Kapittel 25 Flashcards
Hvilke tre regler er grunnleggende for replikasjon?
- replikasjon er semikonservativt
- replikasjon begynner ved et opprinnelsespunkt og fortsetter vanligvis toveis
- syntese av nytt DNA skjer i 5´–>3`-retning og er semidiskontinuerlig
Hva betyr det at DNA-replikasjon er semikonservativt?
hver DNA-tråd fungerer som en mal for syntese av ny tråd. Det produseres to nye DNA-molekyler, hver med én ny tråd og én gammel tråd.
Hva er en replikasjonsgaffel?
dynamiske punkter der foreldre-DNA blir avviklet og separert, og tråder replikert.
Hva heter de korte sekvensene som lages på sinketråden ved DNA-replikasjon?
Okazaki-fragmenter.
Hva er nukleaser?
enzymer som bryter ned nukleinsyrer
Hvor bryter eksonukleaser ned nukleinsyrer?
ved enden av molekylet
Hvor bryter endonukleaser ned nukleinsyrer?
ved spesifikke punkter inni molekylet.
Hva er DNA-polymerase?
komplekse enzymer som kan syntetisere DNA
DNA-polymeraser krever en primer, hva er det?
et strengsegment med en fri 3`-OH-gruppe som et nukleotid kan tilsettes. Må være komplementær til malen.
Hva er en primerterminus?
den frie 3`-enden av primeren
Det aktive DNA-polymerasesetet har to deler, hva er de og hva gjør de?
- Innsetningssted, den delen av det aktive setet hvor innkommende nukleotid binder seg.
- Postinnsetningssted, den delen av det aktive setet hvor det nye baseparet ligger når polymerasen glir fremover.
Hva er prosessivitet?
gjennomsnittlig antall nukleotider lagt til før en polymerase dissosierer.
Hvordan gjør DNA-polymerase I feilretting?
Translokasjon av enzymet er hemmet når et feil nukleotid tilsettes. Mange DNA-polymeraser har en indre 3-->5
eksonuklease korrekturlesing, som lar enzymet fjerne et nylig tilsatt nukleotid.
Hvor mange feil er det gjennomsnittlig etter basevalg og korrekturlesing?
1 feil per 106-108 baser.
Hvorfor er det høyere nøyaktighet av E-coli-replikasjon?
pga. mismatch reparasjon.
Hvilke 3 underenheter har DNA-polymerase III* i E-coli?
α, ε og θ.
Hva gjør underenheten α?
polymerisasjonsaktivitet
Hva gjør underenheten ε?
korrekturlesning
Hva gjør underenheten θ av DNA-polymerase III* i E-coli?
assosieres med både α og ε, for å danne kjernepolymerase.
Hva kan konvertere DNA-polymerase III* til DNA-polymerase III Holoenzym?
β-underenheter, som gir en økning i prosessivitet ved å forhindre dissosiasjon av DNA-polymerase III fra DNA.
Hva er et replisom?
et DNA-replikasjonssystem som er hele komplekset av enzymer og proteiner som kreves for replikasjon.
Hva er hovedklassene av replikasjonsenzymer?
- Helikaser
- topoisomeraser
- SSB (DNA-bindende proteiner)
- primaser
- DNA-polymerase I
- RNase H1
- DNA-ligaser.
Hva er helikaser?
enzymer som beveger seg langs DNA og skiller trådene. Krever ATP
Hva gjør topoisomeraser i replikasjon?
Splitting av DNA-trådene (fra hverandre) fører til at resten av DNAet blir mer kveilet og under stress. Topoisomerase lindrer stresset skapt av trådseparasjon før og etter stedet det skjer replikasjon.
Hva gjør SSB (DNA-bindende proteiner)?
stabiliserer separerte tråder.
Hva gjør DNA-polymerase I?
fjerner og erstatter RNA-primere
Hva gjør RNase H1?
bryter ned RNA i RNA-DNA-hybrider, og kan fjerne RNA-primere.
Hva gjør DNA-ligaser?
- forsegler hakk i DNA-ryggraden etter fjerning og erstatning av en RNA-primer.
