Diversidad filogenética de microorganismos Flashcards
¿Cómo era el ambiente de la tierra hace 2 mil millones de años? ¿Qué microorganismos podían vivir?
La tierra era anóxica, no había oxígeno, sino que estaban presente el nitrógeno y el dióxido de carbono. Podían vivir solo microorganismos anaerobios, como los metanógenos.
¿Cuáles son los pasos para obtener un árbol filogenético?
a) Rotura de células
b) Aislamiento del gen que codifica rRNA y producción de muchas copias por la técnica de la reacción en cadena de polimerasa (PCR)
c) Secuenciación del gen
d) Alineación de la secuencia obtenida con otras secuencias de rRNA.
e) Un programa informático realiza comparaciones por pares y genera un árbol. Que refleja las diferencias entre las secuencias de lo organismos analizados.
¿Qué son los relojes moleculares? ¿Qué función tienen? De un ejemplo
Son moléculas que pueden ser una secuencia de DNA o de aminoácidos, que se mantenga constante en el tiempo y se evalúe en número de cambios que sufren dos secuencias homólogas.
Permite estimar el tiempo transcurrido desde la divergencia entra ambas a partir de una secuencia ancestral común.
Ejemplo; rRNA que codifica al gen 16s en procariontes y al 18s en eucarionte.
¿Qué condiciones deben cumplir los relojes moleculares?
- Estar distribuidos universalmente
- Ser estables en su función
- Estar lo suficiente conservados. (Variación de 1 nucleótido cada 50 millones de años)
- Tener baja tasa de cambio, cambia de manera lenta, lo que sirve para ver diferencia entre organismos no relacionados íntimamente y determinar tiempo de divergencia entre ambos)
- Tener la longitud adecuada, de tal modo que proporcionan una visión de la evolución que abarca a todos los organismos vivos.
- Ausencia de transferencia horizontal.
- Presentes en miles de copias, por lo que es fácil de aislar y detectar
¿Qué condiciones deben cumplir los relojes moleculares?
- Estar distribuidos universalmente
- Ser estables en su función
- Estar lo suficiente conservados. (Variación de 1 nucleótido cada 50 millones de años)
- Tener baja tasa de cambio, cambia de manera lenta, lo que sirve para ver diferencia entre organismos no relacionados íntimamente y determinar tiempo de divergencia entre ambos)
- Tener la longitud adecuada, de tal modo que proporcionan una visión de la evolución que abarca a todos los organismos vivos.
- Ausencia de transferencia horizontal.
- Presentes en miles de copias, por lo que es fácil de aislar y detectar
Indique los pasos y componetes esenciales de un PCR. Además indique porqué se utiliza en la filogenética.
El PCR consta de 3 primeras etapas generales:
1) Desnaturalización del DNA (fragmento a utilizar)
2) Hibridación de cebadores/partidores
3) Elongación
Para un PCR exitoso hay que tener en cuenta la temperatura de cada paso, la que es elevada sobretodo en la desnaturalización gracias a Thermus aquaticus. También hay que utilizar los partidores adecuados, que son secuencias cortas de DNA con diferentes niveles de especificidad.
La clonación es otro paso relevante también debido a que permite tomar el fragmento amplificado e introducirlos a plásmidos para posteriormente poder identificarlos.
El PCR es relevante en la filogenética debido a que permite aislar el gen que codifica rRNA.
¿Qué es NGS?
La secuenciación masivamente paralela o profunda son términos relacionados que describen una tecnología de secuenciación de ADN que ha revolucionado la investigación genómica. Usando NGS, se puede secuenciar un genoma humano completo en un solo día.
Describa la Teoría endosimbiótica
Parece probable que las mitocondrias y los cloroplastos hayan estado en estado libre y que establecieron una existencia intracelular dentro de las células de Eukarya en tiempos primigenios, esto debido a que gracias a secienciaciones de rRNA se ha demostrado que estos organelos derivan de antecesores específicos del dominio Bacteria. Esta teoría la planteó Lynn Margulis sugiriendo que una célula procariota consumió a la otra formándose una más compleja hoy conocida como célula eucariota.
¿Qué son los medios de cultivos dependientes? ¿De qué condiciones requiere?
Métodos de cultivo dependiente; métodos realiizados en laboratorio que consisten en utilizar medios específicos para cultivar microorganismos.
- Se requiere un inóculo adecuado: Los cultivos de enriquecimientos exitosos requieren un inóculo adecuado que contenga el organismo de interés. Por lo tanto, los cultivos de microorganismos comienzan tomando muestras del hábitat adecuado.
- Dar condiciones adecuadas: Estos cultivos se establecen sembrando el inóculo en un medio selectivo e incubándolo en condiciones específicas. De este modo se pueden aislar muchos procariotas.
Describa al microorganismo Azotobacter e indique cómo se cultivó por primera vez.
Es una bacteria fijadora de N2 que Azotobacter crece rápidamente fijando el N2 del aire.
Se aisló por primera vez utilizando un medio de cultivo selectivo, en este caso, los medios de cultivo carentes de amoniaco u otras formas de nitrógeno fijado, e incubados con aire, fueron muy selectivos para este microorganismo.
