Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

BIOS2910 > DNA repliction > Flashcards

DNA repliction Flashcards

1
Q

Hvordan blir DNA sekvensen determinert ved replikasjon?

A

Sekvensen til en strand bestemmer sekvensen til den komplementære stranden.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hva er de to nøkkel substratene ved DNA-syntese?

A
  • Byggeklosser: dNTPs

- Startpunkt: primer/template junction

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvordan blir DNA syntetisert?

A

Utvider 3’-enden av primeren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hva er den drivende kraften ved DNA syntese?

A

Hydrolyse av pyrofosfat (2Pi).

Hvor hydrolyse er opptak av vann…

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvordan blir riktig base inkorporert, og hvorfor er det bare deoxy-nukleotider?

A
  • Kinetisk rettlesning: 10000x raskere ved riktig dNTP vs feil
  • Spesifikk geometri og distanse
  • Med rNTP blir det feil geometri pga ekstra hydroksyl-gruppe.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hva er en kilde til feil inkorporering av nukleotider?

A
  • Tautomeric shift: baser kan flippe i «feil» tautomeric form -> feil baseparing.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvordan rettleser DNA polymerase?

A
  • Ved exonuclease: fjerner feil base
    • Mistmatch DNA endrer geometrien ved det aktive setet -> senere rate.
    • Flere basepar av ssDNA beveger seg til exonuclease setet.
    • Etter exonuclease beveger 3’-OH enden tilbake til det aktive setet.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hva er processivity?

A
  • Antall dNTP polymerisert hver gang enzym binder til primer templat.
  • DNA pol er et processive enzym
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hva menes med replikasjon gaffelen?

A
  • Begge strandene repliserer samtidig. To polymeriserings reaksjoner nær hverandre. Y-formet junction = replikasjons gaffel.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hva er primase?

A

Spesialisert RNA polymerase, lager korte RNA primere, er startpunkt for DNA polymerase.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvor går «leading strand»?

A
  • DNA pol «jager» replikasjons gaffelen, går i samme retning.
  • Motsatt for «lagging strand».
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvilke steg er det for replikasjon gaffel åpningen?

A
  1. Strand separasjon

2. RNA primase og fjerning av RNA primer.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hva er oppgaven til DNA helicase?

A

Unwind heliksen ved hjelp av ATP

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hva er oppgaven til topoisomerase?

A

Fjerner positiv supercoiling,

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hva er oppgaven til

SSB?

A

Proteiner som beskytter ssDNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hva er MCM komplekset?

A
  • DNA helicase i eukaryote
  • Ringformet hexamer
  • Human helicase: MCM2-7 kompleks
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvor mange DNA pol inngår i eukaryot DNA replikasjon?

A

Samarbeid mellom 3 DNA polymeraser

18
Q

Hva gjør DNA pol α?

A

Starter DNA replikasjon etter binding av primase

19
Q

Hva gjør DNA pol ε?

A

Syntetiserer leading strand -> mer processive enn DNA pol α.

20
Q

Hva gjør DNA pol δ?

A

Syntetiserer lagging strand -> mer processive enn DNA pol α

21
Q

Hva gjør at DNA pol δ og ε har høyere processvity enn DNA pol α?

A
  • Det kommer av sliding camp.
  • Sliding camp er et donutformet kompleks som omringer DNA.
  • Reduserer dissosiering av DNA pol
22
Q

Hvordan festes sliding camp?

A

Via en clamp loader -> åpner sliding camp ved å bruke ATP -> kan «omsluke» DNA’et.

23
Q

Hva heter alle proteinene som inngår i replikasjons gaffelen?

A

Replisome

24
Q

Hvordan samarbeider DNA pol i replikasjons gaffelen?

A
  • Via et stort proteinkompleks med flere DNA pol.
  • E.coli: 3 kopier av DNA pol III + 1 kop av 5-subenhet sliding clamp loader med sliding clamp + 3 koper av τ protein som holder hver sin DNA pol III.
25
Q

For prokaryote. Hva gjør DNA pol I og III?

A
  • DNA pol I: RNA primer fjerner, DNA reparering.

- DNA pol III: Kromosom replikasjon.

26
Q

Hva heter det bestemte området DNA replikeres fra?

A

Replicon

27
Q

Hva heter startpunkter for DNA replikasjon?

A

-Origin of replication (ori), det er AT-rikt DNA sekvenser i E.coli.

28
Q

Hva kalles cis-elementet/DNA sekvensen som trengs for replikasjon initiering?

A

Replicator (> ori)

29
Q

Hva kalles proteinet som gjenkjenner elementene på replicator?

A

Initiator

30
Q

Hva er replikator sekvenser?

A

Initiator-bindings sete + lett avtvinnet AT-rikt DNA.

31
Q

Hva består replikator OriC i E.coli av?

A
  • 5x 9-mer: initator vil binde hver 9-mer

- 3x 13-mer: AT-rikt seter for åpning og avtvinning.

32
Q

Hvordan er re-initiering kontrollert i bakterier?

A

Dam/SeqA axis

33
Q

Hvor ofte skjer replikasjon per cellesyklus?

A

Eksakt 1, dette skjer ved tidsmessig separasjon av MCM2-7 helicase.

34
Q

Når bli eukaryotisk helicase loaded?

A

I G1 fase i celleskyklus. Er strengt regulert.

35
Q

Hvordan får man tidsmessig (temporal) kontroll av DNA replikasjon, for å unngå re-replikasjon?

A

Prokaryote:
Bakterier bruker DNA metylerings-basert mekanisme.

Eukaryote:
MCM helicase regulering
-G1: helicase loading -> ingen helicase aktivering.
- S, G2, M: ingen helicase loading -> helicase aktivering.

36
Q

Når blir eukaryotisk helicase aktivert?

A
  • S-fase i cellesyklus. Siden to kinaser blir aktivert -> DDK + CDK. Etter en kaskade av reaksjoner vil helicasene splitte opp og binde ssDNA på vanlig vis.
  • Altså aktivering skjer fra dsDNA-binding -> ssDNA-binding.
37
Q

Hvilke problem er knyttet til slutten av transkripsjon?

A
  • Ingen templat for siste RNA primer på lagging strand.

- Ekstreme ender kan ikke bli replikert.

38
Q

Hva er telomerer og hvilken funksjon har de?

A
  • Telomerer er endene på kromosomene.
  • Spesialisert origin of replication hvor telomerase fasiliteter slutt replikasjon.
  • Består av tandem repitert DNA
  • Beskytter DNA og forhindrer at andre kromosom fusjoneres sammen.
  • Telomerer forkortes litt etter hver celledeling.
39
Q

Hva er Telomerase?

A
  • Spesialisert DNA pol som replikerer telomerer.
  • Telomerase RNA består av korte sekvenser som er komplementær til telomer repeat.
  • Telomerase inneholder RT-polymerase (reverse transcriptase) som lager DNA fra RNA templat.
40
Q

Hva er hTERT?

A

Humant Telomerase reverse transcriptase -> DNA pol som forlenger telomerer.

41
Q

Hva er en av grunnene til aldring?

A

forkortning av telomerer

42
Q

Hva angriper en av de mest effektive anti-cancer chemotherapy medisiner?

A

De angripe DNA replikasjon

BIOS2910 (8 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions