Cours 7

Question 1

V ou F. Lors de la traduction, c’est le ribosome qui bouge sur l’ARNm et ce faisant, il bouge ses ARNt

Answer 1

F

Question 2

Décris les 3 sites présents dans le ribosome en fonction de contraintes physiques.

Answer 2

Site E. C’est un petit site, il n’y a pas d’espace pour l’a.a, seulement pour l’ARNt. Le site est très serré sur l’ARNt alors il en est éjecté.
Site P. C’est le seul site qui peut accomoder plusieurs a.a. Il les accommode dans un canal.
Site A. Il y a suffisamment de place pour un acide aminé, mais pas de place pour plus.

Question 3

Que vérifie le ribosome?

Answer 3

Il vérifie uniquement si le codon et l’anticodon sont complémentaires

Question 4

Comment fonctionne la reconnaissance de l’aminoacyl-ARNt synthétase de l’ARNt?

Answer 4

Boucle D de l’ARNt: le fixe à AAS

Bras accepteur (3’) s’insère dans le site catalytique de l’AAS pour recevoir son a.a. AAS regarde la séquence du bras 3’ de l’ARNt après CCA pour déterminer le dernier a.a. sur l’ARNt

AAS reconnaît la séquence de l’anticodon, qui est propre à chaque ARNt

La boucle variable a une forme qui change pour chaque ARNt.

Toutes ces liaisons servent à l’AAS pour qu’il reconnaisse l’ARNt et puisse lui donner le bon a.a.

Question 5

Comment appelle-t-on le complexe formé de l’a.a. et de l’ARNt?

Answer 5

aminoacyl-ARNt

Question 6

À quelle séquence la séquence RBS est-elle complémentaire?
Ou est cette séquence sur l’ARNm?
Proca ou euca?

Answer 6

À la séquence d’ARNr 16s de la petite s-u du ribosome.
Cette séquence RBS est en 5’ du codon d’initiation AUG
Proca

Question 7

Chez les euca, qui est responsable de trouver la séquence AUG?

Answer 7

Des facteurs d’ini, accompagnés de la petite s-u à laquelle est liée Met-ARNt, scannent l’ARNm en partant de 5’ à la recherche du codon d’initiation

Question 8

Que se passe-t-il si la séquence Kozak n’est pas exactement pareille?

Answer 8

Le codon d’ini pourrait être ignorée et la traduction commencerait slm au 2e AUG.

Question 9

Quelle est une similarité entre l’initiation chez les euca et les proca?

Answer 9

Dans les deux cas, la grande s-u arrive lorsque l’ARNt dans la petite s-u est bien placé sur AUG. Ceci déclenche l’hydrolyse du GTP, ce qui fait partir tous les IF.

Question 10

Quel est l’équivalent de Ef-Tu chez les euca? Quel est leur rôle?

Answer 10

Ef1 alpha
Ils sont liés à l’ARNt entrant. Ils contiennent une molécule de GTP qui sera hydrolysée si l’appariement est bon et permettra un changement de conformation de l’a.a qui le placera dans une bonne position pour donner lieu à la liaison peptidique

Question 11

Quel est le résultat d’un bon appariement codon-anticodon?

Answer 11

Si l’ARNt-aminoacyl, lié à son facteur d’élongation EF1-alpha, arrive au ribosome et que son anticodon s’apparie avec le codon, le GTP de ef1-alpha sera hydrolysé en GDP. L’ARNt entrant va donc changer de conformation. L’extrémité 3’ de l’ARNt entrant contenant l’a.a va s’approcher de l’extrémité 3’ de l’ARNt du site P, pour faciliter la liaison peptidique entre les 2 a.a. Si l’appariement n’est pas bon, l’hydrolyse n’aura pas lieu. L’ARNt ne sera pas positionné alors il repart (rien ne le retient là)

Question 12

Quel ARNr catalyse la formation de la liaison peptidique?

Answer 12

ARNr 28S

Question 13

Ou a lieu la liaison peptidique?

Answer 13

Dans le centre peptidyl transférase de la grande s-u

Question 14

Quel est l’équivalent de Ef-G chez les euca?

Answer 14

Ef2.

L’hydrolyse du GTP lié à Ef2 permet un mouvement de translocation de l’ARNm et l’ARNt qui bougent de 3nt seulement.

Question 15

La liaison peptidique libère quel ARNt? Quelle en est la conséquence sur le déplacement des ARNt?

