ER גולג'י והפרוקסיזום Flashcards
מהם שלושת התפקידים של הפרוקסיזום
א-הורדת כמות החמצן החופשי בתא באמצעות תגובה המצורפת למטה,עי פירוק רדיקלים של חמצן. האנזימים המזרזים את התגובה הם קטלאז ואוראט אוקסידאז
ב-חמצון חומצות שומן ארוכות שרשרת ; מעל 22 ופחמנים
ג-יצירה של פלזמוגן שהם הפוספוליפידים העיקריים המרכיבים את המיאלין. נציין שפגמים בפרוקסיזום גורמים לפגיעות במערכת העצבים מהסיבה הזאת.
בצמחים הפרוקסיזום נקרא….
וגם מהפרוקסיזום הצמחי יודע לעשות שאנחנו לא?
הפרוקסיזום בצמחים נקרא גליאוקסיזום
צמחים יודעים לעשות את המעבר מחומצות שומן זוגיות לסוכר באמצעות הפרוקסיזומים בתהליך שנקרא מעגל הגליאוקסילאט- יצור סוכר משומן (אנחנו פועלים רק מחומצות שומן אי זוגיות).
מהזה סינדרום זלווגר?
תסמונת זלווגר-הוא תסמונת מולדת בה ישנה פגיעה קשה בשלמות בפרקוסיזום או בהעברת חלבונים לפרוקסיזום. למשל חוסר ב
pex5
גורם לפרוקסיזומים ריקים.
מוטציה ב pex7
שאחראי לזיהוי הסיגנאל האמיני
גורם למחלה קלה יותר.
איך נזכור? רנה זלווגר מוציא את הסרט ההמשך ללהיט “רוקן לי את הפרוקסיזום 5
הפרוקסיזום והמיטוכנדריה, שינהם ממקור קדום של אנדוסמביונט שהפך לאברון בגופנו.
עם זאת ישנם 3 הבדלים משמעותיים בין המיטוכונדריה לפרוקסיזום מהם?
הפרוקסיזום מוקף ממברנה אחת ולא 2
הפרוקסיזום חסר גנום עצמאים וריבוזומים
כל החלבונים שפעילים בו מקודדים בגנום, אין לו דנ”א עצמאי כלל
משהו שכן דומה למיטוכנדריה זה שיש לו כושר הכפלה עצמאי, הוא פשוט מנץ מה
ER
איך חלבונים נכנסים לפרוקסיזום?
יש שתי שיטות:
א- באמצעות סיגנל סרין-ליזין-לאוצין
SLK signal
שמצוי לרב בקצה הקרבוקסילי אך יכול להיות גם בקצה האמיני
ב- כניסה באמצעות וזיקולות מהאי אר- אחוז קטן ביותר מהחלבונים (שישה חלבונים) לא נכנסים לפרוקסיזום באמצעותרצף האס.אל.קיי אלא מגיעים בויזקולה מהאי,אר ומתאחים עם הפרוקסיזום
תאר את מנגנון הכניסה באמצעות סיגנל לפרוקסיזום ואת החלבונים המשתתפים
כניסה באמצעות סיגנל כניסה פירוט:
רצף
SKL
מזוהה ע”י חלבוני טרנספורט בשם פרוקסינים יודעים לקחת חלבונים הנושאים את החלבון בעל הרצף היעודי לפרוקסיזום
- וספציפית החלבון
PEX-5
המזהה את הסיגנאל בקצה הקרבוקסילי
ß תהליך זה דרוש לעיתים יוביקוויטנציה
ß אין צורך לעבור דה נטורציה כדי להיכנס,בניגוד למשל למעבר חלבונים למיטוכונדריה שם החלבונים הם במצב לא מקופל לפני כניסתם לאיברון. כן אפילו אם הם מתפקדים כחלק מקומפלקס
לאחר ש
PEX5
הכניס את המטען לפרוקסיזום הוא עובר יוביקוויטינציה, דבר המאפשר לו לצאת החוצה בחזרה לציטוזול, שם היוביקווטינציה מוסרת. תהליך היציאה מהפרוקסיזום תלוי בשני סוגים של ATPase-
הקרויות
pex1 ו pex6.
סיגנל הכניסה לפרוקסיזום מצוי בצד ה….
בקצה הקרבוקסילי.
עם זאת,מצויין במופרש שיש גם חלבונים פרוקסיזומלים שיש להם סיגנל כניסה בקצה האמיני
רשף אמר לדעת את זה אבל בעיקרון זה בקצה הקרבוקסילי
תהליך היציאה מהפרוקסיזום תלוי בשני סוגים של
ATPases
שנקראות?
