Flashcards HC6 (H11 en H12)

1
Q
A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

mRNA is stabiel of instabiel?

A

Instabiel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hoe herkent of reageert een cel op externe condities?

A

Door relevante genen te activeren of onderdrukken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat zijn genetic switches?

A

Dit zijn de eiwitten en de DNA-
sequenties die transcriptie controleren.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Een bepaald type gen kan alleen worden afgeschreven als de juiste … aanwezig is.

A

Sigmafactor in het RNA polymerase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Positieve regulatie van een bacterie

A

Heeft een activator binding site. Met activator = wel transcriptie, geen activator = klein beetje transcriptie, omdat er genen achter liggen die nodig zijn voor de actieve operator.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Negatieve regulatie van een bacterie

A

Geen transcriptie, want geen repressor.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Allosterie

A

Verandering van ruimtelijke structuur
(conformatie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Functie van een effector?

A

De effector stimuleert/remt transcriptie door conformatie van het eiwit te veranderen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Wat is een unit?

A

Cluster genen dat door één promotor wordt gereguleerd. (Eiwitten functioneren in hetzelfde proces)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hoeveel mRNA’s (polycistronic transcript) bevatten bacteriën en virussen?

A

1!

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Type regulatie bij afwezigheid lactose?

A

Negatieve regulatie
* repressor eiwit bindt operator
* Pol kan niet binden
* genen ”uit”

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Type regulatie bij aanwezigheid lactose?

A

Positieve regulatie
* conversie naar allolactose (alloeffector)
* Pol bindt operator
* genen ”aan”

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat voor een type element is de operator?

A

Cis-acting element -> Regulatie van structurele genen op hetzelfde DNA molecuul

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Wat voor een type element is de repressor?

A

Trans-acting element

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Glucose is een beter of slechter metaboliet dan lactose?

A

Beter

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat gebeurt er wanneer de glucose concentratie hoog is?

A

E. coli glucose metabolisme wordt geactiveerd ipv lactose metabolisme

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Type regulatie van een cataboliet repressie?

A

Positieve regulatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Wat is de effector in het geval van een hoge glucose concentratie?

A

cAMP

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Wat gebeurt er tijdens een hoge concentratie glucose in betrekking tot ATP & cAMP concentraties?

A

De omzetting van ATP naar cAMP kan niet plaatsvinden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Wat zijn de twee voorwaarden voor expressie van het operon?

A

1) Repressor moet gedeactiveerd zijn
2) CAP-cAMP moet binden aan de promoter
CAP is een activator-eiwit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hoe wordt er bepaald welk DNA wel en niet wordt afgelezen?

A

Hoe het DNA opgevouwen zit in de nucleus bepaalt wat wel
en niet leesbaar is

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Wat is een chromatine?

A

Complex van DNA, eiwit en RNA

24
Q

Wat is een histon?

A

Grootste onderdeel van chromatine dat opgerold DNA bevat

25
Q

Wat is een nucleosoom?

A

Stuk DNA opgerold op histon eiwitten.

26
Q

Wat is een euchromatine?

A

DNA waar transcriptie plaats vindt
-> DNA is hier losser verpakt
-> geassocieerd met RNA-polymerase

27
Q

Wat is een heterochromatine?

A

DNA wat “uit” staat
* Sterk gecondenseerd
* RNA polymerase kan er niet bi

28
Q

Chromatine is statisch of dynamisch?

A

Dynamisch

29
Q

Wat bepaalt de toegankelijkheid van DNA voor RNA-polymerase?

A

Dichtheid en positie van een nucleosoom

30
Q

Wat zijn de meest evolutionair
geconserveerde eiwitten?

A

Histonen

31
Q

Uit wat bestaat een nucleosoom?

A

Octameer

32
Q

Actieve genen zijn altijd geassocieerd met … histonen

A

geacetyleerde

33
Q

Welke twee enzymen zijn betrokken bij histone acetylatie?

A

histone acetyltransferase en
histone deacetylase (dynamisch)

34
Q

Effect van acetylatie van Lysine residue

A

Leidt tot relaxation chromatine en daardoor verhoogde transcriptie, omdat DNA beter kan worden afgelezen

35
Q

Methylatie kan de genexpressie zowel … als …

A

verhogen & verlagen

36
Q

Wat is een histon code?

A

Chemische modificaties van de histon eiwit staarten

37
Q

Model van overerving histonen

A

Replisoom verdeelt histonen random over de dochter cellen

38
Q

Drie typen histonen modificatie?

A

Acetylatie, fosforylatie en methylatie

39
Q

DNA-methylatie

A

Gemethyleerd DNA staat transcriptioneel uit

40
Q

Verschil tussen DNA-methylatie en histon modificatie?

A

DNA-methylatie is veel minder dynamisch en de stukken genoom zijn langer

41
Q

5’-C-fosfaat-G-3’

A

Cytosine en guanine zijn gescheiden door slechts één fosfaatgroep; fosfaat verbindt twee nucleosiden met elkaar
in het DNA

42
Q

CpG-eiland

A

Gebieden in het genoom van Eukaryoten met een statistisch hogere CpG-dinucleotidedichtheid. De C is vaak gemethyleerd.

43
Q

Hoe bepaal je of DNA gemethyleerd is?

A

Sodium bisulfiet sequencing
Ongemethyleerd C, wordt omgezet in U
* Tijdens sequencing wordt de U gelezen als T
* C - T
* C met erop een m - C

44
Q

Welke van de twee is stabieler: DNA methylatie of een histon modificatie?

A

DNA methylatie

45
Q

2 voorbeelden waar een genoom structureel wordt uitgezet

A

-> imprinting
-> X-chromosoom inactivatie

46
Q

Leg in twee zinnen histon acetylatie uit

A

= transcriptioneel actief DNA
= euchromatine

47
Q

Leg in twee zinnen histon methylatie uit

A

= transcriptioneel actief of inactief DNA
= euchromatine of heterochromatine

48
Q

Leg in twee zinnen DNA methylatie uit

A

= transcriptioneel inactief DNA
= stabiel en vaak gebruikt voor structurele inactivatie

49
Q

Wat veroorzaken co-repressors?

A

Co-repressors verhinderen DNA transcriptie

50
Q

Hoe wordt het DNA gereguleerd in prokaryoten?

A
  • Genen / operons snel aan en uit
  • Regulatie via activator en repressor
51
Q

Hoe wordt het DNA gereguleerd in eukaryoten?

A
  • Fine-tuning van transcriptie
  • Variabele binding van verschillende transcriptiefactoren aan promoter en
    enhancers
  • Gen kan “harder” en “zachter” à ingewikkelde expressie patronen mogelijk
  • histon modificatie, DNA methylatie
  • post-transcriptionele regulatie door small RNAs
52
Q

Hoe kan enhanceractiviteit worden gereguleerd?

A

Enhanceractiviteit kan worden gereguleerd met enhancer-blocking insulators

53
Q
A
54
Q

Wat is een enhancer-blocking insulator?

A

Een enhancer-blocking insulator voorkomt dat de enhancer contact kan
maken met de promoter van een gen + voorkomt waarschijnlijk de vorming van een chromaRne loop die enhancer
en promoter scheidt

55
Q

Kan een enhancer een of meerdere genen bedienen?

A

Meerdere

56
Q

Variëgatie

A

Variëgatie is een fenomeen wat leidt tot sectoren met verschillende fenotypes.