exam 2 Flashcards
pour assimer l’azote, faut le convertir en ammoniac, cest un rx favorable ou défavorable thermodynamiquement? nomme le deltaG
favorable, psk Delta G = -33 kj/mol
vrai ou faux, on peut assimiler l’azote
faux, comme le N2 est très stable, la majorité des cellules vivantes utilisent l’amoniac, (transformation du N2 en NH3
90% de l’azote fixé vient des bactéries qui ont quelle enzyme?
nitrogénase, une métalloprotéine
explique moi le fonctionnement de la nitrogénase
c’est une métalloprotéine qui contient des centres fer-soufre et un cofacteur fer-molybdène.
- les é viennent d’un agent réducteur fort, donc soit ferrodoxine ou flavodoxine.
- nitrogéase ont 2 sites catalytiques ; le premier va prendre les é de la ferrodoxine/flavodoxine, pour les transférer au 2eme site, qui contient les molécules de le fer-molybdène qui va transporter les é
- ce transfert nécessite de l’ATP, l’énergie est vrm utilisé pour acheminer les électrons entre les 2 sites catalytiques (partie réductase et dinitrogénase
décris la nitrification :
oxydation de l’ammoniac par les bactéries en nitrites (NO2) et nitrates (NO3)
nitrites formule
ni tri, ya 2 i (NO2)
nitrates formule
(NO3)
La dénitrification est importante dans quoi?
les usines de dépollution des eaux usées.
L’oxydation de combustibles métaboliques (glucose, acides gras, aa) produit des cofacteurs réduits. explique pk
psk quand t’oxyde les combustibles, tu leurs coupes leur liens, tu leur enlève des électrons, ca produit des cofacteurs réduits, donc des réducteurs, et on sait que les réducteurs gagnent des qui gagne des é
vrai ou faux. les électrons sont transférés par paire en tant qu’atomes H
vrai
le NAD est un oxydant. il accepte quoi?
un ion hydrure, donc un ion H-, c un proton et 2é
Vrai ou faux. plus la valeur d’ Eo’ est grande et moins il y a de chances pour que la forme oxydée du substrat accepte des e- pour être réduite.
faux, +Eo’ est grand, + oxydant peut pogner des électrons pour etre réduit
vrai ou faux, ubiquinol est l’oxydant.
faux, c le réducteur. ubiquiNONE c l’oxydant
les électrons vont de la substance qui a le pot redox le + faible ou + élevé?
de la substance qui a le pot redox le plus faible à la substance qui a le pot redox le + élevé
vrai ou faux, l’ammoniac est la source d’azote la plus importante pour les plantes
faux c le nitrate
nitrate réductase et nitrite réductase utilisent quoi comme agent réducteur et comme cofacteur?
le NADPH comme agent réducteur et le moyibdènum comme cofacteur
vrai ou faux. Toutes les réactions in vivo s’effectuent avec une diminution nette d’énergie libre
vrai
Chez les mammifères, la GS est plutôt utilisée pr fr quoi?
neutraliser et éliminer les ions NH3, donc neutraliser l’ammoniac qui peut etre toxique
décris rx de la GS
rx irréversible, utilise ammoniac et ATP et glutamate pr en fr de la glutamine. c la rx la plus importante pr l’assimilation de l’azote chez les plantes et les microorganisme
c qui qui procède à l’organification de l’azote?
Les plantes procèdent à l’organification de l’azote
inhibiteur de la glutamine synthétase
glufosinate
donneurs principaux d’azote pour la biosynthèse des composés azotés
glutamate et glutamine
dans l’organification de l’azote, ya un Rôle mineur pour quoi?
l’asparagine et le carbamoyl-phosphate
dans cette formule : deltaG° “ =-n F deltaE0’. que représente les paramètres?
n = nombre d’électrons transférés
F = l’équivalent calorique du faraday
deltaG° : variation d’énergie libre
delta E0 : potentiel rédox
pk esk le transfert d’électrons du NADH vers le o2 comporte plusieurs étapes?
pour éviter de libérer tt l’énergie d’un seul coup
dans le transfert des électrons du NADH vers l’O2, quel complexe donne le cytochrome C
complexe 2
ou se passe le cycle de krebs dans la mitochondrie?
dans la matrice
ou se passe la phosphorylation oxidative dans la mitochondrie?
