Cours 7: Les coronavirus Flashcards
Réviser la diapositive 2
Ok
De quelle famille les coronavirus font-ils parti?
Les coronaviridae
Que signifie corona en latin?
Couronne
Vrai ou faux? Le coronavirus est un virus à ADN enveloppé.
Faux, c’est un virus à ARN enveloppé
Combien de base compte le génome du coronavirus?
27-32 KB, soit un grand génome pour un virus
Quel est l’ordre des coronaviridae?
Nidovirales
En quel genre se divise les coronaviridae? (2)
- Coronavirus
- Torovirus
Quelles sont les différents genres des coronavirus? (4)
- Alphacoronavirus
- Bêtacoronavirus (infecte l’humain en majorité)
- Gammacoronavirus
- Deltacoronavirus
Quelles sont les espèces des coronavirus? (4)
- TGEV
- MHV
- IBV
- HCoV 229E
Comment classifie-t-on les coronavirus?
Il y a une classification de 4 groupes:
1. Groupe 1 (alpha)
2. Groupe 2 (bêta)
3. Groupe 3 (gamma)
4. Groupe 4 (delta)
Quels sont les deux coronavirus faisant partie du groupe 1, soit le groupe alpha?
- HCoV-229E
- HCoV-NL63
Que veut dire le H de HCoV?
Que le virus infecte les humains
Vrai ou faux? La souche HCoV-NL63 vient du manitoba et est la 63e souche trouvé dans ce laboratoire.
Vrai
Quels sont les coronavirus faisant partie du groupe 2, soit le groupe bêta?
- HCoV-OC43
- HCoV-HKU1 (découvert à Hong Kong)
- SARS-CoV (Découvert en 2002 et cause le sras)
- MERS-CoV (Découvert en 2012)
- SARS-CoV-2 (Découvert en 2019 et cause la covid-19)
Vrai ou faux? Les coronavirus des groupes 3 et 4 sont des virus qui ont également la possibilité de se contracter chez l’humain
Faux, seulement chez la volaille.
Réviser la diapositive 7 du cours 7
Ok
Nomme-moi deux caractéristiques de l’ARN des coronavirus? Que contient-elle?
- C’est un ARN simple brin
- Il a une polarité positif
Cet ARN contient 2 ORF, donc deux codes de lecture. Il code pour les protéases, polymérase, protéine de surface (spike), les protéines de l’enveloppe, la nuclocaspside, les protéines de structure, des enzymes pour produire le virus, etc.
Réviser la diapositive 8 du cours 7
Ok
Vrai ou faux? Les différents groupes des coronavirus ont tous des différents cadres de lecture spécifique
Vrai, parfois des protéines sont absentes, mais présente chez d’autres, parfois les gènes sont dans un ordre différent, etc.
Réviser la diapositive 9 du cours 7
Ok
Quel est l’avantage d’un ARN à polarité positive?
Le virus peut directement être répliqué, nous n’avons pas à modifié sa polarité
(la séquence des gènes sur l’ARN viral est identique à celle des ARN messagers susceptibles d’être traduits en protéines. Certains virus de ce type, comme les coronavirus, peuvent produire directement des protéines par traduction de l’ARN viral sans même devoir recourir à une ARN polymérase ARN-dépendante.)
Quel est le processus à suivre avec un ARN à polarité négative?
la séquence des gènes sur l’ARN viral est complémentaire de celle des ARN messagers susceptibles d’être traduits en protéines. Ils doivent par conséquent d’abord être transcrits en ARNm par une ARN polymérase ARN-dépendante qui seront ensuite traduits en protéines car ils ne peuvent pas être utilisés directement pour ce faire.
Réviser la diapositive 10 du cours 7
Ok
Qu’est-ce qu’un rhume?
Une infection des voies respiratoires supérieures
Vrai ou faux? Les coronavirus peuvent parfois causer une infection des voies respiratoires supérieures (rhume), mais d’autre fois causer des maladies sévères ou complications sévères qui peuvent apporter la mort.
Vrai
Chez les coronavirus, quels sont les deux types de virus à ARN+?
- Virus saisonniers
- Virus épidémiques/pandémiques
Vrai ou faux? Ces différents gènes vont coder différemment dans la cellule ce qui provoque une pathogénèse différente
Vrai
Quels sont les coronavirus causant des virus saisonniers comme les rhumes? (4)
- 229E (1966)
- OC43 (1967)
- NL63 (1967)
- HKU1 (2005)
Quels sont les coronavirus causant des virus épidémiques/pandémiques, comme la pneumonies ou des ARDS (Insuffisance respiratoire hypoxémique aiguë)?
- SARS (Syndrome respiratoire aigü sévère) découvert en 2002.
- MERS découvert en 2012
- SARS-CoV-2 (nom du virus)/COVID-19 (nom de la maladie) découvert en 2019
Le SARS est-il disparu de l’espèce humaine?