PEX 1 PEX6
מקור הממברנה של הפרוקסיזום היא מ…
ER
משם הוא מנץ
כמו כל הפוספוליפידים- פוספטידיל כולין וכל החלבונים המשתתפים בריאקציה לסינטזה שלו מצויים בצד ה..
ציטוזולי של ה
ER
מהם ארבעת תפקידיו של ה
ER
החלק
א. אתר ביוסינטזה לפוספוליפידים
ב. ביוסניטזה של כולסטרול והורמונים סטרואידים
ג. יצירה של חלקים של ספינגוליפידים- את רכיב הספינגוזין מיוצר בER החלק מחומר המוצא צראמיד, ועוברת לסיכרור בגולג’י.
ד. מאגר יוני סידן ביחד עם המיטוכנדריה
מהם שני התפקידים של ה
ER
המחוספס
א. אתר סינטזת חלבונים
ב. אתר שבו מתחיל סיכרור חלבונים ויצירת קשר
N גליקוזידי
באוליגוסוכרים
חלבונים שמתורגמים לתוך הלומן של ה
ER
מגיעים לאיזה יעדים?
חלבונים המתורגמים באי אר מגיעים רק ליעידים של המערכת ההפרשה שהם:
א.נשארים באי אר
ב. ממשיכים לגולג’י
ג.ממשיכים מהגולג’י לליזוזום
ד. ממשיכים מהגולג’י אל הממברנה הפלזמתית ומשם לחוץ התא
תרגום חלבונים מתרחש רק ב
ניואנס חשוב: תרגום מתרחש רק בציטוזול ובמיטוכנדריה; חלבונים שמתורגמים כביבכול בER פונים לציטוזול וזה נחשב שהם מתורגמים בציטוזול!!!!! החלבונים יכול להיות משולשל לתוך הER אבל לא מתורגם בתוכו.
מקורם של הריבוזום שעל האי אר המחוספס הוא:
ציטוזולי
נכון לא נכון:
ריבוזומים שמגיעים מהציטוזול לאי אר הם ריבוזום שמצויים כבר בתהליך תרגום בעודם בציטוזול
נכון מאוד
ברגע שהריבוזום הציטוזולי מתרגם רצף שנקרא סיגנל פפטיד הרצף הזה מזוהה בציטוזול ע”י חלקיק
SRP
שבתהליך שנפרט בנפרד מעגן אותו ל
ER
רצף סיגנל פפטיד הוא רצף הבנוי מ___ חומצות אמינו ___ותפקידו הוא____
רצף סיגנל פפטיד הוא רצף הבנוי מ20 חומצות אמינו הידרופוביות ותפקידו הוא לשלוח את החלבון לתרגום על גבי האי אר
מערכת ההפרשה המוקדמת כוללת את:
מערכת ההפרשה המאוחרת כוללת את:
מערכת ההפרשה המוקדמת כוללת את :
ER,ואת גולג’י ציס ואמצעי
מערכת ההפרשה המאוחרת כוללת את
גולג’י טרנס, ממברנת התא ואנדוזום (שנכלל בו גם הליזוזום בצורה בלתי ישירה)
ברגע שמזוהה סיגנל פפטיד ע”י חלקיק
SRP
מהם האירועים המתרחשים מנקודה זו ועד לסינטזת החלבון באי אר?
א.בשלב הראשון יש זיהוי של של סיגנל הפפטיד וקשירתו ע”י חלקיק האס אר פי
ב. הקשירה של החלקיק עוצרת את התרגום ע”י חסימת אתר הסינטזה
ג. החלקיק נושא את הריבוזום לאי אר ושם הוא מעגן אותו לרצפטור אס אר פי
ד. הקשירה לרצפטור מלווה בהידרוליזה של ה
שלו GTP
המאפשרת את שחרור החלקיק ומחזורו ועגינת הריבוזום בפוזיציה המתאימה
ה. הסרת החלקיק מסירה גם את החסימה והריבוזום חוזר לתרגם כאשר הפפטיד משולשל דרך תעלת הטרנסלוקון ממנה הוא מגיע ללומן האי אר
שם נוסף ל
Sec 61
תעלת הטרנסלוקון
הזיהוי של סינגל הפפטיד ע”י חלקיק
SRP
מבוססת על זיהוי…
גודל!
החלקיק יודע להיקשר להרבה רצפים של סיגנל פפטיד בזכות אתר קשירה דמוי כיס עתיר מתיונין - למתיונין שייר אר בלתי מסועף וגמיש ולכן הוא יכול להכיל סוגים שונים של סיגנלי פפטיד.
לחלקיק ה
SRP
יש מולקולות רנ”א קטנה שמחוברת אליו- מה תפקידה?
