylate, citidylate, uridylate..

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25
Q

Quel est la liaison entre le 2ieme et le 3ieme phosphate ensemble? Rôle?

A

liaison phophoanhydre

riche en énergie

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26
Q

Quels sont les deux principales fonction d’un nucléotide?

A
  • transfert d’un groupe phosphate ou diphosphate à différents substrats = énergise les substrats
  • transfert d’un groupe (A, G, C ,T ,U , substrat (protéine, sucres..))
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27
Q

Quel enzyme est capable de transférer un groupement phosphate sur une autre protéine

A

kinase (pKa)

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28
Q

Que permet la liaison de 3 phosphates?

A

riche en énergie

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29
Q

Jusqu’a combien de phosphate peuvent être ajouté sur un nucléotide?

A

3

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30
Q

Nommez les purines en nucléoside dans l’ARN

Nommez les purines en nucléoside dans l’ADN

A

adénosine, guanosine

désoxyadénosine, désoxyguanosine

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31
Q

Nommez les pyrimidines en nucléoside dans l’ARN

Nommez les pyrimidines en nucléoside dans l’ADN

A

cytidine, uridine

désoxycytidine, désoxythymidine

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32
Q

Nommez les purines en nucléotide dans l’ARN

Nommez les purines en nucléotide dans l’ADN

A

adenylate, guanylate

désoxyadenylate, désoxyguanylate

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33
Q

Nommez les pyrimidines en nucléotide dans l’ARN

Nommez les pyrimidines en nucléotide dans l’ADN

A

citidylate, uridylate

désoxycitidylate, désoxythymidylate

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34
Q

Nommez les 4 nucléosides triphosphate (en abréviation)

A

ATP, GTP, CTP, UTP

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35
Q

Nommez les 4 désoxynucléosides triphosphate (en abréviation)

A

DATP, DGTP, DCTP, DTTP

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36
Q

Quel est la manière la plus efficace de discriminer l’ADN de l’ARN

A

le sucre : s’il y a un groupement hydroxyle sur le carbone 2’ de celui-ci, si oui = ribose = ARN

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37
Q

vrai ou faux l’ADN et l’ARN sont des structure courbés

A

faux, linéaire

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38
Q

par quelle liaison sont relié les polymère d’ADN ou ARN

A

lien 3-5-phosphoDIester

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39
Q

est-ce qu’il y a une longueur limité à l’ADN ou ARN

A

non illimité

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40
Q

est-ce que on nomme de 3 vers 5 ou 5 vers 3

A

5 (phosphore libre) jusqu’à 3 (OH libre)

pour ça que juste extrémité 5 à deux charge négative

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41
Q

Combien de charge négative par nucléotides d’ARN/ARN

A

une charge négative

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42
Q

Combien de charge négative à l’extrémité 5’ d’ARN/ARN

A

2 charges négatives

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43
Q

Est-ce qu’il est possible d’avoir une chaine circulaire d’ADN ou ARN

A

oui

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44
Q

De quel extrémité à quel extrémité est synthétiser l’ADN/ARN. Convention?

A

5-3

5-3

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45
Q

Combien de type de monomères différents dans l’ADN? Combien de possibilité?

A

4, 4^n

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46
Q

Quel est la charge de l’ADN et pourquoi?

A

négative car 1 charge négative par nucléotide (à cause du phosphate) et deux charges négatives à l’extrémité 5

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47
Q

Comment se lie la thymine et l’adénine précisément (avec les positions)?

A

adénine dipole positif sur NH2 position 6 - thymine dipole négatif sur O en position 4
adénine dipole négatif sur N position 1 - thymine dipole positif NH en position 3

2 ponts H

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48
Q

Combien de pont H entre A et U , A et T, C et G, G et A

A

2, 3, 3, aucun (hihi)

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49
Q

Est-ce qu’il y a le même diamètre entre les paires de bases? Rôle?

A

d: 1,08 nm : oui

régulise la double hélice

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50
Q

Comment sont placés les brins d’ADN dans l’ADN?

A

anti parallèle

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51
Q

De quoi sont composés les armatures de l’ADN?

A

squelette de sucre-phosphate

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52
Q

Qu’est-ce que la règle de Chargaff?

