Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

BIOS2910 > Genome Structure And Chromatin > Flashcards

Genome Structure And Chromatin Flashcards

1
Q

Beskriv det sentrale dogmet i molekylærbiologien

A

DNA -> (transkripsjon) -> RNA -> (translasjon) -> Protein

Altså
Nukleinsyre -> nukleinsyre -> aminosyre

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Beskriv DNA (deoxyribonucleic acid) strukturen

A
  • 2 polynucleotide kjeder -> dobbel helix
  • Komplementær
  • Negativt ladd
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hva er bestanddelene i DNA?

A
  • Fosfat
  • Sukker (2’ deoxyribose)
  • Base (adenin, thymin, guanin og cytosin)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvordan er basene holdt sammen?

A

Backbone:

  • Ved en fosfodiester binding som danner en polypeptid kjede
  • Dannes mellom 3’ hydroksyl i deoxyribose og 5’ hydroksyl i fosfat

Mellom:

  • 2 hydrogenbindinger mellom T og A
  • 3 hydrogenbindinger mellom C og G
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvilke aminosyrer er henholdsvis puriner og pyrimidiner?

A

Puriner: A og G
Pyrimidiner: C og T

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hva er de største forskjellene mellom eukaryot og prokaryote kromosomer?

A

Eukaryote har både telomerer og centromerer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvordan kan vi ved å se på arvematerialet avgjøre kompleksiteten til organismen?

A
  • Ved å se på gentetthet (antall gener/Mb)

- Lavere tetthet -> mer kompleks

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvor stol del av det humane arvematerialet koder for gener?

A

1.5%

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hva består de ikke-kodende områdene av det humane-arvematerialet av?

A
  • Intron og UTR (6 intron per gen)
  • Genfragment (truncated og fragment - gener)
  • Pseudogener (fra revers transkribert mRNA)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvilke to type «repeater» finner man i humant genom?

A
  1. Mikrosatelitter (3%): korte repeterende sekvenser, < 13bp
  2. Genom wide repeats (45%): kommer fra transplosable elementer, 100bp -> 1000bp.

Disse kan være enten tandem repeats (mikrosatelitter) eller spredte repeats (genom wide repeats).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvorfor er DNA pakket i protein?

A
  • Gjøre det mer kompakt sånn at det passer i kjernen
  • Beskytter mot skader
  • Viktig for overføring av DNA til datterceller
  • Regulerer genuttrykk
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvilke proteiner inngår i nukleosomer?

A

Er en oktamer som består av
2 Dimere -> H2A:H2B
1 Tetramer -> H3:H4

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hva består et histon av?

A

1: N-terminal hale (histon hale)
2: Histon fold domain: 3alpha helikser

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvordan er DNA-nukleosom interaksjonen?

A
  • Ca 40 hydrogenbindinger mellom oksygen i histon og fosfodiester i DNA.
  • Bindingen skjer på 14 distinkte steder, alle i minor groove.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvor mye tetthet gir ikke-modifisert nukleosom?

A

Gir 6 ganger så høy tetthet i DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvor mange bp DNA kveiles rundt histon octameren?

A
  • 147bp rundt

- (20-60 bp linker DNA mellom)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hva og hvordan er oppgaven til histon H1?

A
  • Forkorte avstanden mellom DNA og histon-kjernene -> høyere grad pakning av DNA
  • Dette skjer ved at H1 binder til linker-DNA + histon-kjernen
18
Q

Hva vil binding av histon H1 føre til?

A
  • Dannelse av 30nm kromatin fiber (sammen med histon haler)
  • 40 ganger høyere DNA tetthet
  • Gjør DNA mindre tilgjengelig til andre DNA binde-protein
19
Q

Hvilke to struktur-modeller har kromatin fiber?

A
  • Solenoid: DNA danner en superheliks med 6 nukleosomer per runde, linker- DNA ligger i sentrum av heliksen, men passerer aldri ut av aksen.
  • Zigzag: kommer av binding av histon H1, sikksakk mønster, linker-DNA passerer gjennom sentral aksen. Favøres av lengre linker-DNA.
20
Q

Hvilken populær modell er det som forklarer høyere-orden kromatin pakking?