Oui, il est disparu depuis 2003 de l’espèce humaine. On pense par contre qu’il y aurait un réservoir dans les chauve-souris.
Le MERS sont associé à quel animal au niveau de la transmission?
Le dromadaire
Qu’est-ce qu’un intermédiaire?
C’est l’intermédiaire de transmission entre le réservoir du virus et l’humain. Une fois que l’intermédiaire à transmis la maladie à un humain, il n’est plus nécessaire, puisque la transmission par contact humain-humain est priorisé
Pour les trois coronavirus épidémiques/pandémiques, quels sont les réservoirs et les intermédiaires de chacun?
SRAS:
Réservoir: Chauve-souris
Intermédiaire: Civette (transmission par contact ou manipulation de l’animal)
MERS:
Réservoir: Chauve-souris
Intermédiaire: Dromadaires (toux, éternuement qui vont contaminer l’humain)
SARS-CoV-2:
Réservoir: Chauve-souris
Intermédiaire: Inconnu
**Les chauves-souris sont souvent de différentes espèces spécifiques en fonction du variant
Réviser la diapositive 12 du cours 7
Ok
Où à émerger le SARS-CoV?
À Guangdong en Chine
Réviser la diapositive 13 du cours 7
Décris le tableau clinique du SARS-CoV. (3)
- Syndrome d’allure grippale (fièvre, mal de gorge, toux, etc.), diarrhées chez 20% des cas (symptôme digestif en plus des symptômes pulmonaires)
- Infiltrat pulmonaire (pneumonie)
- Incubation d’environ 10 jours
Qu’est-ce que la période d’incubation?
C’est la période entre le moment où la personne est infectée et le moment où elle développe des symptôme.
Comment s’effectue la transmission du SARS-CoV? (3)
- Par gouttelettes: se volatise dans l’air et vont à un mètre de la personne environ où elles se déposeront sur une surface.
- Par contact direct (Serre la main d’une personne, main dans la bouche, etc.) ou par contact indirect (une personne infectée touche une souris d’ordinateur. Le virus va donc rester sur la souris pendant quelques heures avant de mourir, mais si une autre personne y touche elle peut être infectée)
- Par voie aérienne: encore controversé
Qu’est-ce que le RO?
C’est le nombre de personne qu’une personne infectée va transmettre la maladie a.
Quel est le RO du SARS-CoV?
À l’exception des super spreaders (5% environ des personnes infectées), on estime qu’un cas génère environ 2.7 cas, donc contamine environ 3 personnes.
En fonction de quoi le RO peut-il varier?
Cela dépend du système immunitaire de la personne, des vaccins administrés, etc.
Comment décrit-on la contagion du SARS-CoV?
On observe une excrétion maximale de 12 à 14 jours après le début des symptômes.
On estime alors une contagion totale d’environ 4 semaines.
Quel est la source ou le vecteur de transmission du SARS-CoV?
C’est la civette masquée ou Paguma larvata
Décris la civette masquée et son lien avec le SARS-CoV?
C’est un petit carnivore de 4 à 5 Kg.
On observe chez elle une homologie de 99,8% entre les souches de SARS-CoV humains et de la civette.
La consommation du mammifère serait à l’origine de l’épidémie
Quelle mesure de contrôle a-t-on pris pour contrôler l’épidémie de SARS-CoV?
Abattage de 10 000 civettes masquées en 2003. Il était également interdit d’en servir dans les restaurants ou d’avoir un contact avec ces dernières.
Que signifie SARS?
Severe acute respiratory syndrome
Syndrome respiratoire aigü sévère
Quand et où sont-ils apparu les premiers cas de SARS-CoV? Quand l’épidémie de cette maladie s’est-elle terminé? Quel a été le nombre total de cas? de décès?
- Premiers cas en automne 2002
- Province de Guangdong, Chine
- Fin de l’épidémie en juillet 2003
- Nombre total de cas: 8096 dans 29 pays
- Décès: 774 (environ 10% comme taux de mortalité)
Vrai ou faux? Le SARS-CoV n’a depuis pas été redétecté chez les humains, mais on croit qu’il est encore présent dans son réservoir, soit la chauve-souris
Vrai
Vrai ou faux? La SARS-CoV n’a pas frappé le Québec, mais l’Ontario et la Colombie-britannique oui.
Vrai
Combien de cas retrouvait-on en Colombie-britannique?
4 cas
Combien de cas retrouvait-on en Ontario (Toronto)? Combien de travailleurs de la santé ont-ils été touchés? Combien de décès?
- 251 cas chez les personnes allant de 1-98 ans (médiane de 49 ans)
- Parmi ces cas, on comptait 109 cas qui était des travailleurs de la santé (43%)
- 44 décès (17% comme taux de mortalité)
Réviser la diapositive 17 du cours 7
Ok
Quel est l’origine du MERS-CoV?
