Final - Chapitre 9 - Régulation eucaryote Flashcards
la transcription peut être régulée à tous les niveaux… l’étape la plus sensible est
l’initiation de la transcription
comme chez les procaryotes, les protéines régulatrices sont des … et des …. de la transcription
répresseurs et activateurs
v ou f, les séquences régulatrices sont homogènes chez l’homme
faux, certaines proches, certaines loin
v ou f, les actions des protéines régulatrices ne sont pas complexifiées par des caractéristiques additionnelles des cellules et des gènes eucaryotes
faux, sont complexifiées
v ou f, chez les eucaryotes, les sites de liaison des régulateurs de transcription ne sont pas nécessairement distribués de manière homogène sur le promoteur
vrai
décris enhancer
séquence d’ADN qui fixe des facteurs régulateurs de transcription, a pour conséquence d’augmenter la transcription de gènes situés en aval ou en amont. Les enhancers peuvent agir à une grande distance des gènes
décris isolateur
élément spécifique d’ADN contrôlant l’activation des activateurs. Situé entre un enhancer et un promoteur, un isolateur inhibe l’activation du gène induite par l’activateur
lors de l’analyse du promoteur de Flowering Locus T, l’analyse par délétion ou ajout de séquences régulatrices permet quoi
de mieux comprendre les fonctions des promoteurs et de les délimiter
afin de pouvoir étudier les séquences régulatrices, on utilise les gènes rapporteurs… c’est quoi
gènes qui codent les protéines dont la présence se mesure facilement - remplacement de la région codante par une enzyme (compose lumière, composé coloré, détectable par les Ac)
v ou f, le gène rapporté doit être familier au génome de l’organisme modifié
faux, doit être étranger
si on ajoute une étiquette à une protéine, qu’est-ce qu’on observe
la protéine de fusion
les activateurs et les répresseurs sont modulaires, composés d’un…
domaine liant l’ADN et d’un domaine d’activation ou d’inhibition
qu’est-ce que Gal4
active la transcription des enzymes nécessaire au métabolisme du galactose chez la levure
que se passe-t-il si on lie seulement le premier 1/3 N-terminal de Gal4?
La protéine produite lie normalement l’ADN, mais n’active pas la transcription
à quoi sert le domaine de liaison à l’ADN dans les protéines régulatrices
cibler la région activatrice de la protéine sur le promoteur
les eucaryotes ont différents domaines capables de reconnaitre l’ADN, la majorité est formée …
d’hélice qui s’insère dans le sillon majeur (comme hélice-coude-hélice bactérienne)
homéodomaine
constitué de plusieurs hélices : une reconnait la séquence d’ADN dans le sillon majeur et les autres servent au bon positionnement sur la charpente
forme souvent des hétérodimère
En fonction du contexte cellulaire et des protéines partenaires, les homéoprotéines peuvent agir comme des activateurs ou des répresseurs de la transcription. Lorsqu’elles se lient à l’ADN, elles influencent l’activité des ARN polymérases et d’autres protéines impliquées dans la transcription.
