Genetic Variability Flashcards
Quelle population tend à avoir une plus grande variation que les autres?
Population africaine
CCR5 del32 and relation to genetic variation
Infection virale nécessite récepteurs cellulaires: CXCR4 et CCR5
Some populations in Europe had variations that slow(del32 hetero) or prevent(del 32 homo) the disease
Les populations d’Asie + Afrique n’ont pas été exposées aux mêmes épidémies, ce qui explique la rareté/l’absence de la variation dans ces populations
What is Allèle majeur?
allèle le plus fréquent dans la population
Décrit un trait complexe.
- do not behave according to simple Mendelian inheritance laws.
- gene modifies the risk but not necessarily cause the disease
- Transmission mode is unclear
- Maladies fréquentes
Exemple de traits complexes?
- Maladies cardiovasculaires
- Diabète
- Obésité
- Taille
- Eye color
Décrit le gène candidat.
hypotheis based
Peu de faux + (high specificity), plus de cibles manquées (low sensitivity)
Describe (GWAS) Genome-Wide Association Study
No need for Hypothèse préalable -> cluster based and correlation based study
Identifie des associations de marqueurs (SNP) avec des conditions
Plusieurs faux +, peu de cibles manquées
Say you are looking for SNPs that are associated with coronary artery disease. Instead of searching for specific genes and looking if these genes are associated with one population of patients vs healthy like in candidat gene analysis, in GWAS you can look at the genome of say 1m people and then draw statistic correlations based on clusters of genes between patients and healthy.
Par quoi sommes nous limités dans nos découvertes scientifiques?
Par l’évolution technologique
Computation Speed.
Vrai ou faux? Les tailles d’échantillon de GWAS diminuent avec les années.
False
True or false,
certaines allèles sont associés à des caractéristiques physiques
True
À quoi sert le système Hiris-Plex?
prédictions de pigmentation, de couleur des yeux et de couleurs des cheveux à partir d’un panel de 41 SNPs
Que sont les scores polygéniques? (PRS)
Risque de survenu d’un trait en fonction des informations des GWAS
Polygenic risk scores can provide a measure of your disease risk due to your genes. Combining polygenic risk scores with other factors that affect disease risk can give a better idea of how likely you are to get a specific disease than considering either alone.
Nomme les utilités de PRS.
Prévention, proper diagnosis, risk prediction
Treatment risk decision-making:
If a patient is at a higher PRS risk we might go with a more agressive treatment and vice-versa.
Describe Pharmacogénomique
It is about Variabilité de la réponse au médicament:
This study is about how a gene in our body can have an impact on the medication or treatment reception. This is true for about 90% patients with effects being small or large. For example, a gene variation that is associated with high risk for side effects.
Identify patients with increased risk of side effects but also patients where treatment will have reduced therapeutic effect.
Nomme 2 facteurs qui expliquent la variabilité de la réponse au médicament.
- Facteurs intrinsèques: âge, santé globale, génétique
- Facteurs extrinsèques: diète, polypharmacie, how strictly the patient follow the regiment
Nomme les facteurs génétiques
Gènes influençant la pharmacocinétique du médicament
Gènes codant les cibles thérapeutiques
Gènes modifiant la sévérité de la maladie, ou sa progression
Gènes qui influencent la susceptibilité aux effets indésirables
Describe when do we see Allèles étoile (star) (*)
Allèles étoile (*) lorsque la fonction du gène dépend de l’haplotype
What does this describe?
CYP2C19* 1/* 2?
(*) 1 is always wild gene.
individu avec activité enzymatique diminuée
who is heterozygote with one normal and one anormal allele
Describe the Concept of medicament residual:
There are specific enzymes in the liver that will eliminate the drugs
IF we have problems in these enzymes due to a 1/2 well then the medication will not be cleared as well, and we might have side effects due to build up, or might not have effect due to quick clearance
Que fait CYP2C9 sur la warfarine?
CYP2C9 gene is associated with a slower drug clearance:
In these patients we need to administer less warfarin so that we don’t kill them with residual medication
Que fait VKORC1 sur la warfarine?
VKORC1 gene is associated with an inhibition of warfarin action (increased resistance):
In these patients need to give a larger dose or the medication won’t have effect.
CYP2D6 and antidépresseurs:
The way we metabolize the drug can lead to us having too much or too little medication → bioavailability
Métaboliseur ultrarapide, échec du traitement → give patient a médicament alternatif
Métaboliseur pauvre, risque d’effet secondaire → give patient médicament alternatif
Par qui sont métabolisés la plupart des antidépresseurs?
CYP2D6, CYP2C19
What is codeine?
It is a pro-morphine. It will be metabolized into morphine essentially
Effet de la codéine sur les métaboliseurs ultrarapide?
Hausse de morphine dans le sang
Que sont les principaux décès de la (LLA) Leucémie Lymphoblastique Aiguë?
Cas résistants au traitement
What is TPMT and why is understanding this important?
It is an enzyme that metabolizes LLA medicaments.
Due to gene factors:
1 personne sur 300, a besoin de seulement 6-10% de la dose standard
~10% des gens hétérozygotes produisent une quantité réduite d’enzyme fonctionnelle → Dose à réduire de 20-50%
do we need the genotype of every patient before deciding treatment?
No, by knowing which gene is related to which enzyme, we can simply look at the enzymatic activity of the patient to get a better understanding of how the drug will be metabolized
Either way, for these patients we will need to follow closer.
