Cours 9

Question 1

On évalue l’expression d’un gène en mesurant directement _____ (2)

Answer 1

1. le niveau d’ARN
2. le niveau de protéines

Question 2

qui suis-je, cette enzyme peut dégrader des substrats synthétiques

Answer 2

beta-galactosidase (dont le gène lacZ code)

Question 3

utilisations du gène rapporteur
(3)

Answer 3

1. déterminer le niveau d’expression
2. déterminer la condition favorisant l’expression maximale
3. déterminer la localisation

Question 4

Méthodes d’analyse de l’expression génique en ordre de décroissance pour la quantité de matériel génétique nécessaire

Answer 4

1. Northern blot (10 ug)
   2.RT
2. RT-PCR
3. qRT-PCR (ng)
   4.Biopuce (ug)
4. RNA-seq (1fg)

Question 5

Les méthodes de RT, RT-PCR, qRT-PCR dépendent de quoi

Answer 5

1. la quantité et qualité de l’ARN
2. SANS ADN
3. pas d’inhibiteur co-purifié de la RT; sans nucléase
4. besoin de la séquence (pour faire amorces)

Question 6

qui suis-je, analyse transcriptomique qui mesure le niveau de toutes les molécules d’ARN résultat de la transcription

Answer 6

transcriptome

Question 7

vrai ou faux, contrairement à l’ADN, la composition de l’ARN est variable

Answer 7

vrai, les gènes ne sont pas tous exprimés simultanément et l’expression varie selon les différentes conditions

Question 8

Avantage et désavantages de la biopuce

Answer 8

Avantage: mesure simultanément l’expression de tous les gènes d’un organisme
Désavantages:
1. dégradation de l’ARN (courte demi-vie)
2.marquage (plusieurs mg de matériel_
3. interprétation

Question 9

2 types de biopuce

Answer 9

1. “microarray” ORF (produit PCR)
2. oligonucléotide (amorce)

Question 10

vrai ou faux, la biopuce est recyclable

Answer 10

vrai

Question 11

Applications de la biopuce

Answer 11

1. comparer l’expression
2. déterminer l’Expression

Question 12

Quel méthode utilisé pour analyser l’expression d’un gène bactérien durant l’infection

Answer 12

qRT-PCR

Question 13

Quel méthode utilisé pour analyser l’expression de tous les gènes bactériens durant l’infection

Answer 13

transcriptome

Question 14

Classe d’abondance de l’ARNm

Answer 14

1. Forte (240 messages) (95% de la masse d’ARNm)
   2.Medium (1300 messages)
2. faible (700 messages)

Question 15

Méthodes utilisées lorsque qu’on veut un modèle (pathogène intracellulaire) avec peu de cellules de l’hôte (eucaryote)

Answer 15

1. chambre à dialyse
2. liquide physiologique (selle ou urine)

Question 16

Étape infection de macrophages

Answer 16

1. ajout de bactéries à des macrophages
   2.phagocytose (20min)
2. lavage
3. déterminer le nombre de bactéries après phagocytose (T0)
4. ajout du milieu + gentamicine (tue bactéries extracellulaires)
5. déterminer le nombre de bactéries après différents temps post-infection

Question 17

Étapes SCOTS

Answer 17

1. Extraction ARN total
2. RT de l’ARNm: ARNm bactérien rétrotranscrit en ADN complémentaire (ADNc) avec séquence terminale défnie
3. Hybridation ADNc/ADN génomique: pour augmenter les chances de capturer l’ARNm, l’ADN bactérien biotinylé es pré-hybridé avec de l’ADNr pour bloquer ces sites et ainsi diminuer l’hybridation d’ARNr (85% ARN total)
4. Capture sélective: hybrides ADNc-ADNg sont capturés par l’utilisation de billes magnétiques couplées à la streptavidine
5. Élution des hybrides
6. PCR
7. 2 rondes supplémentaires sont réalisées pour aller chercher le transcrit de la classe moyenne et faible.

Question 18

But SCOTS

Answer 18

Capturer et enrichir les séquences d’ARNm bactériens transcrits, afin d’identifier les gènes exprimés lors d’une infection

Question 19

Applications SCOTS

Answer 19

1. analyser interaction hôte-pathogène
2. identifier gènes
   3.détecter l’expression de gènes à partir de peu de bactéries

Question 19

RNA-seq

Answer 19

Séquençage d’ARN à haut débit qui permet de détecter la présence et la quantité de tous les ARN

Question 19

différence entre RNA-seq et microarray

Answer 19

contrairement au microarray, le RNA-seq n’a pas besoin de connaitre le génome

Question 19

applications RNA-seq

Answer 19

1. SNP (polymorphisme)
2. découverte de mutation impliqué dans le cancer (gène différentiellement exprimé)

Question 20

Nommer 3 gènes rapporteur

Answer 20

LacZ, lux, GFP

Question 21

étapes vaccin à ARNm

Answer 21

1. clonage du gène dans un plasmide
2. extraction du plasmide; digestion; purification
3. ADN en ARNm : 16 litres; purification
4. mélange de l’ARNm avec des lipides; électrochoc d’une nanoseconde= émulsion huileuse (protection de l’ARNm et augmente l’entrée dans les cellules)
5. transfère dans une fiole et congélation à -80= vaccin