Cours 7 Flashcards
Quels sont les trois principaux mécanismes de transfert horizontal de gènes chez les bactéries ?
Les trois principaux mécanismes de transfert horizontal de gènes (HGT) chez les bactéries sont la transformation, la transduction et la conjugaison.
Décrivez la transformation bactérienne.
La transformation est le processus par lequel les bactéries absorbent l’ADN libre de leur environnement. Cet ADN peut provenir d’autres bactéries, mortes ou vivantes.
Décrivez la transduction bactérienne.
La transduction est le transfert de matériel génétique d’une bactérie à une autre par l’intermédiaire d’un bactériophage (un virus qui infecte les bactéries).
Décrivez la conjugaison bactérienne.
La conjugaison est le transfert d’ADN d’une bactérie à une autre par contact direct entre les deux cellules. Ce transfert se fait généralement par l’intermédiaire d’un plasmide, un petit élément d’ADN circulaire qui peut se répliquer indépendamment du chromosome bactérien.
Pourquoi les transferts horizontaux de gènes sont-ils importants pour l’évolution des bactéries ?
Les transferts horizontaux de gènes permettent aux bactéries d’acquérir de nouveaux gènes qui peuvent leur conférer un avantage sélectif dans leur environnement. Par exemple, les bactéries peuvent acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques par HGT.
Quels sont les principaux types de sélection naturelle qui peuvent agir sur les populations de bactéries ?
Les principaux types de sélection naturelle qui peuvent agir sur les populations de bactéries sont : La sélection positive : favorise les individus qui ont un avantage reproductif dans un environnement donné. La sélection négative : élimine les individus qui ont un désavantage reproductif. La sélection neutre : n’affecte pas la reproduction des individus.
Qu’est-ce que la spéciation ?
Nomme 2 processus
La spéciation est le processus par lequel de nouvelles espèces se forment. Chez les bactéries, la spéciation est souvent le résultat de l’isolement géographique et de l’adaptation à des niches écologiques différentes.
Nommez trois plateformes de séquençage de deuxième génération.
Trois plateformes de séquençage de deuxième génération sont 454 Roche, Illumina et Ion Torrent.
Quelles sont les principales caractéristiques des méthodes de séquençage de troisième génération ?
Les méthodes de séquençage de troisième génération permettent de séquencer des molécules d’ADN uniques en temps réel. Elles sont encore en développement, mais elles ont le potentiel de révolutionner le domaine du séquençage de l’ADN.
Nommez deux plateformes de séquençage de troisième génération.
Deux plateformes de séquençage de troisième génération sont PacBio et Nanopore.
Qu’est-ce que le génome cœur ?
Le génome cœur est l’ensemble des gènes qui sont partagés par tous les membres d’un groupe d’organismes. Ces gènes sont généralement essentiels à la survie et à la reproduction de l’organisme.
Qu’est-ce que le pangénome ?
Le pangénome est l’ensemble de tous les gènes présents dans un groupe d’organismes. Il comprend le génome cœur et les gènes accessoires, qui ne sont présents que chez certains membres du groupe.
Qu’est-ce que la phylogénie ?
La phylogénie est l’étude des relations évolutives entre les organismes. Les phylogénies sont souvent représentées sous forme d’arbres phylogénétiques, qui montrent comment les différents organismes sont liés les uns aux autres.
Quel est l’impact des transferts horizontaux de gènes sur la phylogénie des bactéries ?
Les transferts horizontaux de gènes peuvent rendre difficile la reconstruction de la phylogénie des bactéries, car ils peuvent introduire des gènes qui ne sont pas hérités verticalement.
À quoi se réfère le Genome transformant
Le génome transformant se réfère au génome receveur après qu’il a intégré de l’ADN du donneur par le processus de transformation. La transformation est l’un des trois mécanismes de transfert horizontal de gènes (HGT) chez les bactéries, les deux autres étant la transduction et la conjugaison.
Explique le cycle de vie lytique et lysogène des phages
Dans le cycle lytique, le phage infecte la bactérie et prend le contrôle de sa machinerie cellulaire pour produire de nouvelles particules virales. Ce processus est rapide et conduit à la lyse (destruction) de la bactérie hôte, libérant les nouveaux phages pour infecter d’autres bactéries.
Dans le cycle lysogène, le phage intègre son ADN dans le génome de la bactérie hôte. L’ADN du phage, maintenant appelé prophage, est répliqué avec l’ADN de la bactérie à chaque division cellulaire.
Qu’est-ce que le HGT? Quel cycle ( lytique ou lysogène ) est important et pourquoi?
Le HGT est le transfert de matériel génétique entre organismes qui ne sont pas liés par descendance. Les phages peuvent faciliter le HGT via la transduction, un processus qui implique le transfert d’ADN bactérien d’une bactérie à une autre par un phage.
Le cycle lysogène est particulièrement important pour le HGT car le prophage (l’ADN du phage intégré dans le génome bactérien) peut rester intégré pendant de nombreuses générations. Cela permet la transmission de gènes à travers une population bactérienne, y compris des gènes qui peuvent conférer une résistance aux antibiotiques ou une virulence accrue.
Quel est le lien entre des phages virulents et la phagothérapie?
Pourquoi sont-ils preferes aux phages temperes?
Phages virulents : Ce sont des virus qui infectent spécifiquement les bactéries.
Ils suivent un cycle lytique, ce qui signifie qu’ils répliquent leur ADN dans la bactérie hôte, produisent de nouveaux phages, et provoquent la lyse (destruction) de la cellule bactérienne pour libérer leurs descendants.
Leur spécificité pour une espèce bactérienne ou même une souche particulière les rend utiles pour cibler des bactéries spécifiques.
Phagothérapie : Il s’agit de l’utilisation de bactériophages pour traiter des infections bactériennes, une alternative ou un complément aux antibiotiques.
Les phages virulents sont préférés pour la phagothérapie car leur cycle lytique garantit l’élimination des bactéries ciblées. Contrairement aux phages tempérés (qui peuvent entrer dans un cycle lysogénique et intégrer leur ADN au génome bactérien), les phages virulents ne laissent pas de matériel génétique dans la bactérie, évitant ainsi la possibilité de transférer des gènes de résistance ou de virulence.
Explique l’arbre phylogénétique dans le contexte des metadata espace
le concept d’intégrer des informations géographiques, ou métadonnées spatiales, dans un arbre phylogénétique pour visualiser la distribution géographique des souches bactériennes et identifier des tendances évolutives liées à l’espace.
Une couleur spécifique est attribuée à chaque lieu d’isolement des souches bactériennes.