תפקיד הרנא הוא עיכוב הסינטזה של הריבוזום הוא לא מאפשר לפאקטורי אילונגציה להיקשר לריבוזום
עיכוב התרגום נעשה על ידי הפרעה מרחבית של החלקיק לאתר הקישור של פקטורי האלונגציה, אשר כמובן לא ניתן להמשיך לתרגם בלעדיהם. האתר הזה מצוי על גבי תת היחידה הגדולה של הריבוזום.
הסיגנאל אותו מזהה הוא רצף של כ-20 חומצות אמינו הידרופוביות, כך שיש לו אתר שהוא אתר הידרופובי לקשירת הסיגנאל
מה המשפטים הבאים נכון
א. בכל חלבון הנושא סיגנל פפטיד הסיגנל יסולק
ב. סיגנל פפטיד נחתך ע”י חלק אינטרינזי בSRP
ג. סיגנל פפטיד חותך את סיגנל הפפטיד
ד. סיגנל הפפטיד לרב מצוי בצד הקרבוקסילי
ה. כל התשובות נכונות חוץ מ ד, ו
ו. כל התשובות נכונות חוץ מ ג’ ה
התשובה היא ה
סיגנל פפטיד מסולק מהחלבון
הסילוק נעשה עי סיגנל פפטידאז שהוא רכיב אינטרינזי בקומפלקס ה SRP
סיגנל פפטיד מצוי תמיד בצד האמיני- דבר הגיוני מאוד כי תרגום מתחיל מהצד האמיני, אילו זה היה בצד הקרבוקסילי זה היה כבר שהחלבון סיים את התרגום, לא הגיוני בקיצור!
לא כל החלבונים שיעדם הוא אי אר מגיעים אליו באמצעות סיגנל פפטיד
מהי האופציה השנייה? תאר את מנגנון ההכנסה בדרך זו
האופציה השניה לכניסה לאי אר היא באמצעות החלבון
BIP
החלבון ביפ מתווך כניסת חלבונים שאין להם סינגל פפטיד לאי רק.
תפקידו לקחת חלבון שמקורו ציטוזלי ולשמור עליו פתוח (כלומר ללא מבנה שלישוני) ולסייע ביניקה שלו לתוך הלומן של האי אר דרך תעלת הטרנסלוקון.
הוא מסוגל לעשות זאת מכיוון שהוא צ’פרון מסוג
HSP70
צ’פרוני
HSP70
הם גם סוג של
ATPase
איפה בתא נמצא BIP?
BiP, an HSP70 molecular chaperone located in the lumen of the endoplasmic reticulum (ER), binds newly-synthesized proteins as they are translocated into the ER and maintains them in a state competent for subsequent folding and oligomerization
בחיידקים אין אי אר
מהם האנלוגים של תעלת הטרנסלוקון ושל החלבון
BIP
ולמה הם משמשים שם?
תעלת הטרנסלוקון נקראת SEC Y
החלבון BIP
נקרא SEC A
וכל המערכת הזאת מנוצלת כדי להעביר חומרים מחוץ לתא
של חלבונים המתורגמים לתוך הלומן של האי אר כחלבונים חוצי Types מהם שלושת ממברנה?
מה קובע היכן ימצא הקצה האמיני והקרבוקסילי של הפפטיד בחלבון חוצה ממברנת אי אר?
איך ניתן להבדיל בין כל TYPE?
איך נזהה?
יש סיגנל פפטיד? בטוח זה טייפ 1
אין סיגנל פפטיד? חייבים לתת לנו מידע על חומצות האמינו בסמוך לנקודת הסטארט
הציטוזול הוא שלילי ולכן:
אם סביב הסטארט טרנספר יש מטענים חיוביים אזי; טייפ 2
אם סביב הסטארט טרנספר יש מטענים שליליים אזי: טייפ 3
STOP TRANSFER
הוא מקטע בן ___ חומצות אמינו שלעולם ___
STOP TRANSFER
הוא מקטע בן 20 חומצות אמינו שלעולם איננו נחתך ע”י סיגנל פפטידאז
מקטעי סטופ וסטרט טרנספר תפקידם
ß stop/start Transfer הם מקטעים שעתידים להיות אזורים חוצי ממברנה בחלבון.
START- מחדש את המעבר דרך הממברנה
STOP- עוצר את השלשלות דרך הממברנה
כמה פעמים החלבון חוצה ממברנה לפי הרצפים הבאים:
החלבון חוצה 7 פעמים
כמספר רצפי ה
stop/start
לשים לב שאם יש בהתחלה רצף
SR
אז לא להכליל אותו בספירה כי הוא לא קשור
תזכורת: מטען שלילי ליד הסיגנל הראשון? פונה לומן האי אר כי הציטוזול שלילי מהלומן ולא ייתכנו מטענים מנוגדים ביחד!
