Cours 7 - à la main Flashcards

Question

Quelles sont les étapes de la détection des microorganismes pathogènes?

Answer 1

1. Mise en suspension : remettre les bactéries présentes dans l'échantillon d'aliment en condition de croissance au laboratoire - Le choix de la quantité d'échantillon à utiliser est déterminant pour le succès de l'analyse. Une prise d'essai trop faible pourrait ne pas contenir suffisamment de bactéries pour permettre leur détection, tandis qu'une prise d'essai trop importante pourrait saturer le milieu de culture et rendre l'isolement difficile. - milieux non selectif - Incubation est in pré-enrichissement 2. Enrichissement selectif : favoriser la croissance du pathogène recherché tout en inhibant la croissance des autres microorganismes présents dans l'échantillon. (température, concentration en nutriments ou en biocides spécifiques et variés) 3. Isolement sur boite de gélose spécifique (sélective, souvent chromogène) ( si aucune colonie fin de la recherche ) 4. Confirmation des colonies caractéristiques. La base : tests biochimiques. De plus en plus remplacée par des approches moléculaires

Answer 2

Phénotypiques : Il s’agit d’une méthode de typage phénotypique qui englobe l’ensemble des propriétés phénotypiques d’un isolat. Cela inclut : Les voies métaboliques (par exemple, l'utilisation de certains sucres comme le glucose ou le rhamnose). La production d'enzymes spécifiques (ex. : gélatinase, décarboxylase de lysine). Des propriétés générales comme la coloration de Gram et la mobilité. ( Si un caractère varie au sein de l'espèce mais reste constant pour un isolat particulier, cela permet d’identifier un biotype précis.) Biochimique ( type de biotypage ): Cette approche, comme mentionné dans notre conversation précédente, consiste à identifier les enzymes produites par la bactérie et les réactions métaboliques Sérotypage: Le sérotypage utilise des anticorps pour détecter des antigènes spécifiques présents à la surface des bactéries et nécéssit un schéma préalabl avec les possibilitées d'espèces Ex : Salmonella Typhi. Lysotypage/ phage typage: Cette méthode utilise des virus bactériens appelés bactériophages pour identifier les bactéries en verifiant s'il sont résistants ou non à un bactériophage Antibiotypage: L'antibiotypage consiste à déterminer la sensibilité d'une bactérie à différents antibiotiques. Production de protéines spécifiques (MLEE) : par SDS-PAGE/western blotting Génotypique : PCR : La PCR est une technique d'amplification de l'ADN qui permet de détecter des séquences d'ADN spécifiques. RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) et Ribotypage: Ces techniques utilisent des enzymes de restriction pour couper l'ADN en fragments de différentes tailles ( ADN qui code pour ARN 16S ) PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis): Décrite comme une "méthode de référence quasi-universelle" dans votre liste, la PFGE est une technique d'électrophorèse en champ pulsé qui permet de séparer de grands fragments d'ADN. MLVA (Multiple-Locus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis): Ces méthodes se basent sur l'analyse de régions répétitives (appelées VNTR ) ou de gènes spécifiques dans le génome bactérien. Ex : Salmonella et Campylobacter ) MLST (Multilocus Sequence Typing) : l’analyse d’un certain nombre de gènes dits "ménagers" (housekeeping genes), c’est-à-dire des gènes essentiels à la survie de l’organisme et généralement stables au fil du temps. Ces gènes présentent une variabilité allélique suffisante pour permettre la discrimination entre les isolats. Gènes amplifoés par PCR et séquencés. RAPD : une amplification non spécifique pour obtenir à partir du génome entier des fragments d’ADN de tailles variables. Leur migration dans un gel d’agarose classique révèle le polymorphisme de taille de ces fragments. Peu reproductible CRISPR-Cas9 : Intégrations de séquences (spacers) dans le génome d'une bactérie. Séquencage de ces séquences différencie les souches et permet de voir leur phylogénie ( arbre phylogénétique ) Le WGS ou (whole genome sequencing : déterminer la séquence complète de l'ADN d'un organisme. Le génome reconstruit est analysé pour identifier des mutations, des gènes, des régions spécifiques, ou pour comparer avec d’autres génomes ( mêm entre espècs très proches )

Answer 3

Standardisation : methodes pour assurer des résultats comparables entre laboratoires Automatisation : les systèmes automatisés sont couramment utilisés pour minimiser les erreurs humaines, accroître la vitesse de traitement et permettre une analyse plus robuste de grandes quantités de données. Discrimination : la capacité d'une méthode de typage à distinguer entre différentes souches ou espèces.