Cours 5

Question 1

Quelles sont les deux raisons qui expliquent pourquoi les riboses sont moins stables que les désoxyriboses?

Answer 1

La présence du groupement OH en 2’ au lieu du groupement H a des incidences sur la structure de l’ARN.

Premièrement, la présence de OH rend l’ARN plus sensible à l’hydrolyse alcaline (ajout de H2O et de groupements OH-). La liaison de ces groupements brise les liaisons covalentes existantes et peut par exemple mener à la cyclisation du phosphate.

Deuxièmement, la présence de 2 O sur les position 2’ et 3’ rend possible la cyclisation du phosphate. Normalement, l’O en 3’ est lié au phosphate. Or, lorsque l’O du 2’ perd son H, à cause de l’hydrolyse alcaline par exemple, il a tendance à se lier au groupement phosphate, en particulier lorsque celui-ci a aussi été détaché du 5’ du nucléotide suivant à cause de l’hydrolyse alcaline.

Question 2

Quelle est la différence entre T et U?

Entre C et U?

Answer 2

En position 5, le T a un CH3, le U a seulement un H. U est donc moins coûteux énergétiquement à produire: moins de liaisons à former.

Dans l’ADN, C peut devenir U s’il perd un NH3, mais c’est une mutation. Le U ne peut pas se trouver naturellement dans l’ADN.

Question 3

Le fait d’apparier les bases de l’ARN en une structure secondaire lui confère quelles propriétés? À quoi cette forme 3D est-elle analogue?

Answer 3

Les structures secondaires possibles sont des boucles et des noeuds. La somme de ces structures produit la forme finale en 3D de l’ARN, qui est analogue à la structure tertiaire des protéines. Ce faisant, l’ARN est plus stable et cela peut lui conférer des activités enzymatiques.

Question 4

Quels sont les appariements possibles dans l’ARN?

Lequel de ses appariements ne se fait pas dans l’ADN?

Answer 4

Dans l’ARN on peut faire les appariements suivants: G-C, U-A, G-U. On ne peut pas faire l’appariement G-U dans l’ADN, et U-A se fait plutôt avec T-A.

Question 5

Dans le schéma qui ressemble à des sapins, ou est l’ADN, ou est l’ARN? Ou sont leurs extrémités 3’ et 5’?

Answer 5

Le grand brin au centre est l’ADN. Autour, tous les petits brins sont de l’ARN en train d’être transcrits. Vers le haut, l’ARN est plus petit;vers le bas il est plus long. Du côté des branches plus petites, on est au 3’ de l’adn. Puisqu’on lit l’ADN en partant de 3’ VERS 5’ pour faire un transcrit de 5’ VERS 3’, du côté des branches plus petites d’ARN, on vient de commencer à transcrire. Quant à l’orientation du brin d’ARN lui-même, sa partie 3’ fait face au brin d’ADN car on appose des nouveaux rNTPs sur son extrémité 3’OH.

Question 6

La transcriptase est quel genre d’enzyme?

Answer 6

C’est une ARN polymérase ADN dépendante

Question 7

Qu’est-ce qui est similaire par rapport à la transcriptase entre les espèces?

Answer 7

Sa forme de pince de crabe est similaire chez les proca + euca, même si la séquence codant cette protéine diffère

Le plus de similtudes est au niveau de son site catalytique

La périphérie de l’enzyme est très variable, elle. Elle reflète les interactions avec les protéines régulatrices propres à chaque espèce.

Question 8

Ou sont les ions Mg2+ et Zn2+ dans la transcriptase?

Answer 8

Mg2+ est dans le site actif, ou se trouve le brin matrice et l’ARN (bulle de transcription)

Zn2+ est dans le canal de sortie de l’ARN produit

Question 9

Quelles sont les différences entre la réplication et la transcription?

Answer 9

• Région cible
• Amorce/hélicase
• Détachement de l’ARN + retour au db d’ADN après le passage de la transcriptase + plusieurs transcriptases
• Précision

Question 10

Ou est le promoteur par rapport au gène?

Answer 10

En amont

Question 11

Pourquoi est-ce que le coeur de l’ARN pol procaryote a peu de chances de trouver le promoteur?

Answer 11

Parce que son coeur n’a pas de système de reconnaissance. C’est l’ajout de la s-u sigma qui force l’initiation aux promoteurs. Le facteur sigma reconnait des séquences spécifiques

Question 12

Vrai ou faux: il y a un seul type de transcriptase chez les procaryotes et elle s’associe à différents types de s-u sigma

Answer 12

V

Question 13

Qu’est-ce qu’un promoteur fort?

