ER גולג'י והפרוקסיזום

Question 1

מהם שלושת התפקידים של הפרוקסיזום

Answer 1

א-הורדת כמות החמצן החופשי בתא באמצעות תגובה המצורפת למטה,עי פירוק רדיקלים של חמצן. האנזימים המזרזים את התגובה הם קטלאז ואוראט אוקסידאז

ב-חמצון חומצות שומן ארוכות שרשרת ; מעל 22 ופחמנים

ג-יצירה של פלזמוגן שהם הפוספוליפידים העיקריים המרכיבים את המיאלין. נציין שפגמים בפרוקסיזום גורמים לפגיעות במערכת העצבים מהסיבה הזאת.

Question 2

בצמחים הפרוקסיזום נקרא….

וגם מהפרוקסיזום הצמחי יודע לעשות שאנחנו לא?

Answer 2

הפרוקסיזום בצמחים נקרא גליאוקסיזום

צמחים יודעים לעשות את המעבר מחומצות שומן זוגיות לסוכר באמצעות הפרוקסיזומים בתהליך שנקרא מעגל הגליאוקסילאט- יצור סוכר משומן (אנחנו פועלים רק מחומצות שומן אי זוגיות).

Question 3

מהזה סינדרום זלווגר?

Answer 3

תסמונת זלווגר-הוא תסמונת מולדת בה ישנה פגיעה קשה בשלמות בפרקוסיזום או בהעברת חלבונים לפרוקסיזום. למשל חוסר ב

pex5

גורם לפרוקסיזומים ריקים.

מוטציה ב pex7

שאחראי לזיהוי הסיגנאל האמיני

גורם למחלה קלה יותר.

איך נזכור? רנה זלווגר מוציא את הסרט ההמשך ללהיט “רוקן לי את הפרוקסיזום 5

Question 4

הפרוקסיזום והמיטוכנדריה, שינהם ממקור קדום של אנדוסמביונט שהפך לאברון בגופנו.

עם זאת ישנם 3 הבדלים משמעותיים בין המיטוכונדריה לפרוקסיזום מהם?

Answer 4

הפרוקסיזום מוקף ממברנה אחת ולא 2

הפרוקסיזום חסר גנום עצמאים וריבוזומים

כל החלבונים שפעילים בו מקודדים בגנום, אין לו דנ”א עצמאי כלל

משהו שכן דומה למיטוכנדריה זה שיש לו כושר הכפלה עצמאי, הוא פשוט מנץ מה

ER

Question 5

איך חלבונים נכנסים לפרוקסיזום?

Answer 5

יש שתי שיטות:

א- באמצעות סיגנל סרין-ליזין-לאוצין

SLK signal

שמצוי לרב בקצה הקרבוקסילי אך יכול להיות גם בקצה האמיני

ב- כניסה באמצעות וזיקולות מהאי אר- אחוז קטן ביותר מהחלבונים (שישה חלבונים) לא נכנסים לפרוקסיזום באמצעותרצף האס.אל.קיי אלא מגיעים בויזקולה מהאי,אר ומתאחים עם הפרוקסיזום

Question 6

תאר את מנגנון הכניסה באמצעות סיגנל לפרוקסיזום ואת החלבונים המשתתפים

Answer 6

כניסה באמצעות סיגנל כניסה פירוט:

רצף

SKL

מזוהה ע”י חלבוני טרנספורט בשם פרוקסינים יודעים לקחת חלבונים הנושאים את החלבון בעל הרצף היעודי לפרוקסיזום

• וספציפית החלבון

PEX-5

המזהה את הסיגנאל בקצה הקרבוקסילי

ß תהליך זה דרוש לעיתים יוביקוויטנציה

ß אין צורך לעבור דה נטורציה כדי להיכנס,בניגוד למשל למעבר חלבונים למיטוכונדריה שם החלבונים הם במצב לא מקופל לפני כניסתם לאיברון. כן אפילו אם הם מתפקדים כחלק מקומפלקס

לאחר ש

PEX5

הכניס את המטען לפרוקסיזום הוא עובר יוביקוויטינציה, דבר המאפשר לו לצאת החוצה בחזרה לציטוזול, שם היוביקווטינציה מוסרת. תהליך היציאה מהפרוקסיזום תלוי בשני סוגים של ATPase-

הקרויות

pex1 ו pex6.

