Extra info Flashcards
Wat zijn broad range PCRs?
Hierbij worden primers gebruikt die sequenties hebben die gericht zijn om heel breed op de aanwezigheid van DNA van micro-organismen te kunnen testen
Erg aspecifiek doordat in verschillende MO grote delen overlappende en sterk gelijkende sequenties voorkomen
wat houdt rt-PCR in?
Real time PCR
mbv specifieke probes wordt de vorming van de PCR producten tijdens de PCR gemonitord
TaqMan probes = hydrolyse probes meest gebruikt
Er wordt een fluorescent signaal gevormd dat evenredig is aan het aantal gevormde PCR producten
–> Signaal wordt gemeten door apparaat
Wanneer is een RT-PCR positief?
Als het fluorescente signaal boven de achtergrondruis uitkomt
= ct-waarde
Wat is de ct-waarde?
De cycle threshold of crossing point waarde
= het moment waarop het fluorescente signaal boven de achtergrondruis uitkomt bij RT-PCR
Omgekeerd evenredig met de hoeveelheid target die in de PCR gebruikt is
Als er veel target aanwezig is in het sample, zullen er minder amplificatie cycli nodig zijn om een detecteerbaar signaal te genereren
Iedere cyclus verschil staat daarbij voor een factor 2 verschil (ongeveer) in hoeveelheid target aangezien tijdens de PCR in iedere cyclus het aantal target moleculen verdubbeld zal worden
Bij welke virussen treden relatief makkelijk mutaties op en door welk achterliggend mechanisme wordt dit veroorzaakt?
Mutaties in het genoom van een virus ontstaan tijdens de replicatie at random. RNA virussen (zoals retrovirussen) hebben door het ontbreken van proof-reading een grotere mutatie frequentie dan DNA virussen (zoals herpesvirussen)
Leg in maximaal 40 woorden uit wat U=U betekent.
U=U betekent dat als er bij een patiënt met HIV onder adequate behandeling geen virus in het bloed aantoonbaar is, deze patiënt het virus niet kan overdragen aan zijn (sexuele) partner(s).
Leg in maximaal 40 woorden uit wat U=U betekent voor de individuele patiënt.
Voor het individu houdt dit in dat patiënt met zijn/haar partner onbeschermd sexueel contact kan hebben en dat een stel(M/V) op natuurlijke wijze zwanger kan worden (onafhankelijk van de HIV status van de partner)
Wat is het belangrijkste verschijnsel waardoor kinderen met MIS-C kritisch ziek kunnen worden?
hypotensie en risico op shock door achteruitgang ventrikelfunctie
Wanneer moet je denken aan MIS-C?
Bij persisterende koorts zonder duidelijke focus
Benoem twee cruciale verschillen in de pathogenese van deze twee coronavirussen ten opzichte van SARS-CoV-2 - het virus dat de huidige pandemie veroorzaakt - die een inzet van vaccins bij SARS en MERS niet noodzakelijk maakte?
- MERS repliceert in de lagere luchtweg en SARS2 in de bovenste luchtweg waardoor er geen efficiënte verspreiding van MERS-CoV optrad
2.SARS veroorzaakt eerst klinische verschijnselen en virus piekt dan later waardoor isolatie van patiënten werkt. SARS2 virus replicatie piekt voor
klinische verschijnselen en isolatie van positieve individuen niet effectief is
Wat zijn de functies van de anafylatoxinen?
- Degranulatie van mestcellen, granulocyten, macrofagen: uitstoot van vasoactieve stoffen (zoals histamine) uit mestcellen en basofielen
–> ontstekingsreactie - Contractie glad spierweefsel
- Endotheel: verhoogde vasculaire permeabiliteit
- Chemotaxis van fagocyten –> aantrekking naar bepaalde plek in weefsel
- Activatie fagocyten voor productie van ROS + cytokinen en verhoogde expressie FcR en complement receptoren
welke cytokines zorgen voor de differentiatie van de T-helpercellen?
Th1: IFN-y en IL-12
Th2: IL-4
Th17: TGF-b en IL-6
Tfh: IL-6 en IL-21
Treg: TGF-b
Welke cytokines worden geproduceerd door welke Thelpercellen?
Th1: IFN-y, TNF-a, IL-2
Th2: IL-4. IL-5, IL-13
Th17: IL-17. IL-22, TNF-a
Tfh: IL-21 en IL-17
Treg: IL-10 en TGF-b
Geef voor elk van de volgend virussen aan of dit een verwekker van een zoönose kan zijn.
hepatitis C virus
hepatitis E virus
West Nile virus
Herpes B virus
hepatitis C virus: nee
hepatitis E virus: ja
West Nile virus: ja
Herpes B virus: ja
wat is de functie van catalase?
