Cours 9 Flashcards
Qu’est-ce qui définit la capacité maximale du microbiote?
Les ressources du milieu
Vrai/faux : :e microbiote des animaux jeune est plus fragile
Vrai
QU’est-ce que le métagénome du microbiote?
Tout le materiel génétique
Quelle est la différence entre microbiote et microbiome?
Microbiote : Communité de microorganismes dans un environnement
Microbiome : Tous les génomes des espèces de la communauté microbienne
En quoi consiste l’analyse de Microbiote par amplicon?
Cette méthode se concentre sur l’analyse d’un seul gène conservé parmi tous les micro-organismes présents dans un échantillon
ARN ribosomal 16S: Chez les bactéries, le gène codant pour l’ARN ribosomal 16S est fréquemment utilisé comme marqueur pour l’analyse du microbiote
À quoi sers le design d’amorces du gène 16S?
La conception d’amorces est une étape cruciale pour cibler spécifiquement les régions du gène 16S que l’on souhaite amplifier et séquencer.
Quelle est la solution à la contamination lors de l’extraction de l’ADN pour l’analyse de 16S?
Un controle négatif
Explique la technologie illumina pairée de séquencage
Le séquençage pairé (paired-end) permet de séquencer les deux extrémités d’un fragment d’ADN, ce qui augmente la précision de l’assemblage des séquences et l’identification des espèces bactériennes.
Explique la technologie Nanopore et PacBio pour séquencer le 16S
Tout le 16S au lieu d’une région: Nanopore et PacBio sont des technologies de séquençage dites “longues lectures” qui permettent de séquencer l’intégralité du gène 16S, et non seulement des régions spécifiques.
Quelle est la technique utilisée pour valider les résultats utilisés en bio-informatique?
Contrôle positif!: L’utilisation de contrôles positifs est importante pour valider les résultats des analyses bio-informatiques. Un contrôle positif est un échantillon dont la composition est connue, et qui permet de vérifier que la méthode bio-informatique utilisée est capable de détecter les micro-organismes présents.
Définis les OTU/ASV dans le analyses bio-informatique
OTU (Operational Taxonomic Unit): Les OTU regroupent les séquences d’ADN 16S qui partagent un certain niveau de similarité, généralement 97%. Cette méthode permet de simplifier l’analyse et de comparer des données provenant de différents laboratoires.
ASV (Amplicon Sequence Variant): Les ASV représentent des séquences d’ADN 16S uniques, sans regroupement. L’utilisation des ASV permet une analyse plus fine de la diversité du microbiote, mais elle est plus sensible aux erreurs de séquençage. Le choix entre OTU et ASV dépend de l’objectif de l’étude et des technologies de séquençage utilisées.
Complète la phrase : Les résultats en bio-informatique sont aussi bons que les _______
banques de données (controle positif )
Les OTU ayant 80% les mêmes gènes sont assigné au même _______
phylum, cependant c’est controversé
Que mesure la Diversité β? et Diversité α?
Diversité β : La diversité β mesure la différence de composition des espèces entre deux communautés microbiennes.
Mesure : Différence en composition d’espèces
Diversité α : Richesse spécifique d’un seul échantillon
Mesure : Nombre d’espèces
Qu’est-ce que LEFSE (Linear discriminant analysis Effect Size).
Cette méthode statistique est utilisée pour identifier les différences significatives dans l’abondance relative des micro-organismes entre différents groupes d’échantillons.
LEFSE calcule un “effect size” pour chaque caractéristique microbienne. Cet “effect size” mesure l’ampleur de la différence d’abondance de cette caractéristique entre les groupes. Un “effect size” important indique une différence significative entre les groupes, tandis qu’un “effect size” faible suggère une différence moins importante.