membrane interne
membrane ext de la mitochondrie laisse passer quoi?
petite substances et ions
membrane int de la mitochondrie laisse passer quoi?
elle est imperméable aux ions et aux molécules non chargées, faut des transporteurs! (transporteurs ADP, acides gras à long chaines)
ou se passe l’oxydation des acides gras dans la mitochondrie?
dans la matrice
vrai ou faux. La composition ionique de l’espace intermembranaire est équivalente à celle du cytosol
vrai. La composition ionique de l’espace intermembranaire est équivalente à celle du cytosol grace aux porines, situées sur la membrane
La plupart du NADH et du FADH2 dans la matrice mitochondriale est générée par quoi?
Krebs cycle et la b Oxydation
vrai ou faux. tt le nadh est produit dans le cycle de Krebs, dans la matrice mitochondriale
faux, c aussi produit dans le cytosol et c pria que la navette glycérol phosphate existe.
ATP + H2O -> ? quel est la variation d’énergie libre de cette réaction ?
ADP + Pi DGo = -30kJ/mol
nomme les concentrations cellulaire de l’ATP, ADP ET AMP à l’équilibre
ATP= 10 mM ADP= 1mM AMP= 1mM
définis otentiel redox
on parle de réactions de RÉDUCTION! Potentiel redox: indique la tendance qu’a une substance à être réduite (donc à accepter des électrons). Eo’!!
vrai ou faux. + ton Eo’ augmente, + l’oxydant est en capacité de capter des électrons pour etre réduit
vrai. + ton Eo’ augmente, + la forme oxydée de ton substrat est en capacité de capter des électrons pour etre réduit
réducteur le + fort
ferredoxin (Fe24)
vrai ou faux. pr la plupart des réactions redox, les potentiel réelles et les potentiels standards sont identiques
vrai, psk ca dépend pas vrm des espaces réduites et oxydées, in fact, les concentrations des espèces oxydées et réduites sont similaires, de sorte que le terme logarithmique donne 1, ce qui vaut donc 0 à la fin
vrai ou faux. pour le sens des réaction : Il font toujours qu’il y ait une réaction d’oxydation avec une réaction de réduction
vrai
transfert des électrons du NADH vers le O2 se fait ou?
dans la mitochronrie pour les eucaryotes et dans la membrane plasmique pr les procaryotes
cmb d’ATP QH2
1,5
pk ya 2 navettes? pk on peut pas tjr utiliser la navette glycérol phosphate, pk faut utiliser la malate aspartate aussi parfois?
ca dépend des tissus tu vx nourrir : Efficacité énergétique : La navette malate-aspartate produit plus d’ATP par molécule de NADH transférée comparée à la navette glycérol phosphate. Cela est dû au fait que la navette malate-aspartate transporte directement les électrons du NADH dans la matrice mitochondriale, tandis que la navette glycérol phosphate produit un FADH2 qui génère moins d’ATP lors de la phosphorylation oxydative.
RETIENS QUE LA MALATE ASPARTATE PRODUIS + D’ATP QUE LA GLYCÉROL PHOSPHATE (GLYCÉROL ON PASSE AU FAHD2, QUI FT 1,5 TANDIS QUE MALATE ASPARTE ON FT 2,5)
VRAI OU FAUX. oxaloacétate est perméable à la membrane interne.
faux, il est imperméable, c pr ca faut quil soit transformé en aspartate pr sortir
FMN capable de transférer 2 électrons par 2
faux, il peut transférer 1 par 1, comme la coenzyme Q
pk dit-on que la coenzyme Q est comme l’ubiquitine?
car elle est ubiquitaire, elle est présente partout dans la membrane de la mitochondrie (se promène librement dedans)
pk esk la coenzyme Q est ubiquitaire?
car elle est très hydrophobe possède des centres isopréniques!
NADH. FADH2 CoQ ont la capacité de capter cmb d’é?
2é
Centre Fe-s a la capacité de capter cmb d’é?
1é
pk dit-on que le complexe 2 est pas vrm un complexe respiratoire? nomme sa fonction
Contrairement aux autres complexes (comme le complexe I, III et IV) qui pompent des protons à travers la membrane mitochondriale interne, le complexe II ne participe pas directement au pompage de protons. Sa principale fonction est d’oxyder le succinate en fumarate dans le cycle de l’acide citrique (ou cycle de Krebs) et de transférer les électrons résultants à la coenzyme Q.
