Cours 8 Flashcards
Fin chapitre 3 cytosquelette, Chapitre 4 Noyau
Parle moi des moteurs protéiques
Les moteurs protéiques«_space;MARCHANT» SUR LES ÉLÉMENTS DU CYTOSQUELETTE QUI SONT POLAIRES(Actine-F et Microtubues). Il permettent le mouvemement des organites, vésicules ou même des autres filaments(les uns contre les autres: contraction musculaire
- Coordination entre un CHANGEMENT DE CONFORMATION causé par L’HYDROLYSE D’ATP, et une LIAISON RÉVERSIBLE AU FILAMENT
- La SPECIFICITÉ des moteurs: myosine sur actine; dyénine et kinésine sur les microtubules
- La DIRECTION du moteur: la myosine( en général) et la kinésine vont vers le (+) alors que la dynéine va vers le (-)
Parle moi de la myosine
La myosine est une protéine ayant une(ou 2) TETE GLOBULAIRE QUI LIE L’ACTINE ET L’ATP et une QUEUE qui se lient aux membranes des vésicules(transport) ou formant un filament(fibre musculaire)
Il y a un DOMAINE FLEXIBLE, qui change de conformation en fonction de sa liaison avec soit ATP, soit ADP et Pi soit ADP seul ou rien
Parle moi de l’exemple de la Myosine V
Elle fonctionne en dimère
Les têtes lient l’actine de facon reversible
L’hydrolyse de l’ATP permet un changement de conformation
La myosine V avance vers l’extremité(+) du filament d’actine
Parle moi un peux de la fibre musculaire
La membrane plasmique se nomme le sacrolemme et elle possède un RÉTICULUM SACROPLASMIQUE, qui sert de réservoir à CA2+ Lorsqu’un influx nerveux arrive, la membrane se dépolrise et le ca2+ sort du RS
Le Ca2+ permet le contact entre l’actine et la myosine(contraction). Bien sur, il faut de l’ATP pour faire bouger la mysoine
Explique moi le fonctionnement de la myosine(atpase actine dependante) general dans le muscle
Au début, on a la myosine qui se lie à l’ADP et au phosphate et donc se lie à l’actine. Lorsque le phosphate est libéré, on a une traction. Après cette traction, l’ADP est libéré. Maintenant, une molécule d’ATP va se lier à la myosine pour qu’elle se libère de l’actine.
Parle moi de la KINÉSINE( ATPase tubuline-dépendante
Explique ressemblance avec myosine et différence
La MYOSINE ET LA KINÉSINE ont quelques points de ressemblance: elles vont VERS L’EXTREMITÉ(+) de leur filament respectif et LEURS TÊTES FONCTIONNENT DE LA MÊME MANIÈRE( hydrolyse d’atp et le changement de conformation)
Mais elle sont différentes
Alors que la myosine peut travailler en équipe(filament de myosine), la kinésine travaille en solitaire
C’est un DIMÈRE À DEUX TÊTE QUI PEUT TIRER UNE VÉSICULE TOUTE SEULE. PENDANT QU’UNE TETE BOUGE L’AUTRE RESTE LIÉE AU MICROTUBULE
Parle moi de la kinésine en marche sur les microtubules
Alors que la myosine sans atp ou adp fixe fermement l’actine, ici, c’est la kinésine liée à l’atp qui fixe fermement le microtubule
Les têtes marchent alors que la queue tient le cargo
L’hydrolyse de l’ATP et le relâchement de Pi permet un changement de confirmation d’une des 2 têtes
C’est quoi la dynénine
La dynénine cytoplasmique est une protéine qui voyage sur les microtubules et qui va DANS LE SENS INVERSE de la kinésine
L’hydrolyse d’ATP permet le changement de conformation et la liaison à la tubuline
Elle fonctionne en DIMÈRE: deux dynéines liées marchent cote a cote sur le microtubule, vers l’extremité (-)
Explique moi ce qui permet le mouvement des flagelles
La dynéine permet cela. Les CILS ET LES FLAGELLES EUCARYOTES bougent sur toute leur longeur grâce aux DYNÉINES. elle se situent sur les microtubules des AXONÈMES: elles font glisser un doublet de microtubules sur le doublet voisin.Les doublets sont liés entre eux(par la NEXINE), alors que la structure se pLIE LEGEREMENT(pas de glissement possible)