A

30nm kromatin fiber danner løkker som er holdt sammen av scaffold protein

21
Q

Hva er scaffold protein?

A
  • Topoisomerase II

- SMC: cohesin og condensin

22
Q

Forklar forskjellen på eukromatin og heterokromatin

A
  • Eukromatin: lite kondensert kromatin

- Heterokromatin: høyt kondensert kromatin

23
Q

Når i cellesyklusen er kromosomene i to ulike faser?

A
  1. Interfase kromosom (G1, S, G2)
    Altså vegetativ syklus
  2. Metafase kromosom (mitose)
    Altså seksuell syklus
24
Q

Når i celledelingen dannes/protolyseres Cohesin?

A
  • Dannes: Profase

- Protolyseres: Anafase

25
Q

Når i celledelingen dannes/protolyseres Condensin?

A
  • Dannes: Metafase

- Protolyseres: Telofase

26
Q

Beskriv trinnene i den mitotiske celledelingen

A
  • Interfase: tilgjengelig, replikker DNA
  • Profase: enda mer kondensert DNA
  • Metafase: mitotisk spindel og metafase plate
  • Anafase: segregering søster kromatid
  • Telofase: kjernemembran dannes
  • Cytokinese: kløyving, datter celler
27
Q

Hva og når er monovalent og bivalent kobling brukt?

A
  • Monovalent: mikrotubilus kobles til ett punkt på kinetochore (på centromeren). Skjer ved Meiose I
  • Bivalent: mikrotubilus kobles til to punkt på kinetochoren. Skjer både ved Meiose II og mitose.
28
Q

Nevn de Canonical’e Histonene

A
  • H2A
  • H2B
  • H3
  • H4
29
Q

Hva er histon varianter?

A

Det er utgaver av de canonical’e histonene

30
Q

Hvordan er ekspresjonen av hhv Canonical og Histon varianter

A
  • Canonical Histon: strengt regulert under cellesyklusen

- Histon varianter: uttrykt igjennom cellesyklusen

31
Q

Nevn en variant av H3

A

CENP-A: har forlenget N-terminal hale

32
Q

Hva forrårsaker tap av CENP-A?

A

Hindrer assosiering av kinetokhore komponenter med centromer DNA

33
Q

Nevn de tre nukleosom (NM) remodellering kompleksene

A
  • Sliding: flytter NM i ny posisjon
  • Ejection: fjerner NM
  • Dimer exchange: dimer bytte
34
Q

Hvilke DNA-sekvenser har en tendens til å bøyes lettere til nukleosomer?

A

AT-rikt DNA har en tendens til å bøye mot minor groove

35
Q

Hva står PTMs for?

A

Post Translationally Modifed

36
Q

Hvordan kan histon N-terminal haler bli modifisert?

A
  • Metylert
  • Acetylert
  • Fosforylert
  • Ubiquitinert
37
Q

Hva står H3K9ac for?

A

Acetylering (CH3CO) av histon 3 på lysin 9

38
Q

Nevn de to viktigste histone writers

A
  • Histone acetyl transferases (HATs)

- Histone methyl transferases (HMTs)

39
Q

Nevn de to viktigste Histone erasers

A
  • Histone deacetylases (HDACs)

- Histone demethylases (HDMs)

40
Q

Nevn noen Histone readers

A
  • Bromodomains (acetylering)
  • Chromodomains (metylering)
  • Tudor domain (metylering)
41
Q

Hva forårsaker histon acetylering?

A
  • Endrer ladningen på lysin på histon halen, går fra positiv til nøytral ladning.
  • Dette vil igjen føre til at kromatin strukturen blir løs og mer tilgjengelig.
42
Q

Hva forårsaker histon metylering?

A
  • Ladningen på lysin på histon halen forblir lik (positiv)
  • Effekten av metylering varierer ved hvilken posisjon det metylerte lysinet befinner seg.
  • eks aktivt gen H3K4me3
  • eks repressed gen H3K9me2/me3

BIOS2910 (8 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions