Estrutura e organização de DNA Flashcards
O que é o fenómeno de transformação?
Capacidade de organismos poderem assimilar DNA do meio ficando possuidores das características expressas através desses genes
Na experiência de Griffith, qual das estirpes de bactérias L ou R matava os ratinhos?
L
Na experiência de Griffith, qual das estirpes de bactérias não possuía uma cápsula protetora?
R
Na experiência de Griffith, a estirpe … possuia uma cápsula polissacárida de proteção, o que a tornava fatal.
L
Na experiência de Griffith, as bactérias … que não eram virulentas, adquiriram as características virulentas das bactérias … virulentas pelo processo de transformação.
R, L
Na experiência de Griffith, as células virulentas ou não virulentas foram aquecidas até à morte?
Virulentas
V ou F.Na experiência de Griffith era esperado que ao misturar as células L mortas com as células R vivas, o ratinho morresse.
Falso
Na experiência de Griffith, qual foi a razão do ratinho morrer aquando as bactérias L mortas e as R vivas foram injetadas no mesmo?
As bacterias da estirpe R (não virulenta), adquiriram por transformação as características virulentas da estirpe L, matando o ratinho.
Na experiência de Hershey e Chase, chegou-se a que conclusão relevante?
O material genético está peresente no DNA (ácidos nucleicos) e não nas proteínas
Na experiência de Hershey e Chase, as bactérias incorporaram o S radioativo proveniente das bactérias ou o P radioativo proveniente dos ácidos nucleicos?
P radioativo dos AN
V ou F. Na experiência de Hershey e Chase, entendeu-se que a parte proteica entra nas células bacterianas.
Falso
Qual é o comprimento de uma célula humana?
2 metros
Qual é a unidade básica dos ácidos nucleicos?
Nucleótido
O nucleótido é composto por 3 partes. Quais?
-Base azotada
-Pentose (açúcar)
-Grupo fosfato
Em que carbono da pentose está ligado o grupo fosfato?
5
Qual é o tipo de ligação que liga os nucleótidos? A orientação é 3’-5’ ou 5’-3’?
Ligação fosfodiéster, 5’-3’
O terminal 5’ tem um grupo fosfato/hidroxilo no carbono 5 e o terminal 3’ tem um grupo fosfato/hidroxilo no carbono 3.
Fosfato, hidroxilo
Rosalind Franklin fez estudos de … para identificar a estrutura 3D do DNA.
Difração Raio X
Rosalind Franklin descobriu que que a molécula de DNA tem um diâmetro de… nm e faz uma volta completa a cada … nm
2 / 3,4
A que conclusão chegaram Watson e Crick com os seus estudos?
Para o diâmetro e a densidade do DNA se manterem constantes, tinham de existir duas cadeias antiparalelas (uma 5’ 🡪 3’ e outra 3’ 🡪 5’), ligadas segundo a complementaridade de bases (G-C e A-T) por pontes de hidrogénio entre bases azotadas.
A molécula de DNA tem carga positiva/negativa, devido ao grupo … que se encontra voltado para o exterior.
Negativa, fosfato.
Que tipo de ligação se estabelece entre os pares de bases de DNA?
Ligação de Hidrogénio
Quantas ligações existem entre os pares C-G?
3 ligações de H
Qual a ligação mais forte, A-T ou C-G?
C-G (tripla)
Que tipo de estruturas de DNA existem?
A, B e Z
No DNA tipo B, quantos nucleótidos existem há por volta?
10
V ou F. No DNA tipo Z há menos bases por volta de DNA do que o tipo B.
Falso
O DNA em Zig-Zag corresponde ao tipo A, B ou Z?
Z
V ou F. O DNA tipo Z tem a dupla hélice para a esquerda.
Verdadeiro
V ou F. Ambos os tipos A e Z de DNA tem rotação no sentido contrário dos ponteiros do relógio.
Falso
Das estruturas A,B e Z, do DNA, quais são as que têm mais relevância biológica?
B e Z
Qual é o tipo de DNA, A, B ou Z, que ocorre quando existem sequências repetidas das mesmas bases azotadas?
Z
Qual é a forma de DNA mais estreita, B ou Z?
Z
V ou F. Na mesma molécula de DNA, as estruturas B e Z aparecem ao mesmo tempo.
Verdadeiro
O que é o base-stalking?
Bases empilhadas que interagem estabilizando a molécula
Uma cadeida de DNA é estável até aos … ºC.
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Entre pares de bases adjacentes (empilhadas) estabelece-se que interações?
Interações de van der Walls e ligações hidrofóbicas.
Que fatores podem levar à desnaturação do DNA?
-Aumento datemperatura
-Diminuição da concentração iónica
-Adição de formamida ou ureia
-pH alcalino
V ou F. A renaturação do DNA é impossível.
Falso
Qual dos processos ocorre mais lentamente, a desnaturação ou renaturação?
A renaturação de modo a evitar erros
A que corresponde a temperatura de melting do DNA?
A temperatura à qual metade do DNA se encontra desnaturado
O que é o efeito hipocrómico?
