Génomes et expression des gènes microbien Flashcards
1
Q
Comment comparer les tailles de génome
A
En général, plus l’espèce est grande, plus la taille du génome est grande. Les bactéries n’auront qu’un seul chromosome, par rapport aux humains qui en ont 46 (23 paires)
2
Q
Quel est le génome des archées
A
Gènes pour la production d’énergie et de coenzymes (aussi plus de gènes non caractérisés)
3
Q
Quel est le génome des bactéries
A
Gènes pour le métabolisme des sucres et pour des fonctions au niveau de la membrane cellulaire (transporteurs)
4
Q
Comment les gènes sont-ils exprimés chez les procaryotes
A
Séquence de début (promoteur) et de fin (terminateur) permet à l’ARN polymérase de produire un unique transcrit d’ARNm
5
Q
Quelles sont les étapes de l’expression génique chez les procaryotes
A
- Sigma reconnaît le promoteur et le site d’initiation.
- La transcription commence sigma libère la chaîne d’ARN se développe
- Site de terminaison atteint; la croissance de la chaîne s’arrête.
- Polymérase et ARN libérés
6
Q
C’est quoi l’ARNm polycistronique
A
Un transcrit code pour plusieurs polypeptides; les ORF sont séparés par des codons stop et des régions intercistroniques de longueur variable
7
Q
Que sont les régions intercistroniques
A
Les régions intercistroniques peuvent être de 1 à 2 nucléotides ou d’environ 30 nt
8
Q
Comment se déroule la transcription des gènes polycistroniques
A
ORF séparés par des codons stop; important dans la traduction (stop est pour le terminateur ARNt dans la synthèse polypeptidique)
9
Q
C’est quoi le codon AUG
A
Codon d’initiation
10
Q
C’est quoi les codons UAA, UAG et UGA
A
Les codons d’arrêt
11
Q
Qu’est-ce qui conduit à la fin de la transcription?
A
Séquences répétées inversées. Formation d’une boucle en épingle à cheveux par complémentarité des bases. Resistance physique au mouvement de l’ARN polymérase
12
Q
Quelles sont les répétitions inverses dans l’ADN
A
Les répétitions inversées dans l’ADN transcrit conduisent à la formation d’une structure tige-boucle dans l’ARN, ce qui peut entraîner l’arrêt de la transcription.
13
Q
C’est quoi les polysomes
A
Traduction d’un unique ARNm par plusieurs ribosomes en même temps
14
Q
Comment la transcription et la traduction sont-elles couplées chez les procaryotes
A
Les ribosomes proches de l’extrémité 5’ de l’ARNm sont à des stades plus précoces de la traduction. Traduction par plusieurs ribosomes sur un seul ARN messager (polysome). Notez comment les ribosomes les plus proches de l’extrémité 5’ du message sont à un stade plus précoce du processus de traduction.
15
Q
Quels sont les différents types de régulation des gènes chez les procaryotes
A
Régulation post-traductionnelle, Régulation transcriptionnelle et Régulation chimiotactisme
16
Q
Quels sont les différents contrôles de la régulation transcriptionnelle
A
Contrôle négatif : répression d’enzyme(s), Contrôle négatif : induction d’enzyme(s) et Contrôle positif
17
Q
Quels sont les différents mécanismes de régulation mondiale
A
Répression catabolique, AMP cyclique et la protéine CAP et les autres types de contrôle global
18
Q
Pourquoi est-il important de réguler les gènes chez les procaryotes
A
Les microbes répondre immédiatement aux changements de l’environnement
19
Q
Pourquoi est-il important de réguler les gènes chez les procaryotes pendant la chimiotaxie
A
Mouvement vers une source d’énergie ou de lumière
20
Q
Pourquoi est-il important de réguler les gènes chez les procaryotes pendant l’aérobie facultatif
A
Transition vers de l’O2 vers un autre accepteur d’électrons
21
Q
Pourquoi est-il important de réguler les gènes chez les procaryotes lors des changements de température
A
Changements de température – augmentation ou diminution de la quantité d’acides gras insaturés dans les membranes
22
Q
Pourquoi est-il important de réguler les gènes chez les procaryotes pendant la symbiose ou la pathogenèse
A
Expression de facteurs de virulence pour établir l’infection. Expression de gènes pour établir la relation symbionte-hôte
23
Q
Quels sont les modes de régulation chez les procaryotes
