Cours 7 Flashcards
Que fait un bactériophage virulent?
Tue une bactérie après infection
Que fait un bactériophage tempéré?
Intègre leur génome pour former une bactérie lysogénique (ne tue pas nécessairement la bactérie)
VRAI OU FAUX:
Les bactériophages ont seulement de l’ARN ou ADN monocaténaire.
Faux, aussi bicaténaire
VRAI OU FAUX:
Les bactériophages ont seulement de l’ARN ou ADN linéaire.
Faux, aussi circulaire
Différence entre le phage T4 et lambda?
Le phage lambda a seulement 1 fibre (queue), tandis que le phage T4 a plusieurs fibres (queues)
VRAI OU FAUX:
Il existe 10-100x + de phages que de bactéries.
Vrai
VRAI OU FAUX:
Lorsqu’un phage attache ses fibres de la queue sur la LPS, l’interaction est faible, mais irréversible.
Faux, c’est réversible pour que le phage puisse se promener pour trouver une protéine de la mb externe d’une bactérie
VRAI OU FAUX:
Lorsqu’un phage attache ses fibres courts sur une protéine, l’interaction est faible, mais irréversible.
Faux, c’est une forte interaction et irréversible
Qu’est-ce qui fait que le tube de la queue pénètre la mb externe, le cytosquelette et le peptidoglycane?
La contraction de la gaine
Quelle protéine aide à l’entrée de l’ADN phagique à travers la mb plasmique?
Protéine pilote
Quels phages (2) ont leur ADN circulaire et monocat.?
- M13
2. phiX174
Quels phages (3) ont leur ADN linéaire et bicat.?
- T4
- T7
- phi29
Quel phage a sont ADN circulaire/linéaire et bicat.?
Lambda
VRAI OU FAUX:
La forme réplicative de l’ADN du phage M13 est monocaténaire.
Faux, la RF est bicaténaire
Quel endonucléase est utilisé lors de la réplication du phage M13 pour cliver la RF?
Genes II
Quel type de réplication le phage M13 utilise?
Cercle roulant
Qu’est-ce qui empêche la formation d’une nouvelle RF lors de la réplication du phage M13?
Gène V (se lie au brin nouvellement synthétisé)
Comment est-ce que l’ADN de M13 est introduit dans une bactérie?
Grâce au pilus F
VRAI OU FAUX:
L’ADN (devenu bicat. dans le cytoplasme bactérien) de M13 n’est pas insérée dans le génome bactérien, mais se réplique jusqu’à plus de 1000 copies dans le cytoplasme. Lorsque la bactérie se divise, chaque fille reçoit des copies du génome du phage.
Vrai
Quelle est la plus grande différence entre le phage M13 et phiX174 lors de leur réplication?
Le phage phiX174 a 2 formes réplicatives, tandis que M13 en a q’un seul
VRAI OU FAUX:
Les 2 formes réplicatives de phiX174 sont non clivées.
Faux, 1 est non clivé et l’autre est clivé
Puisque les phages avec ADN linéaire ont un problème pour répliquer un extrémité, comment le phage T7 s’y prend?
Séquences répétées aux extrémités (se collent entre eux; complémentaires)
Puisque les phages avec ADN linéaire ont un problème pour répliquer un extrémité, comment le phage phi29 s’y prend?
Protéine terminale (comme amorce)
Puisque les phages avec ADN linéaire ont un problème pour répliquer un extrémité, comment les eucaryotes s’y prennent?
Télomères
Quelle est la longueur (pb) du génome du phage T7?
Environ 40 000 pb
Quelle est la longueur (pb) du génome du phage phi29?
20 000 pb
Lors de la liaison de la protéine terminale au bout 3’ (phage phi29), quelle interaction force l’ouverture des 2 brins pour une nouvelle ronde de réplication du brin ‘‘inférieur’’? Et qu’arrive-t-il avec le brin ‘‘supérieur’’?
- L’interaction prot-prot
- Le brin ‘‘supérieur’’ se circularise (hairpin) pour se répliquer
VRAI OU FAUX:
Le phage T4 utilise la recombinaison pour former des concatènes.
Vrai
VRAI OU FAUX:
Durant le stade 1 de la réplication du phage T4, la réplication se fait à des origines aléatoires.
Faux, à des origines spécifiques
Puisque le phage T4 encapside son ADN de façon a ce qu’il ait la tête pleine, il contient 103% d’un génome à cause de quels phénomènes (2)?