Question 7

סיגנל הכניסה לפרוקסיזום מצוי בצד ה….

Answer 7

בקצה הקרבוקסילי.

עם זאת,מצויין במופרש שיש גם חלבונים פרוקסיזומלים שיש להם סיגנל כניסה בקצה האמיני

רשף אמר לדעת את זה אבל בעיקרון זה בקצה הקרבוקסילי

​

Question 8

תהליך היציאה מהפרוקסיזום תלוי בשני סוגים של

ATPases

שנקראות?

Answer 8

PEX 1 PEX6

Question 9

מקור הממברנה של הפרוקסיזום היא מ…

Answer 9

ER

משם הוא מנץ

Question 10

כמו כל הפוספוליפידים- פוספטידיל כולין וכל החלבונים המשתתפים בריאקציה לסינטזה שלו מצויים בצד ה..

Answer 10

ציטוזולי של ה

ER

Question 11

מהם ארבעת תפקידיו של ה

ER

החלק

Answer 11

א. אתר ביוסינטזה לפוספוליפידים

ב. ביוסניטזה של כולסטרול והורמונים סטרואידים

ג. יצירה של חלקים של ספינגוליפידים- את רכיב הספינגוזין מיוצר בER החלק מחומר המוצא צראמיד, ועוברת לסיכרור בגולג’י.

ד. מאגר יוני סידן ביחד עם המיטוכנדריה

Question 12

מהם שני התפקידים של ה

ER

המחוספס

Answer 12

א. אתר סינטזת חלבונים

ב. אתר שבו מתחיל סיכרור חלבונים ויצירת קשר

N גליקוזידי

באוליגוסוכרים

Question 13

חלבונים שמתורגמים לתוך הלומן של ה

ER

מגיעים לאיזה יעדים?

Answer 13

חלבונים המתורגמים באי אר מגיעים רק ליעידים של המערכת ההפרשה שהם:

א.נשארים באי אר

ב. ממשיכים לגולג’י

ג.ממשיכים מהגולג’י לליזוזום

ד. ממשיכים מהגולג’י אל הממברנה הפלזמתית ומשם לחוץ התא

Question 14

תרגום חלבונים מתרחש רק ב

Answer 14

ניואנס חשוב: תרגום מתרחש רק בציטוזול ובמיטוכנדריה; חלבונים שמתורגמים כביבכול בER פונים לציטוזול וזה נחשב שהם מתורגמים בציטוזול!!!!! החלבונים יכול להיות משולשל לתוך הER אבל לא מתורגם בתוכו.

Question 15

מקורם של הריבוזום שעל האי אר המחוספס הוא:

Answer 15

ציטוזולי

Question 16

נכון לא נכון:

ריבוזומים שמגיעים מהציטוזול לאי אר הם ריבוזום שמצויים כבר בתהליך תרגום בעודם בציטוזול

Answer 16

נכון מאוד

ברגע שהריבוזום הציטוזולי מתרגם רצף שנקרא סיגנל פפטיד הרצף הזה מזוהה בציטוזול ע”י חלקיק

SRP

שבתהליך שנפרט בנפרד מעגן אותו ל

ER

Question 17

רצף סיגנל פפטיד הוא רצף הבנוי מ___ חומצות אמינו ___ותפקידו הוא____

Answer 17

רצף סיגנל פפטיד הוא רצף הבנוי מ20 חומצות אמינו הידרופוביות ותפקידו הוא לשלוח את החלבון לתרגום על גבי האי אר

Question 18

מערכת ההפרשה המוקדמת כוללת את:

מערכת ההפרשה המאוחרת כוללת את:

Answer 18

מערכת ההפרשה המוקדמת כוללת את :

ER,ואת גולג’י ציס ואמצעי

מערכת ההפרשה המאוחרת כוללת את

גולג’י טרנס, ממברנת התא ואנדוזום (שנכלל בו גם הליזוזום בצורה בלתי ישירה)

Question 19

ברגע שמזוהה סיגנל פפטיד ע”י חלקיק

SRP

מהם האירועים המתרחשים מנקודה זו ועד לסינטזת החלבון באי אר?