A
Par l’activité d’enzymes ou la production d’enzymes
24
Q
Quelles sont les régulations qui concernent l’activité des enzymes
A
Régulation post-transcription et c’est rapide
25
Quelles sont les régulations qui concernent la production d'enzymes
Post-transcriptionnel (régulation de la quantité d'ARNm produit). Traduction (traduction ou non d'ARNm). C'est très long
26
Quel est le but de la régulation de l'activité et de la synthèse des enzymes
Le contrôle de l'activité et de la synthèse est assuré dans une régulation efficace du métabolisme cellulaire
27
Quelle est la fonction du gène A
Expression constitutive
28
Quelle est la fonction du gène B
Contrôle métabolique ou post-traductionnel de l’enzyme enzymatique
29
Quelle est la fonction du gène C
Régulation de la synthèse de l’enzyme au niveau de la traduction
30
Quelle est la fonction du gène D
Régulation de la synthèse de l’enzyme au niveau de la transcription
31
Quel est le produit du gène A
Le produit du gène A est l’enzyme A, qui est synthétisée de manière constitutive et effectue sa réaction
32
Quel est le produit du gène B
L’enzyme B est également synthétisée de manière constitutive mais sont activité peut être inhibée
33
Quel est le produit du gène C
La synthèse du produit du gène C peut être empêchée par un contrôle au niveau de la traduction
34
Quel est le produit du gène D
La synthèse du produit du gène D peut être empêchée par un contrôle au niveau de la transcription
35
Décrire la régulation métabolique ou post-traductionnelle
Régulation de l’activité. Contrôle direct de l’activité enzymatique. Très rapide : en quelques secondes ou moins. Régulation allostérique. Le produit final inhibe la production de l'un des intermédiaires
36
C'est quoi les gènes constitutifs
Exprimées de manière continue : Pas de régulation
37
C'est quoi les gènes répressibles
Expression arrêtée quand le produit n’est plus nécessaire. La quantité d’enzymes diminue en présence d’un répresseur et d’un corépresseur
38
C'est quoi les gènes inductibles
Exprimées seulement quand c’est nécessaire. Expression de la beta-galactosidase seulement quand le glucose est absent et le lactose présent. (Exemple: Hydrolyse le lactose en galactose et glucose. La quantité de l’enzyme augmente en présence d’un inducteur)
39
Définir l'opéron
Élément génétique contrôlant la synthèse de plusieurs protéines chez les Procaryotes
40
Définir les gènes structuraux
Gènes codant pour des protéines
41
Définir l'opérator (O)
Initie/arrête la transcription en liant des facteurs protéiques
42
Définir le promoteur (P)
Recrute l’ARN polymérase pour la transcription
43
Définir le régulateur (Reg.)
Gène codant pour une seule protéine qui se liera à l’opérateur pour contrôler l’expression génique
44
Qu'est-ce que le contrôle négatif
Empêche la synthèse d’ARNm. Quand l’enzyme est trop abondante. Quand l’activité enzymatique n’est plus nécessaire ou néfaste pour la cellule. Implique la liaison d’une protéine répressive à l’ADN qui empêche l’attachement de l’ARN polymérase
45
Qu'est-ce que le contrôle positif
Quand il y a besoin de plus d’enzyme dans la cellule. Implique la liaison d’une protéine activatrice à l’ADN qui facilite la transcription
46
Definir transcription
Première étape dans le flux de l’information génétique. Par conséquent, il est relativement plus facile d’influer sur l’expression génétique à ce niveau
47
Que se passe-t-il lorsqu'un gène est plus transcrit que d'autres
Si un gène est plus transcrit qu’un autre, les ARNm de ce gène et les protéines traduites seront plus abondantes. Plusieurs facteurs contrôlent l’expression des gènes chez les bactéries. Le milieu dans lequel les bactéries évoluent va jouer un rôle important
48
Quelles sont les formes de régulation
La répression et l’induction sont les formes de régulation qui détermine l’expression génétique au niveau transcriptionnel
49
La répression ou l'induction est-elle plus fréquente chez les bactéries
Chez les bactéries, la régulation se fait plus communément au niveau transcriptionnel et moins souvent au niveau traductionnel.