le doigt de zinc
utilise un atome de zinc pour stabiliser l’hélice alpha qui s’insère dans le sillon majeur de l’ADN
concernant le doigt de zin, il fait des liaisons avec quels aa
cystéine et histidine - modifie la structure 3D de la protéine régulatrice
v ou f, une protéine régulatrice peut contenir plusieurs doigts de zinc les unes à la suite des autres… allongeant d’autant la séquence d’ADN reconnue
vrai
v ou f, il y aucun autre motif que le doigt de zinc qui utilise le zinc
faux, d’autres motifs utilisent le zinc, mais toujours pour stabiliser leur structure
l’agrafe à leucine
formée de 2 longues hélices alpha qui s’insèrent dans deux sillons majeurs voisins (un demi-tour entre eux)
comment est induite la dimérisation dans l’agrafe à leucine
dimérisation est induite par une autre région au sein de ces mêmes hélices : dans cette région, elles forment des courts tronçons bispiralés au sein desquels les deux hélices restent associées par des interactions hydrophobes entre des résidus leucine (ou autres résidus hydrophobes) espacés de façon appropriée
v ou f, les agrafes à leucine peuvent former des homo ou hétérodimères
v
hélice boucle hélice
ressemble à l’agrafe à leucine, mais elle est formée par 4 hélices alpha qui sont reliées via une région relâchée (boucle)
comment se fait l’association entre les deux sous-unité de l’hélice boucle hélice
régions riches en leucines présentes sur les deux hélices (celle qui lie l’ADN et la plus petite)
comment définir les domaines activateurs
sur la base de leur contenu en aa
comment est-ce que les domaines activateurs peuvent recruter la polymérase
à travers le complexe médiateur ou des facteurs généraux de la transcription
but pour les domaines activateur de recruter des facteurs modificateurs des histones
altérer la chromatine pour permettre l’accès à des sites de liaison spécifique sur l’ADN
v ou f, les activateurs agissent souvent directement sur l’ARNpol
faux, rarement
3 façons des répresseur d’agir
- interférer avec les activateurs : compétition
- interagir avec le complexe d’initiation (à travers le complexe médiateur) et inhibter la transcription
- compacter la chromatine et rendre les gènes inaccessibles (complexes remodelants)
que cause la méthylation (transcription)
répression : queue méthylée recrute des protéines responsables de la formation d’hétérochromatine
que cause l’acétylation ou la phosphorylation de la charge +
l’ADN peut être déroulé plus facilement
la méthylation se fait généralement sur quelles bases
C ou A
lors de la division cellulaire, les groupements méthyles sont maintenus et leur présence active la méthylation du brin complémentaire v ou f
vrai
v ou f, les histones formant les nucléosomes ne peuvent pas être modifiés de manière post-trad
faux, peuvent
acétylation des histones se fait par…
histone acétyl transférase (recruté par des activateurs sur des régions précises de l’ADN)
l’addition d’un groupement acétyle peut créer un site de liaison pour des protéines contenant des…
bromodomaines
qu’est-ce qu’un bromodomaine
motif de 4 hélices alpha capable de s’attacher sur des histones acétylées
une des sous-unité de ce facteur général de transcription contient un bromodomaine - peut se lier plus facilement à un promoteur sur un nucléosome acétylé
TFIID
comment sont recrutés les facteurs remodeleurs de la chromatine
facteurs de transcription
queues N-terminales (des histones)
v ou f les complexes remodeleurs de la chromatines ont besoin d’ATP
v, énergie utilisée pour permettre une redistribution des liens entre l’ADN et les histones
par quoi sont tenus les nucléosomes (liens)
liens H
v ou f , les nucléosomes peuvent être transférés vers un autre brin
vrai
comment est-ce que l’ADN peut être légèrement déroulé
par glissement
certains gènes sont maintenus silencieux par méthyloation de l’ADN de quelle région
promotrice
v ou f l’ADN des régions euchromatiques est souvent méthylé
faux, l’ADN des régions hétérochromatiques
v ou f, les séquences méthylées ne sont pas reconnues par des protéines spécifiques
faux, elles le sont
les séquences méthylées sont reconnues par des protéines spécifiques qui recrutent quoi qui rendent la région impossible à transcrire
des histones méthylases et des histones désacétylases
v ou f, un même facteur peut agir sur plusieurs gènes et la plupart des gènes eucaryotes sont sous le contrôle de multiples éléments
v
plusieurs gènes sont sous le contrôle d’un même facteur. En absence du glucose, les opérons Lac et Gal sont activés par CAP
contrôle combinatoire
deux conditions sont nécessaires pour obtenir la pleine expression des opérons Lac (présence lactose et absence glucose) ou Gal (présence galactose et absence glucose)
intégration du signal
contrôle de l’expression génique : le développement des 4 parties de la fleur est la présence coordonnées de..