Answer 19

א.בשלב הראשון יש זיהוי של של סיגנל הפפטיד וקשירתו ע”י חלקיק האס אר פי

ב. הקשירה של החלקיק עוצרת את התרגום ע”י חסימת אתר הסינטזה

ג. החלקיק נושא את הריבוזום לאי אר ושם הוא מעגן אותו לרצפטור אס אר פי

ד. הקשירה לרצפטור מלווה בהידרוליזה של ה

שלו GTP

המאפשרת את שחרור החלקיק ומחזורו ועגינת הריבוזום בפוזיציה המתאימה

ה. הסרת החלקיק מסירה גם את החסימה והריבוזום חוזר לתרגם כאשר הפפטיד משולשל דרך תעלת הטרנסלוקון ממנה הוא מגיע ללומן האי אר

Question 20

שם נוסף ל

Sec 61

Answer 20

תעלת הטרנסלוקון

Question 21

הזיהוי של סינגל הפפטיד ע”י חלקיק

SRP

מבוססת על זיהוי…

Answer 21

גודל!

החלקיק יודע להיקשר להרבה רצפים של סיגנל פפטיד בזכות אתר קשירה דמוי כיס עתיר מתיונין - למתיונין שייר אר בלתי מסועף וגמיש ולכן הוא יכול להכיל סוגים שונים של סיגנלי פפטיד.

Question 22

לחלקיק ה

SRP

יש מולקולות רנ”א קטנה שמחוברת אליו- מה תפקידה?

Answer 22

תפקיד הרנא הוא עיכוב הסינטזה של הריבוזום הוא לא מאפשר לפאקטורי אילונגציה להיקשר לריבוזום

עיכוב התרגום נעשה על ידי הפרעה מרחבית של החלקיק לאתר הקישור של פקטורי האלונגציה, אשר כמובן לא ניתן להמשיך לתרגם בלעדיהם. האתר הזה מצוי על גבי תת היחידה הגדולה של הריבוזום.

הסיגנאל אותו מזהה הוא רצף של כ-20 חומצות אמינו הידרופוביות, כך שיש לו אתר שהוא אתר הידרופובי לקשירת הסיגנאל

Question 23

מה המשפטים הבאים נכון

א. בכל חלבון הנושא סיגנל פפטיד הסיגנל יסולק

ב. סיגנל פפטיד נחתך ע”י חלק אינטרינזי בSRP

ג. סיגנל פפטיד חותך את סיגנל הפפטיד

ד. סיגנל הפפטיד לרב מצוי בצד הקרבוקסילי

ה. כל התשובות נכונות חוץ מ ד, ו

ו. כל התשובות נכונות חוץ מ ג’ ה

Answer 23

התשובה היא ה

סיגנל פפטיד מסולק מהחלבון

הסילוק נעשה עי סיגנל פפטידאז שהוא רכיב אינטרינזי בקומפלקס ה SRP

סיגנל פפטיד מצוי תמיד בצד האמיני- דבר הגיוני מאוד כי תרגום מתחיל מהצד האמיני, אילו זה היה בצד הקרבוקסילי זה היה כבר שהחלבון סיים את התרגום, לא הגיוני בקיצור!

Question 24

לא כל החלבונים שיעדם הוא אי אר מגיעים אליו באמצעות סיגנל פפטיד

מהי האופציה השנייה? תאר את מנגנון ההכנסה בדרך זו

Answer 24

האופציה השניה לכניסה לאי אר היא באמצעות החלבון

BIP

החלבון ביפ מתווך כניסת חלבונים שאין להם סינגל פפטיד לאי רק.