50
Qu'est-ce que la répression enzymatique
Répression des enzymes impliquées dans la synthèse de l’arginine par ajout d’arginine au milieu. Arginine ajoutée au milieu qui amene a: Enzymes impliquées dans la synthèse de l’arginine ne sont plus exprimées pour conserver de l’énergie. Arginine agit comme un corépresseur pour empêcher sa propre production. Le contenu protéique total de la cellule ne change pas. Arrêt des enzymes pour la biosynthèse de l’arginine pour économiser l’énergie
51
Que se passe-t-il dans le mécanisme de la répression des enzymes
La transcription de l’opéron se produit parce que le répresseur est incapable de se lier à l’operateur. Après qu’un corépresseur (petite molécule) se lie au répresseur, le répresseur se lie à l’opérateur et bloque la transcription. L’ARNm et les protéines qu’il code ne sont pas fabriques.
52
Quelle est l'induction d'enzymes
Le contenu total en protéines ne change pas. Induction de l’enzyme beta-galactosidase par addition de lactose au milieu. Lactose ajoutée : Enzymes pour le métabolisme du lactose induites et transcrites. Synthèse enzymatique de novo.
53
Que se passe-t-il lorsque le glucose est présent ou absent lorsque l'opéron lac est présent
Gènes de l’opéron lactose ne sont pas transcrits en présence de glucose : le répresseur est lié à l’opérateur de l’opéron lac. Quand le glucose est épuisé, l’inducteur se lie au répresseur lui permettant de se détacher de l’operateur devient une transcription des gènes lac
54
Quel est le mécanisme d'induction enzymatique
Le processus d’induction enzymatique à l’aide d’un répresseur. Une protéine répresseur se lie à la région de l’operateur et bloque l’action de l’ARN polymérase. Une molécule inductrice se lie au répresseur et l’inactive afin qu’elle ne puisse plus se lier à l’opérateur. La transcription par l’ARN polymérase se produit et un ARNm pour cet opéron est formé
55
Quel est le mécanisme du contrôle positif
Protéine activatrice facilite la liaison de l’ARN polymérase au promoteur. Implication de plusieurs opérons discontinus. Molécule inductrice nécessaire pour qu’un activateur se lie à l’ADN
56
Qu'est-ce que la répression catabolique
Gènes pour métaboliser les sucres non préférés sont réprimés par le manque de catabolite (cAMP)
57
C'est quoi un exemple de croissance diauxique
Glucose métabolisé en premier. Gènes du métabolisme du lactose sont activés : beta-galactosidase. Latence pendant la phase de transition de l’expression des gènes et synthèse de novo des enzymes : Courbe de croissance biphasique
58
Pourquoi la répression catabolique est-elle également appelée effet glucose?
Aussi appelé effet glucose parce que le glucose est la première substance pour laquelle elle a été démontrée
59
De quoi la source de carbone doit-elle être dans la répression catabolique?
Le point important est que la source de carbone qui provoque la répression catabolique doit être la meilleure source de l’énergie
60
Que fait la répression catabolique
La répression catabolique assure que l’organisme utilise en première la meilleure source de carbone et d’énergie disponible
61
Quelle est une conséquence de la répression catabolique
Une conséquence de la répression catabolique est qu’elle détermine deux phases de croissance.
62
Quelle est la protéine activateur du catabolite (CAP)
Se lie au site en amont du promoteur dans l’opéron lac pour stimuler la transcription. Le CAP doit être lié au catabolite, l’AMP cyclique (AMPc) pour être actif
63
Que fait le transport du glucose pendant la répression catabolique
Le transport du glucose inhibe la synthèse de l’AMPc ET le transport du lactose
64
Comment atténuer la répression catabolique
La répression des catabolites peut être levée en ajoutant l’AMPc aux médias AMPc : produit à partir de l’ATP par l’adénylate cyclase
65
Comment fonctionne le complexe CAP-AMPc avec l'opéron lac
Liaison du complexe CAP-AMPc sur une région en amont de l’opéron lac facilite le recrutement de l’ARN polymérase sur le promoteur
66
Comment fonctionne la répression catabolique?