Flagelle eucaryotes
A ne pas confondre avec flagelle bactérien:
Le flagelle bactérien TOURNE SEULEMENT DANS SA«RACINE» ET NON SUR TOUTE SA LONGEUR. Il comporte 3 parties: le corps basal(un moteur reversible), le crochet(une jointure universelle) et le filament (propulseur)
Le filament est une structure ASSEZ RIGIDE(composée de flagelline), située à L’EXTERIEUR DE LA MEMBRANE PLASMIQUE
Le corps basal est composé de structures dont certaines TOURNENT GRÂCE A UN GRADIENT DE PROTONS
Quel sont les 3 types de moteurs protéiques
Différences et ressemblances structurelle
Myosine( Myosine 2 et myosine V)
Sur l’actine generalement vers le (+)
Kinésine(Kinésine-1) Sur les microtubules generalement vers le (+)
Dyénine(dyénine cytoplasmique)
Sur les microtubules. Sur les microtubules. Généralement vers le (-)
Parle moi des moteurs protéiques à travers l’évolution
La myosine et la kinésine semblent partager un même ancêtre commun, alors que la dyénine aurait évolué à partir d’une autre protéine acestrale
Parle moi du noyeau qui protège l’ADN
Indice: MOUVEMENT
dans une cellule EUCARYOTES, il y a beaucoup de mouvement. LE MOTEURS PROTÉIQUES,en circulant le long des filaments, PROVOQUENT DU MOUVEMENT DANS LE CYCTOPLASME
Le noyau PROTÈGE SEQUESTRE L’ADN, cela évite des avec les
protéines moteurs ou les
cargos qu’elles traînent.
Comment le noyau protège la transcription
L’arnm transcrit a partir de l’adn, on doit passer parPLUSIEURS ÉTAPE DE MATURATION AVANT D’ETRE TRADUIT EN PROTÉINE (epissage, coiffe en 5’ et polyadénylation en 3’)
Ces étapes de maturation se passent DANS LE NOYAU, alors que la traduction se passe dans le cytoplasme. Ainsi, LE NOYAU EMPECHE LA TRADUCTION PRÉCOCE DES ARNm en controlant leur sortie vers le cytoplasme
Parle moi de la transcription et de la traduction
Explique pourquoi est il important de séparer les étapes de transcription et de traduction
Transcription–> Gène( a un promoteur qui est le site de la transcription avec exon,intron,exon,intron,exon–> ARN pré-messager(contient des intron,exon,intro,exon)–>Maturation de l’ARN(ajout de la coiffe et de la queue,épissage, exicision des introns et assemblage des exons)–> ARN messager (produit final avec coiffe, 5’ séquence non tradutie, codon de depart, segement traduit qui sont les exon seulement, 3’ séquence non traduite, queue poly-A
Traduction : ARN messager –> Protéine
.. a completer
Parle moi des fonctions du noyau chez LES PROCARYOTES
le cytoplasme des bactéries ne possède PAS DE MOTEURS PROTÉIQUES
L’ADN des bactéries est majoritairement sans introns: LA TRANSCRIPTION ET LA TRADUCTION PEUVENT SE FAIRE EN MEME TEMPS, SUR LE MEME ARN
Conclusions: Les procaryotes ne posséde pas de moteur protéique et chez la réaction traduction et transcription chez les eucaryotes pas besoin de noyau on veut protéger contre moteur protéique
Sur l’adn on retrouve des genes c’est quoi
selon Mendel, les traits sont déterminés par des facteurs présents en DEUX COPIES DANS LES CELLULES SOMATIQUES ET UNE SEULE COPIE DANS LES GAMÈTES. les seules structures ayant cette propriété sont les achromosomes
Les traits(phénotype) résultent de l’expression des gènes( génotype)
Explique les gènes et leur rapport avec les chromosomes
Les chromosomes mitotiques(FORME LA PLUS CONDENSÉE) sont de gros COMPLEXES D’ADN ET DE PROTÉINES(CHROMATINE). il sont visibles au microscope photonique. Pour moeux les distinguer, il est possible d’utiliser DIFFÉRENTS COLORANTS, comme le Giemsa(patron caractéristique de bandes) ou des SONDES FLUORESCENTES) complémentaires à des séquences spécifiques.
