DNA Flashcards
Puriner og pyrimidiner
Hvad er baseparringsprincippet?
Adenin, thymin, guanin, cytosin.
A og T : to hydrogenbindinger.
C og G tre hydrogen- bindinger.
A + G: puriner = Puriner indeholder to aromatiske ringe, en femleddet og en seksleddet, med fire nitrogenatomer
C + T = Pyrimidiner består af en enkelt seksleddet aromatisk ring med to nitrogenatomer
BP : En lille og en stor base altid sidder sammen hvorved afstanden mellem DNA’s to strenge er konstant.
Beskriv RNA og typer af RNA
Ribo Nucleic Acid
Enkelt strenget
Indeholder carbohydratmolekylet ribose og basen U (uracil).
RNA udgør arvematerialet i nogle typer virus og spiller en vigtig rolle i gen-translationen.
RNA virker som sendebud mellem cellekerne og resten af cellen.
Messenger-RNA (mRNA), transfer-RNA (tRNA), ribosomalt RNA (rRNA) og RNA i cellekernen også kaldet small nuclear RNA (snRNA).
Hvad består et Nucletid af?
Hvad holdes nucletider sammen af?
En nitrogenholdig base, en deoxyribose (sukker) og en phosphat udgør tilsammen et nucleotid.
Phosphordiesterbindinger
Beskriv DNA + bindinger.
Består af to bipolymer-strenge snoet omkring hinanden i en dobbelthelix. Kaldes polynukleotider
Polynukleotider = består af simplere enheder kaldet nukleotider
Hver nukleotid består af en nitrogenholdig nukleobase. C, G, A, T
Deoxyribose = sukker
Fosfatruppe
Nukleotiderne forbindes i en kæde af kovalente bindinger mellem sukker fra det ene og fosfat fra det andet = sukker-fosfat rygrad.
Definer Histoner + funktion.
Histoner er kromosomproteiner.
Danner spoler, som DNA folder sig omkring.
Disse kaldes nukleosomer og ligner perler på en snor.
Dette medfører at genomet kan pakkes, således at der er plads til det i cellekernen.
Histonerne deltager også i genregulering i prokayoter.
Histonernes funktion er at stabilisere DNA.
Beskriv DNA- og RNA -Polymerase
RNA polymerase er et enzym, der katalyserer dannelsen af RNA ud fra en DNA-skabelon. Sker under transkription. Stykker af DNA
En DNA-polymerase er et enzym, der gennemfører replikation af DNA. Hele DNA’et
Mutagen
Mutagen, faktor, der øger mutationshyppigheden i en arvemasse, dvs. øger mutationsraten.
Hvad er spliceosomer?
snRNA med enzymfunktion
De ikke-kodende dele af RNA klippes fra inden RNA forlader kerneområdet.
Fraklipningen foretages af spliceo- somer.
Spliceosomerne danner løkker af introns og klipper dem af.
Resultatet er mRNA.
Nævn typer af mutationer
Insertion: indsat ekstra gen
Delection: gen er forsvundet
Translokationer: hvor et stykke DNA er flyttet fra et sted i sekvensen til et andet.
Inversioner: hvor et stykke DNA er blevet roteret 180 ̊.
Substitution: Hvis en opstået mutation med tiden ender med at sprede sig til alle individer i en population, siger vi at mutationen er blevet fikseret i populationen eller at der er sket en substitution.
Terminator
Markerer afslutningen på et gen under DNA-transkription.
Hvad er en promoter?
En promotor er et mindre DNA-stykke, der genkendes af enzymet RNA-polymerase.
Angiver startstedet for transkriptionen (afskrivningen) af DNA, hvorved der dannes en RNA-kopi af genet.
Primase
Primase er det enzym der sætter en RNA-primer på en DNA streng.
Derefter kan DNA-polymerase påbegynde syntesen af DNA.
Okazaki-fragmenter
Hvor mange nucleotides lange?
Okazaki-fragmenter
Korte sekvenser af DNA -nukleotider, som syntetiseres diskontinuerligt og senere bindes sammen af enzymet DNA -ligase for at skabe den hængende streng under DNA -replikation.