תפקידו לקחת חלבון שמקורו ציטוזלי ולשמור עליו פתוח (כלומר ללא מבנה שלישוני) ולסייע ביניקה שלו לתוך הלומן של האי אר דרך תעלת הטרנסלוקון.

הוא מסוגל לעשות זאת מכיוון שהוא צ’פרון מסוג

HSP70

Question 25

צ’פרוני

HSP70

הם גם סוג של

Answer 25

ATPase

Question 27

איפה בתא נמצא BIP?

Answer 27

BiP, an HSP70 molecular chaperone located in the lumen of the endoplasmic reticulum (ER), binds newly-synthesized proteins as they are translocated into the ER and maintains them in a state competent for subsequent folding and oligomerization

Question 28

בחיידקים אין אי אר

מהם האנלוגים של תעלת הטרנסלוקון ושל החלבון

BIP

ולמה הם משמשים שם?

Answer 28

תעלת הטרנסלוקון נקראת SEC Y

החלבון BIP

נקרא SEC A

וכל המערכת הזאת מנוצלת כדי להעביר חומרים מחוץ לתא

Question 29

של חלבונים המתורגמים לתוך הלומן של האי אר כחלבונים חוצי Types מהם שלושת ממברנה?

מה קובע היכן ימצא הקצה האמיני והקרבוקסילי של הפפטיד בחלבון חוצה ממברנת אי אר?

איך ניתן להבדיל בין כל TYPE?

Answer 29

איך נזהה?

יש סיגנל פפטיד? בטוח זה טייפ 1

אין סיגנל פפטיד? חייבים לתת לנו מידע על חומצות האמינו בסמוך לנקודת הסטארט

הציטוזול הוא שלילי ולכן:

אם סביב הסטארט טרנספר יש מטענים חיוביים אזי; טייפ 2

אם סביב הסטארט טרנספר יש מטענים שליליים אזי: טייפ 3

Question 30

STOP TRANSFER

הוא מקטע בן ___ חומצות אמינו שלעולם ___

Answer 30

STOP TRANSFER

הוא מקטע בן 20 חומצות אמינו שלעולם איננו נחתך ע”י סיגנל פפטידאז

Question 31

מקטעי סטופ וסטרט טרנספר תפקידם

Answer 31

ß stop/start Transfer הם מקטעים שעתידים להיות אזורים חוצי ממברנה בחלבון.

START- מחדש את המעבר דרך הממברנה

STOP- עוצר את השלשלות דרך הממברנה

Question 32

כמה פעמים החלבון חוצה ממברנה לפי הרצפים הבאים:

Answer 32

החלבון חוצה 7 פעמים

כמספר רצפי ה

stop/start

לשים לב שאם יש בהתחלה רצף

SR

אז לא להכליל אותו בספירה כי הוא לא קשור

תזכורת: מטען שלילי ליד הסיגנל הראשון? פונה לומן האי אר כי הציטוזול שלילי מהלומן ולא ייתכנו מטענים מנוגדים ביחד!

Question 33

עיגון חלבונים לאי אר מסוג

tail anchoring

מתווך ע”י חלבוני..

Answer 33

Gett

אם אתה רוצה להגיע לממברנת האי אר ולהישאר שם אז אתה מזמין

Gett texi

Question 34

Gett 1/2

מצויים ב?

מה תפקידו של gett 3

לאיזה משפחת חלבונים הוא שייך?

Answer 34

GETT 1/2

חלבונים ממברנלים על גבי הER

GETT3

סוג של ATPase

תפקידו: לקשור חלבונים המזהים את השיירים ההידרופובים בקצה הקרבוקסילי ועיגונם בכוח לאי אר

התהליך צורך ATP

Question 35

ב tail Anchoring

היכן מצויים כל אחד מהקצוות של החלבון?

Answer 35

הזנב ההידרופובי הקרבוקסילי נעוץ על גבי הממברנה ואילו הזנה האמיני שוחה בציטוזול.

כי שיירים הידרופובים מצויים בצד הקרבוקסילי החלבון והם אלו שמזוהים ע”י החלבונים שתפקידם לזהות את השיירים..