A

1- Ratio pur/pyr = 1
2- A=T et C=G
Donc’ A+ G = T + C
mais (A+T)/(G+C) = VARIE

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53
Q 
Quelle règle est-ce: 
1- Ratio pur/pyr = 1 
2- A=T et C=G 
Donc' A+ G = T + C 
mais (A+T)/(G+C) = VARIE
A

règle de Chargaff

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54
Q

Qui a découvert la structure 3 de l’ADN , quelle année? comment? Qu’elle année gagné le prix Nobel?

A

Watson et Crick en 1953, en analysant des patrons de diffractions à rayon X de Franklin et Wilkins (1952) et des règles d’appariement des paires de bases (Chargaff). En 1962.

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55
Q

Quelle forme prend la structure 3D de l’ADN selon watson et crick?

A

double hélice

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56
Q

Quelle est la forme la plus importante de l’ADN?

A

ADN-B

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57
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) est favorisé en milieu aqueux?

A

B

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58
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) à 10,5 pb/tour?

A

B

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59
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) à 11 pb/tour?

A

A

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60
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) à 12 pb/tour?

A

Z

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61
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) à une hauteur de 33,2A?

A

B

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62
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) à une hauteur de 24,6A?

A

A

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63
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) à une hauteur de 45,6 A?

A

Z

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64
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) à 0,34 nm entre les paires de bases?

A

B

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65
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) est la plus compact?

A

A

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66
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) à des sillons égaux?

A

A

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67
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) n’a pas de sillon?

A

Z

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68
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) est sous-forme d’hélice droit?

A

B,A

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69
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) est sous-forme d’hélice gauche?

A

Z

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70
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) est en forme déshydratée?

A

A

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71
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) est sous-forme riche en CG?

A

Z

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72
Q

quelle forme d’ADN (a,b,z) est majoritaire?

A

B

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73
Q

Quels sont les forces stabilisant l’ADN B? (4)

A

effet hydrophobe (paires de bases), Van der waals (empilement des bases), pont h (a-t,c-g), ponts salins (groupes phosphodiesters négatif et cation mg++)

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74
Q

Qu’est-ce qui vient stabiliser les ponts salins (groupes phosphodiesters négatif)

A

Mg++

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75
Q

Expliquer la notion de température de fusion (définition) et comment ça s’applique à l’ADN

A

Tm = température à laquelle 50% de lADN est db et 50% de l’ADN est simple brin

plus haute température de fusion pour la forme Z de l’ADN car plus de c-g qui ont 3 pont donc plus besoins d’énergie que a-t

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76
Q

Quel est la partie de l’ADN qui absorbe les rayon u.v? a combien de longueur d’onde

A
  • bases azotés

- 260 nm

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77
Q

entre le simple brin et le double brin qui a une meilleur absorbance

A

simple brin car basez azotés exposées

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78
Q

Quelle est la structure tertiaire de l’ADN

A

formation de super-hélices pour l’ADN circulaire ou linéaire

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79
Q

formation de super-hélices pour l’ADN ce fait pour circulaire ou linéaire

A

les deux

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80
Q

Qui vient contrer si nécessaire la formation de super-hélices pour l’ADN. Comment?

A

topoisomérase en coupant si nécessaire un brin ou deux

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81
Q

la topoisomérase joue surtout un rôle important lors de : la réplication, la transcription ou la traduction?

A

réplication

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82
Q

Expliquer la structure du nucléosome

A

octamère de 1 tétramère d’histones H3-H4 et 2 dimère de H2A-H2B, basique enroulant 1,65x l’ADN autour des histones

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83
Q

les histones sont chargé + ou -. pourquoi? Quelle a.a majoritaire?

A

+, pour attiré ADn chargé -, Lysine, Arginine (basique)

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84
Q

Quelle est l’enroulement de l’ADN autour des histones?

A

146pb/1,75 tour et 54 pb entre chaque octamère

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85
Q

Quelle est le facteur de condensation de l’ADN lorsqu’il est sous forme de nucléosome?

A

10x

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86
Q

En présence de quelle milieu la chromatine devient une fibre de 10nm? À quoi sa ressemble?

A

en milieu de faible force ionique : décondensation: formation d’un collier de perle (perle: nucléosome et ADN de coeur) fil: ADN linker double brin

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87
Q

Combien de pb d’une perle à l’autre (dans un collier de perle de nucléosomes)?