La répression catabolique nécessite le contrôle de la transcription par une protéine activatrice et est donc une forme de contrôle positif. La fixation de l’ARN polymérase à l’ADN qui code les enzymes soumises à la répression catabolique n’a lieu que si une autre protéine, la protéine activatrice du catabolique (CAP) a été fixée préalablement
67
Définir CAP
Protéine allostérique, ne fixe à l’ADN que si elle s’est préalablement liée à une petite molécule : l’AMPc.
68
Définir AMPc
Molécule clé de contrôle de métabolise aussi bien chez les Procaryotes que les Eucaryotes. AMPc synthétisé à partir de l’ATP par d’adénylate cyclase
69
Qu'advient-il de la répression catabolique en présence de glucose
En présence de glucose, le niveau d’AMPc est baisse; donc répression de transcription de la beta galactosidase
70
Comment est régulé l'opéron lac
a) Répresseur inactif, CAP-AMPc stimule la transcription
b) Niveau d’AMPc trop faible pour activer CAP
c) L’activateur et le répresseur sont tous les deux actifs
d) Pas d’AMPc et le répresseur bloque la transcription
71
Que se passe-t-il quand il y a du lactose et pas de glucose
La transcription se produit. La liaison de l'ARN polymérase au promoteur est améliorée par CAP
72
Que se passe-t-il quand il y a du lactose et du glucose
La transcription est inhibée par le manque de CAP
73
Que se passe-t-il lorsqu'il n'y a ni lactose ni glucose
La transcription est bloquée par le répresseur
74
Que se passe-t-il quand il y a du glucose mais pas de lactose
La transcription est inhibée par le manque de CAP et la présence de répresseur
75
En quoi la CAP est-elle un régulateur globale
Régule plusieurs opéron contrôlés par différents catabolites. Arabinose, galactose, maltose et de nombre autres sources de carbone. Chaque opéron est aussi sous le contrôle de régulateurs négatifs. Certaines caractéristiques de la régulation de ces opérons diffèrent mais la liaison du complexe CAP-AMPc est identique. Même si on utilise differents sucres, on va avoir des mécanismes de CAP-AMPc vont être identiques
76
Qu'est-ce qu'un regulon
Ensemble d’opérons régulés par une même protéine régulatrice. Permet aux bactéries de s’ajuster rapidement à un environnement changeant
77
Quels sont les différents facteurs sigma qui ont un impact sur les systèmes de contrôle global
Différenciation cellulaire ex. sporulation. Tolérance à des changements brutaux de températures : ex. choc thermique. Augmentation de l’osmolarité : ex. production de solutés compatibles et modification de la paroi et de la membrane cellulaire
78
Quel est le système de régulation à deux composants
Gènes et les opérons sont régulés en réponse aux conditions environnementales. Les protéines régulatrices font partie de signaux à deux composants reliant les évènements extracellulaires à la régulation de l’expression des gènes. Implique le transfert d’un groupement phosphate d’une protéine à une autre
79
Quels sont les deux composants différents de la régulation du système à deux composants
1. Kinase de détection
| 2. Régulateur de réponse
80
Quel est le rôle de la détection de la kinase
Répond à des signaux environnementaux : « molécules effectrices ». Phosphorylée par l’ATP
81
Quel est le rôle du régulateur de la réponse
Phosphorylé par la kinase de détection. Devient activateur de l’expression génique. Déphosphorylé par un phosphate
82
Quelle est la transduction d'un signal
Les bactéries régulent leur métabolisme cellulaire sous l’action de petites molécules qui fonctionnent comme des effecteurs. TOUTEFOIS, dans de nombreux cas, les signaux effecteurs ne sont pas transmis directement à une protéine de régulation, mais a un détecteur qui transmet le signal au reste de la machinerie de régulation. Ce mécanisme est appelé transduction de signal.
