F5 Tertiære og kvarternære fold

Question 1

Største kraft for foldet protein

Answer 1

Hydrofobe effekt

Frigivelse af vand under foldning – stigning i entropi

Question 2

Den foldede struktur er et termodynamisk kompromis

Answer 2

Ligevægt mellem foldede N og udfoldede D tilstand
K = [N] / [D]
Foskubbet mod N

Question 3

Hvad menes der med at proteiner er “marginalt stabile”?

Answer 3

∆G°(D-N) = –20 - (-60) kJ/mol

Skal kunne lave konformationsændringer og kunne nedrbydes igen

Question 4

“Termodynamisk kompromis” mellem to kræfter

Answer 4

∆H ønsker at være negativ – Alt søger mod negativ Gibbs energi
T∆S ønsker at være positiv – Modregnet af termiske kræfter der går den modsatte vej – denne effekt er større ved højere temperatur

Question 5

∆H°

Answer 5

Enthalpi

Varme frigivet når en binding dannes, bindingsenthalpi

Question 6

∆S°

Answer 6

Entropi

Uorden, bevægelse

Question 7

Stabilitet afhænger af

Answer 7

Stabiliserende interaktioner (H bind, hydrofobe int, saltbroer, svovlbroer)
Solvent effekter (H bind, entropi)
Konformationel entropi (fastlåser strukturen)

Question 8

Van der Waals’ kræfter

inkl. London dispersionskræfter = den tiltrækkende del

Answer 8

Svageste kræft
Afhænger af 1/r^6 og polarisabiliteten
Additiv
Momentære ændringer i elektrondensiteten resulterer i en midlertidig dipol som inducerer en midlertidig dipol i en andet molekyle
Kortvarigt inducerede dipoler når kernerne kommer tæt på hinanden

Question 9

Van der Waal’s radius

Answer 9

Kontaktafstand – minimum afstand mellem atomerne

Kerner frastøder hinanden

Question 10

Dipol-dipol vekselvirkninger

Answer 10

Mellem permanente dipoler
Stærkere end van der Waal’s
Afhænger af 1/r^3

Question 11

Hydrogenbindinger

Answer 11

En dipol-dipol vekselvirkning
H der er elektrostatisk tilstrukket af lone pair
Deling af elektroner
Direktionelle (er orbitaloverlap)
Afhænger af afstanden og vinklerne (geometrien)

Question 12

Ioniske (elektrostatiske) vekselvirkninger

Answer 12

Givet ved Coulombs lov
E = k [Z1Z2/Dr^2]
Afhænger af afstanden 1/r^2 og omgivelserne D
Ikke-direktionelle
Kan være svageste og stærkeste interaktion

D = dielektricitetskonstanten epsilon

Question 13

Dielektricitet

Answer 13

Graden et medium spreder ladning
Via roterende dipoler eller induceret polarisering
Jo højere, jo mindre tiltrækning/frastødning af ladninger
Påvirker kraften mellem ladningerne, deres betydning

Question 14

Den hydrofobe effekt

Answer 14

Ordning af vandmolekyler omkring hydrofobe grupper resulterer i et fald i entropi. Rent vand har høj entropi pga. løse struktur og høj dynamik.
Samling af upolære grupper væk fra vandet, så så få vandmolekyler som muligt er fastlåste udgør den hydrofobe effekt. (Hydration shell)
Oxygen = lav polarisibilitet = lav van der Waals energi