Genetic Variability

Question 1

Quelle population tend à avoir une plus grande variation que les autres?

Answer 1

Population africaine

Question 2

CCR5 del32 and relation to genetic variation

Answer 2

Infection virale nécessite récepteurs cellulaires: CXCR4 et CCR5

Some populations in Europe had variations that slow(del32 hetero) or prevent(del 32 homo) the disease

Les populations d’Asie + Afrique n’ont pas été exposées aux mêmes épidémies, ce qui explique la rareté/l’absence de la variation dans ces populations

Question 3

What is Allèle majeur?

Answer 3

allèle le plus fréquent dans la population

Question 4

Décrit un trait complexe.

Answer 4

• do not behave according to simple Mendelian inheritance laws.
• gene modifies the risk but not necessarily cause the disease
• Transmission mode is unclear
• Maladies fréquentes

Question 5

Exemple de traits complexes?

Answer 5

• Maladies cardiovasculaires
• Diabète
• Obésité
• Taille
• Eye color

Question 6

Décrit le gène candidat.

Answer 6

hypotheis based

Peu de faux + (high specificity), plus de cibles manquées (low sensitivity)

Question 7

Describe (GWAS) Genome-Wide Association Study

Answer 7

No need for Hypothèse préalable -> cluster based and correlation based study

Identifie des associations de marqueurs (SNP) avec des conditions

Plusieurs faux +, peu de cibles manquées

Say you are looking for SNPs that are associated with coronary artery disease. Instead of searching for specific genes and looking if these genes are associated with one population of patients vs healthy like in candidat gene analysis, in GWAS you can look at the genome of say 1m people and then draw statistic correlations based on clusters of genes between patients and healthy.

Question 8

Par quoi sommes nous limités dans nos découvertes scientifiques?

Answer 8

Par l’évolution technologique

Computation Speed.

Question 9

Vrai ou faux? Les tailles d’échantillon de GWAS diminuent avec les années.

Answer 9

False

Question 10

True or false,

certaines allèles sont associés à des caractéristiques physiques

Answer 10

True

Question 11

À quoi sert le système Hiris-Plex?

Answer 11

prédictions de pigmentation, de couleur des yeux et de couleurs des cheveux à partir d’un panel de 41 SNPs

Question 12

Que sont les scores polygéniques? (PRS)

Answer 12

Risque de survenu d’un trait en fonction des informations des GWAS

Polygenic risk scores can provide a measure of your disease risk due to your genes. Combining polygenic risk scores with other factors that affect disease risk can give a better idea of how likely you are to get a specific disease than considering either alone.

Question 13

Nomme les utilités de PRS.

Answer 13

Prévention, proper diagnosis, risk prediction

Treatment risk decision-making:

If a patient is at a higher PRS risk we might go with a more agressive treatment and vice-versa.

Question 14

Describe Pharmacogénomique

Answer 14

It is about Variabilité de la réponse au médicament:

This study is about how a gene in our body can have an impact on the medication or treatment reception. This is true for about 90% patients with effects being small or large. For example, a gene variation that is associated with high risk for side effects.

Identify patients with increased risk of side effects but also patients where treatment will have reduced therapeutic effect.

Question 15

Nomme 2 facteurs qui expliquent la variabilité de la réponse au médicament.

Answer 15

1. Facteurs intrinsèques: âge, santé globale, génétique
2. Facteurs extrinsèques: diète, polypharmacie, how strictly the patient follow the regiment

Question 16

Nomme les facteurs génétiques

Answer 16

Gènes influençant la pharmacocinétique du médicament
Gènes codant les cibles thérapeutiques
Gènes modifiant la sévérité de la maladie, ou sa progression
Gènes qui influencent la susceptibilité aux effets indésirables

Question 17

Describe when do we see Allèles étoile (star) (*)

Answer 17

Allèles étoile (*) lorsque la fonction du gène dépend de l’haplotype

Question 18

What does this describe?
CYP2C19* 1/* 2?

Answer 18

(*) 1 is always wild gene.

individu avec activité enzymatique diminuée

who is heterozygote with one normal and one anormal allele

Question 19

Describe the Concept of medicament residual:

Answer 19

There are specific enzymes in the liver that will eliminate the drugs

IF we have problems in these enzymes due to a 1/2 well then the medication will not be cleared as well, and we might have side effects due to build up, or might not have effect due to quick clearance

Question 20

Que fait CYP2C9 sur la warfarine?

Answer 20

CYP2C9 gene is associated with a slower drug clearance:

In these patients we need to administer less warfarin so that we don’t kill them with residual medication

Question 21

Que fait VKORC1 sur la warfarine?

Answer 21

VKORC1 gene is associated with an inhibition of warfarin action (increased resistance):

In these patients need to give a larger dose or the medication won’t have effect.

Question 22

CYP2D6 and antidépresseurs:

Answer 22

The way we metabolize the drug can lead to us having too much or too little medication → bioavailability

Métaboliseur ultrarapide, échec du traitement → give patient a médicament alternatif

Métaboliseur pauvre, risque d’effet secondaire → give patient médicament alternatif

Question 23

Par qui sont métabolisés la plupart des antidépresseurs?

Answer 23

CYP2D6, CYP2C19

Question 24

What is codeine?

Answer 24

It is a pro-morphine. It will be metabolized into morphine essentially

Question 25

Effet de la codéine sur les métaboliseurs ultrarapide?

Answer 25

Hausse de morphine dans le sang

Question 26

Que sont les principaux décès de la (LLA) Leucémie Lymphoblastique Aiguë?

Answer 26

Cas résistants au traitement

Question 27

What is TPMT and why is understanding this important?

Answer 27

It is an enzyme that metabolizes LLA medicaments.

Due to gene factors:

1 personne sur 300, a besoin de seulement 6-10% de la dose standard

~10% des gens hétérozygotes produisent une quantité réduite d’enzyme fonctionnelle → Dose à réduire de 20-50%

Question 28

do we need the genotype of every patient before deciding treatment?

Answer 28

No, by knowing which gene is related to which enzyme, we can simply look at the enzymatic activity of the patient to get a better understanding of how the drug will be metabolized

Either way, for these patients we will need to follow closer.