83
Qu'est-ce que la porine OmpF
Permet de faire rentrer plus de nutriments
84
Qu'est-ce que la porine OmpC
Protège contre les sels biliaires
85
Quand la porine OmpF est-elle utilisée
OmpF utilisé quand la pression osmotique est faible
86
Quand la porine OmpC est-elle utilisée
OmpC quand la pression osmotique est élevée
87
C'est quoi EnvZ
EnvZ, une kinase de détection, détecte l’augmentation de l’osmolarité
88
C'est quoi OmpR
S’autophosphoryle et transfère sont phosphate a OmpR, le régulateur de réponse. OmpR phosphorylé peut se lier à l’ADN pour réprimer l’expression de OmpF et active l’expression de OmpC
89
Qu'est-ce que la détection de quorum
Molécule de signalisation diffusible : acyl homosérine lactone (AHL). Bactéries à Gram négatif . Les AHL sont spécifiques aux espèces. Synthétisées à l’intérieur de la cellule puis relâchées
90
Quel est le mécanisme de détection du quorum
Mécanisme qui assure qu’un nombre suffisant de cellules est présent avant de déclencheur une réponse biologique spécifique. Chaque espèce qui utilise ce type de régulation synthétise une acyl-homosérine lactone (AHL) spécifique qui est une molécule diffusible.
91
Comment AHL joue-t-il un rôle dans la détection du quorum
L’AHL produite par une seule cellule ne suffit pas pour déclencher une régulation. Il faut donc la synthèse de l’AHL par plusieurs cellules de la même espèce pour que la concentration d’AHL augment suffisamment pour se fixer sur une protéine activatrice. L’activation de cette protéine permet la transcription des protéines spécifiques du quorum
92
Que fait l'enzyme luciférase
Cellules émettent de la lumière en produisant l’enzyme luciférase (opéron lux
93
Que fait luxl
luxl code pour l’AHL synthase
94
Que fait luxR
luxR (activateur) lie AHL (inducteur) et régule positivement l’expression des gènes lux
95
Comment fonctionne la bioluminescence
La détection de quorum a été initialement découverte comme un mécanisme de régulation de la biolumineuse chez les bactéries. Plusieurs procaryotes peuvent émettre de la lumière. Les opérons lux qui codent les protéines impliquées dans la bioluminescence sont sous le contrôle d’une protéine activatrice appelé luxr sont induits quand la concentration de l’AHL est suffisante. Cette AHL est synthétisée par la protéine codée par le gène luxl. Luminescence seulement si la densité est élevée, quand les gènes sensibles au quorum sont induits
96
Qu'est-ce que les communications bactériennes
Pas toujours spécifique de l’espèce (possible communication intraspécifique). Certaines bactéries vont espionner les autres. Évaluer l’environnement biotique pour établir la meilleure stratégie de survie possible. Certaines molécules de signalisation peuvent être aussi bactéricides. Cibles potentielles de nouvelles substances antimicrobiennes
97
C'est quoi ARN antisens
Transcrit à partir du brin d’ADN opposé à celui qui sert à générer l’ARNm. Complémentaire à l’ARNm pour en prévenir sa traduction. Seulement un petit fragment de l’ARN antisens est nécessaire pour inhiber la traduction de l’ARNm
98
Qu'est-ce que le contrôle traductionnel
Les gènes sont souvent contrôlés au niveau de la transcription. Très peu de régulation au niveau traductionnel. Toutefois, pour certaines formes de régulation, un ARN et non une protéine joue un rôle déterminant dans le contrôle de l’expression génétique. Il a été démontré que de petits ARN régule en se fixant à d’autres ARN.
99
C'est quoi les riboswitches
Chez les bactéries à Gram négatif. Régule la traduction d’ARNm. En absence d’un ligan (métabolite), des parties de l’ARNm forment des boucles laissant la séquence de Shine-Dalgarno disponible pour la liaison du ribosome. En présence du ligand, la séquence de Shine-Dalgarno forme une boucle empêchant la liaison du ribosome
100
Quelles sont les différentes forces d'évolution
Duplication des gènes. Pertes de gènes. Conservation et réarrangements de l’ordre des gènes. Substitutions nucléotidique (recombinaison + mutation). Transfer horizontal de gènes
101
Qu'est-ce que la génomique comparative
La génomique comparative est un jeune domaine de recherche qui a révélé des détails spectaculaires sur l’évolution moléculaire. Génomique comparative aide à comprendre les relations évolutives entre les organismes. La reconstruction des relations évolutives à partir des séquences permet de séparer les caractéristiques primitives des caractéristiques dérivées
102
C'est quoi les Gènes paralogues
Gènes dont la similarité est le résultat d’une duplication de gène à un moment de l’évolution d’un organisme
103
C'est quoi les Gènes orthologues
Gènes d’un organisme qui sont semblables à ceux d’un autre organisme, mais diffèrent du fait de la spécification.