Question 36

למה משמש הATP

של Gett 3?

Answer 36

אמרנו שהוא סוג של atpase

ההידרוליזה מאפשר דיאסוסאציה של תת היחידות שלו (הוא דימר)

שחלוף AT]

יגרום לו לעבוא למצב דימרי ושוב לקשור את ה

pre-targetting complex.

Question 37

כדי לחלבון יעוגן בשיטת

tail anchoring

הוא חייב שיהיה לו

Answer 37

עיגון מסוג זה מחייב המצאות רצף הידרופובי בקצה הקרבוקסילי בחלבון המיועד לעיגון.

Question 38

דוגמה מפורסמת לחלבונים שמעוגנים בשיטת

tail anchoring?

Answer 38

חלבוני

SNERE

Question 39

N גליקוזיליציה

מתבצעת ע”י?

Answer 39

אוליגו-סאכריל טראנספראז, היושב על ממברנת האי אר בסמוך לתעלת הטרנסלוקון – כך שהוספת הסוכר נעשית עם הגעת חומצת האמינו הרלוונטית לחלל ה

ER (לומן)

התפקיד שלו זה לקחת קבוצות פוספט מסוכרים מאוקטבים

(UDP)

ולהדביק אותם לדוליכול, אם הוא לא עובר אקטיבציה לדוליכול פירופוספט אז הוא לא עובד…

UDP= מפעיל את גלוקנאק

GDP- מפעיל את מנוז

Question 40

תארי את תהליך ה

N

גליקוזילציה ואת המשתתפים בו

Answer 40

לא בתמונה:

גולג’י:

הגליקופרוטאין הקשור בקשר N גליקוזידי נסגר בבועית ומועבר לגולג’י- שם הוא יכול לעבור עיבודים נוספים כמו : הארכת שרשרת, גיזום, יצירת קשר O גיקוזידי או סולפנציה.

לבסוף- הגליקופרוטאין המוגמר יכול לעבור לאחת מהתחנות הבאות: ליזוזום או לתווך החוץ תאי

Question 41

איך התא “יודע” שצריך לסכרר חלבון מסויים בקשר

N גליקוזידי?

Answer 41

מסתבר שיש רצף שאומר “סכרר אותי”-

הסיגנל בנוי מ

aspergine-X-ser/Thr

x=anything but Proline which breaks this 3D structure

Question 42

למה צריך לסכרר חלבונים?

Answer 42

כי יש לו תפקידים רבים בהענקת זהות; כמו קבוצות הדם, מערכת החיסון ותפקידים בקיפול והכירות.

Question 43

מה ההבדל מבחינת אתר הקישור לחלבון בין קשר

O גליקוזידי

ל N גליקוזידי?

מה ההבדל מבחינת אתר הסינטזה?

Answer 43

קשר N גליקוזידי

נעשה בין קבוצת האמין של אספרגין לפחמן של גולקנאק

קשר O גליקוזידי

נעשה בין חמצן של סרין לפחמן של גולקנאק

הבדלים באתר הסינטזה:

N גליקוזידי:

גולג’י וER

O גליקוזידי:

רק בגולג’י

*************הכוונה פה היא לייצרת אוליגוסוכר שמתחבר לחלבון ולא מונוסכריד שלגביו אתרי הסינטזה הם שונים*********************

Question 44

מה מעכבת האנטיביוטיקה טוניקמיצין?

Answer 44

טוניקמצין לא מאפשר אקטיבציה של דוליכול פוספט לפירופוסט ולכן אי אפשר לספח גולקנאקואין יצירה של קשרים

N גליקוזידים

וסכרור של חלבונים ב

ER

בקיצור משביתה סכרור מסוג זה

Question 45

מה קורה אם אין רצף הסכרור ?

ASN-X-SER/THR?

Answer 45

לא יקשר סוכר לחלבון- אין לו את הקונפורמציה הדרושה להכרה ע”י האנזים

אוליגוסאכריל טרנספראז