A

200pb (146+ 54)

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88
Q

Quand pouvons nous dire chromatine?

A

quand il y a H1 : 2ieme niveau de condensation

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89
Q

Nommez les histones

A

h1, h2a, h2b, h3, h4

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90
Q

Quelle est le premier, le deuxième, le troisième et le quatrième niveau de condensation de l’ADN?

A

premier: nucléosome
deuxième: chromatine (avec H1)
troisième: boucles et mini bandes
quatrième : chromosome

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91
Q

Quelle est le type de condensation de la chromatine? Combien de nucléosome/tour et pb/tour? qui assure la stabilisation

A

type solénoïde, 6 nucléosome par tour (1200 pb/tour), H1

92
Q

Quelle est le facteur de condensation de la chromatine individuelle puis le facteur de condensation total?

A 
4x 
total 40x (4x x 10x (nucléosomes))
93
Q

Quelle est la longueur des boucles d’ADN?

A

60.000 à 150.000

94
Q

Qu’est-ce qui permet la formation des boucles d’ADN?

A

pb ancrées à une charpente de protéines non-histones

95
Q

L’enroulement des boucles d’ADN en ________ de combien de loupes?

A

mini-bandes de 18 loupes

96
Q

À quoi ressemble schématiquement les mini-bandes de l’ADN? comparé à boucle?

A

fleur

une ligne avec des boucles

97
Q

Quel est le facteur de condensation des boucles/mini-bandes? Condensation total?

A

x200

10x 4x 20x = 8000x

98
Q

Qu’est-ce qu’un chromosome?

A

empilement de mini-bandes stabilisées par des complexes de protéines d’ARN

99
Q

Qu’est-ce qu’un empilement de mini-bandes stabilisées par des complexes de protéines d’ARN?

A

chromosome

100
Q

Chez l’humain, combien de paires de chromosomes? Combien de molécules d’ADN doubles brins?

A

23

46

101
Q

Chez l’humain, combien de molécules d’ADN doubles brins?

A

46

102
Q

Chez l’humain, 1 chromosome = combien de paires de bases en moyenne?

A

2,4 x 10^8 pb en moyenne

103
Q

Chez l’humain, la longueur du chromosome est de? combien déroulé?

A

10 micromètre et déroulé 8,2 cm déroulé

104
Q

estimation du nombre de cellules chez l’humain

A

32 milliards

105
Q

Pourquoi est-ce qu’il y a une aussi grande importance de la réplication de l’ADN? Décrire comment mène en 2 cellules filles

A

nécessaire pour une copie intacte et parfaite du génome

1 cellule mère, croissance, ségrégation des chromosomes et 2 cellules filles

106
Q

vrai ou faux il y a une énorme complexité du code génétique?

A

vrai

107
Q

Qui est le porteur de l’information génétique

A

ADN

108
Q

Quels sont les 2 fonctions de l’ADN ***

A
  • rôle dans la stabilité de l’information

- rôle dans la transmission

109
Q

vrai ou faux:

  • —-ADN ——————————ARN———————protéine
    (replication) —transcription—————traduction———–
A

vrai

110
Q

vrai ou faux:

  • —-ADN ——————————ARN———————protéine
  • ————-transcription—–réplication—–traduction—–
A

faux:
- —-ADN ——————————ARN———————protéine
(replication) —transcription—————traduction———–

111
Q

Qui est le gardien de l’information génétique? Pourquoi (3)?

A
  • réplication fidèle
  • mécanismes de réparation efficaces
  • transfert de l’information à l’ARN
112
Q

Nommez les 3 postulats de la réplication de ADN?

A

-semi-conservative
(une brin parental et un fille ensemble x2)
-conservative
(1 brin parentale et 1 brin fille)
-dispersive
(un mélange des brins filles et parentaux ensemble x2)

113
Q

Watson et Crick en 1953 croit en lequel des 3 postulats: semi-conservative, conservative, dispersive? décrire

A

semi-conservative: l’hélice se détord pendant la réplication de ADN et chaque brin sert de matrice pour la synthèse d’un brin complémentaire

114
Q

Quelle confirmation expérimentale permet de confirmer l’exactitude de la replication semi-conservative? quel année? comment?