104
Quelle a été la perte de gènes
Les génomes n’augmentent pas forcément en taille : L’acquisition d’éléments génétiques étrangers est contrebalancée par la perte de gènes natifs. Le biais de délétion est une force majeure modelant les génomes bactériens. Les gènes peuvent perdre leur caractère avantageux qui amène à une forte pression de sélection en faveur de la perte de ce gène qui amène à la dégénérescence du gène
105
C'est quoi les Pseudogènes
Correspond à un gène devenu inactif, généralement à la suite de mutations génétiques lui faisant perdre son aptitude à coder, pour des protéines ou celle à être exprime au sein d’une cellule. Il s’agit en générale d’anciens gènes n’ayant pas eu une fonction vitale pour l’organisme, et donc non soumis à la section naturelle
106
Qu'est-ce que l'évolution par la réduction
Adaptation des parasites et des pathogènes intracellulaires à l’environnement physiologiquement stable de leur hôte permet une réduction de la taille du génome par partes de gènes qui ne sont pas essentiels à la vie au sein de l’hôte : Évolution par réduction devient une proportion importante de pseudogènes au sein de leurs génomes. Un groupe bactérien intéressant qui a été cible pour l’analyse du génome représente des espèces qui vivent plus librement et qui, en raison de la réduction du génome, dépendent maintenant de leurs hôtes pour survivre. Ceux-ci incluent les agents pathogènes intracellulaires obligatoires et les endosymbiontes.
107
C'est quoi un Core-génome (génome de base)
Ensemble des gènes partagés par toutes les souches de la même espèce
108
C'est quoi un Pangénome
Ensemble des gènes trouves chez l’espèce, même s’ils ne sont pas trouvés dans toutes les souches.
109
Quelles sont les insertions du pangénome
Transposons, Plasmides, ADN des phages (ADN viral), Îlots chromosomiques, Îlots de pathogénicité et il y a des insertions qui jouent aussi un rôle important dans l’évolution
110
Quels sont les différents effets de l'évolution de la virulence
Îlots chromosomiques et Îlots de pathogénicité
111
C'est quoi les Îlots chromosomiques
Acquis par transfert horizontal. Entourés de séquences répétés inversées. %GC différent du reste du chromosome
112
C'est quoi les Îlots de pathogénicité
Ensemble de gènes codant pour des facteurs de virulence et situés côté à côté. Présentent seulement dans les sources pathogènes
113
Quel est le cercle intérieur d'une carte chromsomique
Le cercle interne noir montre la taille du chromosome en pb, avec 0 correspondant à l’origine de réplication de l’ADN
114
Quel est le cercle central d'une carte chromsomique
Le cercle milieu montre la distribution de la région riche en GC. Les régions ou le pourcentage de GC varie de manière drastique entre les souches
115
Quel est le cercle externe d'une carte chromsomique
Le cercle externe est une comparaison génomique à trois voies: gènes communs à toutes les souches, les gènes qui ne sont présents que dans les souches pathogènes, gènes spécifiques à la souche 536 et les gènes de la souche 536 présents à différentes localisations dans la souche 073
116
Quelle est l'accumulation de mutations
Mutations trouvées en séquençant le génome d’E. coli entre 2000 et 20000 générations d’une expérience d’évolution
117
Quels sont les différents types de transfert horizontal de gènes
Transformation, transduction et conjugaison
118
Qu'est-ce que le transfert de gène vertical
Réplication du génome et division cellulaire
119
Qu'est-ce que la transformation dans le transfert horizontal de gènes
Lyse de la cellule du donneur; ADN libéré
120
Qu'est-ce que la tranduction dans le transfert horizontal de gènes
Injection de virus; chromosome; virus contenant de l'ADN du donneur
121
Quels sont les deux types de conjugaison du transfert horizontal de gène
Transfert plasmidique et transfert chromosomique
122
Qu'est-ce que le transfert de plasmide pour la conjugaison du transfert horizontal de gène
Cellule donneuse contenant un plasmide
123
Qu'est-ce que le transfert chromosomique pour la conjugaison du transfert horizontal de gène
Cellule donneuse avec plasmide intégré
124
C'est quoi qui est vrai de la présence de gènes codant pour les protéines
La présence de gènes qui codent des protéines usuellement trouvées chez des espèces éloignées est un signe d’acquisition par transfert horizontal
125
Comment les gènes transférés horizontalement codent-ils pour quelles fonctions
Les gènes transférés horizontalement codent généralement des fonctions métaboliques autres que les processus molécules fondamentaux de réplication de l’ADN, de transcription et de traduction
126
Peut-il être difficile de comparer les origines du gène horizontal de transfert
Les gènes transférés horizontalement peuvent être de différentes origines comparé à ceux de la cellule hôte
127
C'est quoi MDA
Amplification par déplacement multiple (MDA), qui amplifie l’ADN dans les analyses du génome entier à une seule cellule. Dans cette technique, en quelques heures, des matrices d’ADN circulaires peuvent être amplifiées 10 000 fois, en utilisant des amorces aléatoires et de l’ADN polymérase
128
C'est quoi reverse transcription
La reverse transcription d’avoir accès à la séquence codante d’un gène ou plusieurs gènes. La reverse transcription suive de l’amplification génique (PCR) permet d’avoir des informations sur les séquences d’ARNm et sur l’ADN d’un gène.