La péninsule arabique et plus spécifiquement l’Arabie Saoudite
Que signifie MERS-CoV?
Middle East respiratory syndrome ou syndrome respiratoire du moyen orient
Quand et où sont-ils apparus les premiers cas de MERS-CoV? Quand l’Arabie Saoudite est-elle touchée par le MERS-CoV? Quel est le nombre total de cas en Arabie Saoudite, au USA, au Canada? Combien de décès sont associés à chacun de ces pays? Combien de travailleurs de la santé ont-ils été touchés? Enfin, combien a-t-il eu de décès?
- Premiers cas était en avril 2012 en Jordanie
- L’Arabie Saoudite est touchée en septembre 2012
- Le nombre total de cas est de 2494 cas dans 27 pays, dont:
Arabie Saoudite: 2102 cas, 780 décès (37%)
USA: 2 cas importés, aucun décès
Canada: Aucun cas - Les travailleurs de la santé représentait 16-25% des cas
- On compte 858 décès, donc 34% comme taux de mortalité.
Vrai ou faux? Le MERS-CoV est encore présent en Arabie Saoudite, mais on retrouve beaucoup moins de cas à cause des mesures de prévention que nous avons pris avec le dromadaire.
Vrai
Quels sont les données sur les récents cas retrouvés entre juin et novembre 2019? (nombre de cas, âge médian des personnes infectées, sexe, travailleurs de la santé infectés, taux de mortalité)
- On compte 52 cas
- Parmi ces cas, l’âge médian est de 56 ans
- Parmi ces cas, 86% sont des hommes
- 5% sont des travailleurs de la santé
- On retrouve un taux de mortalité de 26%
Quel est le tableau clinique du MERS-CoV? (3)
- Syndrome d’allure grippale
- L’atteinte pulmonaire et la sévérité des symptômes sont très variable
- Incubation d’environ 14 jours
Quels sont les modes de transmission de ce virus?
- Gouttelettes
- Contact
Quel est le RO du MERS-CoV?
1 cas génère en moyenne moins d’un cas, donc on ne retrouve pas beaucoup de chaine de transmission.
Comment se fait la contagion de MERS-CoV? (2)
- Le virus peut survivre jusqu’à 30 heures sur une surface inanimée
- Contagion (excrétion) jusqu’à 6 semaines même si les symptômes sont résolus
Quelle est la source du MERS-CoV?
Les dromadaires
Réviser la diapositive 23 du cours 7
Ok
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il à la mi-décembre 2019?
C’est le premier cas. On observe un cas de pneumonie d’origine inconnue (étiologie inconnu, donc on ne sait pas si c’est une bactérie, un virus, etc.) à Wuhan (Chine)
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 31 décembre 2019?
On averti l’OMS de ce cas
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 1er janvier 2020?
C’est la fermeture du marché de Wuhan
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 8 janvier 2020?
Le nouveau virus est identifié. On le nomme 2019-nCoV. On l’identifie par microscopie électronique et PCR (découvre que la séquence génétique de ce virus est différente).
Vrai ou faux? La découverte du virus s’est produit très rapidement
Vrai, en deux semaines le nouveau virus avait été identifiés. Le SARS avait pris 3 mois avant d’obtenir une bonne identification du virus.
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 12 janviers 2020?
Les séquences génomiques du virus sont partagées avec l’OMS
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 30 janvier 2020?
L’OMS déclare l’urgence sanitaire mondiale
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 11 février 2020?
L’OMS rebaptise la maladie: coronavirus disease 2019 ou COVID-19
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 26 février 2020?
Un premier cas au Québec (voyageur de retour d’Iran)
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 11 mars 2020?
L’OMS déclare que la COVID-19 est une pandémie
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 16 mars 2020?
L’urgence sanitaire est déclarée au Québec (début des mesures d’isolement)
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 18 mars 2020?
1er mort de la COVID-19 à Québec
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 16 avril 2020?
Ouverture du laboratoire NC3 (niveau de confinement 3) du Dr Boivin. Il pensait faire ces expériences sur le virus aviaire, mais du au circonstance, il le fait le la COVID-19.
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 17 décembre 2020?
1ère vaccination au Québec (Au Canada)
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il en décembre 2021?
La première détection d’un nouveau variant, soit Omicron
En ce qui concerne la COVID-19, que se passe-t-il le 10 janvier 2022? (récapitulatif)
Plus de 320 millions de cas de covid
Plus de 6.6 millions de morts
Réviser la diapositive 26 du cours 7
Ok
Qu’est-ce que la protéine S?
C’est la glycoprotéine spike, soit une protéine de surface du virus
Qu’est-ce que la protéine N?
C’est la protéine de la nucléocapside
Qu’est-ce que la protéine EM?
Ce sont les protéines membranaires