Examen 1 Flashcards
Qu’est-ce qu’une cystine?
Deux cystéines reliées par des ponts disulfure
Qu’est-ce qu’un zweiterion?
La forme d’une molécule qui a une charge nette de 0
Quel est le seul acide aminé qui n’a pas de forme chyrale?
La glycine
Quels sont les grands formateurs de coube b?
La proline et la glycine
Qu’est-ce que la dénaturation d’une protéine?
Lorsque la conformation tridimensionnelle d’une protéine peut être bouleversée et désorganisée, sans que la moindre liaison peptidique soit rompue
Par qui est faite la dénaturation des protéines?
- Un agent dénaturant (agents réducteurs, des agents chaotropes, des détergents, la température ou le pH)
Comment Christian Anfinsen a prouvé que la dénaturation est réversible?
- Ajouté de l’urée et du mercaptoéthanol (la protéine a perdu sa fonction)
- Enlevé les agents dénaturants (la protéine s’est repliée spontanément et a retrouvé son activité)
- Découvert que c’est parce que la structure primaire contient tout l’information nécessaire pour imposer une structure spatiale données dans des conditions intracellulaires définies
Nommez une technique qui permet de donner la forme d’une structure tridimensionnelle.
La spectroscopie par résonance magnétique nucléaire
Pourquoi la myoglobine n’a pas de structure quaternaire?
Parce qu’elle est également une hémoprotéine et elle n’est pas composé de plus d’une chaîne polypeptidique
Qu’est-ce qu’une hémoglobinose S/drépanocytose et qu’est-ce qui fait que c’est dangereux?
Une mutation d’acide glutamique en valine
Ça fait un retard de développement chez l’enfant, une anémie hémolytique chronique, des AVC, etc.
Quels sont les acides aminés qui pourraient être glycolisée?
- Asparagine
- Serine
- Thréonine
- Tryosine
- Acide aspartique
- Acide glutamique
- Arginine
- Lysine
- Cystéine
- Proline
Quels sont les acides aminés qui peuvent être phosphorylés?
- Sérine
- Thréonine
- Thyrosine
Qu’est-ce que la phosphorylation?
L’ajout d’un groupement phosphate sur une protéine
Qu’est-ce que la glycosylation?
L’ajout d’un groupement sucre sur une protéine
Quel est le rôle d’un catalyseur?
Diminuer l’énergie d’activation et augmenter la vitesse de réaction
Quelles sont les propriétés d’une enzyme?
- Efficaces
- Augmentent fortement la vitesse de réaction
- Regénérées à la fin de la réaction (intactes)
- Rentables (agissent à des concentrations très basses comparées aux concentrations de substrat)
- Spécifiques (peuvent catalyser une réaction spécifique et essentiellement aucune autre est sa propriété la plus importante)
- Fragiles (peuvent être dégradées par des agents détruisant leur structure tertiaire ou quaternaire)
Quelles sont les 6 classes de réaction chimique?
1 : oxydoréductases
2 : transférase
3 : hydrolases
4 : lyases
5 : isomérase
6 : ligases
Que veulent dire les 4 chiffres dans l’appellation d’un enzyme?
- Premier: la classe
- Deuxième: la sous-classe
- Troisième: la sous-sous-classe
- Quatrième: spécificité
C’est quoi le Km? Permet-il plus ou moins d’affinité?
Plus le Km est élevé, plus la concentration nécessaire de substrat est élevé et plus l’affinité est faible
Qu’est-ce que la Vmax?
La vitesse de réaction maximale quand l’enzyme est complètement saturé par le substrat. Plus le Vmax est élevé, plus l’enyme est active
Qu’est-ce que la constante de Michaelis-Menten?
C’est la concentration de substrat à laquelle on atteint la moitié de la vitesse maximale de réaction
Qu’est-ce qu’un point isoélectrique?
C’est le pH auquel la forme de l’acide aminé est neutre
Est-ce que l’arginine est un bon tampon à 2,1? Pourquoi?
Oui, parce que le graphique du titrage de l’arginine présente un plateau à 2,1, alors il peut y avoir de petits changements de pH sans que ça affecte la structure de l’acide aminé.
Qu’est-ce qui influence la vitesse des réactions enzymatiques?
La température et le pH
Comment on dénature un enzyme?
On change la conformation de la protéine
Qu’est-ce qu’un glucide?
Une molécule polyhydroxylées dérivées de cétones ou d’aldéhydes
Quels sont les rôles différents de la réserve de glycogène du muscle et du foie?
Le foie maintient la glycémie (il fournit tout le corps en sucre) tandis que les muscles utilisent sa réserve de sucre pour les muscles seulement quand ils en ont besoin rapidement (activité physique)
Qu’est-ce que la glucogènogénèse?
