Électrophorèse des protéines Flashcards
Qu’est-ce que l’électrophorèse?
Migration de molécules possédant une charge nette sous l’effet d’un champ électrique
L’anode est de quelle couleur? Chargé + ou -? Fait migrer quelles molécules?
Rouge. +. Les anions
La cathode est de quelle couleur? Chargé + ou -? Fait migrer quelles molécules?
Noir. -. Les cations
Quelles sont les 2 types d’électrophorèse?
- Conditions dénaturantes (SDS-PAGE)
- Conditions non-dénaturantes (PAGE)
Dans l’équation de la vitesse de déplacement (v), que signifie le “E”, le “q” et le “f”?
E : force du champ électrique
q : charge nette de la molécule
f : coefficient de friction
De quoi dépend le coefficient de friction?
- Masse (taille) de la molécule
- Forme de la molécule
- Viscosité du milieu
Qu’est-ce qui permet de stabiliser la migration?
- Électrophorèse en surface
- Électrophorèse interne
Quelle est le support le plus employé pour séparer les acides nucléiques?
L’agarose
Pourquoi le support doit être électriquement neutre?
Pour ne pas altérer la migration des molécules
Pourquoi il ne faut pas utiliser l’agarose naturelle?
Contient des groupements sulfates qui sont chargés négativement à pH neutre
Quelle est le support le plus employé pour séparer des protéines?
PAGE
Quelle est la meilleure orientation pout un gel qui est sensible à l’oxygène?
Vertical (PAGE), car l’oxygène inhibe la polymérisation
Les chambre sont de quelle orientation pour un gel d’agarose et pour un PAGE?
Agarose : Horizontal
PAGE : Vertical
Quelles sont les 2 radicaux libres pour la réaction de polymérisation ?
Persulfate d’ammonium
TEMED
Vrai ou Faux? L’acrylamide polymérisé est neurologique?
Non, il est neurologique seulement sous forme de poudre
Un gros % dans le gel est pour quelle type de molécules? Un petit?
Gros (15-20%) : Grosses molécules, car moins poreux
Petit (4-5%) : Petites molécules
Qu’est-ce que le SDS?
Détergent qui aide à dénaturer les protéines et qui se lie aux protéines en brisant les liens non-covalents
Comment agit le SDS?
Il donne aux protéines une charge nette indépendante de leur composition en acides aminés, ce qui permet de les séparer selon leur taille
Nommer des applications du SDS-PAGE
- Analyser pureté d’un échantillon protéique
- Déterminer la masse moléculaire d’une protéine
- Démontrer l’activité d’une protéase
- Déterminer si une enzyme possède des sous-unités et leur taille
- Permet de découper les bandes pour une analyse par MS
- Première étape pour un western blot
Quelle est l’agent réducteur pour briser les ponts disulfures entre 2 cystéines?
Le B-mercaptoéthanol
Comment sont dénaturé les protéines?
Par la chaleur (100)
Le SDS-PAGE est une système continu ou discontinu?
Discontinu, car 2 gels un par dessus l’autre. (pH différents)
Lequel migre plus vite, la glycine ou une protéine?
Glycine
À quoi sert le gel de concentration?
Permet aux protéines d’arriver en même temps au gel de séparation et donc aux protéines de même taille de migrer en une zone étroite. La séparation selon leur taille est optimal, car chaque bande est mieux séparées des autres
Il faut utiliser une électrophorèse non dénaturantes ou dénaturante pour réaliser un zymogramme?
Non dénaturante, car on veut garder la conformation native
La séparation par PAGE dépend de quoi?
La forme, la taille (masse) et la charge nette de chaque protéine
Pourquoi utilisé un PAGE?
Lorsque la structure d’une protéine doit être conservée exemple :
- Déterminer la pI d’une protéine
- Pour conserver l’activité enzymatique
- Détecter une activité enzymtique
- Obtenir de l’information à propos de la structure quaternaire
- Détecter la présence d’un cofacteur
Si le pH est plus grand que le pI, la protéine va migrer vers quoi? Si le pH est plus petit que le pI? Si le pH = pI?
Si le pH est plus grand que le pI : protéine a une charge négative, donc vers l’anode
Si le pH est plus petit que le pI : Protéine a une charge positive, donc vers le cathode
Si le pH = pI : Protéine a une charge nulle, donc ne migrera pas
Qu’est-ce que détermine la différence pH-pI?
Détermine l’intensité de la charge de la protéine
Qu’est-ce que la focalisation isoélectrique? À quoi sert-elle?
Électrophorèse en conditions non-dénaturante en présence d’ampholytes (petites molécules qui permettent d’établit un gradient de pH)
-Pour faire des gels 2D
Après la migration les protéines sont fixées dans le gel de quelle manière? Pour quelle raison?
Avec de l’acide acétique et du méthanol. Pour empêcher les bandes de diffuser par la suite
Quelle colorant est le plus sensible : Bleu de Coomassie ou le Nitrate d’argent?
Le nitrate d’argent (1 ng/bande)
Qu’est-ce que le buvardage?
Procédé par lequel les molécules présentes dans un gel sont transférées après l’électrophorèse sur une membrane de nitrocellulose (électrotransfert)
Le Southern est pour quel type de molécule? Northern? Western?
Southern = ADN Northern = ARN Western = Protéines
Quel est le principe de l’électrophorèse 2D?
- Permet de séparer un nombre élevé de protéines
- Permet de comparer 2 états (pathologie vs sain)
Décrire la précédure pour l’identification d’une protéine par spectrométrie de masse
1) Protéine purifiée
2) Fragmentation avec trypsine (coupe après Arg ou Lys)
3) Mesure précise de la masse des fragments
4) Comparaison avec une banque de données
Qu’est-ce que le 2D-DIGE?
-Permet de séparer les molécules en 2 dimensions et de comparer deux ou plusieurs échantillons pour détecter des spots présents/absents ou dont l’intensité varie
Comment le 2D-DIGE est différent de l’électrophorèse 2D standard?
Le 2D-DIGE utilise le marquage des protéines selon leur provenance, ce qui élimine les problèmes liés à la reproductibilité de la séparation des protéines d’un gel à l’autre et facilite la comparaison des spots d’échantillons différents
La séparation des protéines dans un gel 2D repose sur quels principes pour chaque séparation ?
1) Séparation des protéines selon la charge (pI)
2) Séparation des protéines selon leurs poids moléculaires (taille) grâce au SDS-PAGE
Pourquoi est-ce que la glycine migre moins vite que les protéines dans le gel de concentration d’un SDS-PAGE ?
Car à pH 6.8, sa charge est pratiquement neutre