- Extrémités redondants
2. Permutation circulaire
Le phage lambda peut faire quels types de réplication (2)?
- Thêta bicat.
2. Cercle roulante
Quelles protéines (2) initient la réplication chez le phage lambda?
- O
2. P
Quelles protéine phagique favorise la réplication à cercle roulante chez le phage lambda?
Gam avec l’aide d’une endonucléase
VRAI OU FAUX:
La protéine Gam (impliquée dans la réplication à cercle roulante chez le phage lambda) inhibe l’action de RecBC, qui eux bloquent la réplication à cercle roulante.
Vrai
VRAI OU FAUX:
T7 est un phage tempéré.
Faux, c’est un phage virulent
VRAI OU FAUX:
Lambda est un phage tempéré.
Vrai
Par rapport à la régulation du phage T7, il existe 3 classes d’ARN pouvant être transcrit. Quels sont-ils?
- Classe I = utilise pol. de l’hôte, gènes précoces
- Classe II = utilise pol. produit par T7, pour métabolisme ADN
- Classe III = utilise pol. produit par T7, gènes tardifs (synthèse têtes, queues…)
VRAI OU FAUX:
Les phages virulents peuvent seulement emprunter la voie lytique.
Vrai
VRAI OU FAUX:
Lorsque l’ADN du phage lambda est intégré au chromosome de l’hôte par une intégrase, ce n’est pas nécessairement site-spécifique.
Faux, intégrase est site-spécifique
Quels types d’événements fait en sorte que le phage lambda passe de la voie lysogénique à lytique?
- Stress/réponse SOS
- ADN endommagé (radiations, produits chimiques)
VRAI OU FAUX:
Lors de l’attachement/adsorption du phage lambda, sa protéine J (au bout de la fibre de queue) se lie à la protéine LamA située dans la mb externe de la bactérie.
Faux, LamB (BACTÉRIE)
Quelle protéine, située dans la mb interne de la bactérie, aide à l’entrée de l’ADN phagique?
PtsM (Phage transmission sur Mb interne)
Pourquoi est-ce que l’ADN de lambda se circularise lorsqu’il est entré dans le cytoplasme d’une bactérie?
Pour ne pas se faire dégrader par des exonucléases
À quels sites se circularise le phage lambda une fois à l’intérieur de la bactérie? Et qu’est-ce qui ferme la ‘‘boucle’’?
- Aux sites cos (C pour extrémités COHÉSIVES/circulaire)
- Ligase
La réplication change pour quel type lorsque lambda passe à la voie lytique?
Passe de type thêta bidirect. à cercle roulante
Quel type de réplication forme des concatémères (plusieurs génomes phagiques) chez le phage lambda?
Réplication à cercle roulante
VRAI OU FAUX:
Entre 2 sites cos (phage lambda lors de la réplication à cercle roulante), il y a 50% d’un génome.
Faux, il y a 1 génome
VRAI OU FAUX:
Lorsqu’une terminase coupe aux sites cos pour encapsider 1 génome dans une tête phagique, elle coupe de façon symétrique.
Faux, de façon asymétrique
Quand est-ce que le phage lambda est linéaire? Quand est-ce qu’il est circulaire?
- Linéaire dans particule phagique
- Circulaire dans cytoplasme bactérien
VRAI OU FAUX:
Après infection, < 90% des cellules infectées par le phage lambda entreront dans le cycle lytique.
Faux, > 90%
Quel répresseur va faire en sorte que le phage lambda passe plutôt en cycle lysogénique que lytique?
cI
Quel répresseur va faire en sorte que le phage lambda passe plutôt en cycle lytique que lysogénique?
Cro
VRAI OU FAUX:
Les répresseurs cI et Cro inhibent leurs propres promoteurs.
Faux, inhibent les promoteurs de l’autre
Qu’est-ce qui régule le cycle lysogénique?
La [CI] (le répresseur)
Lorsqu’il y a une faible [CI] dans le cycle lysogénique du phage lambda, quel opérateur n’a pas de liaison favorable (1, 2 ou 3)?
O3
Quelle activité de la protéine RecA est activé lorsque l’ADN du phage lambda est endommagé? Et que fait-elle?
L’activité protéase (clive la protéine Cl du phage (répresseur) et lexA de la bactérie)
Si CII est inactivée, quel cycle commence?
Lytique
Pour commencer le cycle lytique, Cro doit se fixer sur quels sites (2)?
Oleft et Oright
Quels facteurs environnementaux affectent la stabilité de CII (2)?