Quando há renaturação do DNA a absorvância diminui
O que é o efeito hipercrómico?
Quando há desnaturação do DNA a absorvância aumenta
Espécies com maior % de G-C têm uma maior/menor Tm?
Maior
Explique o processo de hibridação por desnaturação de DNA.
Usam-se dupla-hélices de organismos diferentes. Uma é desnaturada pelo calor e colocada num filtro, que é depois adicionado a uma solução com o DNA do segundo organismo também
desnaturado. Caso exista na solução sequências complementares às do filtro, elas vão-se ligar formando uma dupla hélice, tanto mais completa e estável quanto mais próximos filogeneticamente forem os indivíduos.
Na hibridação de DNA por desnaturação, quanto mais afastados filogenéticamente forem os individuos, maior ou menor é a Tmax?
Menor (menos estáve)
V ou F. Um DNA híbrido de individuos filogeneticamente próximos tem maior estabilidade e por isso a renaturação ocorre a temperaturas mais altas.
Verdadeiro
O que é o método de southern blotting?
Consiste em realizar a hibridação por desnaturação e colocação das cadeias separadas num filtro e com outro DNA desnaturado vê-se se a molécula marcada (com P32) se consegue hibridar com a cadeia que está no filtro.
Que diferentes estruturas secundárias de DNA existem?
-Supercoli
-Circular
-Linear
-Palíndroma
O que é o DNA Supercoli?
É forma mais comum de DNA e serve para libertar energia. Geralmente, a libertação da energia ocorre com um enrolamento da dupla-hélice sobre si para criar uma estrutura superenrolada. Ocorre quando há mais pares de bases por volta e torna a leitura dos genes mais complicada.
O DNA em forma circular pode ser encontrado por exemplo nos…
Plasmídeos
O que consiste a forma palíndroma do DNA?
Ocorre quando existe uma região da dupla hélice com sequências repetidas inversas que tendem a ligar-se formando o DNA cruciforme. Ocorre a formação de loops
Das 4 formas estudadas, supercoli, circular, linear ou palindroma, qual é a mais comum?
Supercoli
O DNA não existe no estado puro. Surge na forma de …, associado a proteínas, as … formando diversas zonas de enrolamento, os …
Cromatina, histonas, nucleossomas.
Em cada nucleossoma existem quantas histonas?
8
As histonas são básicas/acídicas, interagindo com a carga negativa/positiva da hélice
Acídicas, negativa
Quantas voltas dá o DNA a um nucleossoma? Isso corresponde quantos pares de bases?
2 voltas, 146 pares de bases
A organização estrutural do DNA dificulta/facilita grandemente a expressão genética.
Dificulta
Há diferentes zonas de compactação do DNA, as zonas mais compactas normalmente contêm genes que costumam/não costumam ser expressos.
Não costumam
V ou F. Os genes mais importantes estão presentes em zonas menos compactas do DNA.
Verdadeiro
O que são modificações epigenéticas?
Histonas acetiladas, fosforiladas ou aceitiladas, fenómenos que servem para controlar a expressão de diversos genes.
V ou F. As modificações epigenéticas são transmitidas à descendência.
Verdadeiro.
Qual é a imporância das modificações epigenéticas serem transmitidas à descenência?
É uma maneira dos progenitores garantirem que determinada característica vantajosa relativamente ao meio em que crescem surja expressa pela descendência. Isto está na base da razão de, na morfogénese, células musculares originarem sempre células musculares, com propriedades físico-químicas constantes
Durante a interfase, a cromatina está compactada de modo a ter quantos neucleossomas por volta?
6
À medida que se prepara a divisão celular a compactação aumenta ou diminui?
Aumenta
Na condensação da cromatina, as estruturas de 30nm enovelam-se sobre uma base proteica de … (heterodímero que faz o enrolamento do DNA sobre si próprio)
Condensina
Qual é a proteína que mantém juntos os cromatídeos na mitose?
Coesina
O que é o chromossoma scaffold?
Estrutura fibrilar e ramificada composta por proteínas como a topoisomerase I e as SMC’s e serve como esqueleto que suporta a estrutura dos cromossomas
Que enzimas se utilizam para remover o DNA de modo a obter imagens do Scaffold?
Nucleases (Endonucleases e exonucleases)
V ou F. As endonucleases reconhecem sequências nas extremidades, cortando-as.
Falso
Como é possível remover as histonas do DNA recorrendo a uma elevada concentração de NaCl?
O Na+ tem uma grande afinidade para os fragmentos da dupla-hélice, carregados negativamente, e o Cl- liga fortemente as histonas, impedindo que estas estabeleçam interações com o scaffold.
A análise do … de um indivíduo permite verificar a existência de aneuploidias ou translocações cromossómicas
Cariótipo
Em que consiste a técnica de chromossome painting?