4 sources importantes des électrons pour la coenzyme Q
- complexe 1
- complexe 2
- acyl-coa déshydrogénase de la beta-oxydation
4.glycérol phosphate déshydraté.nase de la navette GP
2e nom de la coenzyme Q
ubiquinone, forme oxydée
forme réduite de la coenzyme Q
ubiquinol
complexe 3 résultante
2 électrons sont sortis, 2 électrons sont rentrés, 4H+ on été pompés
produit final de la chaine respiratoire
H2O
pour avoir 4é au complexe 4 et pour faire un O2 complètement, combien de NADH doit on avoir au début de la chaine de transport
2 NADH
pour 1NADH qui rentrent dans ton complexe respiratoire, tas pompé cmb de protons?
10H+ (4 au complexe 1, 4 au complexe 3, et 2H+ au complexe4 (fais attention psk c ca le truc, mais techniquement, tas bsn de 4électrons au complexe 4, donc 4h+)
combien de H+ sont transféré au complexe 4 suite à une oxydation du NADH
2
combien de protons sont transportés dans le complexe 4 quand on va faire de l’eau?
4
l’idée de générer de l’ATP par l’équivalent d’un gradient de protons, on doit ca a qui? (théorie chimiosmotique)
Peter Mitchell
pk dit-on que ya couplage oxydation/phosphorylation
psk la phosphorylation oxidative en soi, c le fait de fr de l’ATP à partir de l’ATP synthétase, et si t’arrête l’ATP synthétase bah les protons saccumuleent dans lespace intermembranaire, et si ils s’accumulent, tas un gradient trop fort et si T’as un gradient de H+ trop fort, on va arrêter le transport des électrons, donc la chaine va s’arrêter et on ne pourra plus fr de o2!!
90% de NH fixé viens de bactéries qui possèdent l’enzyme
nitrogénase
Le processus d’assimilation implique la réduction des nitrates et nitrites. L’enzyme nitrate réductase converti le nitrate en nitrite et la nitrite réductase converti les nitrite en NH3. Ces enzvmes utilisent quoi comme agent réducteur et cofacteur? l
Le NADPH come agent réducteur et le
moyibdènum comme cofacteur.
comment esk enzyme nitrate réductase fonctionne?
L’enzyme nitrate réductase catalyse le transfert des électrons entre le NAD(P)H et le nitrate.
comment esk enzyme nitrite réductase fonctionne?
L’enzyme nitrite réductase catalyse le transfert des électrons entre le NAD(P)H et le nitrite.
l’ammniac peut etre organifié (couplé à des composés organiques) via la formation de quoi?
glutamine et glutamate, qui vont ensuite servir à former de nombreux autres composés organiques
dérivés directs de la glutamine, feedback inhibitors
Tryptophan, histidine,AMP, CTP, carbamoyl phosphate, glucosamie-6-p
dérivés indirects de la glutaime, feedback inhibitors
ce sont des dérivés direct di glutamate : alanine, glycine, serien
quel est le nom de l’enzyme qui catalyse l’adénylation de la GS et déadénylation
Une enzyme, l’adénylyl transférase catalyse l’adénylation (inactivation) et déadénylation (activation). Quand les niveaux de GIn sont élevés, elle travaille dans la direction de l’adénylation et vice-versa.
qui assure la disponibilité de glutamate pour la réaction de la GS.
La Glutamate Synthase
L’enzyme Glutamate Synthase produit 2 molécules de glutamate (1 et 2) à partir de la glutamine. Une molécule regénère le glutamate pour la réaction de la GS et l’autre est utilisée pk?
comme source d’azote pour former d’autres molécules azotée
explique pk les réactions de la GLUD et GS-GOGAT ne fonctionnent pas simultanément.