La synthèse du glycogène à partir du glucose
Qu’est-ce que la glycogénolyse?
La dégradation du glycogène en glucose
Qu’est-ce que la gluconéogénèse?
La synthèse du glucose à partir de précurseurs non glucidiques
Qu’est-ce que la glycolyse?
La dégradation d’un glucose en 2 molécules de pyruvate
En quoi se transforme le pyruvate en présence d’oxygène?
En acétyl-CoA dans le cycle de Krebs
En quoi se transforme le pyruvate en l’absence d’oxygène?
En Lactate
Quel est le bilan de la glycolyse?
Il reste 2 ATP
Que produit la glycolyse?
4 ATP
Qu’est-ce qui est important à l’étape 6 de la glycolyse?
- 2 NADH sont produits
- Réaction d’oxydoréduction
Qu’est-ce qui est important à l’étape 10 de la glycolyse?
La synthèse de 2 ATP
Quel est l’avantage du cycle de Krebs?
La glycolyse à elle seule produit 2 ATP, mais le cycle de Krebs en fait 38 en conditions aréobique
Qu’est-ce qu’une drépanocytose?
Une anémie falciforme qui cause:
- Retards de développement chez l’enfant
- Anémie hémolytique
- Infections
- Syndrome thoracique aigues
- AVC
Qu’est-ce qu’une hémoglobine S?
Les globules rouges sont en forme de faucille
En quoi l’hémoglobine S est-elle problématique?
Augmente les chances de blocage dans les vaisseaux
Qu’est-ce que la mutation d’un acide glutamique polaire en valine non-polaire dans la chaîne b à la surface de l’hémoglobine S?
- Forme une pièce adhésive
La valine est présente sur: - Hbs désoxygénée
- Hbd oxygéné
- Hba désoxygénée
- Pas présente sur Hba oxygénée car la pièce adhésive est masquée
Quel est le problème associé à l’absence de la valine sur l’Ha oxygénée?
Il y a moins d’O2, la forme apparait et forme des polymères avec-elle-même qui forme des précipités fibreux
Quelle est la particularité de la myoglobine?
C’est une hémoprotéine qui n’a pas de structure quaternaire
Comment appel t-on une structure non ordonné?
Une pelote statistique (elle n’a pas de forme géométrique dans l’espace)
À quoi sert le diagramme de ramachandran?
Le diagramme permet de savoir les structures dans la protéine en fonction de l’angle du carbone alpha
À quoi sert le graphique de ramachandran?
Le graphique permet de voir quelles combinaisons d’angles sont permise (en noir), et quelles ne sont pas favorisées mais tolérées (en pointillé)
Comment la conformation d’un lien peptidique influence la conformation d’une protéine?
- Les électrons sont délocalisé ce qui donne une pseudo double liaison entre les deux aa. Rigidifie cette partie et empêche la rotation autour du lien peptidique
- Tendance à se placer en forme trans
Quels sont les types de spécifié des enzymes?
- Spécificité liée à la réaction
- Spécificité liée au substrat
Qu’est-ce que la scpécificité liée à la réaction?
L’enzyme ne peut catalyser qu’un seul type chimique de réaction
Qu’est-ce que la spécificité liée au substrat?
- Parfois liée à la nature de la liaison et liée au groupe (hydrolase, liaison ester, liaison peptidique)
- Spécificité absolue pour un seul substrat
Qu’est-ce que la stéréospécificité?
Certains enzymes peuvent reconnaitre des aa de forme D ou L et s’attachent seulement s’ils sont dans une des deux formes
Qu’est-ce qu’un coenzyme?
- Composés organiques de faible poids moléculaire, thermostables, indispensables à l’activité enzymatique
- Font une liaison non-covalente avec l’enzyme
- Les coenzymes servent de réactifs de transfert de groupe
- Les vitamines sont des précurseurs des enzymes ou des coenzymes elles-mêmes
À quelle classe appartiennent les enzymes qui demandent un cofacteur?
1,2,5,6
Quels sont les types de cofacteurs?
- Cofacteur d’oxydoréduction
- Cofacteur de transfert
Qu’est-ce que le pellagre?
- Provient d’une déficience sévère en acide nicotinique (vitamine B3)
- Peut causer la dermatite, diarrhée chronique, démence et mort
Qu’est-ce que le béribéri?
- Provient d’une carence en vitamine thiamine
- Plus fréquent chez les populations se nourrissant avec du riz blanc ou d’autres glucides raffinés dans les pays en développement et chez les alcooliques
- Cause une neuropathie périphérique, faiblesse musculaire, fatigue, œdème, insuffisance cardiaque
Qu’est-ce qu’une carence en floate?
cause de l’anémie par un manque de maturation des globules rouges lors d’une carence en acide folique
Comment détermine t-on la concentration d’enzyme dans un liquide biologique?