Explique moi il y a quoi sur un chromosomes
L’information génétique se trouve sur les chromosomes, sous forme de gènes. Il n’y a pas que des gènes sur les chromosomes.
prot, intro exon,
Le genome humain contient …
3 milliards de paires de bases
Parle moi des séquences doantes et regulatrice, et donne un exemple
Les séquneces CODANTES ET REGULATRICE SONT TRÈS CONSERVÉE.en comparent l’adn de plusieurs organismes différents, on analyse les séquences similaires(en faisant des alignements). LES SÉQUENCES SIMILAIRES,DONC CONSERVÉES, ONT DE BONNES CHANCES D’ÊTRE DES GÈNES.
par exemple, malgré le dernier ancetre commun entre l’humain et la souris datant d’une centaine de millions d’années, il y a une très grande similitude dans les séquences de leurs protéines(séquence codantes)
Qu’est ce qu’une séquences codante?
Quest ce qu’une séquence exprimée?
Qu’est ce qu’une séquence exprimée non codante?
Qu’est ce qu’une séquence regulatrice
codante= s.quence d’ADN qui va être traduite en protéine
exprimée= produit de la transcription, arn transcrit a partir de gene
non codante= intron transcrit en ARN, mais jamais traduit en protéine, ARNribosomaux et plein d’autre
régulatrice: séquence promotrice, jamais exprimé, jamais codante
De quoi est composé un gène(quels types de séquences)?
Codantes, non-codantes, exprimées?
En pemier PROMOTEUR(régulatrices, non exprimées), on a ensuite tout le reste jusqua fin qui sont ARN PRÉMESSAGER(EXPRIMÉE) et parmi ceux ci il y a L’ARN MESSAGER(CODANTES) qui sont les exon.
A la fin séq. régulatrices, non-exprimées
Comment trouver les gènes ??
Il est possible d’aligner les séquences d’ADN( en nucléotides) de plusieurs espèces différentes: faire un BLAST(basic local alignement Search tool, un logiciel d’alignement). Un BLAST peut même se faire avec une séquence spécifique et toutes celles qui sont connues( séquennces déposées dans GenBank)
Il est aussi possible d’aligner les séquences des protéines( en acides aminés) connues chez plusieurs espèces
La SÉQUENCE CONSENSUS est la séquence conservée. Elle est composée des acides aminés ou nucléotides qui occupent une position donnée le plus fréquemment
Faire l’exercice diapo 16
fait
Parle moi du rapport entre les gènes et le génome
Chez l’humain, LES GÈNES ET SES SÉQUENCES RÉGULATRICES NE REPRÉSENTENT QUE 25% DU GÉNOME TOTAL: 3,5 régulatrice, +1,5 codantes +20 % exprimées non codantes
50 % DU GENOME EST CONSTITUÉ DE SÉQUENCES RÉPÉTITUVES dont la plupart sont mobiles(transposons). La fonction de 25% du génome n’est pas encore connue, il peut s’agir de séquences codantes non connues, région regulatrices, éléments structuraux
C’est quoi les transposons et leur 3 grandes classes?
Transposons: séquences d’adn CAPABLES DE SE DÉPLACER DE MANUÈRE AUTONOME(ou presque) ds genome
3 classes: 1) Tranposons d’ADN ; 2) Rétrotransposons viraux; 3) Rétrotransposons non- viraux(LINEs SINEs)
C’Est quoi les principes de mouvement des transposons
Ils codent pour des ENZYMES NÉCESSAIRES À LEUR MOUVEMENT(rétro, ADN et LINE) ou ils utilisent celles qui sont présentes chez d’autre transposons(SINE)
La séquence du transposon est bien DÉLIMITÉE : chaque extremité est bien reconnue par les enzymes de transposition
LES TRANSPOSONS D’ADN BOUGENT GÉNÉRALEMENT SELON UN «copier-coller» et RÉTROTRANSPOSONS LAISSENT UNE COPIE DERRIÈRE EUX(«_space;copier-coller», avec une étape d’ARN(rétro)
Quesqu’on remarque dans les genes de l’hemoglobine qui sont codée dans le génome de l’humain et la souris qui est parsemé de transposons
Les séquences codantes présentent un pourcentage d’identité élevé, alors que les transposons ne sont absolument pas même(pp mm endroit)
Quel sont les 2 type de catégorie des transposons
TRANSPOSON D’ADN: code pour une transposase. Elle coupe transposon, puis l’insère ailleurs ds génome
RETROTRANSPOSON: Il est transcrit complètement (arn) certains codent pour transcriptase inverse-endonucléase et intégrase. Rétrotranscription en ADN, puis l’insertion ailleurs dans le génome
À quoi servent les transposons ?
Serait-ce de l’ADN déchet ou un mécanisme d’évolution accélérée ?
