Acidi Nucleici Flashcards
Tra quali elementi si forma il legame fosfodiestere nel DNA?
Tra il gruppo fosfato sul C 5 e il gruppo OH del C 3
Quali composti schermano le cariche negative del DNA?
Proteine
Poliammine
Proteine
Tra quali gruppi avvengono i legami idrogeno delle basi azotate
Tra gruppi carbonili e gruppi amminici esociclici
Quali tipi di legami caratterizzano le basi azotate?
Legami a H tra basi di filamenti antiparalleli e integrazioni di Van der Waal (dipolo-dipolo) tra basi contingue
Che funzione ha il DNA Z?
Regolazione dell’espressione genica
Dimmi i 2 attacchi nucleofili nel meccanismo catalitico delle topoisomerasi
Primo attacco nucleofilo dell’OH della tirosina su fosforo dello scheletro idrofilico
Secondo attacco nucleofilo dell’ OH in posizione 3 dello zucchero sul fosforo
Dimmi la composizione della cromatina
Proteine e DNA in parti uguali
Parte significativa di RNA associato
Da che amminoacido sono formati gli istoni principalmente?
Arginina e Lisina
Cosa sono i TAD?
Sono i domini associati tipologicamente, ossia segmenti di DNA distanti che si avvicinano grazie alla formazione di anse, favorite dal fattore di trascrizione CTCF in prossimità
Dimmi le due funzioni dei lncRNA
Struttura di sostegno per le proteine
Collegamento tra porzioni di cromosomi lontani
Descrivi le tappe dell’INIZIO della replicazione nei procarioti
DnaA riconosce l’OriC e si lega sia in forma attiva che inattiva ai siti R e solo in forma attiva ai siti I.
Una volta legate 8 molecole di DnaA, queste generano una elica destrorsa che rompe i legami AT della regione 2 e l’elica si apre
Qui si lega la DnaC che carica la DNaB (elicasi) che mantiene aperte le eliche
Ora siamo pronti a caricare la DNA Polimerasi 3 per la fase di allungamento
Dimmi le due regioni dell’OriC nei procarioti
Prima regione:
5 siti R con sequenze di 9bp l’uno e 3 siti I
Seconda regione:
“Regione Due” ricca di A e T
Qual è la differenza tra attività esonucleasica 5’-3’ e 3’-5’?
L’attività esonucleasica 5’-3’ rimuove oligonucleotidi (tratti di nucleotidi)
L’attività esonucleasica 3’-5’ rimuove nucleotidi singoli
Dimmi il meccanismo catalitico della DNA ligasi
L’ATP trasferisce un AMP sulla lisina della ligasi e viene liberato PPi
L’AMP viene trasferito sul P in posizione 5
Il Fosforo (carico) fa un attacco nucleofilo sull’ OH del C 3 dello zucchero e viene liberato AMP
Descrivi la fase di inizio della replicazione negli eucarioti
Si forma il complesso ORC-CDC6 che fa spesa di ATP. Viene reclutata l’elicasi come esamero.
Questo viene poi attivato grazie alla associazione di un secondo complesso CDC45-GINS che stimola l’attività ATP-asica della elicasi.
Abbiamo quindi idrolisi di ATP con successivo rilascio del complesso iniziale. Resta solo l’elicasi
Dimmi 3 cose sul PCNA
È detto Antigene Nucleare della cellula proliferante
Negli eucarioti si lega e stimola le polimerasi delta ed epsilon
Incrementa la processivitá
Dimmi come avviene la riparazione per escissione di basi
1) Interviene una glicosidasi a rimuovere la base
2) Interviene una AP nucleosidasi a tagliare lo scheletro
3) Interviene una AP Liasi a togliere lo zucchero
4) DNA Polimerasi e DNA ligasi riparano il danno
Dimmi come avviene la riparazione per escissione di nucleotidi
1) una doppia escissione rimuove il danno sotto forma di oligonucleotide
2) la DNA-polimerasi e ligasi riparano il danno
Dimmi come avviene la ricombinazione di estremità non omologhe
1) L’eterodimero Ku70 riconosce il Nick e richiama a sé DNA PKs, una chinasi treonina/serina dipendente
2) DNA PKs viene fosforilata da Ku70
e attiva la nucleasi Artemis
3) Artemis processa le due estremità per generare due sporgenze e recluta la ligasi LIG4
4) LIG4 lega le due estremità riparando il nick
Dimmi come avviene la ricombinazione sito-specifica
1) Una ricombinasi sito-specifica che è anche una ligasi, riconosce due siti di ricombinazione e fa un attacco nucleofilo con anello tirosinico/serinico sul fosforo dello scheletro.