Afbraak van H2O2
Hoe groot is een virus ongeveer?
60 nm
Welke gramkleuring hebben enterokokken?
Gram positief
Welke componenten zijn aanwezig in een hepatitis B vaccin?
Aluminium hydroxyde
HBsAg eiwit
Pre-S1 en pre-S2 eiwit
Wat toon je aan met een western Blot?
Eiwitten
noem drie manieren om, bij de behandeling van een virusinfectie, antivirale resistentie te voorkomen / tegen te gaan
- Gebruik de juiste dosering en de juiste behandelduur van het geneesmiddel.
- Gebruik een antiviraal geneesmiddel met een hoge genetische barrière tegen resistentie.
- Gebruik een combinatie van antivirale geneesmiddelen zodat de genetische barrière tegen resistentie van het regime hoger wordt.
MIS-c is een ziektebeeld dat wordt beschreven sinds het bestaan van de COVID-19 pandemie. Het heeft veel overeenkomsten met een al langer bestaand ziektebeeld dat specifiek bij kinderen voorkomt.
- Welk ziektebeeld wordt bedoeld?
- Wat is het belangrijkste kenmerk van beide ziektebeelden?
- ziekte van Kawasaki
- systemische ontsteking, persisterende koorts, overactief/ontremd afweersysteem
Waardoor wordt bij een secundaire immuun respons een hogere titer bereikt?
het aantal Ag specifieke geheugencellen is groter dan het aantal Ag specifieke B-cellen dat bij de primaire reactie in actie kwam
Waardoor wordt men waarschijnlijk niet ziek bij een herinfectie van een MO waarvoor een geheugenpopulatie is?
- hogere titer
- snellere reactie door de geheugencellen die snel kunnen uitnijpen tot plasmacel (en delen)
wat is kenmerkend voor de IgM bij de bloedgroepen?
IgM antistoffen kunnen niet tegen zowel bloedgroep A als B gericht zijn, altijd maar tegen 1 van de 2
wat is kenmerkend voor de locatie van IgE?
Slijmvliezen en is meestal gebonden aan mestcellen
wat is bepalend of de host cel wel of niet kapot gaat? noem er voorbeelden bij
- hoeveelheid Virion
- Snelheid hiervan
HIV veel en snel –> wel kapot
HTLV-1 langzaam en weinig –> niet kapot
waaraan worden virussen herkent door het immuunsysteem?
Glycoproteinen: specifiek voor het virus waardoor deze goed herkenbaar is en aangepakt kan worden
Waarom is het niet zinvol om te vaccineren tegen HIV?
Omdat de mutatie snelheid heel hoog is en daardoor de herkenningspunten steeds veranderen
Waar tegen werken AB? Heeft dit effect op de menselijke cellen?
Werkt tegen ribosomen
Niet omdat de ribosomen van bacteriën veel kleiner zijn (70S) dus als het AB specifiek is tegen de kleine ribosomen van bacteriën krijg je er geen last van
Hoe groeit een virus? waarom is een virus afhankelijk van een gastheer?
Geen groei maar assemblage
Omdat het niet RNA en DNA bevat
waar is de envelop afkomstig van een virus?
van de plek waar hij geassembleerd wordt (kern, cytoplasma, Golgi van de host)
waar vindt de replicatie van DNA en RNA virussen plaats? wat is het gevolg voor de remming?
DNA: oha in de kern
RNA: oha in het cytoplasma
enzymen die activiteiten in de kern remmen heeft geen invloed op RNA virussen
Influenza; RNA virus maar gebruikt CAP=structuur van andere mRNA’s –> CAP-structuren zitten alleen in de kern aan transcripten dus er is een nucleaire fase nodig
Hoe zorgt een RNA virus voor eiwit vorming?
Maakt geen gebruik van splicing van de host
- proteases
- ribosomale frame shifting: meerdere eiwit producten
- interne transcriptie: viraal RNA kan meerdere subgenomische RNA’s leveren
- gesegmenteerd genoom: genoom is onderverdeeld in functionele subgenomische RNA-moleculen
wat zijn de vier groepen van RNA virussen adhv replicatie strategie?
- ssRNA +
Direct voor translatie van virale eiwitten (direct om replicatie opgang) –> RNA afhankelijk RNA polymerase om een negatief RNA template te maken
–> gebruikt als template voor de productie van structurele eiwitten en RNA genoom voor nieuwe virions - ssRNA-
RNA afhankelijk RNA polymerase maakt een RNA+ streng voor de synthese van eiwitten
HEBBEN ALTIJD EEN ENVELOP - dsRNA: als ssRNA-
- retrovirussen:
eigenschappen van zowel DNA als RNA virussen
ssRNA+ die een DNA fase hebben als intermediair door virale reverse transcriptase
- hierna integratie van virale DNA in genoom gastheer
wat is attenuatie?
verzwakking van de pathogeniciteit van een virus door bvb mutaties
welke vormen van polymerase zijn er in virussen?
