Épidémiologie des maladies infectieuses Flashcards
Colonisation
*Multiplication de micro-organisme sans évidence d’infection et souvent sans réponse immunitaire
*Parfois à l’origine d’infection ou d’éclosion (ex SARM)
Flore normale –Microbiote
*30000 milliards bactéries (1-10x cellules humaines)
*200-250 espèces
Agent microbien (virus, bactérie, parasite, etc…) se différencient par:
*Pathogénicité *Virulence
*Transmissibilité
*Tropisme
*Susceptibilité aux antimicrobiens
*Géographie
*Habitat naturel
Triangle épidémiologique fait de …
Agent
Hôte
Environnement
Hôte peut varier sur…
*Âge
*Sexe
*Immunosuppression
*Intégrité peau/muqueuses
*Microbiote
*Immunité
*Vaccination
*Génétique
Environnement peut varier sur…
Environnement
*Géographie
*Résidence (CHSLD, Sans abri, bidonville, etc..)
*Salubrité
*Alimentation
*Animaux (fermes, abattoir, trappeur, etc…)
*Occupation
*Loisirs
*Contacts infectieux
Questionnaire clé épidémio?
V=VoyageVaccins
O=Occupation
L=Loisirs
C=Contacts infectieux A=Animaux
N=Nourriture
Père de l’épidémiologie moderne?
1854, John Snow «Père de l’épidémiologie moderne»
*Épidémie Choléra Londres
*Mappingcas de choléra. *Pompe Broad Street
*Fermeture Pompe
*Fin éclosion
Épidémie
Développement d’une maladie qui atteint simultanément de nombreux individus
Épidémiologie
Étude de le distribution et des facteurs qui interviennent dans l’apparition et l’évolution des maladies
Éléments menant à une pandémie infectieuse:
*L’émergence d’un nouvel agent pathogène transmissible.
*L’émergence d’une nouvelle maladie (manifestations cliniques) causée par ce nouvel agent.
*Nouvel agent cause une épidémie
*Nouvel agent cause une pandémie
7 Phases OMS d’une pandémie
1
Infection animale. Pas d’infection humaine
2
Infection animale. Rares cas humains
3
Infection animale. Cas sporadiques ou petites éclosions humaines. Transmission inter-humainelimitée
4
Transmission inter-humaineefficace. Limitée à un pays ou zones limitrophes
5
Transmission inter-humaineimportante. Plus de 2 pays ou zones non limitrophes. Alerte Pré-Pandémique
6
Pandémie
7
Post pandémie
Définit Taux de reproduction effectif ou Facteur de propagation
Le taux de reproduction effectif (Rt) est défini comme le nombre moyen d’infections secondaires produites par un cas infecté dans une population où certains individus ne sont plus susceptibles à l’infection. Par exemple, un Rtde 2 implique qu’une personne infectée transmettra le SRAS-CoV-2 à deux personnes en moyenne pendant la période où elle est infectieuse
Principaux effets d’une pandémie
*Excès de mortalité
*Propagation hors contrôle
–Taux d’attaque élevé
*Surcharge de capacité des infrastructures de santé
*Impacts socio-économiques négatifs
Principales mesures de contrôle d’une pandémie
*En premier lieu, éviter d’importer des cas pathologiques nouveaux, ce qui implique de fermer et filtrer les transferts de cas potentiellement contaminent, en maîtrisant les frontières
*Sur le plan médical, détecter et soigner au mieux les victimes de l’infection.
*Imposer en tant que de besoin des dispositions de distanciation à l’ensemble de la population, y compris d’isolement ou de quarantaine, aux cas suspects
Courbe épidémique
Représentation graphique (histogramme) du nombre de cas en fonction du temps
–Multiples regroupements possibles (ex groupe d’âge, résultats tests, etc…)
Incidence et Taux d’incidence
*Nombre de nouveaux cas d’une maladie par période
*Taux d’incidence = Incidence par quantité de population
Prévalence et Taux de Prévalence
*Nombre de cas avec telle maladie actuellement dans la population
*Taux de prévalence = Prévalence par quantité de population
*Prévalence dépend de la durée de la maladie
Taux d’Attaque
ta = nb nouveaux cas/nb personnes à risque pendant la même période
Types d’études épidémiologiques
Observationnelles ou Expérimentales
Études épidémiologiques observationnelles (Prospective ou retrospectives)
*Descriptive
–Décrire des cas
*Cohorte
–Groupe défini avec exposition commune, SANS maladie (Ex Patients avec cathéter central, Personnel Soins critiques Unité COVID)
–Aussi Cohortes Exposés/Non exposés, SANS maladie
–Observer les facteurs de risque de survenue d’une maladie
*Cas-témoins
–Sélection des cas MALADES et NON MALADES
–Plusieurs facteurs d’exposition et une seule pathologie est étudiée (Ex Cas avec C difficile et Cas sans C difficile)
Études épidémiologiques expérimentales
*Prospective
*Modèle de choix pour Vaccins ou Traitements
*Souvent randomisée (répartition au hasard)
*Souvent double insu (patient et investigateur ignorent le traitement)
*Souvent avec groupe Placebo
*Très complexe et dispendieuse
Outils analytiques
Fréquences
Analyses autres:
*Risque relatif
*Table 2x2
*Sensibilité
*Spécificité
*Valeur prédictive positive
*Valeur prédictive positive
Table 2x2
Évaluation de la relation entre exposition et survenue d’un évènement (outcome)
Mesure de la valeur p
*calcul du Chi-carré le plus souvent
*Test de Fischer si une cellule a une valeur inférieure à 5
Estimation de la valeur des résultats obtenus (ex relation entre exposition et maladie)
*Hasard, Biais ou Erreur
Valeur p entre 0-1
Par convention p<.05 assume les probabilités <5% que les relations observées soient dues au hasard.
p<.05 est considéré habituellement comme une différence significative
Sensibilité =
capacité de détecter correctement les patients malades
*Donc VP / VP+FN (300/390 = 77%)
Spécificité =
capacité de détecter correctement les patients NON malades
*Donc VN / FP+VN (320/340 = 94%)
VPP =
capacité d’un test à confirmer, lorsque positif, la présence d’une pathologie donnée
*Donc VP / VP+FP (300/330 = 91%)
VPN =
capacité d’un test à confirmer, lorsque négatif, l’absence d’une pathologie donnée
*Donc VN / FN+VN (320/410 = 78%)
Gestion éclosion
Valider éclosion
Valider diagnostic
Mettre en place équipe de travail
Définition de cas
Recueil cas, données
Étude épidémiologique descriptive (courbe épidémique, mode de transmission, moorbidité, mortalité, etc…)
Développer des hypothèses et les réévaluer
Mesures de contrôle et de prévention, parfois avec intensification
Poursuivre la surveillance active
Produire rapport