A

expérience de Meselson-Stahl, 1958: confirme hypothèse de watson et crick. Utilise seulement de l’azote lourd pour un brin d’ADN parental mais fait répliquer dans un milieu d’azote léger.

115
Q

Lors de l’expérience de Meselson-Stahl, 1958 avec l’azote lourd et léger comment est la première génération de file, deuxième et troisième?

A

100% d’un brin parental lourd avec des brins léger,
50% léger 50% lourd,
75% léger 25% lourd

116
Q

La synthèse de l’ADN ce fait par _______ de nucléotides

A

polymérization

117
Q

La synthèse de l’ADN est catalysé par ? et requiert des ?

A

ADN polymérase, désoxynucléotides 5’ triphosphate : dNTPs : N= a, t, c ou g

118
Q

vrai ou faux la synthèse de l’ADN nécessite desdésoxynucléotides 3’ triphosphate

A

faux désoxynucléotides 5’ triphosphate car synthèse se fait du 5 vers le 3

119
Q

La synthèse de l’ADN nécessite _____ afin de débuter

A

une amorce (ARN)

120
Q

vrai ou faux l’amorce est composé d’ARN

A

vrai

121
Q

Qu’est-ce qui sépare les deux brins matrices lors de la réplication?

A

hélices

122
Q

vrai ou faux e coli a une seule origine de réplication

A

vrai

123
Q

vrai ou faux l’eucaryote a une seule origine de réplication

A

faux plusieurs

124
Q

vrai ou faux les origines de réplication sont riches en A T

A

vrai

125
Q

Pourquoi E coli contient le gène ADNa ?

A

Le gène d’ADNa s’attache spécifiquement au site de réplication pour y produire une dénaturation localisé de l’hélice d’ADN, afin que deux réalisateurs s’attachent à ce site et commencent à répliquer le chromosome dans les 2 sens.

126
Q

vrai ou faux l’ADN du chromosome de E coli se réplique dans un sens.

A

faux (2 sens):
Le gène d’ADNa s’attache spécifiquement au site de réplication pour y produire une dénaturation localisé de l’hélice d’ADN, afin que deux réalisateurs s’attachent à ce site et commencent à répliquer le chromosome dans les 2 sens.

127
Q

De quoi est constitué l’OriC des procaryotes? que déclenche t-il?

A

3 répétitions de 13 pb + 4 répétitions de 9 pb. Il déclenche le déroulement de l’ADN par l’hélicase

128
Q

Dequoi est constitué l’origine de réplication des eucaryotes (eucaryotes supérieurs vs levures )

A

eucaryotes supérieurs: variable dépend de la structure de la chromatine (surtout régions dépourvus de nucléosomes)
levure: similaire au procaryote mais plus long (3 répétitions de 13 pb + 4 répétitions de 9 pb. Il déclenche le déroulement de l’ADN par l’hélicase)

129
Q

Chez les eucaryote il y a un complexe de reconnaissance de l’origine de replication, de quoi est-il composé? Rôle?(2)

A

six sous-unités
lie les origines de réplication et s’associe à d’autre protéines pour recruter l’hélicase (MCM (minichromosome maintenance)

130
Q

vrai ou faux tant chez les eucaryotes que E coli la replication progresse dans les 2 sens

A

vrai

131
Q

combien d’amorce chez e coli vs eucaryote

A

une vs plusieurs

132
Q

vrai ou faux la synthèse est plus lente chez les bactéries, ordre de vitesse

A

faux: plus lente chez les eucaryote: 50-100 nucléotides/s vs 500-100 nucléotides/s chez bactéries

133
Q

que permet le grand nombre d’origines de réplication chez les eucaryotes

A

copier l’ADN eucaryote dans un laps de temps proche de celui des procaryotes

134
Q

Taille de l’ADN du procaryote vs eucaryote?

A

procaryote ADN= 5x10^6 pb

eucarytote 1,5x10^8 pb/chromosome

135
Q

vrai ou faux la réplication de l’ADN est bidirectionnelle?

A

vrai

136
Q

vrai ou faux chez l’eucaryote il y a plusieurs centaines d’origines/chromosome?

A

vrai

137
Q

Lorsque j’aperçois au microscope plusieurs oeil de réplication il s’agit de la réplication eucaryote, procaryote ou les deux?

A

eucaryote car procaryote 1 origine/génome

138
Q

L’initiation de l’hélicase se fait à quel endroit?

