Encimi Flashcards
oksidoreduktaze
katalizirajo oksidacijske –redukcijske reakcije
gre za prenos elektronov z enega atoma ali molekule na drugega
prisotna morata bi vedno dva reaktanta
transferaze
katalizirajo prenos skupine, večina potrebuje koencim
tipična reakcija: AB + C → A + BC
hidrolaze
katalizirajo reakcijo hidrolize
AB + H2O → AOH + BH
liaze
katalizirajo nastanek dvojne vezi z odvzemom skupine
[X-A+B-Y] → [A=B+ X-Y]ali RCOCOOH → RCOH + CO2
izomeraze
katalizirajo strukturne spremembe znotraj iste molekule (reakcije izomerizacije)
ABC → BCA
ligaze
katalizirajo spojitev dveh molekul (kovalentna vez) ob sočasni hidrolizi ATP
X + Y + ATP → XY + ADP + Pi
vezava substrata na aktivno mesto
vezava substrata z nekovalentnim ireverzibilnimi interakcijami
modela vezave substrata na encim
model ključ-ključavnica, model inducirane prilagoditve
Encimi običajno vključujejo več mehanizmov katalize
dogajanje v aktivnem mestu (orientacija S/substratov, nudi mikrookolje, ki S pravilno orientir, veliko energije se pridobi iz vezave (vezavna energija)
kislinsko-bazna kataliza (ostanki v aktivnem mestu delujejo kot kisline ali baze)
kataliza s pomočjo kovinskih ionov (pomaga pravilno orienrati substrat, polarizira vez, kjer bo potekla reakcija ali stabilizira naboj intermediata, sodeluje pri prenosu elektronov)
kovalentna kataliza (nukleofilna kislina na encimu s substratom tvori kovalentno povezan intermediat)
kislinsko bazna kataliza
*funkcionalne skupine v aktivnem mestu encima delujejo kot kisline ali baze (prenos protona)
*-NH3+, COOH oz. -NH2, -COO
*skupine so v aktivnem mestu precizno usmerjene
*generira se močan nukleofil za katalizo *vstopajo v ugodne elektrostatske interakcije s substratom
*stabilizirajo prehodno stanje
*prenos na razdalji, ki ni naključen
kataliza s kovinskim ionom
kovinski ioni so lahko vezani na encim ali substrat
*Na+, K+, Mg2+, Mn2+, Cu2+, Zn2+, Fe2+, Fe3+, Ni2+
*z nabojem držijo substrat v pravilni usmeritvi s pomočjo koordinativnih vezi poveča vezavno energijo
*lahko generirajo nukleofil s povečanjem kislosti bližnjih molekul
*lahko stabilizirajo negativni naboj intermediata (prehodno stanje)
*lahko služi kot elektrofil
kovalentna kataliza
-nukleofilna (z elektroni bogata) funkcionalna skupina se kovalentno poveže s substratom
-nastane začasni intermediat (reaktiven) –razpad kovalentnega intermediata
kaj delajo koencimi
prenašalci skupin, nameščeni so v aktivno mesto
*gre za prenos vodika ali elektrona
*prenos skupin, ki so kovalentno vezane na koencim
FAD in FMN
koencima (prostetski skupini)
*derivata riboflavina (vit B2)
*sintezirajo ga bakterije, rastline in nekatere živali
*sodelujeta v reakcijah oksidacije
*FAD in FMN se reducirata do FADH2in FMNH2
*sprejmeta 2 protona in dva elektrona
koencim A
sintezira se iz prekurzorja pantotenata (vit B5)
*sodeluje pri biosintezi in oksidaciji ogljikovih hidratov in lipidov
*kosubstrat
*reakvni center je -SH skupina
*acilna skupina se kovalentno veže preko oesterske vezi –acil CoA
*oesterska vez je energijsko bogata
*acel CoA je energetsko bogata spojina
amin pirofosfat (TPP)
esencialni vitamin za sesalce (beriberi) *derivat vitamina B1(amin)
*prostetska skupina
*sintezira se v citosolu
*TPP nastane z encimskim prenosom pirofosforilne skupine iz ATP na amin *deluje v citosolu in mitohondriju
*TTP tvori kovalentno vez s substratom
piridoksal fosfat (PLP)
*derivat vitamina B6(piridoksin, piridoksal, piridoksamin)
*vitamer= več oblik (6: 3 nefosf. + 3 fosforilirane)
*PLP nastane z encimskim prenosom γ-fosforilne skupine iz ATP
*prostetska skupina
biotin
prostetska skupina
*esencialen za rast kvasovk, bakterij *vodotopni B7vitamin
*encimi, ki katalizirajo
kovalentno vezan bion na Lys v akvnem mestu
*primer encima piruvat dekarboksilaza
ireverzibilni inhibitorji (inakvatorji)
(inakvatorji) tvorijo kovalentno ali zelo močno nekovalentno vez z encimom in ga s tem trajno onesposobijo)