Vi skal bruge en primer for hver okazaki fragment.
100-200 nucleotide
Hvad er Kromosomer?
Hvor ligger de i prokaryoter og eukaryoter?
Den kompakte DNA-streng vundet op om histoner kaldes et kromosom. Kromosomerne er bærere af organismens gener, og de forekommer i hver art i et konstant antal.
Kromosomer findes både i prokaryoter og eukaryoter.
I eukaryoter ligger kromosomerne i cellekernen imens at kromosomet ligger frit i prokaryotens cytoplasma
Hvad er SSBP + funktion.
Single Stranded Binding Proteins.
Sørger for at strenge ikke binder igen efter helikase har klippet dem op.
Hvad er tRNA
Hvilken funktion?
Dannes hvor?
Bruges til at transportere aminosyrer hen til ribosomerne under den naturlige proteinsyntese
Dannes i cellernes ribosom.
Der findes én tRNA for hver aminosyre
tRNA-molekylet indeholder en 3 baser nukleinsyresekvens (antikodon), der er komplementær til den sekvens i genet (kodon), der koder for den respektive aminosyre.
Somatisk mutation
Mutation der opstår i kroppen og kan ikke nedarves.
Hvad betyder det DNA-strengene er antiparalelle?
Hvilken retning kopieres DNA
DNA-strengene er som nævnt antiparallelle, og i 3’-enden sidder en hydroxy- gruppe på carbohydratet, mens 5’-enden består af en phosphatgruppe.
Når DNA skal kopieres eller oversættes, sker dannelsen af den nye streng altid i retningen 5’ → 3’.
Hvilke bindinger holder DNA sammen?
Hvordan forbindes nukleotiderne med hinanden?
Nukleotiderne forbindes med hinanden i en kæde af kovalente bindinger mellem sukker fra det ene nukleotid og fosfat fra det andet, hvilket resulterer i en alternerende sukker-fosfat-rygrad.
DNA-dobbelthelixen stabiliseres primært af to kræfter: hydrogenbindinger mellem nukleotider og basestablingsinteraktioner mellem aromatiske nukleobaser.
Exonuclease funktion og rolle
Exonucleases can act as proofreaders during DNA polymerisation in DNA replication, to remove unusual DNA structures that arise from problems with DNA replication fork progression, and they can be directly involved in repairing damaged DNA.
Replication fork
Når topiosomerase og helikase har været der, ligner det en gaffel.
Hvor hurtigt sker replication?
Fejl i replication (i det endelige produkt), hvad så efter
50 baser per sekund
one in every ten billion
enzymer der kan lave mismatch repair og bytte den forkerte base ud med den rigtige. (mindster muligheden for mutationer.
Proofreading
Exonuclease
Leder efter fejl
Transkriptionsfactor
Proteiner, der har en overordnet rolle i organismens liv ved at sikre, at de rigtige gener er udtrykt i den rigtige celle på det rigtige tidspunkt og i den rigtige mængde
DNA polymerase I
fjerner primer og tilføjer dNTPs
Hvilket codon starter næsten alle gener med ?
Med kun ganske få undtagelser starter alle gener ved koden AUG. Dette får ribosomerne til at starte det nye protein med aminosyren methionin.
(transkriptionsfaktorer) binder til området lige inden
hvad kaldes dette område
(transkriptionsfaktorer) binder til området lige inden selve den proteinkodende del af DNA’et.
Dette bindingsområde kaldes en promoter.
Poly a tale hjælper med at?
tilføjet en poly(A)-hale, der består af en lang række adenin-nukleotider (A), som er med til at forlænge mRNA’ets levetid.
Hjælper med at exporterer mRNA fra cellekernen
Beskytter mRNA fra enzymer der kan nedbryde den.
Hvorfor er splicing ikke nødvendigt i prokayote celler
Splicing er ikke nødvendig i prokaryote celler, da de hverken har cellekerner, som mRNA’et skal passere, eller introner, der skal splices ud
Hvad er beskriver det centrale dogme
Det centrale dogme beskriver den genetiske informationsvej, som alle organismer følger.
