Génomique Comparative Flashcards
Comment peut-on appliquer la taxonomie moléculaire à la génomique comparative ?
Le pourcentage de GC permet d’avoir une idée sur l’espèce, car le contenu en bases puriques/pyrimidiques ne varie pas beaucoup.
On peut aussi faire une hybridation d’AN provenant d’un mélange dénaturé de 2 bactéries différentes: la stabilité thermique mesurable détermine le % d’hybridation.
On peut aussi comparer des gènes homologues d’un ancêtre commun, avec une fonction conservée.
Pourquoi parle-t-on de limites de l’arbre universel ?
Car l’arbre phylogénétique moléculaire démontre qu’il y a des inconsistances : la duplication, les transferts horizontaux, les échanges de gènes font que l’arbre universel est pas mal faussé. Peut aussi y avoir des pertes de fonctions, et des facteurs environnementaux influant les génomes.
Qu’est-ce que la notion de synténie ?
Lorsqu’on compare l’organisation de plusieurs génomes, si les gènes sont présents et conservés dans leur organisation et leur localisation relative, on parle de synténie.
Il y a peu de séquences consensus dans les régions promotrices. Ou se situent elles ?
Au niveau de site fixant la polymérase.
En quoi est-ce que l’interaction entre deux gènes peut permettre de trouver leur fonction ?
Une protéine codée par un seul gène dans une espèce peut être codée par deux gènes chez une autre : Par exemple, une gyrase est codée par 2 gènes chew E.Coli.
Qu’est-ce que le concept de génome minimum ?
Il s’agirait d’un noyau de génome, formé par un certain nombre de gènes, entre les espèces.
Comment déterminer un génome minimum ?
On fait des études in silico, déterminant quels sont les gènes en commun entre deux espèces puis lesquels sont essentiels avec des mutants conditionnels.
Pourquoi est-ce que c’est chaud d’étudier le génome minimum chez des souches avec des gènes paralogues ?
Parce que quand on cherche les gènes essentiels et qu’on KO un gène paralogue, la 2e version peut entrer en jeu et contrer la mutation.
De quoi dépend aussi un génome minimum?
Des conditions de culture.
Qu’est-ce que le pan-génome ?
C’est l’ensemble des gènes trouvés dans une espèce. On aura le génome core et les gènes dont on peut se passer, qui n’apportent que des avantages sélectifs. L’avancement de séquencage élargit le pan-génome, car on trouve plus de gènes dispensables.
