F14: Nativt uordnede protein Flashcards
Nativt uordnede proteiner eller regioner (ID)
Ingen fast 3D struktur
Dynamiske ensembler
Atompositioner og Ramachandran-vinkler fluktuerer (ingen specifikke ligevægtværdier)
Nativt uordnede proteiners primære funktionsområder
Translation, kontrol at cellecyklus og signalering
ID proteiners egenskaber
Dynamisk Lavt indhold af hydrofobe rester Ekstremt ladet (og polær) Fleksibilitet Koblet foldning og binding Heterogenitet i binding (forsk ID kan have forsk struktur til samme partner)
Bestemmes ved
Røntgen NMR Fjern UV CD spektra Protease sensitivitet Stoke's radius PONDR SDS-PAGE Gelelektroforese (med elektrisk felt)
Fordele (6 stk)
Høj specificitet og lav affinitet (specifikke og kan nemt ophæves
Hurtigt turn on/off og stor capture radius
Bindingsdiversitet (fleksibilitet) og heterogenitet i binding
Ingen steriske hindringer
Muliggør overlappende bindingssites
Tillader høje mutationshastigheder (evolution driving force)
Røntgen viser
Variation i atompositioner giver manglende koherent x-ray spredning og dermed manglende elektrondensitet (ingen røntgenstruktur)
NMR viser
Smal spredning
15N-1H heteronukleær NOE værdier giver negative værdier for uordnede rester (pos for ordnede)
Fjern UV CD spektra viser
Random coil struktur ved CD analyse
Protease sensitivitet er udtryk for
Høj fleksibilitet
Gelfiltrering (size exclusion) viser
Uorden, hurtigt igennem gel, falder nemlig mindre ned i huller (høj Stoke’s radius?)
PONDR (Predictor Of Natural Disordered Regions) viser
Negativ VL-XT Score på en længere region (mindst 30 AA)
SDS-PAGE viser
Abnormal migration – større størrelse end forventet, da SDS binder dårligt
Gelelektroforese med elektrisk felt viser
Ekstreme pI værdier (udtryk for meget ladede kæder)