2) Il segmento viene trasportato e legato in un altro punto con un secondo attacco nucleofilo dello zucchero sul fosforo e si forma così un intermedio di Holliday
3) Le endonucleasi devono svolgere lo stesso processo un’altra volta in ciascun sito di ricombinazione per avere un DNA integro
Elencami i 3 segmenti presenti nelle immunoglobuline
Segmento C: costante
É di un solo tipo
Segmento V: codifica per 95 amminoacidi
Ce ne sono di 300 tipi
Segmento J: codifica per 12 amminoacidi
Ce ne sono 4 tipi
Dimmi le 4 proteine/enzimi fondamentali della trascrizione nei procarioti
DNA-polimerasi DNA-dipendente
Unità Sigma
Proteina NusA
Elicasi Ro
Dimmi 3 principali fattori di inizio nella trascrizione negli Eucarioti e il loro ruolo
TBP: Tata binding proteine, riconoscono la sequenza promotrice TATA box
TFIID: riconosce sequenza promotrice diversa dalla TATA box (quando questa non c’è)
TFIIH: ha attività chinasica, infatti fosforila il dominio carbossiterminale della RNA-polimerasi e
ha attività elicasica, infatti promuove il distacco della polimerasi dall’ mRNA
Dimmi le 5 tappe della aggiunta del Cap 5’
- viene legata una guanosina al primo ribonucleotide con legame 5’,5’-trifosfato
- La guanosina viene metilata da una S-adenosilmetionina
- L’enzima idrolasi rimuove un gruppo fosforico dal gruppo trifosforico dell’estremità 5’
- Si condensa una molecola di GTP a opera della guaniltransferasi
- Metilazione in posizione 7.
RISULTATO: 7-metilguanosina
Come avviene lo splicing con spliceosoma?
U1 si lega al primo sito di riconoscimento di splicing, GU
U2 si lega al secondo sito AG preceduto da molte pirimidine e riconosce il sito di ramificazione (Adenina)
Si associano ora U4 U5 ed U6. Quando vengono rilasciate U4 e U1, U2 che ha riconosciuto l’adenina, U5 ed U6 che effettua la catalisi permettono all’adenina di compiere l’attacco nucleofilo
Si forma la struttura a cappio e questa viene poi allontanata grazie a un secondo attacco nucleofilo dell’OH dello zucchero sul fosfato del secondo sito di splicing
Dimmi due differenze ed una similitudine tra U6 e dominio V nella reazione di splicing
Dominio V è un tratto di RNA, U6 è un complesso formato da RNA e 10 polipeptidi
Dominio V permette all’introne di riconoscere il sito di splicing, U6 accompagna l’introne nell’attacco nucleofilo
Entrambi utilizzano la struttura del triplex catalitico associata a due ioni Mg per orientare l’attacco nucleofilo
Dimmi le 2 tappe dell’aggiunta della coda di PoliA al 3’
1) complesso endonucleasico del CTD della polimerasi taglia in un certo sito dopo che la polimerasi ha continuato la trascrizione oltre quel sito.
Questo sito viene riconosciuto grazie a una seguente UAA a monte e una ricca di Guanina e Uracile a valle del sito.
2) poliadenilato polimerasi aggiunge le adenine al gruppo OH generato dal taglio.
Come avviene l’attivazione di un amminoacido?
Amminoacil-tRNA-sinteasi lega un AMP sull’amminoacido e rilascia PPi
Il gruppo amminoacilico viene trasferito dall’ amminoacil-AMP
all’ossidrile dell’adenina.
OH 2’ e poi trasferimento su E’ se l’enzima è di prima classe
OH 3’ direttamente se l’enzima è di seconda classe
Dimmi i 3 fattori di inizio della sintesi proteica nei procarioti
IF1: si lega al sito A per evitare che il t-RNA della metionina si leghi allo stesso sito
IF2: si lega al tRNA entrante e lo conduce al ribosoma
IF3: impedisce l’assemblaggio della subunità maggiore
Dimmi i fattori di inizio della sintesi proteica negli eucarioti
eIF2 porta il primo tRNA giusto nel sito P
Complesso eIF4F formato da
eIF4G: lega il poli A, eIF3 ed eIF4E assicurando la giusta posizione tra mRNA e subunità minore
eIF4E: lega il cap 5’
eIF4A: rna-Elicasi che impedisce al mRNA di assumere strutture secondarie
Dimmi i fattori di allungamento nei procarioti
Ef-Tu: porta gli amminoacil-trna entranti ed è legato a GTP. Quando li lascia, idrolizza il GTP
Ef-TS: si lega a Ef-Tu e viene scambiato per GTP da Ef-Tu stesso
Ef-G: permette il movimento del ribosoma dopo aver catalizzato il primo legame peptidico
Dimmi il nome dell’enzima che catalizza il legame peptidico
Peptidiltransferasi della subunità maggiore del ribosoma
Descrivi le varie sequenze delle proteine in base al loro targeting nei mitocondri
Matrice: hanno una sequenza N-terminale che permette loro di entrare nel mitocondrio attraverso TOM40 e TIM23 e poi perdono tale sequenza nella destinazione finale
Membrana mitocondriale interna:
hanno una sequenza stop-transfer-anchor che le blocca prima che attraversino la membrana
Spazio intermembrana: attraverso complesso MIA o grazie a un legame radice-terminale (viene tagliato)
