intro à la protéomique

Question 1

quel est la protéomique?

Answer 1

l’étude à grande échelle de protéines

Question 2

la complexité du protéome provient de quoi?

Answer 2

• expression différentes
• stabilité
• modifications post-traductionelles

Question 3

qu’est -ce que le spectromètre de masse mesure?

Answer 3

le ratio masse/charge

Question 4

quels sont les deux méthodes d’ionisation pour les analyses en MS?

Answer 4

-ESI (electrospray ionisation)
- MALDI (matrix-assisted laser desorption ionisation)

Question 5

comment est-ce que la méthode MALDI fonctionne?

Answer 5

LE laser frappe la matrice dans lequel l’échantillon est, et c’Est la matrice qui va ioniser l’échantillon et le transformer en phase gazeuse, ceci est utiliser pour éviter de fragmenté ou décomposé l’échantillon

Question 6

Lors de la fragmentation d’échantillon pour déterminer sa séquence peptidique, qu’est-ce qui est utiliser pour déduire quelle acide aminé est présente?

Answer 6

la difference de masse entre les pics

Question 7

quels sont les deux types d’analyse MS utiliser en protéomique?

Answer 7

Méthode top-down
méthode bottom-up

Question 8

quels sont les 7 grandes étapes de la méthode bottom-up des analyses de MS?

Answer 8

1. préparation de l’échantillon
2. séparation des peptides par chromatographie
   3.ionisation
3. analyse de la masse du précurseur
4. fragmentation
5. analyse de la masse des fragments (MS/MS)
6. recherche dans les bases de données

Question 9

quels sont les 4 types d’information générés par les MS?

Answer 9

• M/Z du peptide non-fragmenté
• M/Z des séquences peptidiques (Fragments)
• Spectral count
• peak area

Question 10

quel est la sequence covered lorsqu’on obtien les résultats d’un échantillon?

Answer 10

proportion en pourcentage de la protéine pour laquelle nous avons des données provenant de l’Analyse de MS

Question 11

quels sont les 4 analyses quantitative faisable par spectrométrie de masse?

Answer 11

• full scan MS/MS
• MRM
  -PRM
  -DIA

Question 12

quelle sorte de quantification fait par MS est surtout utiliser en recherche?

Answer 12

Quantification relative

Question 13

quel est la différence entre les résultats obtenus d’une quantification absolue et relative?

Answer 13

absolue: obtien ng/ul
relative: donne des proportions

Question 14

comment fonctionne la méthode de quantification absolue AQUA?

Answer 14

un nombre connu de peptides marquer avec des isotopes stable sont mélanger avec l’échantillon. La mesure de peptides de notre échantillon est obtenue en comparant l’intensité de son pic à celui des peptides dont on connais la quantité

Question 15

comment fonctionne la méthode de quantification relative tandem mass tag?

Answer 15

plusieurs peptides sont étiquetés avec un étiquette chimique isobaric qui varie entre chaque échantillon, ces étiquettes chimiques sont designed pour relâcher un ion rapporteur lorsqu’il est fragmenté dans le MS, le ratio observé de cette molécule rapporteuse représente l’abondance relative de la molécule tagué

Question 16

quelle est la définition de la protonique fonctionnelle ?

Answer 16

une approche qui cherche à définir les mécanismes cellulaires au niveau moléculaire

Question 17

Pourquoi est-ce qu’on utiliserait la purification d’Affinité couplé au MS?

Answer 17

identifier les modules fonctionnelles/complexes protéique qui interagissent dans les cellules

Question 18

comment fonctionne la purification d’affinité couple au MS?

Answer 18

nous avons une proteine donc nous voulons voir ces interactions qui est étiqueté avec une molécule rapporteuse qui sert comme apât, elle est immobiliser dans une matrice ou est-ce qu’on passe un mix de proteines par dessus, elle lie et attrape tout les proteines avec qui elle interagit. ensuite ces proteines capturer sont purifier et identifier grace au MS

Question 19

La biotinylation de proximité est une approche qui permet l’identification de quoi?

Answer 19

les protéines d’interaction et les protéines à proximité de la protéine d’intérêt

Question 20

quel est l’Avantage de la biotinylation de proximité?

Answer 20

Cette approche ne nécessite pas la préservation des interactions durant la procédure

Question 21

quel est un exemple de comment nous pouvons utiliser la protéomique en clinique ?

Answer 21

nous pouvons utiliser le MS pour identifier un taux anormal en biomarquers qui signal un problème