- RNA afhankelijk RNA polymerase: voor ssRNA+ en ssRNA-
- DNA afhankelijk RNA polymerase: vanuit DNA, RNA maken (HBV is DNA Virus die via een RNA intermediair werkt)
- DNA afhankelijk DNA polymerase
op welke drie manieren kunnen RNA virussen hun genetisch materiaal veranderen?
- antigene drift: standaard mutaties het genoom
- recombinatie van virale genen
- antigene shift: reassortering van virale genomen –> alleen bij gesegmenteerd genoom
welke drie functies kunnen virale eiwitten hebben?
- replicatie: bvb reverse transcriptase (retrovirussen) om vanuit RNA, DNA te maken
of polymerase - virale proteases: vooral bij DNA virussen
–> op maat maken van eiwitten
Enkele capside eiwitten moeten autoproteolyse activiteit hebben: direct na synthese zichzelf afsplitsen - structuur elementen: bepalen antigene eigenschappen en hechting aan receptor
capside
wat is tropisme?
specifieke affiniteit door binding specifieke virale eiwitten aan receptoren op de gastheercel
welke virussen zorgen voor lytiische infecties, latente infecties en celtransformaties?
Lytisch: influenza en poliovirus
Latent: HSV, VZV, EBV, CMV
celtransformaties:
EBV: B-cel lymfeoom, burkit lymfoom en nasofaryngeaal carcinoom
HHV8: kaposi sarcoom
wat is een post infectieuze complicatie van CMV?
Guillan barree syndroom
wat is de rol van de cellulaire en humorale immuniteit bij een virus infectie?
Cellulair: eliminatie
Humoraal: voorkomen van re-infectie
wat doen fibroblasten?
produceren de grondstof substantie van BW
- glucosamineglycanen
- proteoglycanen
- eiwitten
- collageen en elastine vezels
wat is de rol van fibroblasten bij wondgenezing?
transformeren tot myofibroblasten die actine en myosine produceren waardoor wondcontractie kan plaatsvinden
Welke cellen zijn de voorraad kamers van stoffen die een functie hebben bij ontsteking?
Mestcellen: oa histamine en heparine
Waardoor ontstaan de vijf kenmerken van een ontstekingsreactie?
Calor: roodheid door vasodilatatie is er meer bloeddoorstroming
Rubor: warmte door vasodilatatie is er meer warmte afgifte door het bloed aan het weefsel
Tumor: extravagantie van vloeistof en eiwitten in de EC-ruimte
Dolor: pijn door ontstekingsmediatoren (oa brandykinine) en drukpijn door toename van vocht
Verminderde functie
Welke vijf mechanismen kunnen verantwoordelijk zijn voor endotheel lekkage??
- endotheelcel contractie: door mediatoren die op receptoren binden op het endotheel
Kortdurend en reversibel
in endotheel van veulens met diameter 20-60 um - retractie van junctionele verbindingen tussen cytoskelet van de endotheel cellen (structuur veranderingen in cytoskelet)
Door: cytokines
reversibel
Duur: na 4-6 uur merkbaar en houdt 24h of langer aan - endotheel beschadiging: enerstige weefselschade bvb brandwonden of infecties
- endotheel schade door leukocytenactivaiteit: uitscheiding van superoxiden en proteolytische enzymen
- verhoogde endotheel transcytose door oa VEGF
wat is oedeem?
een overmaat aan vloeistof in de interstitiele of serieuze ruimten –> kan transsudaat of exsudaat zijn
Welke moleculen zijn betrokken bij de migratie van leukocyten door het endotheel?
- selectines: rollen op leukocyten en endotheel
bvb E-selectine (ELAM-1) en P-selectine (GMP-140) - adhesie: selectines en integrines
bvb LFA-1 op leukocyten - Transmigratie: PECAM-1
Endotheel activatie: IL-1 en TNF
Leuko activatie: bacteriële producten, C5a, LTB4
wat is marginatie?
Grotere cellen zoals leukocyten worden in de bloedstroom bij de overgang van capillair naar veulen door laminaire flow patroon in het vat naar laterale wanen gedrukt
wat zijn de vier uitkomsten van een acute ontsteking?
- compleet herstel: beperkte schade
- littekenvorming: als beschadigde weefsel niet in staat is om te regeneren of er te veel schade is
- abces formatie
- chronische ontsteking: als agens niet wordt verwijderd of als de helingsprocessen niet optimaal verlopen