Det centrale dogme beskriver, hvordan DNA kopieres (replikation) eller aflæses til mRNA (transkription) for at blive oversat til protein (translation).
Hvad gør 5cap
Hvad connect til 5´cap?
Hvilken betydning for ribosomet
The 5’ cap protects the mRNA when it leaves the nucleus and is a chemical
group of modified Gs
5′ Capping adds a methylated cap to the “head” of the mRNA. This cap protects the mRNA from breaking down, and helps the ribosomes know where to bind to the mRNA
Other than
protecting, the cap also helps the ribosome attach, so it can start making the protein.
The cap
also includes a triphosphate chain, which connects to the 5’ cap
The ribosome binds to the x’ end of the mRNA
The ribosome binds to the 5’ end of the mRNA
En aminoacyl-tRNA-syntetase
En aminoacyl-tRNA-syntetase, også kaldet tRNA-ligase, er et enzym, der binder den passende aminosyre til dets tilsvarende tRNA
eukaryotic translation termination factor 1 (eRF1)
hvordan stopper den tranlationen
genkender stop codons
eRF1 trigger hydrolyse af ester båndene mellem aminosyrerne og tRNA slipper peptidkæden
tRNA og hairpin loops
Hvordan ser det ud
Hvilken funktion
Strukturen understøtter forbindelsen mellem
tRNA indeholder hairpin loops, som former en trekløver.
Et af disse loops indeholder en sekvens kaldet et anticodon, som genkender og afkoder mRNA molekylet 1 codon af gangen.
Trekløver strukturen understøtter forbindelsen mellem hvert codon, anticodon og aminosyrer.
RNA pol 1
RNA pol 2
RNA pol 3
RNA pol 1 transkriberer de gener som koder for ribosomal RNAs (rRNAs)
RNA pol 2 that transcribes the messenger RNAs, which serve as the templates for production of protein molecules.
RNA pol III transcribes the genes for one small rRNA, plus the transfer RNAs that play a key role in the translation process, as well as other small regulatory RNA molecules.
RNA pol binder til hvor på DNA
The first step in transcription is initiation, when the RNA pol binds to the DNA upstream (5′) of the gene at a specialized sequence called a promoter
Enhancer controllere ? ved at at binde til ?
Enhancer sequences control gene activation by binding with activator proteins and altering the 3-D structure of the DNA to help “attract” RNA pol II, thus regulating transcription.
Hvor hurtigt tilføjes nukleotider under transkriptionen?
Under hvilken temperatur?
37 grader
approximately 22-25 nucleotides per second
Hvilken funktion har proteiner
function as catalysts, transport and store other molecules such as oxygen mechanical support and immune protection, generate movement, transmit nerve impulses, and control growth
Hvis introns bliver fjernet under splicing, hvad er deres rolle ellers?
tillader eukayoter at udvikle nye gener (exon duplication)
hvor mange gener har et menneske
20.000 -25.000
ATPaser
ATPaser er en klasse af enzymer, der katalyserer nedbrydning af ATP til ADP og en fri phosphation eller den inverse reaktion. Denne dephosforyleringsreaktion frigiver energi, som enzymet udnytter for at drive andre kemiske reaktioner, som ellers ikke ville forekomme.
Replikation
Tipiosomerase, Helikase (fork), SSBP, Primase (RNA primer), DNA polymerase 5 til 3, lagging: primer i sektioner, DNA pol, okazaki, DNA pol 1, fjerner, indsætter nukleotider, ligase exonuclease proofreader.
Tilføjelse af nucleotider kræver energi.
Hvor kommer denne fra?
Hvordan bruges denne?
Energien kommer fra nukleotiderne selv, som har tre phosphater forbundet til dem (lidt ligsom ATP).
Når bindingen mellem phosphaterne er brudt bliver energien løslaadt og brugt til at forma et bånd mellem den nye nukleotid og voksende kæde.
Forskel mellem ribose og deoxyribose
Ribose also has one oxygen atom more than deoxyribose on the 2’ carbon