différents facteurs de transcription bien spécifiques
des groupes de gènes peuvent être sous le contrôle d’un même élément en plus d’avoir une régulation spécifique pour chacun d’entre eux. Cette région contient des éléments activateurs, inhibiteurs et même isolateurs
LCR (locus control region)
la liaison des protéines à LCR permet quoi
dérouler localement la chromatine pour accéder aux gènes
locus (eucaryote)
emplacement physique précis et invariable sur un chromosome
opéron (procaryote)
unité fonctionnelle de gènes qui opèrent sous le signal d’un même promoteur
donne un exemple de gènes sous le contrôle de région LCR
globine : chaque gène n’est exprimé qu’à un moment précis du développement
un être humain a environ cmb de types de cellules
200
v ou f les 200 types de cellules de l’être humain dérivent de deux oeufs fécondés
faux, un seul
le génome d’un invertébré compte 15 000-20 000 gènes, celui d’un vertébré en compte combien
30 000 à 40 000
% du génome exprimé dans un type cellulaire donné
7-8%
des types cellulaires différents expriment À LA FOIS deux types de gènes
gènes communs
gènes qui les rendent spécifiques
v ou f, une cellule mammifère typique exprime des récepteurs pour plus d’une dizaine de molécules (signaux) dont la fonction première est de réguler l’activité de facteurs de transcription
faux, plus d’une centaine
les signaux (molécules) hydrophiles sont interceptés par
récepteurs membranaires
les signaux (molécules) hydrophobes sont captés par
récepteurs nucléaires
RTKs
large groupe de récepteurs liant des facteurs de croissances ou autres petites protéines
comment sont les récepteurs RTKs inactifs
monomériques
comment activer RTK
liaison à molécule signal entraîne dimérisation
activation du domaine kinase
phosphorylation des résidus tyrosine
reconnaissance des récepteurs phosphorylés et activation des protéines intracell
activation de la voie de signalisatgion Ras-MAPK
suite à l’activation de RTK, que se passe-t-il
SH2 domaine de GRB2 se lie à RTK activé et SH3 se lie avec la protéine sos
sos = GEF (guanine-nucléotide exchange factor) : catalyse l’échange du GDP pour une GTP, active Ras
effet de l’activation de Ras sur la cellule
activation de la voie MAPK
l’activation de MAPK par Ras s’effectue comment
série de phosphorylations successives, chacune activant une kinases capable à son tour de phosphoryler et activer la suivante dans la chaine
v ou f, ce sont tous les récepteurs tyrosine-kinase qui déclenchent une cascade MAPK
faux
Voie Notch-Delta
influence de l’expression génique des cellules voisines en produisant des protéines de signalisation extracell
les protéines de signalisation extracell sont synthétisées dans une cellule puis elles sont… (2 options)
placées à la membrane plasmique
sécrétées dans la matrice extracell
voie Notch-Delta : les molécules de signalisation qui restent à la surface de la cellule émettrice contrôlent l’expression des gènes comment
physiquement en contact direct. : contact cellule à cellule
explique la voie Notch-Delta dans le développement neuronal
neuroblastes expriment Delta (transmembranaire)
les cellules épidermiques expriment Notch
Qu’est-ce que Notch
récepteur hétérodimérique à un passage transmembranaire
lorsque Notch est absent, il y a différencition en neurones ou en cellules de l’épiderme
en neurones
lorsque Notch est absent, l’activateur de la transcription Su(H) forme une complexe avec les protéines…
hairless, groucho et CtBP
complexe réprime la transcription des gènes en aval qui sont des répresseurs de la différenciation neuronale
Quand Notch est activé, il déloge quoi
les protéines liées à Su(H) et la transcription des gènes (répresseur des gènes neuronaux) est activée… différenciation en cellule de l’épiderne
processus permettant à la cellule de devenir hautement spécialisée
différenciation cellulaire
processus de développement des structures d’un organisme au cours de son embryogenèse
morphogenèse
pourquoi la régulation de la transcription ?
réponse à une modification de l’environnement
processus de développement de l’organisme
à quoi mène la liaison au ligand dans la voie de signalisation Notch-Delta
clivage protéolytique de la portion intracell qui passe alors à l’intérieur du noyau et régule la transcription des gènes de réponse (déloge les protéines liées à Su(H))
bloque la différenciation en neurones
promeut la différenciation en cellule de l’épiderme