Answer 13

C’est un promoteur qui permet la transcription d’une grande qté d’ARN par unité de temps. Plus un promoteur s’approche de la séquence consensus, plus il est fort. Cette séquence représente l’agencement de bases azotées qui permet la meilleure liaison à la transcriptase.

Question 14

Quelle est la différence entre le complexe de transcription initial et le complexe ternaire stable?

Answer 14

Le complexe de transcription initiale correspond à l’assemblage de moins 10nt sur la matrice, qui est un processus inefficace parce que l’enzyme doit s’y prendre à plusieurs reprises pour échapper au promoteur.

Question 15

Parmi les régions 1-4 de la s-u sigma, qui reconnait quelle partie du promoteur?

Answer 15

1: discriminateur
2: -10
3: extension -10
4: -35

Question 16

En quoi consiste l’ARN pol holoenzyme?

Answer 16

C’est le coeur de l’ADN pol, lié à la s-u sigma

Question 17

En quoi consiste l’ARN pol holoenzyme?

Answer 17

C’est le coeur de l’ADN pol (s-u alpha x 2, beta, beta prime et w), lié à la s-u sigma

Question 18

Dans la méthode de terminaison “terminateur intrinsèque”, ou est situé l’épingle?

Answer 18

Au milieu du site catalytique

Question 19

Que signifie un “gène monocistronique”

Answer 19

Tous les gènes des eucaryotes le sont. Cela signifie qu’il y a un promoteur par gène et 1 gène par ARNm

Question 20

En quoi les ARN pol des proca et euca sont similaires et différentes?

Answer 20

Forme de pince de crabe

Mais proca a 5 s-u, euca en a 12 (permet interaction avec + de FT)

Question 21

En quoi les ARN pol des proca et euca sont similaires et différentes?

Answer 21

Forme de pince de crabe

Mais proca a 5 s-u, euca en a 12-RPB (permet interaction avec + de FT)

Question 22

Quels sont les deux rôles de l’extension c-terminale (CTD) de la s-u RPB1?

Answer 22

La phosphorylation de certains a.a. des heptapeptides du CTD attire des facteurs nécessaires pour chaque phase (initiation, élongation, terminaison).

Cette phosphorylation permet aussi de recruter des facteurs en charge de la maturation de l’ARN pré-m.

Question 23

Quelles sont les séquences possibles des promoteurs des euca vs ceux des proca?

Answer 23

Euca: BRE, TATA, Inr, DPE
Proca: -35,-10, extension 10, discriminateur, élément UP – sur le promoteur sigma 70

Question 24

Quel est l’équivalent de la s-u sigma chez les euca?

Answer 24

Les facteurs de transcription généraux

Question 25

Quel est le rôle des parties c-terminal et n-terminal du TBP?

Answer 25

c-TERMINAL: se replie quand TBP rencontre la boîte TATA. Contact avec le sillon mineur qui force l’ADN à se plier.

Question 26

Quel est le rôle des parties c-terminal et n-terminal du TBP?

Answer 26

c-TERMINAL: se replie quand TBP rencontre la boîte TATA. Contact avec le sillon mineur qui force l’ADN à se plier.

N-TERMINAL: impliqué dans la transcription des snARN (épissage)

Question 27

Quel est le rôle des parties c-terminal et n-terminal du TFIIB?

Answer 27

C-TERMINAL: contact avec TBP, l’élément BRE et l’ADN après TATA

N-TERMINAL: s’étend vers le site d’initiation et fait contact avec Pol II lorsqu’elle arrive. S’insère dans le canal de sortie d’ARN

Question 28

Quel est l’équivalent du complexe ouvert (proca) chez les euca?

Answer 28

Lorsque TFIIH utilise son activité hélicase et l’hydrolyse de l’ATP pour ouvrir le db

Question 29

Quel est l’équivalent de la région 3 (proca) chez les euca?

Answer 29

Le domaine n-terminal du GTF TFIIB qui se place dans le site de sortie de l’ARN.

Question 30

Que se passe-t-il si une sous-unité du complexe médiateur est éliminée?

Answer 30

Le complexe médiateur s’associe avec des FT activateurs, inhibiteurs pour exercer ses 2 activités: modifcation des histones + remodelage de la chromatine. Il est formé de +20 s-u

SI une sous-u est éliminée, cela aura seulement un impact sur l’expression d’un groupe de gènes selon l’activateur/inhibiteur avec lequel cette s-u interagissait