Les transposons, en s’insérant dans des séquences géniques, peuvent causer mutations, modifier promoteur, brassage exons, créer de nouveaux gènes, ou modifier l’expression génique.
C’est quoi le but d’utiliser un transfert western
Décrit moi en quoi consiste cette thecnique
But: ANALYSER PRÉSENCE ET QUANTITÉ D’UNE PROTÉINE CONNUE ds echantillon
1) Après SDS-pAGE, on transfère les protéines du gel sur une membrane de nitrocellulose
2)On incube membrane sur laquelle proténe ont transféré avc anticorps spécifiques contre notre protéine d’intrêt
3) On revele! bandes révélées correspondent à l’endroit ou l’anticorps s’est lié
Quel sont les étapes détailler(transfert Western)
ÉTAPES POUR OBTENIR L’ANTICORPS SPÉCIFIQUE CONTRE «Z»
ÉTAPES DU TRANSFERT WESTERN
- Purifier la protéine d’intérêt, « Z », à partir d’un organisme autre que le
lapin. - Injecter « Z » purifiée dans le lapin, puis attendre qu’il produise des
anticorps contre « Z ». - Tuer le lapin, puis prendre son sérum (plasma du sang dans lequel on
retrouve les anticorps)
ÉTAPES DU TRANSFERT WESTERN - Séparer les protéines de vos échantillons (ceux dans lequel vous
cherchez « Z ») par SDS-PaGE. - Transférer les protéines (ayant migré sur le gel) sur une membrane de
nitrocellulose. - Ajouter le sérum contenant les anticorps (ils ont été produits pour cibler
la protéine « Z », ils la reconnaîtront et s’y lieront sur la membrane de
nitrocellulose).
* Les anticorps sont marqués par la radioactivité, ou un fluorochrome, ou
seront révélés par des anticorps secondaires marqués.
Si le singal est trop faible lors de l’utilisation du transfert western, il est possible de faire quoi
Il est possible d’utiliser un 2ieme singal ( 2ieme anticorps qui va sur le premier
C’est quoi l’un des trait étudier par mendel et décrit le moi
Cela donnerai quoi sur un Western bolt pour R, r(avc transposons ) et Rr
L’un des traits étudiés est la FORME DU POIS. Pt être ROND (R, allèle dominant) ou ridé(r, allèle récessif). Le gène responsaible du phénotype est SBE1, codant pour une enzyme impliquée dans la biosynthèse de l’amidon. Le gène SBE1-R EST FONCTIONNEL, alors que SBE1-r CONTIENT UN TRANSPOSON et ne produit plus prot. fonctionnelle
R(SBE1 type sauvage) présence de l’expression du gène
r(non bousiller par transposons)
Rr(intensité moindre)
Dans l’adn y a t’il des autres séquences a part les transposons.
Parle moi du marqueur genetique quasi infaible en bio judiciaire
L’adn répétitif comporte des DUPLICATIONS DE SEGEMENTS CHROMOSOMIQUES(résultat RECOMBINAISON(CROSS OVER) INÉGALE durant méiose)
PETITES SÉQUENCES SIMPLES DE 2-6 PAIRES DE BASES répétées jusqu’à une centaines de fois(souvent ds les CENTROMÈRES, TÉLOMÈRES ET INTRONS). Dans les 2 cas, il s’agit de séquences répétées NON MOBILES
Le nombre de segements sépétés des microsatellites VARIE D’UN INDIVIDU A L’AUTRE
L’ADN humain a quoi de particulier et comment on fait pour le rentrer dans la cellule. Pourquoi cet aspect pourrai lui causer des problème?
Quels serait les solutions
ADN très long mesure 2 m doit être CONDENSÉ pour rentrer intérieur cellule
le compactage pourrait être un problème car il nuit à l’accessibilité. pr acceder au gène c’est difficile.