Answer 15

Lorsque la liaison peptidique se fait, le groupement amine de l’aminoacyl-ARNt du site A force l’a.a. de l’aminoacyl dans le site P à libérer l’ARNt. L’ARNt du site P se retrouve donc sans a.a. L’a.a qui était lié à son extrémité 3’ se lie avec l’aminoacyl-ARNt du site A. Puisque le site A ne peut pas contenir deux a.a., l’ARNt s’y trouvant veut se diriger vers le site P. L’hydrolyse du GTP du facteur d’élongation 2 (ou G) permet à l’ARNm et aux ANt de bouger de trois nucléotides. L’ARNm bouge en même temps que les ARNt car il y est lié via les sites A et P. L’ARNt qui était dans le site A passe au site P, toujours lié à son codon. Un nouveau codon est ouvert dans le site A.

Question 16

Comment fonctionne la translocation? Explique en termes de “avant, pendant, après”.

Answer 16

Lorsque le nouvel ARNt arrive au site A, les s-u changent de conformation et ferment le site A. De l’autre côté se trouve le bras L1, qui fait partie de la grosse s-u et qui est éloigné du ribosome avant la translocation.

Lorsque la liaison peptidique est faite, la chaîne portée par l’ARNt dans le site A est trop longue pour le site A. En résultat, la petite s-u utilise l’énergie dégagée par la liaison peptidique pour faire une première rotation: tourner sur la grosse s-u, pour accommoder les a.a. Suite à cette “tournure”, les ARNt prennent une conformation “hybride”. C’est-à-dire que la partie du haut de l’ARNt du site A est orientée vers le site P. De façon similaire, la partie du haut de l’ARNt du site P est orientée vers le site E. L1 accompagne l’ARNt qui se dirige vers le site E, en le soutenant pour maintenir le cadre de lecture. EF-G ou EF-2 reconnaît l’état hybride et entre dans le site A et décolle l’appariement codon/anticodon du ribosome pour faciliter son glissement. Il hydrolyse son GTP, ce qui donne l’énergie pour désserer la force du lien entre la partie “tête” et “corps” de la petite s-u est moins forte. Le corps retoune alors à la position normale, en faisant une rotation, mais la tête continue à tourner dans la direction opposée. Les milieux des ARNt se déplacent vers les sites P et E, respectivement. Note: une fois à l’état hybride, il est possible de revenir en arrière et d’annuler le twist des ARNt.

Après la translocation, L1 accompagne l’ARNt du site P et le soutient dans le site E. Il lui permet de garder le bon cadre de lecture. Le site A se retrouve ouvert à nouveau. EF-G ou EF-2 décolle un peu plus l’appariement codon/anticodon, en se déplaçant vers le site P, puis il part, ce qui relâche la tête, qui retourne à sa position initiale. Ceci termine la translocation des ARNt et de l’ARNm. L1 reprend sa position initiale loin du ribosome et l’ARNt en E est expulsé.

Question 17

Quelles sont deux protéines de ce chapitre qui ont la même structure?

Answer 17

L’aminoacyl-ARNt lié au facteur d’élongation 1 alpha ressemble beaucoup à eRF1 et eRF3. Ces deux protéines s’assemblent ensemble pour permettre la terminaison de la traduction.

Question 18

Que se passe-t-il si l’interaction de ERF1 avec le centre catalytique peptidyl transférase est suffisante pour détacher la chaîne peptidique? Sinon de quoi a-t-on besoin?

Answer 18

Suite au détachement de la chaîne peptidique, ERF1 et ERF3 se détachent du ribosome. La grande s-u se détache aussi. En résultat, des FI viennent défaire ce qui reste sur la petite s-u (l’ARNt vide).

Sinon, on utilise la protéine ABCEI qui contient un ATP. Elle donne un coup à eRF1 pour le détacher du ribosome. Ce faisant, la coupure se fait. La grosse s-u part et les mêmes étapes surviennent.

Question 19

Que signifie “co-tradutionnelle” et dans quel contexte ce mot est-il utilisé dans ce chapitre?

Answer 19

Cela signifie que l’action a lieu pendant la traduction. Dans ce cas, cela signifie que pendant la traduction des codons stop avec des séquences d’insertions font en sorte que des acides aminés non standards sont insérés.

Question 20

Lequel des a.a. non standards est présent naturellement dans la cellule?

Answer 20

pyrrolysine, mais il est slm chez les proca

Question 21

Comment sait-on que la serine liée à un ARNt sec doit être modifiée?

Answer 21

L’ARNt sec possède un anticodon “ACU” qui est complémentaire au codon stop UGA. Des facteurs d’élongation spécialisés reconnaissent le SECIS et le sec-ARNt sec.