129
C'est quoi transcriptase inverse
Enzyme provenant d’un rétrovirus utilisé pour produire des copies d’ADN (ADNc) de leur génome d’ARN pour l’intégrer au génome de l’hôte. Extraction de tous les ARNm de cellules dans des conditions contrôlées/expérimentales pour déterminer les changements de l’expression des gènes
130
Que doit avoir la réaction de transcriptase inverse
La réaction RT comprend les nucléotides, les molécules matrices d’ARNm et la transcriptase inverse
131
Quels sont deux types différents de puces à ADN
1. Création d’un microarray génomiques
| 2. Création de sondes marquées représentant tous les ARNm des cellules au moment de l’expérience
132
C'est quoi le création d’un microarray génomiques
1. ADN génomiques
2. Polymerase chain reaction (PCR)
3. Produit de PCR purifié
4. Production de la puce
5. Hybridation des sondes
6. Détection du signal
7. Analyse des données
133
C'est quoi le création de sondes marquées représentant tous les ARNm des cellules au moment de l’expérience
1. Expérience de culture cellulaire (WT vs. Mutant)
2. ARN total
3. Sondes d’ADN c générées par RT-PCR et marquées avec Cy3 ou Cy5-dCTP
134
C'est quoi ADNc
ADNc produits à partir de chaque culture et marquées différemment sont mélangées et hybridées sur la puce à ARN. Sondes marquées s’hybrident aux séquences complémentaires sur la puce. Signal fluorescent détecté là ou la souche s’est hybridée. Besoin de faire l’expérience plusieurs fois et de vérifier par d’autres méthodes
135
Comment interpreter les données de microarray
Vert : expression seulement dans la souche sauvage. Rouge : expression seulement dans la souche mutante. Jaune : expression équivalente dans les deux types de cellules
136
C'est quoi le Biopuce du génome humain
Cette biopuce comporte plus de 40 000 fragments de gènes. Chaque gène est présent en plusieurs copies et a été sondé avec les ARNm de cellules de la levure cultivées dans des conditions spécifiques, marquées avec un fluorochrome. L’arrière-plan de la biopuce est bleu. Les emplacements ou l’ARN s’est hybridé aux ADN sont réparables par une graduation de couleurs qui atteint le blanc dans les cas d’hybridation maximale. L’emplacement des differents gènes sur la biopuce étant connu, l’analyse de la puce révèlera les gènes qui ont été exprimés.
137
C'est quoi RNA-Seq
Nouvelle génération de séquençage assez puissante pour éviter d’utiliser les microarrays. Séquence directement le transcriptome. Détermination quantitative du nombre de copie de gènes – peut donc indiquer ceux dont l’expression est augmentée ou diminuée par rapport à une condition contrôle.
138
C'est quoi Protéome
Ensemble des protéines présentes dans des cellules, des tissus ou des organismes a un moment donné
139
Quels sont les 2 types de cellules protéomiques ou conditions de croissance
Extraction des protéines. Séparation sur un gel 2D. Comparaison des spots. Extraction et séquençage pour identifier
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C'est quoi Métabolome
Ensemble des intermédiaires métaboliques et des autres petites molécules produites par un organisme
