Le Biomolecole Flashcards
Dimmi 2 differenze tra molecole organiche e biomolecole organiche
Le molecole organiche possiedono un gruppo funzionale mentre le biomolecole possiedono più gruppi funzionali
La reattività dipende solo dal gruppo funzionale per le molecole organiche, mentre dipende anche dalla stereochimica (disposizione dei gruppi funzionali nello spazio) nel caso delle biomolecole
Dimmi la differenza tra acido maleico ed acido fumarico
L’acido maleico è un isomero Cis e non partecipa a reazione ossidative
L’acido fumarico è un isomero Trans e partecipa come intermedio metabolico nel ciclo di Krebs
Cosa si intende per forza di legame e da cosa dipende?
Per forza di legame si intende l’energia che viene rilasciata dal sistema in seguito alla rottura di un legame e corrisponde alla ∆H.
Questa dipende da:
• Elettronegatività: aumenta lungo il periodo e diminuisce lungo il gruppo
• Distanza: dipende dalle forze nucleari
• Tipo di legame: semplice/doppio/triplo
Dimmi le energie dei legami semplice, doppio e triplo
Semplice: 200-450 kj/mol
Doppio: 500-700 kj/mol
Triplo: >800 kj/mol
Dimmi due proprietà fisiche dell’acqua
Punto di fusione alto
Punto di ebollizione alto
Dimmi a quanto corrisponde l’energia cinetica delle molecole di acqua allo stato liquido
Corrisponde a 20 kj/mol, ossia la quantità di energia necessaria a rompere un legame a idrogeno.
Questo perché allo stato liquido l’energia sprigionata dal moto delle molecole è uguale all’energia necessaria per rompere un legame a H
Dimmi la variazione di entropia ed entalpia nella solvatazione di soluti ionici
Nel caso di soluti ionici
∆H è leggermente positiva a causa del numero inferiore di legami che si formano rispetto al solvente puro (lievemente sfavorita)
∆S è molto positiva grazie all’aumento di specie molecolari nel sistema
Dimmi la variazione di entropia ed entalpia nella solvatazione di composti polari
∆H è molto negativa poiché si formano molti legami a H tra soluto e solvente
(Favorita)
∆S negativa perché le molecole di acqua acquistano una precisa orientazione rispetto al soluto (sfavorita)
Dimmi la variazione di entropia ed entalpia nella solvatazione di molecole apolari
Le molecole apolari non possono interagire con l’acqua e questo causa:
∆H positivo poiché non si formano legami (sfavorita)
∆S negativa poiché l’acqua tende a disporsi in modo tale da formare degli strati a livello delle molecole polari (sfavorita)
Dimmi la variazione di entropia ed entalpia nella solvatazione di molecole antipatiche
Quando non ci sono micelle:
∆H positivo: la parte idrofobica non forma legami con H2O
∆S negativo: l’H2O si dispone secondo strati ordinati
Dopo la formazione di Micelle:
∆H negativo: solo legami a H tra H2O e parte polare delle molecole
∆S positivo: aumentano le specie molecolari nel sistema
∆S influisce molto di più rispetto a ∆H poiché quest’ultima dipende solo da interazioni idrofobiche (di London) tra le code apolari
Dimmi 3 conseguenze che hanno i legami deboli sulle molecole
• Stabilizzazione della struttura tridimensionale
• Formazione di complessi sovrastrutturali
• Flessibilità strutturale
Spiega i motivi per cui il legame peptidico è una struttura di risonanza
- Il legame peptidico che si forma tra C carbonilico ed N ammidico ha un parziale carattere di doppio legame (lunghezza intermedia tra semplice e doppio)
- L’ampiezza degli angoli formati da C e N sono di 120°
Si può dedurre che sono ibridati sp2 e quindi planarità più lunghezza di legame ci permettono di stabilire che è una struttura di risonanza
Dimmi 2 cose sugli angoli di rotazione di una catena polipeptidica
1) sono chiamati Fi e Psi e sono rispettivamente i legami Calfa-N e Calfa-C. Quindi Calfa è il punto di snodo
2) si misurano a partire da una configurazione proibita in cui i piani peptidici sono tutti complenari
Dimmi i 4 elementi di periodicità della alfa elica
Numero di residui amminoacidi per spira: 3,6 residui
Passo dell’elica: 5,4 Å
Spazio occupato da ogni residuo: 1,5 Å
Diametro dell’elica: 5 Å
Dimmi 2 elementi che favoriscono la formazione di una Alfa elica e 3 che la sfavoriscono
La favoriscono:
•Presenza di legami a H tra O del gruppo carbonilico e H dell’ N ammidico ogni n+4 residui
•Interazioni di Van der Waals tra elementi dello scheletro covalente
La sfavoriscono:
•Presenza di Glicina per la catena laterale troppo piccola che potrebbe promuovere altre strutture 2°arie
•Presenza di Prolina il cui N è impegnato in un legame peptidico e non ha più H per stabilizzare la catena
•Amminoacidi con catene laterali grandi che causano ingombro sterico