Mesurer la vitesse de la réaction catalysée par cette enzyme dans l’échantillon: dans les conditions appropriées, la vitesse mesurée est proportionnelle à la quantité d’enzyme présente
Comment change le Vmax en fonction des 3 inhibiteur?
Compétitif: change pas
Non compétitif: diminue
Incompétitif: diminue
Comment change le Km en fonction des 3 inhibiteur?
Compétitif: augmente
Non compétitif: change pas
Incompétitif: diminue
Comment change la liaison à l’enzyme en fonction des 3 inhibiteur?
Compétitif: peut pas se lier en même temps que le substrat
Non compétitif: peut se lier en même temps que le substrat
Incompétitif: peut se lier en même temps que le substrat
Comment change la liaison au site actif en fonction des 3 inhibiteur?
Compétitif: modifie la configuration du site actif
Non compétitif: change pas la configuration du site actif
Incompétitif: change pas la configuration du site actif
Comment change la formation du produit de réaction en fonction des 3 inhibiteur?
Compétitif: empêche pas la formation du produit
Non compétitif: empêche pas la formation du produit
Incompétitif: empêche la formation du produit
Dans quelle condition on peut inhiber la glycolyse lors de l’étape 10?
Lorsque la concentration d’ATP et de citrate est élevée
En quoi l’utilisation des lipides jouent un rôle sur la glycolyse?
L’oxydation des lipides permet de produire beaucoup d’ATP ce qui freine la glycolyse
À quel niveau le fructose et le mannose entre dans la glycolyse ?
- Sous forme de monomère
- Au niveau de l’étape 2 au fructose-6-phosphate
- Le fructose peut également entrer au niveau de l’étape 4 au clivage du fructose-1,6-diphosphate
Quelles sont les propriétés physique des acides aminés?
Dépendent des chaines latérales:
1. Propriétés rotatoires optiques (chiralité) : peuvent dévier la lumière polarisée dans un plan
2. Absorption de la lumière : Ils absorbent la lumière en dessous de 230nm. Sauf aromatique qui peuvent absorber jusqu’à 280nm.
3. Solubilité : ils sont globalement solubles dans l’eau. Près de leur point isoélectrique, ils sont moins solubles
4. Ionisation : De COOH, NH3+ et chaine latérale. Molécules amphotères, c’est-à-dire qu’elles peuvent agir comme des acides et comme des bases.
Comment s’exprime la solubilité des acides aminés?
- AA polaire peuvent établir des ponts hydrogène avec l’eau
- AA à longues chaines aliphatiques sont peu solubles (Val, Leu, Ile)
- La proline est soluble dans l’éthanol
Qu’est-ce que la vitamine C?
- Un cofacteur essentiel pour l’enzyme prolyl-hydroxylase
- Permet la formation de Hyp dans les brins de collagène
- Impliquée dans la formation des liens hydrogène entre les brins de collagène
Qu’arrive t-il lors d’une carence grave en vitamine C?
- Enzyme fonctionne mal et le tropocollagène ne peut pas former des réticulations covalentes
- La triple hélice est instable à température de la pièce et ne se forme pas à température du corps
- Amène une mauvaise synthèse du collagène
- Amène finalement au scorbut
Qu’est-ce que le scorbut?
- Déchaussement des dents
- Saignement
- Lésions cutanés
- Fragilité vasculaire
- Mort
Quelles sont les forces qui agissent sur une protéine?
- Liaison peptique
- Pont disulfure
- Liaison hydrogène
- Liaison ionique
Qu’est-ce qu’une liaison peptidique?
- La protéine ne peut pas aller dans n’importe quel sens
- C’est une condensation (perd une molécule d’eau)
- Le COOH du 1er aa réagis avec le NH2 du 2e aa
- Tendance à se placer en forme trans
Qu’est-ce qu’une liaison hydrogène?
- Liaison non covalente
- Se fait entre les COOH et les NH2 des liaisons peptidiques
- Entre les groupements latéraux de certains aa (Ser, Thr, Tyr, His, Asp, Glu)
Qu’est-ce qu’une liaison ionique?
- Les aa qui ont une chaine latérale hydrophobe non polaire (Ala, Val, Ile, Phe) ne forment pas de liaison avec l’eau
- Ces chaines latérales ainsi repoussés ont tendance à se rapprocher
- Ce rapprochement crée des interactions de type force de Van der Waals qui maintiennent la structure dans une forme compacte
Qu’est-ce qu’un pont disulfure?
Liaison covalente entre deux cystéines (appelé une cystine)
À quoi sert une courbe de saturation?
Renseigner sur l’affinité relative des différentes hémoglobines pour l’O2.