- katalyserer dannelsen av en fosfodiesterbinding mellom en 3
-OH på slutten av en DNA-tråd og et 5
-fosfat på slutten av en annen tråd. Fosfat må aktiveres ved adenylylering ved å bruke ATP.
Hvilke 3 faser kan replikasjon deles inn i?
initiering, elongering og avslutning.
Hva skjer i initieringsfasen?
binding av initieringsproteiner og helikase til replikasjonsorigo
Hva skjer i elongerinsfasen?
det tilføres nye nukleotider til de to maltrådene (ledetråd og sinketråd). Det skjer ved at primase syntetiserer en kort RNA-primer ved replikasjonsorigo. Helikase beveger seg i motsatte retninger, og DNA-polymerase III legger til nukleotider til 3`av primeren (og er knyttet til helikasen bundet til den motsatte DNA-tråden).
Hva skjer i avslutningsfasen?
replikasjonsskjemaet når Ter-sekvensen som får den til å stoppe. DNA-polymerase I eller RNase H1 fjerner RNA-primer og erstatter den med DNA-ligase.
Hvilken retning syntetiseres nye DNA-tråder?
5-->3
Hvilken retning leses maltråden i?
3-->5
Hvilke typer mutasjoner finnes?
substitusjonsmutasjon, innsettingsmutasjon og delesjonsmutasjon.
Hva skjer ved substitusjonsmutasjon?
ett basepar erstattes med et annet (trenger ikke ha noen påvirkning på resultatet)
Hva skjer ved innsettingsmutasjon?
tillegg av 1+ basepar
Hva skjer ved delesjonsmutasjon?
Delesjon av 1+ basepar
Hva gjør en mismatchreperasjon?
feil korrigeres for å reflektere maltrådinformasjon. Skilles fra den nylig syntetiserte tråden av tilstedeværelse av metylgruppemerker på mal-DNA.
Hva gjør DNA-glykosylaser?
fjerner spesifikt uracil fra DNA som et resultat av spontan deaminering av cytosin.
Hva gjør AP-endonuklease?
kutter DNA-tråden som inneholder AP.
Hva gjør DNA polymerase I i reparasjon på AP-steder i bakterier?
erstatter DNA
Hva gjør DNA-ligase i reparasjon på AP-steder i bakterier?
forsegler det gjenværende hakket.
Hva gjør nukleotid-eksisjonssystemet?
reparerer DNA-lesjoner som forårsaker store forvrengninger i DNA-spiralstrukturen (i alle frittlevende organismer).
Hva gjør Excinuclease ved nukleotid-eksisjonsreparasjon?
hydrolyserer to fosfodiesterbindinger, en på hver side av forvregningen.
Hva gjør DNA-polymerase I (bakterier) eller DNA-polymerase ε (mennesker) ved nukleotid-eksisjonsreparasjon?
fyller gapet
Hva gjør DNA-ligase ved nukleotid-eksisjonsreparasjon?
forsegler hakket
Hva gjør DNA-fotolyaser ved direkte reparasjon?
fremmer direkte fotoreaktivering av cyklobutan-pyrimidin-dimerer.
Hvilke 3 klasser av genetiske rekombinasjonshendelser finnes?
- Homolog genetisk rekombinasjon
- stedsspesifikk rekombinasjon
- DNA-transposisjon.
Hva skjer ved homolog genetisk rekombinasjon?
involverer genetisk utveksling mellom to DNA-er som deler en utvidet region med nesten identisk sekvens.
Hva skjer ved stedsspesifikk rekombinasjon?
involverer genetisk utveksling bare ved en bestemt DNA-sekvens.
Hva skjer ved DNA-transposisjon?
involverer et kort DNA-segment med kapasitet til å flytte fra ett sted i et kromosom til et annet («hoppende gener»).
Hva er ikke-homolog endesammenføying?
en alternativ prosess for reparasjon av dobbelttrådbrudd (innebærer ikke rekombinasjon).
Når kollapser en replikasjonsgaffel
når den møter et skadet sted på malstrengen