Le decompactage est modulaire le décompactage est une solution
Dans une cellule en interphase(pas en mitose), la structure de l’ADN est différente de celle de l’ADN pur explique moi il est comment
Explique moi pourquoi couper ainsi
2 FORME: FIBRE DE 30 nm et UN FILM AVEC DES PERLES
Lorsqu’il est traité avec une DNASE(enzyme qui hydrolyse l’adn), l’ADN CELLULAIRE EST COUPER MOINS SOUVENT que l’adn pur
Il est couper ainsi a cause de la strcuture ou dans la fibre il peut couper aleatoirement ce qui fait bcp de petit morceaux alors que sur le fil de perle il peut seulement couper entre les enrulement ce qui dpmme des espaces entre chaque sur gel d’agarose
Lorsque les perles, sont purifiées que contiennent t’il
Ils contiennent 146 PAIRES DE BASES ET 4 TYPES DE PROTÉINES BASIQUE, LES HISTONES, possible.a voir sur SDS page
C’est quoi le nucleosome
C’est quoi qui oritente ADN
Nucleosomes: Bobine autour desquelles s’enroulent 146 PAIRES DE BASES. chaque nucléosome est composée DE 8 HISTONES( 4 types, 2 de chaque types). Il s’agit de la fibre de 11nm
5e HISTONE(NOMMÉE H1) oriente adn sorteht des nucléosomes et permet leur empilement en fibre de 30nm
Si il est COMPACTÉ D’AVANTAGE (+30nm), Il arrive a quoi
L’adn devient INACCESSIBLE AUX ENZYMES (Réplication, transcription etc)
Quel sont les différentes régions que possèdent les 4 histones
Ils possèdent 2 régions bien distincts: Une Queue N-TERMINALE VARIABLE, permet RÉGULATION de liaison de l’histone avec l’ADN ET UNE PARTIE C-TERMINALE CONSERVÉE,permet ASSEMBLAGE nucléosome
Les queues des histones sortent du nucléosome et ….
PEUVENT ÊTRE MODIFIÉES PAR DES ENZYMES
Les queues N-terminales des histones peuvent avoir des … de différents types, lesquels
Nous conaissons les ééé de certaines de ces modifications
Elles sont ..
Modification, Les types: MÉTHYLATION, PHOSPHORYLATION ET ACÉTYLATION
Conséquences fonctionelles
Réversible
C’est quoi l’eurochromatine et l’heterochromatine
EUROCHROMATINE: ADN compacté en fibre de 11nm et 30nm peut être TRANSCRIT EN ARN(ACCESSIBLE AUX ENZYMES)
HETEROCHROMATINE: à partir des fibres de 30nm, il est possible de compacter davantage l’ADN, il s’agit de l’HETEROCHROMATNE(NON ACCESSIBLE AUX ENZYMES). Les histones se lient alors avec des protéines SIR et la fibre de 30nm fait une boucle(niveau de compaction supplémentaire)
Exercice eurochrom et hetero
fait
C’est quoi le nucléole décrit le moi
Une section noyau apparait PLUS SOMBRE AU MICROSCOPE, à cause présence de plusieurs prot. Le nucléole est FIBRILLAIRE AU CENTRE ET GRANULEUX EN PÉRIPHÉRIE. la ZONE FIBRILLAIRE zone DE TRANSCRIPTION DES ARN RIBOSOMAUX, à partir de 200 gènes arrangés EN TANDEM(situés sur 5 chro,osomes chez l’humain). La ZONE GRANULEUSE est le site D’ASSEMBLAGE DES SOUS UNITÉS RIBOSOMALES(ARNr+ protéines). Le nucléole n’est p délimité par une membrane
Un ribosome est composé de quoi et sert a quoi
Ribosome sert traduction de l’ARNm en prot, ds cytoplasme.
Composé de 2 SOUS UNITÉS(grosse et petite) qui S’ASSEMBLENT UNIQUEMENT AU MOMENT DE LA TRADUCTION
Chacune des sous inités composée d’ARN(ARNr) et de protéines
La formation des sous unités , séparées, s’effectue dans le oyau(près du nucléole)
Les protéines qui forment le ribosome sont synthétisées comment?
REvoir
ARNr et protéines ribosomales passet pas même étapes explique les étapes
1) ARNr et ARNm transcrits dans le noyau (ARNr dans le nucléole et
ARNm à l’extérieur du nucléole)
2a) Traduction des protéines ribosomales dans le cytoplasme
2b) Modifications des ARNr dans le nucléole
3) Entrée des protéines ribosomales dans le noyau
4) Assemblage des sous-unités (séparées) en périphérie du nucléole
5) Assemblage du ribosome dans le cytoplasme (au début de la traduction)
Les ARNm doivent subir quoi avant d’etre traduits
Les ARNm doivent être épissés avant d’être traduits à l’aide de complexes
ARNs-protéines appelés SnRNPs (vert). Les SnRNPs sont
assemblées/recyclées dans les corps de Cajal.
Les ARNr sont modifiés par les SnoRNPs (rouge).