A

aux origines de réplications (section riche en A-T)

139
Q

vrai ou faux plusieurs hélices peuvent agir sur un chromosome?

A

vrai car plusieurs origines de réplication

140
Q

Quel problème survient lors du déroulement de l’ADN par l’hélicase? qui le solve?

A 
surrenroulement positif (force de tension) 
topoisomérase
141
Q

Comment agis brièvement la toposoisomérase?

A

coupure, désenroulement et réparation

142
Q

vrai ou faux la topoisomérase joue un rôle de réparation (capable de ressouder)

A

vrai

143
Q

Quelle est le nom de la machinerie protéique capable de polymériser l’origine de réplication de E coli? De quoi est-ce composé?

A

réplicateur ou réplisome

formé de protéines qui catalyse diverses réaction pour une réplication rapide et précise

144
Q

combien de réplicateur par ADN circulaire de E coli?

A

2 car un à chaque fourche de réplication (vu que la réplication est bidirectionnelle)

145
Q

vrai ou faux 1 des deux fourches de réplication de ADN circulaire de E coli contient un réplisome/réplicateur

A

faux les 2 fourches contiennent un réplisome

146
Q

Quant-est-ce que les deux chromosomes de ADN circulaire de E coli se séparent?

A

lorsque les deux réplicateurs/les deux fourchent de réplication se rencontrent au site de terminaison

147
Q

si le brin parental est du 3 vers le 5 et que la fourche va vers le 3, est-ce que le brin nouvellement synthétiser est continu ou discontinu?

A

discontinu

148
Q

si le brin parental est du 5 vers le 3 et que la fourche va vers le 5, est-ce que le brin nouvellement synthétiser est continu ou discontinu?

A

continu

149
Q

Où est placer l’amorce (ARN) ?

A

sur le 5’ du brin nouvellement synthétiser

150
Q

Où est placer l’amorce (ARN) sur le brin parentale qui s’occuper du brin continue ?

A

3’

151
Q

Quel est le nom de l’amorce (ARN) ?

A

primase

152
Q

Où est synthétisé l’amorce (ARN) ?

A

à l’origine de réplication

153
Q

Quels sont les avantages d’utiliser une amorce (3)?

A
  • ajouté sans contrôle qualité
  • ARN pourra facilement reconnu comme non-ADN puis dégradé
  • conservation de l’ADN seulement (dupliqué très fidèlement)
154
Q

Chez eucaryote qui fait l’amorce et comme la réaction de polymérisation du brin complémentaire? par qui est-elle remplacé par le reste de a polymérisation?

A

ADN pol alpha car 2 sous-unité polymérase et 2 sous-unité primase
remplacé par ADN pol petite bombe

155
Q

vrai ou faux la synthèse de nouveau brin d’ADN chez E coli consiste a ajouter de nouveau nucléotide sur l’extrémité 3’ de brin matrice

A

vrai car l’ajout se fait sur 5’ DU NOUVEAU BRIN

156
Q

Nommez les trois types différents de polymérase chez E.coli et leur rôles

A

ADN polymérase 1: répare l’ADN et prend part à la synthèse de l’un des brins au cours de la réplication
ADN polymérase 2: réparation
ADN polymérase 3: composant-clef du réplicateur et enzyme principale de la réplication de l’ADN (assure l’élongation)

157
Q

vrai ou faux l’ADN polymérase 1 chez E coli est plus distributive

A

vrai

158
Q

vrai ou faux l’ADN polymérase 3 chez E coli est plus distributive

A

faux processive

159
Q

vrai ou faux l’ADN polymérase 2 chez E coli est plus distributive

A

vrai

160
Q

Nommez les 4 types différents de polymérase chez eucaryote et leur rôles

A

ADN pol alpha: allongement et amorce
ADN pol petite bombe: allongement
ADN pol béta: réparation
ADN pol gamma: répliquer ADN mitochondrial

161
Q

vrai ou faux la synthèse de l’ADN polymérase progresse tjrs du 3’ vers le 5’

A

faux 5’ vers 3’

162
Q

vrai ou faux la synthèse des deux brins d’ADN se fait dans le même sens que la fourche de réplication

A

faux : dans même sens brin continu (brin néoformé)

dans sens contraire brin discontinu (brin retardé)