- Température (20 degré CII stable)
2. État de nutrition
Comment est-ce que l’activité de CII est affecté lors d’une carence de nutriments?
Reste lysogène (+ sécuritaire)
Comment est-ce que l’activité de CII est affecté lors d’un excès de nutriments?
Passe en cycle lytique, car bcp d’énergie pour produire + de phages
Lorsqu’il y a un excès de nutriments des protéases cellulaires ATP-dépendantes dégradant CII sont activées. Quelles sont-elles?
HflA et B
VRAI OU FAUX:
Mu (mutateur) est un phage tempéré.
Vrai
VRAI OU FAUX:
Le phage Mu fait son intégration aléatoire et sa réplication via transposition.
Vrai
En ce qui concerne le phage Mu, lorsqu’il n’y a pas de transposition, quel cycle emprunte-t-il?
Lysogénique
En ce qui concerne le phage Mu, lorsqu’il y a transposition réplicative, quel cycle emprunte-t-il?
Lytique
En ce qui concerne la régulation du phage Mu, quel répresseur inhibe la synthèse de c (pour entrer en cycle lytique) et par conséquent les gènes de réplications (A et B)?
Ner (comme Cro)
En ce qui concerne la régulation du phage Mu, quel répresseur inhibe la synthèse de Ner (pour entrer en cycle lysogénique)?
c
VRAI OU FAUX:
Durant l’encapsidation, l’ADN bactérien est clivé 50 pb en aval et 1000 pb en amont du génome du phage Mu.
Faux, 50 pb en amont et 1000 pb en aval
En ce qui concerne le phage Mu, quelle région code pour les protéines de la queue?
G
VRAI OU FAUX:
Le phage Mu peut infecter des différentes espèces
bactériennes, selon l’orientation de la région G (inversible).
Vrai
Quelle sérine recombinase s’attache aux extrémités de la région G et qui catalyse l’inversion de celle-ci?
Gin (G inversion)
Qu’est-ce que la transduction généralisé?
n’importe quel région chromosomique peut être transféré (erreur d’encapsidation)
Qu’est-ce que la transduction restreinte?
seulement certains gènes peuvent être transférés (erreur d’excision)
Quels sont les systèmes (5) de défense contre les
phages?
- Prévention d’adsorption
- Prévention de l’entré du génome phagique
- Système restriction/modif.
- CRISPR-Cas
- Système infection abortive (Abi)
Quels sont les 3 systèmes de prévention d’absorption des phages?
- Blocage des récepteurs phagiques
- Production d’une MEC
- Production des inhibiteurs compétitifs
Quel système de prévention d’absorption est-il: Les bactéries deviennent résistantes aux phages en modifiant leurs récepteurs de surface via des mutations ou en produisant des protéines cachant les récepteurs phagiques?
Blocage (des récepteurs phagiques)
Comment est-ce que les phages peuvent contourner le mécanisme de prévention d’adsorption?
- En modifiant leurs protéines de queues pour reconnaître d’autres récepteurs
- En produisant des enzymes dégradant l’EPS (lyase ou hydrolase)
Quel système de prévention d’absorption est-il: production des exopolysaccharides (EPS)?
Production d’une MEC
Quel système de prévention d’absorption est-il: production de molécules capables de lier aux phages ou leurs récepteurs?
Production des inhibiteurs compétitifs
Quelle protéine peut bloquer l’entrée d’un génome d’un autre type de phage?
Sie (surinfection exclusion)
VRAI OU FAUX:
Les phages virulents produisent les protéines Sie impliquées dans le blocage de l’entrée d’un génome.
Faux, phages tempérés
Quelle protéine produit par le phage T4 bloque la translocation de l’ADN phagique dans le cytoplasme bactérien, ainsi empêchant l’infection de phages similaires?
Imm
Quelle protéine produit par le phage T4 bloque la dégradation du peptidoglycane, ainsi piégeant l’ADN phagique entre le peptido. et la mb externe?
Sp
VRAI OU FAUX:
Endonucléases et enzymes de restriction sont des synonymes.
Vrai
Quel est l’enzyme de modification modifie l’ADN de l’hôte contre l’action de l’enzyme de restriction?
Méthylase
Quel système empêchent le développement des phages après infection par blocage de la réplication, de transcription, de traduction, de l’encapsidation?
Abi
Quel système tue les cellules infectées?
Abi
Le système RexA et B chez E.coli est quel type de système de défense contre les phages?
Abi
VRAI OU FAUX:
2 RexA sont nécessaires pour activer 1 RexB.
Vrai
