Transcriptomique Flashcards
Juste pour le fun c’est quoi le transcriptome ?
Ensemble des ARNm d’un tissu ou d’une cellule à un instant donné
Qu’est-ce qu’une sonde ?
Des framgents d’ADN déposés sur un support solides, sur lesquels viennent se fixer des AN cibles. Les sondes sont en excès. L
Pour les sondes, de quoi dépend l’intensité du signal ?
Uniquement de la quantité de la cible.
Si on utilise de la radioactivité pourquoi on peut pas mélanger les échantillons ?
Parce que il est impossible de différentier deux ADN différents si ils ont le même type de radioactivité. C’est pas le cas des fluo !
Comment produit on une puce à ADN ?
On fixe des sondes d’ADN (oligos) sur la puce, correspondant aux gènes. Leurs tailles sont identiques et doivent avoir un minimum pour une hybridation spécifique.
En général, quelle est la taille des oligos utilisés sur les puces ADN ?
45 à 70 mer. Si on fait plus court ou plus long, la spécificité diminue ou reste inchangée (mais plus long plus cher)
Certes on peut fixer les sondes sur la puce. Mais on peut aussi ..?
Synthétiser les sondes sur la puce : elles sont juste plus petites. Par contre on peut utiliser plus de sondes pour couvrir le gène et mieux étudier la variabilité génétique.
Comment réalise on le dépôt des sondes, et quelles sont les précautions à prendre ?
On le réalise avec des aiguilles ou en système imprimante. doit être en salle blanche, et contrôler humidité et température.
Qu’est-ce que le coating ?
C’est le processus visant à traiter une lame pour permettre la fixation de l’ADN.
Comment se fait la détection ?
On traite des millieurs de données en même temps, genre 5000 gènes avec 2 couleurs de sondes.
Combien de répétitions sont nécessaires dans la détection pour avoir un résultat fiable ?
Au minimum 10.
C’est quoi la normalisation ?
Quand on manipule deux jeux de données, pour pouvoir les comparer on normalise en rapport la valeur d’un spot à la valeur totale des spots. On peut aussi normaliser par rapport aux gènes de ménages.
Qu’est-ce que les puces Micro-Array tiling ?
Leurs oligos sont construits de façons à couvrir l’ensemble du génome de façon redondante (les séquences nc aussi) ce qui est pas le cas des classiques (étant faites à partir d’ADNc, elles couvrent que la partie codante)
Qu’est-ce que la technique Serial analysis Gene Expression ?
Permet d’établir les profils d’expression de gènes dans différentes conditions. Marche que chez les eucaryotes.