163
Q

vrai ou faux pour E coli deux complexes du dimère de l’holoenzyme d’ADN polymérase 3 sont placés à la fourche, l’un fait la synthèse du brin avancé et l’un du brin retardé

A

vrai

164
Q

vrai ou faux l’enzyme quitte l’origine de réplication lors de la synthèse du brin continu

A

faux lors du brin discontinu

165
Q

vrai ou faux le réunissement des brins discontinue se fait dans une réaction indépendante

A

vrai

166
Q

Comment se nomme les fragments du brins discontinue

A

fragments d’Okazaki (après la personne qui les as découvert)

167
Q

Combien d’ADN polymérase pour un double brin parental?

A

2 : 1 par brin parental

168
Q

Quel est la particularité que le brin discontinu prend comme conformation lors de sa synthèse?

A

celui-ci s’écarte en boucle

169
Q

Pourquoi la matrice du brin retardé s’écarte en boucle?

A

car les deux brins de la matrice sont anti-parallèle
3 5 rien 5
bout du continue bout du discontinue
donc 5 5 se repousse alors boucle à jusqu’a ce que la synthèse du 3 du brin discontinu soit fait et peut se replacer en ligne
3 5 3 5

170
Q

Comment commence la synthèse des fragments d’okazaki?

A

présence d’amorce d’ARN

171
Q

Par l’expression de quelle gène de E.Coli est produite la primase?

A

expression du gène ADNg de E Coli

172
Q

vrai ou faux chaque amorce est prolongé à partir de l’extrémité 3’ par l’ADN polymérase 3 pour E coli

A

vrai

173
Q

Comparez la longueur des fragments d’Okazaki chez eucaryote vs procaryote

A

eucaryote: 100-200 nucléotides
procaryote: 1000-2000 nucléotides
procaryote>eucaryote

174
Q

Qu’est-ce qui digère l’amorce chez eucaryote et E coli?

A

RnaseH

175
Q

Qu’est-ce qui vient après la digestion de l’amorce par RnaseH chez eucaryote et E coli?

A

eucaryote: ADN poly petite bombe
procaryote: ADN poly 3

176
Q

Par quelle enzyme sont relié les fragments d’okazaki suite a la digestion des amorces par RnaseH?

A

ADN ligase

177
Q

Combien de domaines possèdes RnaseH (responsable de la digestion des amorces)

A

2: domaine HBD (hybrid binding domain) et un domaine catalytique

178
Q

Que libère RnaseH (responsable de la digestion des amorces)?

A

libère les extrémités 5’ phosphate et 3’ OH

179
Q

Comment est composé RnaseH et comment elle digère l’amorce?

A

composé d’un double brin ADN:ARN et de 2: domaine HBD (hybrid binding domain) et un domaine catalytique

elle hydrolyse l’amorce dans ce double brin en libèrant les extrémités 5’ phosphate et 3’ OH

180
Q

Quel est le contrôle qualité effectué par la polymérase? grâce à quoi?

A

ajoute seulement des nouveaux nucléotides s’il est complémentaire au brin matrice

sinon possède une activité 3’-5’ exonucléase , qui recule lorsque présence d’une erreur

181
Q

vrai ou faux l’exonucléase peut reculer sur le brin ADN

A

vrai possède une activité 3’-5’ exonucléase

182
Q

Évaluer le niveau d’erreur de l’ADN poly au niveau de l’ADN et de l’ARN

A

ADN: 1 erreur/10^9
ARN: 1 erreur/10^4
quand même beaucoup!

183
Q

Sur E coli qu’elle site est a l’opposé du site de réplication. Rôle?

A

site de terminaison , arrêter la réplication

184
Q

Sur E coli de quoi est composé le site de terminaison

A

séquences servant à la liaison d’une protéine de fixation soit terminateur/protéine tus

185
Q

Sur E coli, Comment la protéine tus (terminateur) empêche la fourche de dépasser cette région?

A

en inhibant l’activité de l’hélices du réplicateur

186
Q

Sur E coli, quelle séquence important à la protéine tus (terminateur) afin d’occuper son rôle principale?

A

séquence d’ADN pour la séparation des chromosomes-fils suite à la réplication complète de l’ADN

187
Q

que permet la topoisomérase chez les procaryote

A

relâchement de la tension

188
Q

à quoi attribue t-on la lenteur relative de la réplication de l’ADN chez les eucaryote?