La Km pour l’ammoniac est beaucoup plus faible pour la GS alors c’est la voie préférée. La GLUD fonctionne seulement quand les concentrations d’ammoniac sont très élevées.
vrai ou faux. La GLUD fonctionne seulement quand les concentrations d’ammoniac sont très élevées.
vrai
La BA est positive quand l’apport est plus grand que les pertes. nomme des exemples
croissance, grossesse, récupération post-jeune
comme pendant la croissance et négative quand les pertes dépassent l’apport comment
pendant le jeûne, le vieillissement et plusieurs maladies (cancer par ex)
quel est le but de manger des protéines
avoir de l’azote.
but des réactions de transamination
Les réactions de transamination permettent de redistribuer les groupements NH2 (surtout du glutamate et de l’alanine) pour synthétiser les différents acides aminés à partir des acides alpha-cétoniques correspondants. Les mêmes réactions sont utilisées en catabolisme pour récupérer ces acides alpha-cétoniques et obtenir de l’énergie.
Remarque : toutes les transaminases utilisent quoi comme coenzyme
pyridoxal-phosphate ((dérivé de la vitamine B6)
Les mêmes réactions (transamination) sont utilisées en catabolisme pour récupérer ces acides alpha-cétoniques et obtenir de l’énergie. comment on obtient de l’Énergie?
bah quand tu fais dur puruvate, tu px en fr de l’ATP :0
17/20 acides aminés sont métabolisés par transamination. Nomme ceux qui ne le sont pas!
Proline, lysine et thréonine sont métabolisés par déshydrogénases.
nomme de facon générale les rx de transamination.
1 glutamate + 1 alpha cétoglutarate, qui va donner un acide aminé quelconque et un alpha cétoacide quelconque.
Leur groupement amino des acides aminées synthétisé provient de quoi
du glutamate et de la glutamine
vrai ou faux. les acides aminés essentiels sont des acides que l’on ne peut pas faire
vrai. on ne peut pas les faire, il faut donc les obtenir de la diète!
quel est l’a.a qui est considérée comme essentielle même si elle est synthétisée par les cellules des mammifères
L’arginine. comme elle est tlm synthétise à un faible taux, on la considère comme un a.a essentiel
nomme les acides aminés essentiels.
MET Mets
LEU Le dans la
VAL VA
LYS LISE
IL ile
PHE FAIT
TRY TROP
HIS D’HIS
THR TOIRES
EH arginine, MET LEU dnla VA LYS, ILE PHY TRY D’HIS THR
methionine donne quel a.a non-essentiel
cystéine (les 2 ont des groupe soufres)
La biosynthèse de sérine, glycine et cystéine commence à partir de quoi?
3 phosphoglycérate: un intermédiaire de la glycolyse
comment on synthétise de la glycine et de la cystéine?
La sérine est ensuite utilisée pour synthétiser la glycine et la cystéine.
La biosynthèse de sérine, glycine et cystéine se ft en cmb d’étapes? nomme les
3 étapes
- rx rédox
- rx de transamination
- rx de déphosphorylation!
vitamine qui sert de transporteur des unités à un atome de carbone, permettant de transformer une sérine en une glycine
Le tétrahydrofolate
les folates sont métabolites qui servent de transporteur pour les unités possédant 1 atome de carbone. pourquoi sont-ils si importants?
pour la biosynthèse des nucléotides.
La biosynthèse de proline à partir du glutamate se fait en utilisant quoi comme cofacteur?
ATP et NADH. c plusieurs rx btw!!!!
la biosynthèse de quel a.a utilise de l’ATP et du NADH et se ft en plusieurs rx?
PROLINE psk t un pro tutilise tt, et ca ce ft à partir du glutamate
nomme les pyrimidines
T C U
nomme les purine
AG
comment se nomme le ribose activé qui est utilisé dans la synthèse de Novo et la récupération pour la formation de nucléoitides? cmt il devient un ribose activé?
1.Phosphoribosyl-1-pyrophosphate
- le ribose-5-phosphate qui vient du cycle des pentoses, se ft activer par la PRPP synthétase, elle utilise de l’ATP pr fr ce super ribose!
produit finaux de la synthèse de nucléotides
purine et pyrimidines. c pr ca que quand ya trop de PRPP, elles l’inhibent!
