diversité génétique et diagnostics moléculaires Flashcards
quele mutation/variant génétique protège naturellement 10% des européens contre le SIDA/VIH
del32 du CCR5 ( récepteur cellulaire du virus)
quelle est la famille d’isoformes métabolisant le plus de médicaments?
CYP
Les genes codant les CYP sont monomorphes?
faux, poly morphes
déficience en TMPT fait quoi?
accumulation de la 6-thioguanine: toxique pour la moelle osseuse
toxicité hématopoiétique (surtout sur les neutropénies)
aplasie medullaire
cest quoi que TPMT fait?
dégrade la 6 mercaptopurine
TPMT a une hérédité monogénique
vrai
le gène TPMT est sur quel chromosome?
6
le gène TPMT est monomorphe6
faux, polymorphe
quels médicaments sont utilisés dans la voie de la TPMT ?
azathioprine (ou 6-mercaptopurine sinon)
effet azathioprine
guerir cancers enfants
mode d’action de la TPMT
ajouter un radical méthyl (S-méthylation) à ses substrat (enzyme de conjugaison) à l’azathioprine, la 6-mercaptopurine et la thioguanine pour les inactiver
pourquoi l’azathioprine guérit le cancer?
car la thioguanine est une analogue de base purique et pyrimidiques de l’ADN : incorporation à l’ADN
TGTP inhibe Rac1
les 2 : apoptose cellulaire
si déficience en TMPT, kosser quon fait?
diminue dose de 30-70% si déficience intermédiaire (hétérozygote)
si aucune activité (2 allèles) : méthotrexate
action du méthotrexate :
inhibe la dihydrofolate réductase (DHFR)
inhibe voie des folates
folate indispensabe à synthèse purines et thymidines
pas de synthèse ADN : apoptose
quels sont les dinucléotides les plus fréquents dans les mutations ?
CG en TG
qu’implique la digestion pcr
enzyme de restriction pour trouer une mutation qui crée ou abolit un site de restriction : si il y a coupe : site de restriction ok si pas de coupe: site de restriction muté
qu’implique l’allèle specific primer extension ?
ajouter des amorces spécifiques à certaines allèles pendant la PCR : les amorces qui connectent au bon nucléotides sont extendue et sinon, pas d’amplification
qu’utilise le séquençage d’adn?
des ddNTPs fluorescents/marqués
différence dNTP et ddNTP :
pas de oh (juste H) au carbone 3 du ribose
2 techniques de PCR en temps réel?
sybr green et taqman
comment la technique sybr green fonctionne :
technique de fluorescence qui suit l’amplification pcr avec le fluorescent marquant uniquement l’ADN double brin
plus tas de fluorescence plus tas de double brin à la fin d’1 cycle
comment marche la pcr temps réel
pcr en temps réel regarde à quelle vitesse (cmb de cycle) l’échantillon fait la moitié de sa fluorescence maximale.
moins t’as besoin de cycle, plus tu as d’ADN de départ
Ct =
nombre de cycles
comment marche la technique taqman:
3 amorces dont 2 normales et 1 amorce taqman qui possède un reporter et un quencher. quand ils sont cote à cote : pas de fluorescence mais lorsque polymérase polymérise la section où il y a l’amorce, le quencher s’éloigne du reporter et ce derner fait de la fluorescence : 1 fluorescent par double brin synthètisé
qu’utilise la MLPA:
2 sondes oligonucléotides s’hybride côte à côte et puis ajout ligase pour sceller les 2 sous-unités
si le trou est gros : plus d’ADN: insertion/ajout
si le trou est petit : délétion
2 techniques de séquencage à haut débit :
454 et illumina
différences illumina et 454:
illumina plus rapide
illumina sur biopuce / plaque de verre
454 sur billes
illumina amplifié en pont/clusters
illumin moins cher, plus petits fragments
illumina : pcr et séquencage sur plaque et 454 : pcr sur billes et séquancage avec bille et puits
applications du séquencage à haut débit:
séquençage de l’exome
analyse adn foetal circulant