A

la fixation d’histones et son empactage en nucléosome!!

189
Q

vrai ou faux il y a des histones chez les eucaryote et les procaryote

A

faux eucaryote seulement

190
Q

vrai ou faux les histones parentaux restent fixées à l’ADN pendant la réplication des histones néo-formés

A

semi vrai (vrai pour ce cour)

191
Q

vrai ou faux les histones néo-formés se fixe a l’ADN en arrière de la fourche de réplication peu de temps après la synthèse du nouveau brin **

A

vrai

192
Q

Qu’est-ce qui endommage le plus l’ADN?

A

radicaux libre (espèce oxygéné)

193
Q

vrai ou faux l’ADN est la seule macromolécule que la cell peut réparer

A

vrai

194
Q

vrai ou faux les lésion d’ADN sont moins menaçante que la quantité d’énergie nécessaire pour les réparer

A

faux plus menaçante

195
Q

vrai ou faux la cellule tire beaucoup d’avantage a réparer ses macromolécules

A

faux seulement l’ADN

196
Q

Pourquoi l’ADN endommagé menace l’organisme?

A

car les lésions touchent des gènes codant pour une protéine essentielle = peut entrainer la mort = accumulation peut aussi entrainer une perte progressive de fonctions cellulaires ou une croissance anarchique ( cancers)

197
Q

Expliquer en général le fonctionnement d’un cancer

A

première mutation: apparence normal mais prédisposé à une mutation excessive
deuxième mutation: apparence normal mais commence à proliférer trop
troisième mutation: des changement structuraux et cellules prolifèrent plus rapidement
x mutation: apparence anormale évidente et pousse de façon incontrôlable

198
Q

vrai ou faux l’altération de l’ADN est inévitable

A

vrai

199
Q

l’altération de l’ADN est inévitable nommez 3 causes

A
  • ADN polymérase: introduit des mésappariments pouvant être corrigés
  • métabolisme cellulaire: expose l’ADN aux substances réactives de l’oxygènes qui sont des produits du métabolisme (hydroxyle, peroxyde..)
  • agents environnementaux (UV, rayons ionisant, agents chimiques peuvent endommagés physiquement l’ADN)
200
Q

Nommez les 5 types de réparation de l’ADN

A
  • Réparation par une seule enzyme (ex: dimères de thymines)
  • Réparation par excision de base (BER) (corrige les lésions les plus fréquentes de l’ADN)
  • Réparation par excision de nucléotide (NER) (corrige deuxième les lésions les plus fréquentes de l’ADN)
  • Réparation par jonctions des extrémités (NHEJ: non-homologue end-joining) (corrige les cassures doubles-brins)
  • Réparation par recombinaison homologue (HR) (corrige les molécules d’ADN cassés)
201
Q

Expliquer le concept de dimères de thymine. Pourquoi ça la lieu?

A

l’ADN est sensible au rayon UV et ceux-ci provoque une dimérisation des thymines ce qui rend la réplication impossible (puisque ceux-ci distordent le brin matrice)

202
Q

vrai ou faux la réplication est possible malgré les dimères de thymine

A

faux: distorde le brin matrice donc impossible

203
Q

Quel enzyme défait les dimères de thymines et comment

A

grâce à la photoréactivation par l’enzyme protolyase qui implique la fixation de l’enzyme en face du dimère de thymine et lorsque le complexe est formé il absorbe la lumière du spectre visible et la réaction de dimérisation s’inverse

204
Q

À quelle catégorie de mécanisme de réparation appartient la photoréactivation des dimères de thymine?

A

réaction enzymatique simple

205
Q

Décrire le mécanisme de réparation par excision de base (BER)

A

il y a une base endommagé, l’ADN glycosylase vient enlevé la base endommagé (maintenant site abasique (sans base), l’endonucléase vient créer une ouverture devant le site abasique puis l’ADN polymérase et la ligase viennent réparer le site

206
Q

dans le mécanisme de réparation par excision de base (BER) comment agis l’enzyme principale et quelle est son nom?