Retiram-se células do líquido amniótico, identificam-se as que estão em divisão celular, e pára-se essa divisão. Depois, enviam-se n sondas diferentes (sendo n o número cromossómico), cada uma com uma sequência nucleotídica complementar à de um gene previamente conhecido. Acopladas às sondas, vão moléculas fluorescentes de diferentes cores. Cada cromossoma fica, assim, corado de uma cor diferente, e depois é fácil verificar se está tudo em ordem
Comente a seguinte frase: “O núcleo tem uma organização funcional”.
No núcleo, laços de diferentes cromossomas ocupam locais específicos e estratégicos, alguns dos quais ricos em fatores de transcrição ou RNA polimerases. s cromossomas não precisam de estar todos juntos. Em muitos organismos, eles encontram-se fragmentados e dispersos, e intercalados uns com os outros, ao longo do núcleo
V ou F. Só existe uma relação entre o número de genes e a complexidade do organismo na microbiologia.
Verdadeiro
Quanto mais repetitivo é um DNA, mais/menos complexo é um organimo?
Menos
V ou F. Os humanos, como seres mais complexos que as bactérias, têm um DNA mais repetitivo (mais cópias do mesmo gene).
Falso
Na hibridação de DNA, as sequências de DNA que se ligam primeiro são as que se encontram mais/menos repetidas ao longo do DNA?
Mais repetidas
V ou F. No gráfico da velocidade de hibridação de DNA, as sequências que demoram mais tempo a hibridar são as menos repetidas ao longo deste.
Verdadeiro
Em organismos complexos, a curva de hibridação de DNA possui 3 inflexões, correspondentes a tipos de sequências de DNA. Quais?
-Sequências altamente repetitivas
-Sequências moderadamente repetitivas
-Sequências únicas
No DNA de organismos complexos, as sequências altamente repetitivas correspondem a cerca de … % do DNA.
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No DNA de organismos complexos, as sequências altamente repetitivas associam-se muito rapidamente/lentamente.
Rapidamente
No DNA de organismos complexos, as sequências altamente repetitivas constituem o DNA…, que pode ser encontrado preferencialmente no centrómero e telómero.
Satélite
V ou F. DNA satélite corresponde a sequências de bases altamente aleatórias.
Falso
No DNA de organismos complexos, as sequências moderadamente repetitivas correspondem a cerca de … % do DNA
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Que tipo de sequências de DNA, as altamente repetitivas ou as moderadamente repetitivas é que tem genes que codificam para RNA transportador e ribossómico (rRNA e tRNA), para histonas, e para elementos de DNA móveis?
Moderadamente repetidas
Um transposão é composto por 3 partes. Quais?
-Fragmento de DNA que se repete de forma invertida
-Fragmento para codificação da enzima transposase
-Fragmento não invertido
O que faz a enzima trasnposase?
Promove a formação do loop e o corte do transposão, produzindo uma molécula linear e um círculo, o que permite a deslocação do transposão
A transposase reconhece o transposão pelas suas…
Sequências repetidas
Explique o processo de transposição de DNA.
A transposase reconhece um transposão (que possui infor-
mação genética que codifica para esta enzima) pelas suas sequências repetidas; ao fazê-lo, induz o DNA
dessa zona criando uma espécie de loop que, ao ser partido, deixa o transposão livre; o transposão pode
ligar-se de forma aleatória noutra zona do DNA, ficando lá até nova transposição;
A enzima que os retrotransposões codificam é a…
Transcriptase reversa
Explique o processo de retrotransposição.
O retrotransposão é DNA de cadeia dupla inserido no DNA que sofre uma transcrição por parte da RNA polimerase. A transcriptase reversa para a qual ele codifica transforma esse RNA numa molécula de DNA igual ao retrotransposão, que se vai inserir noutra zona do DNA; aqui não há uma movimentação do DNA, mas uma inserção de uma cópia noutro local;
V ou F. A transposição de genes está normalmente ativa.
Falso
V ou F. Se a sequência de DNA móvel (transposão)se inserir no meio do gene alvo este fica inativo.
Falso, podem apenas ocorrer alterações na expressão ex. a proteína produzida ser não funcional
O gene alvo fica inativo (não há transcrição) quando o transposão se insere no ínicio ou a meio?
Início
Explique como é que a transposição de DNA pode levar ao aparecimento de mutações?
Por exemplo, mesmo que a inserção não influencie o gene “alvo”, a transposase pode “enganar-se” e, em vez de cortar apenas as sequências repetitivas do transposão, pode arrastar porções de um gene funcional, levando à sua inativação, a saída dos transposões não é sempre perfeita.
As sequências únicas do DNA correspondem a cerca de … % do DNA.
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V ou F. As sequências únicas de DNA têm milhões de pares de bases.
Verdadeiro
V ou F. Os organismos mais simples possuem uma alta percentagem em sequênicas de DNA repetidas.
Falso,organismos mais simples possuem apenas sequências de cópia única.
V ou F. As sequências repetidas estão localizadas na periferia do núcleo.
Verdadeiro
Em qual das histonas ocorrem as modificações epigenéticas mais importantes?
H3 e H4
As modificações epigenéticas nas histonas ocorrem na sua cauda N-terminal ou C-terminal?
N-terminal
