Cours 1 Flashcards
Quels sont les principaux objectifs du cours MCB 3984 Diversité Microbienne ?
Le cours vise à présenter les différents types de micro-organismes, leurs habitats, leur importance dans les cycles biogéochimiques et leur influence sur le climat. Il explore également le fonctionnement des communautés et populations microbiennes, les différents microbiomes et leur rôle dans les maladies. Le cours permet d’acquérir des connaissances sur les techniques d’identification microbienne classiques et moléculaires.
Comment le cours est-il organisé ?
Le cours est offert en format hybride, comprenant des cours en présentiel, en ligne asynchrones et 10 séances de travaux pratiques en laboratoire. L’évaluation se compose d’un examen intra, d’un examen final (QCM et développement) et de l’utilisation des forums pour les questions.
Quelle est l’importance des micro-organismes dans l’environnement ?
Les micro-organismes représentent une part importante de la vie sur Terre, avec environ 1 trillion d’espèces estimées. Ils jouent un rôle crucial dans les cycles biogéochimiques, interagissent avec les plantes et les animaux et influencent directement le climat.
Expliquez le concept « Une seule santé ».
Une seule santé est une approche intégrée qui vise à équilibrer et à optimiser la santé des personnes, des animaux et des écosystèmes. Ce concept reconnaît l’interdépendance entre la santé humaine, animale et environnementale.
Définissez la diversité microbienne et expliquez comment elle est influencée par l’environnement.
La diversité microbienne englobe toutes les espèces de micro-organismes existantes. Elle est souvent définie par un environnement spécifique, caractérisé par ses propriétés physico-chimiques.
Décrivez le système de classification biologique hiérarchique utilisé pour les micro-organismes.
La classification est hiérarchique, allant du domaine à l’espèce. Un exemple pour Escherichia coli : Bacteria (Domaine), Proteobacteria (Phylum), Gamma Proteobacteria (Classe), Enterobacteriales (Ordre), Enterobacteriaceae (Famille), Escherichia (Genre), Escherichia coli (Espèce).
Que sont les arbres phylogénétiques et quelle est leur utilité dans l’étude des micro-organismes ?
Les arbres phylogénétiques sont des représentations visuelles de la classification des organismes. Ils permettent de visualiser les relations évolutives entre les organismes, y compris les micro-organismes.
Quelles sont les questions fondamentales posées en écologie microbienne et les techniques utilisées pour y répondre ?
Les questions clés sont : Qui est présent ? (Diversité), Combien sont-ils ? (Abondance) et Qui fait quoi ? (Fonctionnalité). Les méthodes classiques et moléculaires sont utilisées pour répondre à ces questions.
Décrivez l’approche culturomique et son importance.
La culturomique vise à cultiver le plus grand nombre possible de micro-organismes d’une communauté. Elle est importante car elle permet de découvrir de nouvelles espèces et d’étudier leurs propriétés, comme l’illustre l’exemple de Thermus aquaticus, source d’une enzyme essentielle pour la PCR.
Expliquez les méthodes classiques d’identification et de quantification des micro-organismes.
Elles comprennent l’isolement direct ou après enrichissement, l’examen au microscope (champ clair, contraste de phase, champ noir, fluorescence), le dosage de substances spécifiques (lipides, pigments) et les analyses physiologiques (CLPP).
Quels sont les avantages et les inconvénients des méthodes classiques ?
Avantages: Peu coûteuses, largement disponibles, permettent la quantification, donnent une indication de la diversité et de la complexité, permettent des études physiologiques et phénotypiques. Inconvénients: Longues et manipulatrices, les échantillons doivent être analysés immédiatement, le choix du milieu de culture est crucial, nécessitent généralement la croissance des micro-organismes.
Décrivez les méthodes moléculaires d’identification et de quantification des micro-organismes.
Ces méthodes incluent la mesure de la quantité d’acides nucléiques, les techniques d’électrophorèse sur gel d’agarose (DGGE, TGGE, RFLP, AP-PCR), le profilage des plasmides, les techniques de séquençage (ARNr 16S/18S, phylogénie basée sur des gènes spécifiques, métagénomique) et la spectrométrie de masse (MALDI-TOF).
Comment la quantité d’ADN est-elle mesurée par spectrophotométrie et par fluorescence ?
Spectrophotométrie: L’absorbance de l’ADN est mesurée à 260 nm, permettant de calculer la concentration. Fluorescence: Des intercalants d’acides nucléiques fluorescents sont utilisés, et la fluorescence est proportionnelle à la quantité d’ADN.
Décrivez le principe de la DGGE/TGGE et ses applications.
La DGGE/TGGE sépare les fragments d’ADN en fonction de leur séquence sur un gradient de dénaturant ou de température. Cette technique permet d’étudier la diversité microbienne et d’identifier des mutations.
Expliquez le principe de la RFLP et ses limitations.
La RFLP utilise des enzymes de restriction pour digérer l’ADN et générer des profils de fragments spécifiques. Limitations: La complexité des profils, la spécificité dépendante du choix des enzymes et la nécessité d’une PCR.