A

enzyme: ADN glycosylase : catalyse l’élimination des bases en hydrolysant la liaison N-glycosidique

207
Q

Nommez un exemple de mécanisme de réparation par excision de base (BER) avec son enzyme précis

A

uracile-adn glycosylase
En milieu aqueux la cytosine a tendance à devenir spontanément un uracile on inverse par l’enzyme

il y a une base endommagé, l’ADN glycosylase vient enlevé la base endommagé (maintenant site abasique (sans base), l’exdonucléase vient créer une ouverture devant le site abasique puis l’ADN polymérase et la ligase viennent réparer le site

208
Q

vrai ou faux en milieux aqueux il peut y avoir avec de l’énergie la désamination hydrolytique de la cytosine pour un uracile.

A

faux pas nécessairement besoin d’énergie (spontané)

209
Q

l’uracile provenant d’une désamination hydrolytique d’une cytosine s’associe avec quelle base azoté?

A

une ADÉNINE (et non une guanine)

donc deja qu’il y a de l’uracile dans l’ADN permettant de repéré elle se lie aussi avec la mauvaise base azoté

210
Q

Décrire le mécanisme de réparation par excision de nucléotides (NER)

A

il y a un nucléotide endommagé, l’hélicase vient séparé la section près de se nucléotide, l’endonucléase vient enlevé une bonne section(environ 30 nucléotide près de celui endommagé) , l’ADN polymérase et la ligase viennent réparer le site

211
Q

Décrire ce que peut réparer le mécanisme de réparation par excision de nucléotides (NER)

A

dommages causés par la lumière UV et les radicaux libres

212
Q

vrai ou faux l’hélicase est utilisé pour la réparation BER et NER

A

faux juste NER

213
Q

vrai ou faux dans la réparation de BER l’endonucléase enlève un segment de 30 nucléotide près de celui endommagé

A

faux NER

214
Q

Décrire le mécanisme de réparation par jonction des extrémités non-homologue (NHEJ)

A

cassure dans des extrémités non-homologues, il y a un alignement et Ku recrute des exonucléases et des polymérises qui font le rognage et l’allongement des brins, puis la ligase fini la réparation (type de réparation est propice aux erreurs)
il y a un Ku sur chaque brin

215
Q

vrai ou faux lors de la réparation par jonction des extrémités non-homologue (NHEJ) il y a perte d’infogénétique

A

vrai à cause de l’exonucléase

216
Q

Décrire le mécanisme de réparation par recombinaison homologue (HR)

A

une exonucléase vient trimer l’extrémité 5’ où il y a le bris, un des bout 3’ libre envahit un segment homologue du l’ADN, ADN polymerase synthétise le bout 3’ et on fait le cross-over pour avoir deux segments d’ADN avec aucun trou (le criss cross est possible par des protéines de recombinaison : RecA chez E coli et Rad51 chez humain

217
Q

vrai ou faux lors du mécanisme de réparation par recombinaison homologue (HR) on retrouve deux segments d’ADN qui ont des segments de l’autres segments

A

vrai

218
Q

vrai ou faux le mécanisme de réparation par recombinaison homologue (HR) est plus propice aux erreurs

A

faux car utilise brin homologue

219
Q

vrai ou faux Rad51 est nécessaire chez les eucaryotes lors du mécanisme de réparation par jonction des extrémités non-homologue (NHEJ)

A

faux c’est une protéines de recombinaison nécessaire dans la réparation par recombinaison homologue (HR) lors du criss cross

220
Q

vrai ou faux RecA chez E coli est nécessaire lors du mécanisme de réparation par recombinaison homologue (HR)

A

vrai

221
Q

Nommez des sources de dommages de l’ADN

A

UV, IR, stress, oxydait, oncogènes

222
Q

vrai ou faux s’il y a des défauts de réparation de l’ADN il y a accumulation de mutations pouvant mener a une susceptibilité au cancer

A

vrai

223
Q

Qu’est-ce que BRCA 1/2WT

A

breast cancer associative 1/2, si mutation breast cancer

224
Q

Nommez en ordre les protéines/enzymes impliquées dans la réplication de l’ADN.

A

ORC/dna, hélicase, topoisomérase, primase, ADN polymérase, RnaseH, ADN polymérase, ADN ligase

225
Q

Décrire ce qu’ils font dans l’ordre: ORC/dna, hélicase, topoisomérase, primase, ADN polymérase, RnaseH, ADN polymérase, ADN ligase

A

figure it out

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