עיגון חלבונים לאי אר מסוג
tail anchoring
מתווך ע”י חלבוני..
Gett
אם אתה רוצה להגיע לממברנת האי אר ולהישאר שם אז אתה מזמין
Gett texi
Gett 1/2
מצויים ב?
מה תפקידו של gett 3
לאיזה משפחת חלבונים הוא שייך?
GETT 1/2
חלבונים ממברנלים על גבי הER
GETT3
סוג של ATPase
תפקידו: לקשור חלבונים המזהים את השיירים ההידרופובים בקצה הקרבוקסילי ועיגונם בכוח לאי אר
התהליך צורך ATP
ב tail Anchoring
היכן מצויים כל אחד מהקצוות של החלבון?
הזנב ההידרופובי הקרבוקסילי נעוץ על גבי הממברנה ואילו הזנה האמיני שוחה בציטוזול.
כי שיירים הידרופובים מצויים בצד הקרבוקסילי החלבון והם אלו שמזוהים ע”י החלבונים שתפקידם לזהות את השיירים..
למה משמש הATP
של Gett 3?
אמרנו שהוא סוג של atpase
ההידרוליזה מאפשר דיאסוסאציה של תת היחידות שלו (הוא דימר)
שחלוף AT]
יגרום לו לעבוא למצב דימרי ושוב לקשור את ה
pre-targetting complex.
כדי לחלבון יעוגן בשיטת
tail anchoring
הוא חייב שיהיה לו
עיגון מסוג זה מחייב המצאות רצף הידרופובי בקצה הקרבוקסילי בחלבון המיועד לעיגון.
דוגמה מפורסמת לחלבונים שמעוגנים בשיטת
tail anchoring?
חלבוני
SNERE
N גליקוזיליציה
מתבצעת ע”י?
אוליגו-סאכריל טראנספראז, היושב על ממברנת האי אר בסמוך לתעלת הטרנסלוקון – כך שהוספת הסוכר נעשית עם הגעת חומצת האמינו הרלוונטית לחלל ה
ER (לומן)
התפקיד שלו זה לקחת קבוצות פוספט מסוכרים מאוקטבים
(UDP)
ולהדביק אותם לדוליכול, אם הוא לא עובר אקטיבציה לדוליכול פירופוספט אז הוא לא עובד…
UDP= מפעיל את גלוקנאק
GDP- מפעיל את מנוז
תארי את תהליך ה
N
גליקוזילציה ואת המשתתפים בו
לא בתמונה:
גולג’י:
הגליקופרוטאין הקשור בקשר N גליקוזידי נסגר בבועית ומועבר לגולג’י- שם הוא יכול לעבור עיבודים נוספים כמו : הארכת שרשרת, גיזום, יצירת קשר O גיקוזידי או סולפנציה.
לבסוף- הגליקופרוטאין המוגמר יכול לעבור לאחת מהתחנות הבאות: ליזוזום או לתווך החוץ תאי
איך התא “יודע” שצריך לסכרר חלבון מסויים בקשר
N גליקוזידי?
מסתבר שיש רצף שאומר “סכרר אותי”-
הסיגנל בנוי מ
aspergine-X-ser/Thr
x=anything but Proline which breaks this 3D structure
למה צריך לסכרר חלבונים?
כי יש לו תפקידים רבים בהענקת זהות; כמו קבוצות הדם, מערכת החיסון ותפקידים בקיפול והכירות.
מה ההבדל מבחינת אתר הקישור לחלבון בין קשר
O גליקוזידי
ל N גליקוזידי?
מה ההבדל מבחינת אתר הסינטזה?
קשר N גליקוזידי
נעשה בין קבוצת האמין של אספרגין לפחמן של גולקנאק
קשר O גליקוזידי
נעשה בין חמצן של סרין לפחמן של גולקנאק
הבדלים באתר הסינטזה:
N גליקוזידי:
גולג’י וER
O גליקוזידי:
רק בגולג’י
*************הכוונה פה היא לייצרת אוליגוסוכר שמתחבר לחלבון ולא מונוסכריד שלגביו אתרי הסינטזה הם שונים*********************
מה מעכבת האנטיביוטיקה טוניקמיצין?
טוניקמצין לא מאפשר אקטיבציה של דוליכול פוספט לפירופוסט ולכן אי אפשר לספח גולקנאקואין יצירה של קשרים
N גליקוזידים
וסכרור של חלבונים ב
ER
בקיצור משביתה סכרור מסוג זה
מה קורה אם אין רצף הסכרור ?
ASN-X-SER/THR?
לא יקשר סוכר לחלבון- אין לו את הקונפורמציה הדרושה להכרה ע”י האנזים
אוליגוסאכריל טרנספראז