DANS LES purines, azote impliqué dans le lien glucosidique est en quel position?
en postion 9
DANS LES pyrimidines, azote impliqué dans le lien glucosidique est en quel position?
en psn 1
il ya une Liaison covalente β-N- glycosidique du pentose qui se fait entre l’azote en position 1 de la pyrimidine ou avec le N9 de la purine. ca se fait avec quel carbone du pentose?
c’1 (c’ psk c un sucre)
*OH est en quel position pour les en ribonucléosides et désoxyribonucléosides
- 2’, 3’ et 5’ pour les ribonucléosides
- 3’ et 5’ pour les désoxyribonucléosides. TOUT LES OH SONT ESTÉRIFIABLES BTW!!
vrai ou faux. Majorité des nucléotides sont des ribonucléotides phosphorylés en 3’
faux, en 5’ (mais une minorité peut se fr phsophoryler en 3’)
pk dit-on que L’ADN et les ARN sont des pollmères linéaires de nucléotides reliés par liens 3’-5’ phosphodiesters?
psk à l’extrémité 5’, tas ton c’5 qui est relié à un groupement phosphate (phosphoryl) libre et à ton extrémité 3’, t’as ton c’3 qui et relié à un OH libre!!
vrai ou faux. l’ADN et l’ARN sont synthétisés en 3’-5’
faux. 5’-3’ (Puisque l’ADN et l’ARN sont synthétisés en 5’-3’, on note par convention de l’extrémité 5’ à 3)
nommes les règles de chargaff.
- dans une molécule d’ADN, , ya toujours autant de purine que de pyrimidine ( le ratio de pu/py =1)
- dans une mol d’ADN, y avait tjr autant de A que de T et tjr autant de G que de c.
vrai ou faux. le pairage s’effectue entre une purine et une autre purine
faux, c tjr entre une purine et une pyramidine
ADNest une double helie qui, dans sa conformation A et B, répond à quel règle?
La règle de la main droite
forme majoritaire de l’ADN qui est retrouvé dans les cellules
ADN-B, donc dans sa forme B
forme de l’ADN favorisée en milieux aqueux
ADN-B
VRAI OU FAUX. on retire des sillons relativement égaux dans l’ADN-A
vrai.
ADN riche en G-C
ADN-Z
technique utilisée en lab pour quantifié la quantité d’ADN qu’on a dans un échantillon
le cycle aromatique des bases azotés va absorber les rayons dans le spectre de l’UV ~260-280 nm
nomme et décris les Forces stabilisant l’ADN-B
- effet hydrophobe ; les base azotées formée de cycle aromatiques sont géneralement hydrophobse et ces bases-là vont s’empiler “ à lintérieur de la double helice, d’ou les forces hydrophobes
- les forces de van der waals sont genres par l’empilement des bases azotées au centre de I’hélice
- Ponts H entre A=T et G et c. (G ET C PLUS FORT QUE A=T)
- PONTS SALINS (ou liens ioniques) à cause des groupements phosphodiesters sont chargés - et notre squelette sucre-phosphate va être exposé au solvant et biensur ces charges - des phosphates pourront interagir aver des cations, comme ions chargé + (Mg2+)
vrai ou faux. la température de fusion lorsqu’on sépare 2 brins d’ADN pour une molécule ou on a augmenté la qt d’adénine et de thymine
faux, elle sera plus basse que celle pr une molécule ayavnt bcp de G=C psk ya slm 2 ponts H alors que entre g et C yen a 3
Duplex ADN forme aussi une
Structure quaternaire. cv etre quoi?
la chromatine
la structure du nucléosome a un facteur de condensation de ?
10x
que peut-on observer lorsqu’on met de la Chromatine en milieu de faible force ionique
yaura décondensationde la chromatine et formation d’un ‘collier de perles. les perles cv etre les histones et les chaines qui relient les perles cv etre de l’ADN libre
2ième niveau de condensation de type solénoïde. il se ft stabiliser par quoi?
chromatine. h1, tas environ 6 nucléosomes par tour btw
la chromatine a un facteur de condensation de cmb
facteur de
condensation de 4x
c des protéines qui vont aider à faire en sorte que l’ADN s’enroule (après nucléosome, chromatine) en boucle, puis en mini bandes de 18 loupes. la mtn on a atteint un facteur de condensation de cmb?
200x. CE SONT DES PROTÉINES QUI FONT CA, PAS LES HISTONES!!
Chromosome = Empilement de mini- bandes stabilisées par quoi?
Par des complexes de protéines et d’ARN
Si une molécule d’ADN contient 48% de GC, quel est le pourcentage de chacun des nucléotides dans cette molécule d’ADN?
48% de GC donc, 24% de G et 24% de c. 52% de AT, donc 26% de A et 26% de T.
